# TARGET T0379 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.225 0.111 0.067 0.134 0.103 0.096 0.113 0.062 0.050 0.027 0.013 2 L 0.057 0.032 0.023 0.041 0.052 0.072 0.165 0.170 0.164 0.138 0.087 3 N 0.159 0.398 0.101 0.140 0.081 0.048 0.034 0.017 0.011 0.007 0.003 4 R 0.145 0.170 0.075 0.157 0.149 0.123 0.090 0.045 0.027 0.014 0.005 5 E 0.651 0.116 0.058 0.079 0.044 0.024 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 6 E 0.184 0.135 0.223 0.256 0.113 0.048 0.028 0.008 0.003 0.001 0.001 7 S 0.039 0.048 0.068 0.093 0.082 0.118 0.213 0.151 0.103 0.057 0.027 8 I 0.013 0.013 0.064 0.084 0.122 0.195 0.219 0.132 0.086 0.050 0.022 9 R 0.028 0.067 0.607 0.148 0.072 0.038 0.025 0.008 0.004 0.002 0.001 10 R 0.015 0.045 0.185 0.230 0.177 0.147 0.119 0.042 0.023 0.012 0.005 11 F 0.018 0.013 0.035 0.025 0.032 0.048 0.142 0.163 0.206 0.187 0.130 12 K 0.057 0.082 0.262 0.239 0.165 0.101 0.061 0.019 0.009 0.004 0.002 13 A 0.049 0.064 0.455 0.125 0.082 0.067 0.076 0.034 0.025 0.014 0.007 14 I 0.033 0.050 0.063 0.090 0.109 0.119 0.191 0.124 0.103 0.076 0.043 15 G 0.177 0.188 0.093 0.100 0.076 0.075 0.103 0.064 0.058 0.042 0.025 16 V 0.070 0.066 0.081 0.126 0.118 0.121 0.143 0.085 0.084 0.060 0.046 17 A 0.211 0.115 0.123 0.101 0.096 0.091 0.122 0.060 0.042 0.024 0.015 18 D 0.128 0.252 0.122 0.250 0.128 0.060 0.033 0.013 0.007 0.005 0.003 19 I 0.046 0.047 0.043 0.053 0.065 0.097 0.156 0.128 0.157 0.127 0.081 20 E 0.318 0.111 0.160 0.159 0.110 0.066 0.048 0.015 0.009 0.003 0.001 21 E 0.088 0.120 0.307 0.251 0.108 0.057 0.045 0.014 0.006 0.002 0.001 22 M 0.034 0.031 0.059 0.073 0.080 0.120 0.185 0.135 0.117 0.100 0.066 23 L 0.022 0.019 0.047 0.050 0.060 0.099 0.188 0.149 0.150 0.123 0.092 24 D 0.035 0.141 0.272 0.195 0.135 0.086 0.071 0.032 0.019 0.010 0.004 25 P 0.252 0.146 0.166 0.171 0.101 0.069 0.049 0.020 0.013 0.008 0.004 26 Y 0.103 0.058 0.050 0.082 0.091 0.096 0.181 0.120 0.105 0.073 0.042 27 L 0.016 0.017 0.028 0.053 0.060 0.085 0.167 0.151 0.172 0.138 0.113 28 Q 0.039 0.078 0.208 0.196 0.156 0.125 0.099 0.046 0.030 0.014 0.007 29 K 0.104 0.106 0.196 0.213 0.132 0.101 0.082 0.036 0.019 0.008 0.003 30 G 0.160 0.087 0.067 0.113 0.106 0.112 0.121 0.087 0.070 0.049 0.028 31 L 0.021 0.040 0.041 0.087 0.093 0.107 0.171 0.135 0.136 0.105 0.064 32 F 0.019 0.030 0.051 0.093 0.097 0.107 0.170 0.140 0.130 0.095 0.069 33 L 0.012 0.020 0.050 0.062 0.086 0.105 0.193 0.148 0.149 0.107 0.067 34 D 0.059 0.162 0.112 0.257 0.175 0.095 0.077 0.031 0.019 0.009 0.005 35 L 0.015 0.013 0.011 0.028 0.037 0.058 0.127 0.148 0.208 0.198 0.157 36 E 0.329 0.223 0.138 0.149 0.079 0.039 0.026 0.008 0.005 0.002 0.001 37 S 0.180 0.187 0.081 0.149 0.114 0.080 0.110 0.047 0.030 0.016 0.006 38 G 0.430 0.134 0.048 0.095 0.069 0.057 0.062 0.035 0.030 0.024 0.016 39 R 0.154 0.158 0.089 0.176 0.137 0.100 0.103 0.041 0.025 0.012 0.006 40 K 0.258 0.235 0.146 0.139 0.089 0.056 0.044 0.018 0.009 0.005 0.002 41 S 0.212 0.314 0.085 0.136 0.081 0.065 0.053 0.025 0.015 0.009 0.005 42 E 0.262 0.147 0.095 0.157 0.135 0.095 0.071 0.022 0.011 0.004 0.001 43 E 0.617 0.120 0.154 0.072 0.022 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 44 E 0.057 0.070 0.236 0.302 0.161 0.096 0.056 0.015 0.005 0.002 0.001 45 F 0.010 0.009 0.035 0.023 0.034 0.086 0.232 0.218 0.173 0.125 0.056 46 R 0.007 0.028 0.253 0.211 0.186 0.157 0.103 0.033 0.015 0.005 0.002 47 T 0.016 0.050 0.699 0.123 0.059 0.029 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 48 E 0.073 0.088 0.232 0.193 0.148 0.119 0.096 0.028 0.013 0.007 0.003 49 L 0.017 0.018 0.084 0.035 0.038 0.056 0.183 0.154 0.190 0.144 0.081 50 S 0.045 0.063 0.235 0.166 0.155 0.134 0.118 0.046 0.024 0.011 0.005 51 R 0.047 0.091 0.510 0.207 0.087 0.035 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 52 Y 0.025 0.047 0.096 0.075 0.111 0.153 0.217 0.112 0.088 0.050 0.026 53 I 0.033 0.039 0.047 0.070 0.071 0.087 0.164 0.140 0.146 0.114 0.089 54 G 0.230 0.162 0.114 0.122 0.112 0.083 0.088 0.040 0.027 0.015 0.008 55 K 0.187 0.166 0.195 0.207 0.111 0.066 0.041 0.015 0.008 0.004 0.002 56 E 0.333 0.180 0.107 0.148 0.092 0.061 0.046 0.015 0.010 0.005 0.003 57 L 0.031 0.022 0.025 0.046 0.054 0.083 0.162 0.157 0.175 0.140 0.106 58 T 0.089 0.232 0.129 0.166 0.121 0.093 0.089 0.037 0.023 0.013 0.007 59 Y 0.018 0.023 0.035 0.063 0.084 0.131 0.220 0.156 0.134 0.086 0.050 60 Q 0.124 0.105 0.131 0.206 0.167 0.119 0.084 0.030 0.019 0.010 0.005 61 Q 0.046 0.075 0.134 0.265 0.179 0.117 0.099 0.042 0.024 0.012 0.007 62 V 0.009 0.013 0.043 0.034 0.031 0.042 0.114 0.144 0.211 0.206 0.153 63 Y 0.006 0.009 0.056 0.056 0.079 0.134 0.257 0.161 0.128 0.074 0.041 64 D 0.024 0.047 0.475 0.223 0.114 0.060 0.034 0.012 0.007 0.003 0.002 65 A 0.010 0.022 0.103 0.093 0.114 0.167 0.233 0.106 0.075 0.048 0.028 66 L 0.015 0.011 0.039 0.028 0.020 0.026 0.088 0.134 0.234 0.235 0.171 67 L 0.009 0.015 0.066 0.068 0.084 0.133 0.223 0.139 0.123 0.088 0.052 68 G 0.029 0.072 0.397 0.156 0.114 0.083 0.070 0.034 0.024 0.014 0.008 69 F 0.024 0.032 0.050 0.060 0.077 0.113 0.211 0.139 0.128 0.102 0.063 70 L 0.041 0.036 0.040 0.056 0.057 0.071 0.145 0.137 0.173 0.145 0.097 71 E 0.190 0.157 0.157 0.171 0.122 0.084 0.062 0.026 0.018 0.009 0.004 72 E 0.389 0.171 0.109 0.127 0.073 0.049 0.040 0.019 0.012 0.007 0.004