# TARGET T0379 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.007 0.026 0.480 0.004 0.054 0.135 0.002 0.001 0.006 0.099 0.103 0.018 0.065 2 L 0.004 0.042 0.465 0.004 0.044 0.126 0.001 0.001 0.004 0.125 0.129 0.025 0.030 3 N 0.002 0.015 0.575 0.002 0.029 0.090 0.001 0.001 0.001 0.140 0.118 0.010 0.018 4 R 0.001 0.006 0.334 0.001 0.065 0.328 0.001 0.001 0.001 0.124 0.123 0.005 0.011 5 E 0.001 0.003 0.102 0.001 0.076 0.685 0.001 0.001 0.001 0.039 0.084 0.003 0.006 6 E 0.002 0.003 0.077 0.001 0.080 0.708 0.001 0.001 0.001 0.044 0.067 0.009 0.006 7 S 0.004 0.007 0.095 0.001 0.055 0.740 0.001 0.001 0.003 0.021 0.044 0.007 0.021 8 I 0.011 0.009 0.062 0.005 0.042 0.772 0.001 0.001 0.005 0.022 0.032 0.012 0.026 9 R 0.013 0.004 0.055 0.009 0.032 0.749 0.002 0.002 0.005 0.030 0.050 0.029 0.019 10 R 0.013 0.006 0.087 0.012 0.036 0.644 0.004 0.004 0.016 0.037 0.064 0.019 0.059 11 F 0.020 0.011 0.113 0.006 0.053 0.589 0.005 0.006 0.026 0.040 0.045 0.032 0.055 12 K 0.020 0.008 0.131 0.024 0.071 0.485 0.005 0.006 0.023 0.088 0.074 0.040 0.026 13 A 0.046 0.012 0.113 0.007 0.065 0.401 0.012 0.014 0.072 0.032 0.066 0.043 0.117 14 I 0.024 0.014 0.134 0.023 0.047 0.219 0.010 0.012 0.044 0.055 0.341 0.035 0.041 15 G 0.011 0.011 0.320 0.004 0.017 0.065 0.006 0.005 0.041 0.076 0.370 0.047 0.028 16 V 0.008 0.021 0.474 0.008 0.035 0.059 0.005 0.006 0.086 0.084 0.070 0.010 0.132 17 A 0.006 0.018 0.250 0.007 0.017 0.048 0.003 0.003 0.085 0.168 0.025 0.349 0.021 18 D 0.003 0.041 0.384 0.003 0.032 0.124 0.002 0.003 0.061 0.077 0.020 0.006 0.245 19 I 0.001 0.004 0.032 0.001 0.160 0.760 0.001 0.001 0.006 0.005 0.025 0.002 0.004 20 E 0.001 0.001 0.009 0.001 0.202 0.742 0.001 0.001 0.002 0.007 0.033 0.001 0.002 21 E 0.001 0.001 0.015 0.001 0.267 0.640 0.001 0.001 0.002 0.014 0.057 0.001 0.002 22 M 0.001 0.008 0.035 0.001 0.134 0.659 0.001 0.001 0.005 0.018 0.132 0.001 0.005 23 L 0.001 0.027 0.137 0.002 0.030 0.532 0.001 0.001 0.006 0.107 0.150 0.003 0.005 24 D 0.001 0.006 0.417 0.001 0.019 0.332 0.001 0.001 0.001 0.180 0.039 0.002 0.002 25 P 0.001 0.001 0.033 0.001 0.093 0.622 0.001 0.001 0.001 0.026 0.224 0.001 0.001 26 Y 0.001 0.003 0.032 0.001 0.142 0.577 0.001 0.001 0.001 0.022 0.220 0.001 0.001 27 L 0.001 0.008 0.091 0.001 0.140 0.624 0.001 0.001 0.003 0.034 0.092 0.002 0.004 28 Q 0.002 0.010 0.143 0.004 0.088 0.506 0.001 0.001 0.005 0.058 0.167 0.008 0.007 29 K 0.002 0.003 0.062 0.004 0.057 0.196 0.001 0.001 0.004 0.076 0.583 0.006 0.006 30 G 0.005 0.005 0.160 0.005 0.046 0.073 0.001 0.001 0.005 0.088 0.584 0.008 0.018 31 L 0.017 0.025 0.454 0.005 0.032 0.100 0.007 0.004 0.029 0.108 0.097 0.048 0.075 32 F 0.047 0.044 0.286 0.016 0.029 0.096 0.019 0.010 0.080 0.057 0.059 0.072 0.185 33 L 0.076 0.017 0.232 0.017 0.019 0.072 0.022 0.010 0.055 0.079 0.035 0.266 0.100 34 D 0.045 0.026 0.351 0.007 0.017 0.071 0.011 0.009 0.051 0.047 0.029 0.062 0.273 35 L 0.020 0.019 0.303 0.011 0.122 0.201 0.005 0.005 0.033 0.048 0.093 0.037 0.102 36 E 0.014 0.011 0.185 0.010 0.135 0.186 0.004 0.002 0.012 0.087 0.264 0.048 0.043 37 S 0.002 0.004 0.077 0.007 0.124 0.109 0.001 0.001 0.002 0.085 0.566 0.009 0.014 38 G 0.001 0.008 0.216 0.004 0.045 0.051 0.001 0.001 0.002 0.281 0.368 0.011 0.012 39 R 0.001 0.017 0.650 0.002 0.009 0.023 0.001 0.001 0.003 0.187 0.061 0.015 0.031 40 K 0.002 0.064 0.573 0.001 0.008 0.041 0.001 0.001 0.004 0.192 0.051 0.020 0.042 41 S 0.001 0.020 0.789 0.001 0.008 0.049 0.001 0.001 0.002 0.079 0.022 0.006 0.021 42 E 0.001 0.003 0.105 0.001 0.096 0.707 0.001 0.001 0.001 0.028 0.051 0.002 0.006 43 E 0.001 0.001 0.018 0.001 0.069 0.864 0.001 0.001 0.001 0.010 0.032 0.002 0.001 44 E 0.001 0.002 0.017 0.001 0.061 0.881 0.001 0.001 0.001 0.008 0.023 0.002 0.004 45 F 0.002 0.004 0.038 0.001 0.023 0.880 0.001 0.001 0.001 0.012 0.026 0.004 0.007 46 R 0.003 0.004 0.049 0.004 0.018 0.865 0.001 0.001 0.002 0.014 0.027 0.005 0.007 47 T 0.003 0.001 0.033 0.001 0.016 0.884 0.001 0.001 0.001 0.017 0.031 0.005 0.007 48 E 0.004 0.002 0.040 0.001 0.015 0.879 0.001 0.001 0.001 0.014 0.030 0.004 0.010 49 L 0.003 0.005 0.044 0.001 0.018 0.876 0.001 0.001 0.002 0.011 0.027 0.006 0.008 50 S 0.006 0.003 0.041 0.007 0.036 0.814 0.001 0.001 0.002 0.021 0.046 0.008 0.015 51 R 0.011 0.002 0.027 0.003 0.045 0.782 0.001 0.001 0.002 0.028 0.066 0.019 0.012 52 Y 0.014 0.007 0.037 0.001 0.041 0.727 0.002 0.002 0.007 0.025 0.093 0.012 0.032 53 I 0.006 0.013 0.084 0.005 0.017 0.531 0.003 0.002 0.010 0.056 0.233 0.023 0.018 54 G 0.005 0.006 0.184 0.010 0.029 0.256 0.001 0.001 0.003 0.089 0.385 0.010 0.022 55 K 0.013 0.007 0.205 0.008 0.038 0.320 0.002 0.001 0.007 0.183 0.144 0.042 0.029 56 E 0.020 0.016 0.218 0.003 0.049 0.352 0.004 0.001 0.012 0.074 0.085 0.019 0.146 57 L 0.023 0.020 0.301 0.007 0.020 0.376 0.009 0.003 0.013 0.070 0.051 0.063 0.044 58 T 0.017 0.024 0.345 0.004 0.013 0.389 0.005 0.003 0.014 0.043 0.034 0.038 0.070 59 Y 0.006 0.002 0.036 0.002 0.016 0.876 0.002 0.001 0.004 0.015 0.014 0.005 0.021 60 Q 0.002 0.001 0.008 0.002 0.007 0.960 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.005 0.001 61 Q 0.003 0.001 0.009 0.001 0.008 0.941 0.001 0.001 0.004 0.005 0.007 0.003 0.014 62 V 0.005 0.001 0.009 0.001 0.004 0.953 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.003 0.006 63 Y 0.002 0.001 0.007 0.001 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.002 64 D 0.002 0.001 0.007 0.001 0.008 0.964 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.002 0.003 65 A 0.004 0.001 0.011 0.001 0.017 0.931 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.003 0.006 66 L 0.004 0.002 0.015 0.001 0.021 0.910 0.001 0.001 0.001 0.006 0.033 0.002 0.004 67 L 0.004 0.002 0.014 0.002 0.028 0.842 0.001 0.001 0.002 0.009 0.086 0.003 0.005 68 G 0.008 0.002 0.032 0.002 0.042 0.658 0.001 0.001 0.001 0.031 0.201 0.015 0.007 69 F 0.013 0.004 0.102 0.001 0.062 0.602 0.002 0.001 0.005 0.033 0.142 0.007 0.027 70 L 0.008 0.017 0.295 0.002 0.050 0.371 0.003 0.001 0.010 0.090 0.095 0.017 0.040 71 E 0.004 0.014 0.421 0.008 0.046 0.203 0.002 0.001 0.007 0.114 0.112 0.031 0.038 72 E 0.001 0.007 0.654 0.006 0.024 0.093 0.001 0.001 0.005 0.118 0.049 0.012 0.030