# TARGET T0379 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.102 0.090 0.033 0.011 0.135 0.012 0.048 0.312 0.080 0.126 0.052 2 L 0.092 0.174 0.040 0.017 0.161 0.036 0.046 0.205 0.086 0.091 0.052 3 N 0.111 0.177 0.129 0.025 0.177 0.013 0.018 0.149 0.042 0.091 0.067 4 R 0.034 0.078 0.039 0.009 0.062 0.005 0.009 0.477 0.174 0.094 0.019 5 E 0.024 0.047 0.015 0.007 0.047 0.013 0.033 0.597 0.160 0.045 0.012 6 E 0.033 0.043 0.018 0.006 0.043 0.006 0.025 0.643 0.108 0.054 0.020 7 S 0.026 0.045 0.024 0.005 0.043 0.008 0.026 0.668 0.086 0.058 0.010 8 I 0.069 0.030 0.004 0.002 0.065 0.004 0.010 0.640 0.109 0.041 0.024 9 R 0.017 0.031 0.007 0.005 0.038 0.013 0.028 0.736 0.100 0.020 0.006 10 R 0.041 0.057 0.020 0.003 0.080 0.003 0.023 0.645 0.073 0.044 0.011 11 F 0.109 0.043 0.007 0.005 0.115 0.005 0.015 0.497 0.114 0.061 0.030 12 K 0.029 0.066 0.022 0.014 0.047 0.026 0.061 0.519 0.170 0.036 0.012 13 A 0.108 0.047 0.017 0.007 0.112 0.013 0.091 0.388 0.095 0.087 0.034 14 I 0.039 0.376 0.123 0.046 0.150 0.034 0.054 0.084 0.040 0.038 0.017 15 G 0.157 0.164 0.120 0.031 0.132 0.013 0.014 0.092 0.036 0.123 0.117 16 V 0.149 0.070 0.016 0.009 0.146 0.015 0.020 0.285 0.131 0.102 0.058 17 A 0.013 0.109 0.058 0.064 0.062 0.087 0.061 0.404 0.092 0.039 0.011 18 D 0.274 0.141 0.051 0.002 0.235 0.001 0.004 0.156 0.023 0.046 0.069 19 I 0.005 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.620 0.319 0.036 0.004 20 E 0.002 0.009 0.003 0.002 0.005 0.004 0.012 0.773 0.184 0.007 0.001 21 E 0.004 0.003 0.002 0.001 0.004 0.004 0.046 0.758 0.145 0.030 0.003 22 M 0.004 0.008 0.006 0.004 0.008 0.007 0.065 0.741 0.106 0.049 0.003 23 L 0.033 0.092 0.027 0.007 0.054 0.008 0.017 0.243 0.134 0.353 0.032 24 D 0.095 0.115 0.051 0.008 0.233 0.004 0.011 0.318 0.103 0.033 0.029 25 P 0.001 0.007 0.003 0.001 0.004 0.001 0.008 0.755 0.211 0.009 0.001 26 Y 0.003 0.005 0.001 0.001 0.006 0.003 0.042 0.712 0.133 0.091 0.002 27 L 0.022 0.022 0.009 0.004 0.016 0.007 0.027 0.628 0.173 0.074 0.019 28 Q 0.012 0.032 0.028 0.018 0.027 0.029 0.082 0.584 0.114 0.061 0.013 29 K 0.014 0.366 0.135 0.077 0.080 0.046 0.088 0.115 0.037 0.035 0.007 30 G 0.081 0.040 0.033 0.037 0.045 0.016 0.027 0.106 0.080 0.347 0.188 31 L 0.118 0.162 0.028 0.010 0.270 0.022 0.069 0.174 0.067 0.044 0.034 32 F 0.243 0.109 0.019 0.005 0.357 0.006 0.012 0.097 0.036 0.054 0.063 33 L 0.089 0.362 0.072 0.012 0.305 0.018 0.022 0.059 0.022 0.019 0.022 34 D 0.285 0.090 0.023 0.001 0.502 0.001 0.003 0.018 0.006 0.019 0.052 35 L 0.071 0.081 0.035 0.006 0.076 0.006 0.015 0.374 0.239 0.062 0.036 36 E 0.028 0.047 0.042 0.028 0.044 0.056 0.149 0.385 0.126 0.078 0.017 37 S 0.024 0.400 0.178 0.077 0.101 0.022 0.038 0.066 0.028 0.052 0.014 38 G 0.035 0.044 0.062 0.100 0.031 0.039 0.019 0.085 0.079 0.376 0.130 39 R 0.082 0.200 0.072 0.019 0.172 0.025 0.047 0.158 0.080 0.098 0.047 40 K 0.103 0.216 0.089 0.020 0.186 0.016 0.027 0.150 0.062 0.077 0.055 41 S 0.041 0.333 0.218 0.018 0.107 0.007 0.011 0.156 0.044 0.048 0.017 42 E 0.021 0.031 0.012 0.004 0.031 0.005 0.009 0.667 0.173 0.035 0.010 43 E 0.008 0.018 0.006 0.002 0.019 0.004 0.011 0.813 0.098 0.015 0.005 44 E 0.012 0.009 0.003 0.001 0.014 0.002 0.012 0.852 0.062 0.027 0.005 45 F 0.009 0.013 0.004 0.001 0.014 0.001 0.004 0.852 0.065 0.031 0.004 46 R 0.010 0.007 0.002 0.001 0.013 0.002 0.006 0.871 0.066 0.017 0.004 47 T 0.004 0.019 0.005 0.002 0.013 0.004 0.020 0.879 0.043 0.008 0.002 48 E 0.011 0.010 0.004 0.001 0.013 0.002 0.015 0.870 0.045 0.024 0.005 49 L 0.014 0.009 0.002 0.001 0.013 0.002 0.007 0.794 0.116 0.036 0.007 50 S 0.014 0.020 0.004 0.003 0.023 0.004 0.012 0.743 0.148 0.024 0.005 51 R 0.010 0.016 0.008 0.004 0.015 0.012 0.089 0.745 0.086 0.011 0.004 52 Y 0.019 0.016 0.016 0.010 0.020 0.020 0.111 0.631 0.088 0.059 0.010 53 I 0.064 0.130 0.039 0.039 0.092 0.049 0.082 0.307 0.086 0.080 0.032 54 G 0.042 0.066 0.061 0.106 0.039 0.041 0.022 0.169 0.118 0.272 0.065 55 K 0.028 0.194 0.078 0.016 0.103 0.017 0.036 0.348 0.114 0.054 0.012 56 E 0.129 0.117 0.022 0.005 0.212 0.009 0.038 0.298 0.067 0.061 0.041 57 L 0.186 0.143 0.025 0.006 0.288 0.010 0.016 0.147 0.043 0.059 0.076 58 T 0.077 0.208 0.070 0.010 0.178 0.009 0.023 0.332 0.041 0.030 0.023 59 Y 0.092 0.030 0.010 0.004 0.073 0.004 0.007 0.523 0.132 0.081 0.045 60 Q 0.014 0.045 0.011 0.007 0.038 0.012 0.021 0.746 0.089 0.012 0.005 61 Q 0.038 0.024 0.006 0.001 0.046 0.001 0.014 0.816 0.036 0.009 0.009 62 V 0.007 0.007 0.003 0.003 0.008 0.006 0.014 0.879 0.059 0.012 0.002 63 Y 0.007 0.009 0.001 0.001 0.011 0.001 0.003 0.884 0.071 0.009 0.003 64 D 0.005 0.006 0.001 0.001 0.008 0.002 0.011 0.885 0.072 0.007 0.002 65 A 0.004 0.006 0.007 0.002 0.004 0.004 0.032 0.886 0.048 0.007 0.001 66 L 0.008 0.006 0.004 0.004 0.007 0.006 0.022 0.847 0.064 0.027 0.004 67 L 0.010 0.089 0.017 0.015 0.029 0.019 0.038 0.605 0.142 0.030 0.005 68 G 0.011 0.016 0.013 0.016 0.011 0.018 0.035 0.614 0.138 0.107 0.021 69 F 0.010 0.018 0.009 0.005 0.018 0.011 0.059 0.634 0.160 0.069 0.006 70 L 0.066 0.043 0.012 0.006 0.066 0.005 0.020 0.450 0.189 0.103 0.040 71 E 0.019 0.100 0.046 0.024 0.048 0.032 0.075 0.401 0.185 0.061 0.010 72 E 0.040 0.100 0.064 0.016 0.076 0.018 0.073 0.381 0.130 0.078 0.024