# TARGET T0379 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.013 0.002 0.004 0.019 0.010 0.012 0.939 2 L 0.039 0.033 0.013 0.106 0.021 0.049 0.740 3 N 0.035 0.016 0.016 0.131 0.091 0.062 0.649 4 R 0.021 0.005 0.042 0.457 0.111 0.104 0.261 5 E 0.010 0.002 0.034 0.811 0.032 0.046 0.065 6 E 0.013 0.002 0.032 0.821 0.032 0.035 0.065 7 S 0.021 0.004 0.025 0.831 0.013 0.025 0.080 8 I 0.034 0.004 0.025 0.852 0.013 0.022 0.050 9 R 0.055 0.003 0.026 0.817 0.020 0.043 0.036 10 R 0.061 0.003 0.018 0.811 0.019 0.052 0.037 11 F 0.098 0.006 0.020 0.726 0.032 0.040 0.077 12 K 0.135 0.006 0.024 0.649 0.044 0.066 0.076 13 A 0.151 0.008 0.031 0.625 0.038 0.095 0.052 14 I 0.153 0.015 0.028 0.399 0.076 0.197 0.132 15 G 0.142 0.012 0.019 0.100 0.151 0.332 0.243 16 V 0.197 0.022 0.046 0.108 0.102 0.072 0.452 17 A 0.256 0.040 0.037 0.102 0.192 0.040 0.334 18 D 0.160 0.074 0.030 0.094 0.081 0.034 0.527 19 I 0.004 0.001 0.191 0.746 0.004 0.031 0.023 20 E 0.002 0.001 0.298 0.664 0.005 0.022 0.009 21 E 0.002 0.001 0.356 0.590 0.004 0.037 0.011 22 M 0.004 0.004 0.183 0.688 0.013 0.085 0.023 23 L 0.006 0.007 0.048 0.628 0.086 0.144 0.082 24 D 0.003 0.002 0.038 0.452 0.133 0.096 0.276 25 P 0.001 0.001 0.081 0.662 0.023 0.198 0.034 26 Y 0.005 0.002 0.117 0.638 0.024 0.189 0.024 27 L 0.017 0.019 0.107 0.625 0.046 0.088 0.098 28 Q 0.026 0.010 0.074 0.614 0.042 0.131 0.103 29 K 0.017 0.004 0.040 0.349 0.067 0.474 0.049 30 G 0.028 0.004 0.037 0.085 0.116 0.567 0.163 31 L 0.196 0.012 0.035 0.062 0.203 0.112 0.382 32 F 0.511 0.041 0.021 0.051 0.081 0.039 0.255 33 L 0.596 0.048 0.014 0.043 0.070 0.023 0.206 34 D 0.410 0.026 0.013 0.030 0.048 0.020 0.454 35 L 0.124 0.009 0.163 0.176 0.081 0.246 0.201 36 E 0.060 0.010 0.154 0.147 0.081 0.414 0.133 37 S 0.031 0.010 0.146 0.087 0.111 0.493 0.122 38 G 0.035 0.008 0.042 0.043 0.201 0.394 0.276 39 R 0.065 0.027 0.024 0.044 0.198 0.098 0.544 40 K 0.073 0.056 0.021 0.077 0.168 0.070 0.534 41 S 0.058 0.031 0.017 0.135 0.111 0.048 0.599 42 E 0.018 0.003 0.048 0.755 0.027 0.041 0.107 43 E 0.009 0.001 0.042 0.876 0.017 0.027 0.028 44 E 0.009 0.002 0.038 0.894 0.006 0.023 0.027 45 F 0.011 0.002 0.020 0.907 0.005 0.024 0.031 46 R 0.017 0.002 0.012 0.916 0.009 0.018 0.026 47 T 0.010 0.001 0.007 0.941 0.011 0.018 0.012 48 E 0.007 0.001 0.004 0.942 0.008 0.020 0.017 49 L 0.010 0.002 0.005 0.926 0.009 0.021 0.026 50 S 0.014 0.002 0.012 0.894 0.014 0.033 0.030 51 R 0.013 0.001 0.026 0.858 0.018 0.063 0.021 52 Y 0.018 0.002 0.026 0.801 0.025 0.096 0.032 53 I 0.040 0.012 0.023 0.583 0.053 0.213 0.076 54 G 0.050 0.005 0.035 0.222 0.156 0.287 0.245 55 K 0.093 0.005 0.046 0.252 0.196 0.163 0.243 56 E 0.168 0.019 0.036 0.353 0.079 0.126 0.219 57 L 0.199 0.020 0.011 0.285 0.077 0.030 0.378 58 T 0.189 0.020 0.008 0.326 0.039 0.033 0.385 59 Y 0.075 0.003 0.012 0.765 0.024 0.029 0.091 60 Q 0.033 0.001 0.010 0.897 0.016 0.014 0.028 61 Q 0.032 0.002 0.011 0.909 0.009 0.010 0.026 62 V 0.016 0.001 0.008 0.938 0.004 0.011 0.022 63 Y 0.009 0.001 0.006 0.963 0.004 0.008 0.010 64 D 0.005 0.001 0.008 0.968 0.004 0.011 0.004 65 A 0.005 0.001 0.012 0.955 0.002 0.021 0.004 66 L 0.006 0.001 0.010 0.951 0.002 0.025 0.005 67 L 0.008 0.001 0.024 0.899 0.003 0.058 0.007 68 G 0.014 0.001 0.037 0.711 0.016 0.203 0.018 69 F 0.029 0.005 0.071 0.571 0.044 0.206 0.074 70 L 0.055 0.034 0.048 0.418 0.101 0.193 0.152 71 E 0.040 0.019 0.038 0.247 0.022 0.215 0.419 72 E 0.003 0.001 0.002 0.013 0.006 0.005 0.970