# TARGET T0379 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.117 0.040 0.007 0.028 0.024 0.034 0.074 0.006 0.001 0.005 0.666 2 L 0.093 0.040 0.018 0.039 0.025 0.048 0.098 0.003 0.001 0.008 0.627 3 N 0.066 0.025 0.004 0.029 0.032 0.046 0.280 0.003 0.001 0.006 0.508 4 R 0.060 0.019 0.006 0.010 0.005 0.009 0.070 0.001 0.001 0.004 0.816 5 E 0.039 0.054 0.003 0.015 0.009 0.021 0.196 0.001 0.001 0.007 0.654 6 E 0.080 0.066 0.002 0.011 0.013 0.025 0.368 0.003 0.001 0.020 0.414 7 S 0.118 0.408 0.003 0.010 0.011 0.015 0.100 0.004 0.001 0.004 0.327 8 I 0.067 0.710 0.002 0.007 0.012 0.014 0.020 0.005 0.001 0.003 0.160 9 R 0.058 0.701 0.004 0.003 0.009 0.017 0.037 0.004 0.001 0.004 0.164 10 R 0.093 0.625 0.006 0.004 0.008 0.020 0.027 0.016 0.001 0.002 0.199 11 F 0.103 0.761 0.010 0.008 0.009 0.014 0.007 0.011 0.001 0.001 0.077 12 K 0.037 0.742 0.006 0.013 0.022 0.025 0.016 0.014 0.001 0.001 0.123 13 A 0.074 0.631 0.008 0.012 0.015 0.032 0.017 0.029 0.001 0.001 0.181 14 I 0.129 0.578 0.011 0.037 0.027 0.040 0.020 0.043 0.001 0.002 0.114 15 G 0.166 0.338 0.032 0.020 0.019 0.023 0.094 0.023 0.001 0.005 0.281 16 V 0.047 0.145 0.169 0.028 0.009 0.020 0.045 0.004 0.001 0.002 0.530 17 A 0.014 0.108 0.006 0.098 0.025 0.051 0.140 0.004 0.001 0.002 0.551 18 D 0.097 0.092 0.003 0.014 0.006 0.009 0.169 0.003 0.001 0.006 0.601 19 I 0.063 0.461 0.006 0.011 0.005 0.008 0.048 0.002 0.001 0.002 0.394 20 E 0.022 0.630 0.002 0.013 0.011 0.017 0.064 0.002 0.001 0.003 0.236 21 E 0.128 0.497 0.001 0.003 0.005 0.012 0.141 0.015 0.001 0.010 0.188 22 M 0.246 0.658 0.004 0.002 0.002 0.003 0.005 0.033 0.001 0.001 0.046 23 L 0.201 0.697 0.023 0.002 0.001 0.001 0.005 0.028 0.001 0.002 0.040 24 D 0.103 0.424 0.074 0.006 0.006 0.008 0.039 0.032 0.001 0.002 0.305 25 P 0.002 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.981 26 Y 0.032 0.027 0.002 0.008 0.005 0.007 0.489 0.006 0.001 0.007 0.416 27 L 0.493 0.117 0.006 0.014 0.006 0.014 0.186 0.009 0.001 0.030 0.125 28 Q 0.065 0.806 0.003 0.016 0.006 0.008 0.020 0.005 0.001 0.001 0.070 29 K 0.085 0.610 0.003 0.011 0.005 0.009 0.017 0.006 0.001 0.003 0.251 30 G 0.297 0.372 0.006 0.022 0.019 0.021 0.025 0.036 0.001 0.006 0.197 31 L 0.190 0.381 0.104 0.039 0.026 0.031 0.044 0.021 0.001 0.005 0.158 32 F 0.031 0.290 0.041 0.088 0.087 0.136 0.056 0.013 0.001 0.003 0.254 33 L 0.040 0.177 0.006 0.155 0.149 0.218 0.041 0.007 0.001 0.003 0.204 34 D 0.076 0.163 0.006 0.044 0.047 0.074 0.084 0.007 0.001 0.003 0.495 35 L 0.069 0.197 0.014 0.129 0.092 0.132 0.064 0.008 0.001 0.006 0.288 36 E 0.050 0.140 0.007 0.059 0.046 0.090 0.212 0.007 0.001 0.012 0.377 37 S 0.117 0.097 0.007 0.028 0.033 0.051 0.199 0.012 0.001 0.015 0.442 38 G 0.278 0.111 0.013 0.022 0.015 0.020 0.120 0.018 0.001 0.014 0.388 39 R 0.238 0.085 0.055 0.011 0.007 0.013 0.174 0.006 0.001 0.020 0.391 40 K 0.056 0.063 0.032 0.017 0.017 0.027 0.131 0.004 0.001 0.005 0.648 41 S 0.062 0.064 0.004 0.013 0.014 0.020 0.102 0.003 0.001 0.003 0.715 42 E 0.050 0.098 0.003 0.008 0.008 0.011 0.067 0.002 0.001 0.004 0.749 43 E 0.053 0.165 0.002 0.005 0.010 0.019 0.236 0.003 0.001 0.012 0.494 44 E 0.130 0.256 0.004 0.007 0.010 0.022 0.319 0.010 0.001 0.016 0.225 45 F 0.132 0.685 0.004 0.009 0.009 0.012 0.023 0.009 0.001 0.003 0.115 46 R 0.058 0.805 0.006 0.005 0.006 0.011 0.016 0.007 0.001 0.003 0.085 47 T 0.057 0.617 0.007 0.004 0.008 0.011 0.017 0.017 0.001 0.001 0.259 48 E 0.104 0.598 0.009 0.006 0.008 0.010 0.021 0.020 0.001 0.002 0.223 49 L 0.083 0.622 0.022 0.007 0.014 0.022 0.057 0.017 0.001 0.005 0.149 50 S 0.048 0.645 0.010 0.015 0.025 0.038 0.049 0.013 0.001 0.003 0.155 51 R 0.072 0.600 0.005 0.012 0.016 0.023 0.036 0.020 0.001 0.003 0.213 52 Y 0.163 0.595 0.017 0.008 0.014 0.018 0.027 0.011 0.001 0.004 0.143 53 I 0.076 0.572 0.021 0.018 0.030 0.047 0.044 0.018 0.001 0.004 0.170 54 G 0.069 0.379 0.021 0.030 0.035 0.066 0.041 0.022 0.001 0.005 0.331 55 K 0.101 0.247 0.017 0.014 0.021 0.028 0.048 0.012 0.001 0.004 0.507 56 E 0.151 0.262 0.013 0.020 0.015 0.029 0.085 0.019 0.001 0.007 0.398 57 L 0.179 0.262 0.029 0.040 0.029 0.037 0.078 0.015 0.001 0.008 0.323 58 T 0.076 0.347 0.017 0.032 0.032 0.043 0.146 0.006 0.001 0.006 0.296 59 Y 0.044 0.320 0.009 0.020 0.020 0.038 0.073 0.004 0.001 0.003 0.468 60 Q 0.041 0.408 0.005 0.021 0.016 0.032 0.091 0.004 0.001 0.005 0.377 61 Q 0.055 0.380 0.006 0.010 0.013 0.023 0.189 0.008 0.001 0.009 0.307 62 V 0.053 0.697 0.009 0.008 0.012 0.019 0.046 0.005 0.001 0.003 0.148 63 Y 0.019 0.855 0.002 0.008 0.008 0.016 0.015 0.004 0.001 0.001 0.073 64 D 0.018 0.804 0.001 0.002 0.004 0.006 0.010 0.007 0.001 0.001 0.146 65 A 0.041 0.867 0.003 0.001 0.003 0.004 0.007 0.009 0.001 0.001 0.065 66 L 0.034 0.897 0.007 0.001 0.003 0.005 0.009 0.009 0.001 0.001 0.032 67 L 0.027 0.867 0.008 0.004 0.007 0.010 0.007 0.014 0.001 0.001 0.054 68 G 0.052 0.785 0.007 0.005 0.007 0.008 0.007 0.025 0.001 0.001 0.103 69 F 0.164 0.649 0.039 0.003 0.004 0.006 0.009 0.010 0.001 0.001 0.114 70 L 0.052 0.624 0.028 0.021 0.022 0.032 0.023 0.021 0.001 0.001 0.174 71 E 0.053 0.336 0.013 0.031 0.023 0.040 0.028 0.019 0.001 0.003 0.454 72 E 0.099 0.308 0.013 0.012 0.015 0.027 0.052 0.011 0.001 0.003 0.461