# TARGET T0379 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.718 0.184 0.062 0.026 0.008 0.002 0.001 2 L 0.488 0.193 0.154 0.107 0.046 0.012 0.001 3 N 0.675 0.217 0.073 0.027 0.007 0.002 0.001 4 R 0.504 0.277 0.134 0.061 0.018 0.005 0.001 5 E 0.644 0.208 0.084 0.042 0.016 0.005 0.001 6 E 0.497 0.290 0.132 0.058 0.018 0.004 0.001 7 S 0.233 0.279 0.240 0.164 0.065 0.019 0.002 8 I 0.124 0.142 0.197 0.275 0.196 0.060 0.005 9 R 0.354 0.348 0.181 0.084 0.025 0.006 0.001 10 R 0.243 0.256 0.220 0.171 0.080 0.028 0.002 11 F 0.115 0.084 0.111 0.217 0.274 0.181 0.017 12 K 0.264 0.257 0.212 0.153 0.076 0.034 0.004 13 A 0.341 0.240 0.165 0.128 0.077 0.044 0.006 14 I 0.193 0.151 0.159 0.196 0.168 0.112 0.020 15 G 0.225 0.196 0.182 0.168 0.125 0.086 0.017 16 V 0.204 0.168 0.169 0.175 0.147 0.112 0.025 17 A 0.390 0.222 0.155 0.121 0.071 0.034 0.006 18 D 0.331 0.290 0.199 0.112 0.047 0.019 0.003 19 I 0.137 0.120 0.142 0.227 0.224 0.133 0.016 20 E 0.347 0.307 0.170 0.107 0.048 0.017 0.003 21 E 0.408 0.313 0.152 0.082 0.031 0.011 0.002 22 M 0.124 0.150 0.188 0.245 0.185 0.096 0.011 23 L 0.084 0.115 0.164 0.244 0.232 0.141 0.019 24 D 0.224 0.301 0.233 0.144 0.064 0.028 0.007 25 P 0.303 0.266 0.178 0.132 0.074 0.039 0.008 26 Y 0.125 0.144 0.180 0.227 0.190 0.117 0.016 27 L 0.131 0.105 0.129 0.213 0.237 0.163 0.022 28 Q 0.328 0.281 0.188 0.122 0.055 0.022 0.004 29 K 0.401 0.281 0.157 0.096 0.043 0.018 0.004 30 G 0.239 0.218 0.202 0.171 0.106 0.054 0.009 31 L 0.118 0.124 0.164 0.227 0.214 0.135 0.017 32 F 0.130 0.146 0.164 0.198 0.192 0.147 0.024 33 L 0.168 0.147 0.161 0.207 0.188 0.112 0.016 34 D 0.255 0.292 0.234 0.143 0.057 0.017 0.002 35 L 0.180 0.177 0.214 0.242 0.146 0.039 0.002 36 E 0.550 0.271 0.112 0.048 0.015 0.004 0.001 37 S 0.619 0.222 0.092 0.047 0.016 0.004 0.001 38 G 0.542 0.215 0.131 0.080 0.027 0.005 0.001 39 R 0.617 0.257 0.091 0.029 0.006 0.001 0.001 40 K 0.695 0.204 0.071 0.023 0.005 0.001 0.001 41 S 0.711 0.183 0.066 0.030 0.009 0.002 0.001 42 E 0.614 0.229 0.101 0.042 0.012 0.002 0.001 43 E 0.687 0.216 0.070 0.023 0.005 0.001 0.001 44 E 0.531 0.306 0.118 0.037 0.006 0.001 0.001 45 F 0.176 0.180 0.252 0.267 0.107 0.017 0.001 46 R 0.300 0.323 0.231 0.110 0.030 0.005 0.001 47 T 0.526 0.282 0.120 0.052 0.016 0.003 0.001 48 E 0.341 0.278 0.196 0.128 0.047 0.011 0.001 49 L 0.140 0.110 0.148 0.262 0.238 0.097 0.005 50 S 0.245 0.320 0.247 0.135 0.042 0.011 0.001 51 R 0.472 0.321 0.129 0.057 0.017 0.005 0.001 52 Y 0.204 0.187 0.218 0.213 0.123 0.050 0.005 53 I 0.224 0.181 0.187 0.196 0.140 0.067 0.005 54 G 0.465 0.252 0.138 0.087 0.040 0.015 0.002 55 K 0.474 0.286 0.137 0.071 0.023 0.007 0.001 56 E 0.386 0.338 0.171 0.073 0.024 0.007 0.001 57 L 0.150 0.134 0.162 0.232 0.208 0.104 0.011 58 T 0.180 0.315 0.251 0.162 0.066 0.023 0.002 59 Y 0.087 0.113 0.173 0.288 0.234 0.095 0.010 60 Q 0.339 0.343 0.190 0.094 0.027 0.007 0.001 61 Q 0.283 0.312 0.222 0.127 0.044 0.011 0.001 62 V 0.247 0.126 0.109 0.174 0.198 0.137 0.009 63 Y 0.401 0.207 0.146 0.133 0.080 0.032 0.001 64 D 0.571 0.244 0.111 0.051 0.016 0.006 0.001 65 A 0.539 0.168 0.114 0.089 0.059 0.030 0.002 66 L 0.491 0.145 0.116 0.096 0.079 0.066 0.008 67 L 0.553 0.183 0.120 0.075 0.042 0.023 0.003 68 G 0.726 0.165 0.064 0.029 0.011 0.004 0.001 69 F 0.612 0.170 0.104 0.072 0.030 0.012 0.001 70 L 0.613 0.172 0.109 0.071 0.028 0.007 0.001 71 E 0.806 0.146 0.034 0.010 0.002 0.001 0.001 72 E 0.877 0.097 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001