# TARGET T0379 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.419 0.114 0.125 0.198 0.021 0.039 0.045 0.006 0.030 0.002 0.001 2 L 0.372 0.156 0.236 0.140 0.022 0.036 0.013 0.002 0.019 0.003 0.001 3 N 0.206 0.076 0.225 0.155 0.034 0.140 0.093 0.010 0.053 0.007 0.001 4 R 0.668 0.060 0.082 0.122 0.013 0.018 0.016 0.005 0.013 0.002 0.001 5 E 0.766 0.036 0.102 0.065 0.005 0.009 0.006 0.004 0.003 0.002 0.001 6 E 0.762 0.046 0.068 0.071 0.014 0.008 0.017 0.006 0.006 0.002 0.001 7 S 0.814 0.030 0.071 0.039 0.014 0.011 0.007 0.005 0.005 0.004 0.001 8 I 0.911 0.025 0.028 0.025 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 9 R 0.928 0.021 0.019 0.022 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.878 0.037 0.025 0.039 0.005 0.007 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 11 F 0.706 0.082 0.087 0.079 0.008 0.015 0.007 0.002 0.013 0.001 0.001 12 K 0.690 0.143 0.078 0.030 0.017 0.015 0.012 0.001 0.012 0.001 0.001 13 A 0.745 0.066 0.096 0.044 0.013 0.020 0.006 0.002 0.006 0.002 0.001 14 I 0.441 0.079 0.053 0.399 0.008 0.006 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 15 G 0.109 0.032 0.108 0.027 0.174 0.012 0.085 0.277 0.008 0.167 0.001 16 V 0.452 0.209 0.157 0.097 0.021 0.039 0.004 0.001 0.017 0.002 0.001 17 A 0.650 0.086 0.090 0.120 0.025 0.011 0.005 0.003 0.004 0.005 0.001 18 D 0.154 0.106 0.325 0.036 0.055 0.193 0.020 0.003 0.103 0.003 0.002 19 I 0.959 0.003 0.003 0.027 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 20 E 0.979 0.002 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 E 0.914 0.004 0.005 0.066 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 22 M 0.795 0.005 0.014 0.170 0.002 0.005 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 23 L 0.623 0.048 0.087 0.204 0.006 0.015 0.006 0.002 0.006 0.002 0.001 24 D 0.508 0.054 0.247 0.011 0.030 0.030 0.028 0.004 0.065 0.022 0.001 25 P 0.968 0.001 0.014 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 26 Y 0.883 0.003 0.005 0.099 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 27 L 0.761 0.029 0.061 0.110 0.004 0.020 0.007 0.002 0.007 0.001 0.001 28 Q 0.810 0.029 0.042 0.071 0.005 0.010 0.023 0.003 0.005 0.002 0.001 29 K 0.432 0.055 0.099 0.357 0.020 0.008 0.015 0.004 0.007 0.002 0.001 30 G 0.128 0.016 0.051 0.042 0.066 0.004 0.170 0.396 0.005 0.121 0.001 31 L 0.381 0.228 0.208 0.104 0.026 0.037 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 32 F 0.165 0.358 0.232 0.073 0.029 0.075 0.020 0.004 0.041 0.003 0.001 33 L 0.193 0.410 0.232 0.058 0.040 0.033 0.004 0.001 0.028 0.002 0.001 34 D 0.073 0.122 0.418 0.025 0.025 0.236 0.022 0.002 0.075 0.001 0.001 35 L 0.756 0.054 0.069 0.079 0.007 0.019 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 36 E 0.754 0.038 0.080 0.096 0.008 0.010 0.005 0.002 0.005 0.002 0.001 37 S 0.362 0.039 0.114 0.416 0.022 0.008 0.019 0.005 0.011 0.004 0.001 38 G 0.095 0.006 0.052 0.042 0.028 0.003 0.107 0.542 0.003 0.121 0.001 39 R 0.247 0.156 0.410 0.088 0.019 0.043 0.013 0.003 0.016 0.003 0.002 40 K 0.195 0.187 0.430 0.078 0.023 0.040 0.019 0.005 0.018 0.005 0.001 41 S 0.124 0.159 0.435 0.046 0.126 0.043 0.015 0.008 0.025 0.019 0.001 42 E 0.835 0.028 0.052 0.046 0.010 0.008 0.008 0.004 0.005 0.003 0.001 43 E 0.894 0.017 0.033 0.039 0.004 0.003 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 44 E 0.875 0.019 0.030 0.059 0.004 0.005 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 45 F 0.774 0.031 0.053 0.100 0.007 0.012 0.010 0.005 0.007 0.002 0.001 46 R 0.789 0.062 0.059 0.044 0.010 0.015 0.010 0.002 0.008 0.002 0.001 47 T 0.837 0.052 0.052 0.033 0.012 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 48 E 0.879 0.024 0.038 0.035 0.004 0.010 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 49 L 0.887 0.026 0.032 0.037 0.002 0.007 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 50 S 0.915 0.017 0.024 0.024 0.006 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 51 R 0.880 0.033 0.020 0.050 0.007 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 52 Y 0.797 0.036 0.040 0.099 0.004 0.011 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 53 I 0.496 0.087 0.086 0.266 0.007 0.014 0.010 0.001 0.032 0.001 0.001 54 G 0.216 0.007 0.061 0.038 0.039 0.006 0.121 0.332 0.003 0.176 0.001 55 K 0.569 0.104 0.176 0.087 0.023 0.019 0.008 0.003 0.008 0.003 0.001 56 E 0.474 0.114 0.253 0.092 0.007 0.032 0.010 0.002 0.013 0.001 0.001 57 L 0.279 0.249 0.312 0.056 0.023 0.047 0.007 0.001 0.024 0.001 0.001 58 T 0.402 0.283 0.176 0.054 0.038 0.023 0.006 0.003 0.013 0.003 0.001 59 Y 0.702 0.108 0.076 0.044 0.026 0.018 0.009 0.003 0.012 0.003 0.001 60 Q 0.851 0.061 0.042 0.022 0.006 0.009 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 61 Q 0.908 0.022 0.024 0.021 0.003 0.012 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 62 V 0.916 0.022 0.012 0.036 0.002 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 63 Y 0.925 0.023 0.017 0.018 0.004 0.005 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 64 D 0.934 0.007 0.010 0.030 0.002 0.007 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 65 A 0.924 0.015 0.011 0.036 0.004 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 66 L 0.912 0.015 0.016 0.047 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 67 L 0.840 0.022 0.037 0.084 0.003 0.004 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 68 G 0.770 0.007 0.018 0.052 0.019 0.003 0.034 0.075 0.001 0.020 0.001 69 F 0.754 0.025 0.044 0.147 0.005 0.013 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 70 L 0.600 0.086 0.116 0.141 0.007 0.027 0.006 0.002 0.012 0.001 0.001 71 E 0.484 0.107 0.202 0.105 0.025 0.029 0.021 0.005 0.015 0.008 0.001 72 E 0.574 0.081 0.147 0.084 0.036 0.014 0.028 0.012 0.011 0.013 0.001