# TARGET T0379 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.037 0.013 0.051 0.049 0.292 0.559 2 L 0.035 0.024 0.025 0.056 0.241 0.619 3 N 0.023 0.015 0.009 0.052 0.202 0.699 4 R 0.008 0.003 0.064 0.679 0.117 0.128 5 E 0.011 0.002 0.045 0.838 0.071 0.035 6 E 0.020 0.003 0.060 0.786 0.102 0.030 7 S 0.048 0.006 0.032 0.755 0.079 0.079 8 I 0.070 0.006 0.032 0.795 0.054 0.043 9 R 0.072 0.002 0.034 0.794 0.051 0.047 10 R 0.069 0.003 0.027 0.807 0.042 0.053 11 F 0.117 0.007 0.026 0.682 0.068 0.099 12 K 0.190 0.005 0.045 0.524 0.079 0.157 13 A 0.203 0.005 0.055 0.515 0.083 0.138 14 I 0.202 0.012 0.053 0.388 0.111 0.233 15 G 0.152 0.009 0.035 0.141 0.150 0.513 16 V 0.177 0.016 0.052 0.338 0.089 0.328 17 A 0.153 0.013 0.090 0.363 0.108 0.274 18 D 0.101 0.019 0.102 0.470 0.121 0.187 19 I 0.002 0.001 0.132 0.824 0.026 0.015 20 E 0.002 0.001 0.172 0.797 0.021 0.007 21 E 0.003 0.001 0.260 0.665 0.063 0.008 22 M 0.006 0.005 0.122 0.664 0.130 0.074 23 L 0.004 0.009 0.024 0.764 0.084 0.115 24 D 0.007 0.006 0.018 0.362 0.192 0.415 25 P 0.001 0.001 0.070 0.834 0.066 0.030 26 Y 0.010 0.003 0.149 0.645 0.158 0.035 27 L 0.011 0.004 0.071 0.797 0.102 0.014 28 Q 0.020 0.002 0.041 0.801 0.090 0.044 29 K 0.016 0.002 0.026 0.748 0.108 0.100 30 G 0.083 0.003 0.035 0.330 0.249 0.300 31 L 0.255 0.009 0.018 0.101 0.166 0.451 32 F 0.570 0.019 0.019 0.110 0.083 0.200 33 L 0.598 0.021 0.019 0.075 0.082 0.205 34 D 0.504 0.016 0.015 0.040 0.164 0.261 35 L 0.197 0.011 0.141 0.105 0.391 0.155 36 E 0.098 0.008 0.116 0.094 0.587 0.097 37 S 0.037 0.005 0.109 0.076 0.688 0.085 38 G 0.041 0.010 0.034 0.035 0.607 0.272 39 R 0.112 0.047 0.029 0.072 0.279 0.461 40 K 0.103 0.051 0.016 0.086 0.182 0.562 41 S 0.060 0.013 0.009 0.147 0.144 0.626 42 E 0.005 0.001 0.022 0.919 0.023 0.029 43 E 0.007 0.001 0.023 0.943 0.018 0.009 44 E 0.009 0.001 0.023 0.933 0.025 0.009 45 F 0.016 0.002 0.011 0.927 0.022 0.022 46 R 0.014 0.002 0.008 0.945 0.013 0.018 47 T 0.010 0.001 0.010 0.939 0.017 0.022 48 E 0.009 0.001 0.010 0.929 0.019 0.032 49 L 0.012 0.003 0.018 0.917 0.024 0.026 50 S 0.023 0.003 0.034 0.822 0.056 0.063 51 R 0.025 0.001 0.046 0.777 0.079 0.073 52 Y 0.056 0.006 0.037 0.675 0.141 0.086 53 I 0.048 0.006 0.021 0.646 0.162 0.117 54 G 0.042 0.005 0.022 0.356 0.326 0.249 55 K 0.083 0.005 0.038 0.350 0.282 0.242 56 E 0.196 0.012 0.034 0.385 0.156 0.217 57 L 0.225 0.019 0.025 0.409 0.121 0.202 58 T 0.169 0.012 0.011 0.409 0.056 0.343 59 Y 0.045 0.001 0.009 0.899 0.012 0.034 60 Q 0.031 0.001 0.010 0.933 0.011 0.015 61 Q 0.036 0.001 0.011 0.920 0.014 0.017 62 V 0.015 0.001 0.006 0.956 0.008 0.013 63 Y 0.006 0.001 0.005 0.975 0.007 0.006 64 D 0.005 0.001 0.009 0.962 0.016 0.008 65 A 0.003 0.001 0.009 0.965 0.014 0.008 66 L 0.003 0.001 0.012 0.960 0.014 0.010 67 L 0.003 0.001 0.026 0.936 0.022 0.013 68 G 0.005 0.001 0.051 0.846 0.045 0.052 69 F 0.020 0.004 0.076 0.609 0.108 0.183 70 L 0.054 0.013 0.056 0.429 0.173 0.274 71 E 0.076 0.011 0.031 0.344 0.207 0.331 72 E 0.063 0.006 0.030 0.358 0.200 0.343