# TARGET T0379 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.386 0.128 0.150 0.163 0.030 0.036 0.064 0.008 0.030 0.004 0.001 2 L 0.400 0.156 0.244 0.130 0.018 0.027 0.009 0.001 0.012 0.002 0.001 3 N 0.167 0.093 0.247 0.151 0.044 0.152 0.079 0.009 0.051 0.007 0.001 4 R 0.670 0.060 0.081 0.129 0.013 0.016 0.014 0.003 0.011 0.002 0.001 5 E 0.817 0.030 0.078 0.054 0.004 0.006 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 6 E 0.846 0.025 0.045 0.058 0.008 0.004 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 7 S 0.851 0.022 0.051 0.038 0.013 0.006 0.006 0.004 0.003 0.005 0.001 8 I 0.921 0.020 0.025 0.023 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 9 R 0.932 0.022 0.016 0.020 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.875 0.040 0.025 0.042 0.005 0.005 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 11 F 0.674 0.097 0.077 0.103 0.010 0.015 0.009 0.002 0.012 0.001 0.001 12 K 0.686 0.134 0.087 0.029 0.016 0.016 0.017 0.001 0.013 0.001 0.001 13 A 0.731 0.081 0.092 0.042 0.012 0.024 0.006 0.002 0.007 0.002 0.001 14 I 0.380 0.074 0.057 0.458 0.012 0.005 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 15 G 0.085 0.037 0.110 0.031 0.178 0.015 0.116 0.327 0.009 0.091 0.001 16 V 0.426 0.252 0.122 0.127 0.022 0.032 0.003 0.001 0.013 0.002 0.001 17 A 0.493 0.128 0.146 0.124 0.067 0.014 0.008 0.004 0.007 0.008 0.001 18 D 0.129 0.085 0.346 0.033 0.071 0.204 0.014 0.002 0.112 0.002 0.002 19 I 0.954 0.003 0.003 0.033 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.979 0.002 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 E 0.906 0.004 0.007 0.075 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 22 M 0.771 0.009 0.027 0.169 0.003 0.006 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 23 L 0.593 0.041 0.097 0.231 0.006 0.016 0.006 0.002 0.006 0.002 0.001 24 D 0.365 0.074 0.356 0.013 0.032 0.030 0.025 0.004 0.071 0.029 0.001 25 P 0.965 0.001 0.016 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 26 Y 0.872 0.003 0.008 0.105 0.001 0.002 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 27 L 0.752 0.025 0.073 0.109 0.004 0.023 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 28 Q 0.750 0.046 0.058 0.089 0.008 0.013 0.024 0.003 0.007 0.002 0.001 29 K 0.408 0.064 0.123 0.353 0.016 0.008 0.016 0.004 0.007 0.001 0.001 30 G 0.117 0.015 0.059 0.034 0.078 0.003 0.117 0.463 0.004 0.110 0.001 31 L 0.321 0.279 0.244 0.077 0.036 0.026 0.003 0.001 0.009 0.002 0.001 32 F 0.124 0.398 0.225 0.073 0.044 0.070 0.020 0.003 0.038 0.004 0.001 33 L 0.158 0.460 0.231 0.060 0.038 0.026 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 34 D 0.051 0.132 0.483 0.013 0.023 0.224 0.009 0.001 0.062 0.001 0.001 35 L 0.830 0.041 0.042 0.061 0.006 0.013 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 36 E 0.804 0.029 0.048 0.098 0.005 0.006 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 37 S 0.370 0.031 0.097 0.460 0.018 0.003 0.010 0.003 0.005 0.002 0.001 38 G 0.087 0.003 0.043 0.030 0.024 0.002 0.098 0.557 0.002 0.153 0.001 39 R 0.271 0.126 0.418 0.107 0.017 0.036 0.007 0.002 0.010 0.002 0.002 40 K 0.212 0.195 0.414 0.095 0.023 0.026 0.016 0.004 0.012 0.003 0.001 41 S 0.133 0.157 0.437 0.046 0.134 0.035 0.013 0.008 0.017 0.018 0.001 42 E 0.819 0.039 0.061 0.042 0.014 0.008 0.005 0.003 0.005 0.003 0.001 43 E 0.898 0.018 0.030 0.039 0.005 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 44 E 0.866 0.019 0.032 0.069 0.004 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 45 F 0.667 0.045 0.076 0.158 0.012 0.015 0.014 0.003 0.008 0.002 0.001 46 R 0.721 0.073 0.073 0.072 0.011 0.021 0.016 0.002 0.009 0.002 0.001 47 T 0.787 0.068 0.076 0.039 0.016 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 48 E 0.843 0.032 0.057 0.034 0.006 0.012 0.005 0.002 0.007 0.001 0.001 49 L 0.869 0.028 0.042 0.044 0.002 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 50 S 0.880 0.026 0.037 0.034 0.008 0.005 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 51 R 0.856 0.038 0.035 0.052 0.008 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 52 Y 0.732 0.066 0.060 0.101 0.008 0.013 0.007 0.002 0.012 0.001 0.001 53 I 0.456 0.088 0.106 0.294 0.009 0.012 0.012 0.001 0.021 0.001 0.001 54 G 0.166 0.010 0.070 0.044 0.046 0.005 0.118 0.371 0.002 0.167 0.001 55 K 0.508 0.116 0.225 0.085 0.028 0.018 0.007 0.003 0.006 0.003 0.001 56 E 0.459 0.103 0.242 0.125 0.009 0.035 0.010 0.003 0.014 0.001 0.001 57 L 0.262 0.224 0.367 0.055 0.022 0.042 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 58 T 0.366 0.312 0.172 0.060 0.051 0.017 0.005 0.002 0.010 0.005 0.001 59 Y 0.725 0.096 0.073 0.039 0.029 0.015 0.007 0.003 0.009 0.004 0.001 60 Q 0.894 0.030 0.032 0.024 0.005 0.007 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 61 Q 0.923 0.018 0.019 0.021 0.003 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 62 V 0.936 0.020 0.009 0.026 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 63 Y 0.945 0.016 0.012 0.015 0.003 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 64 D 0.959 0.004 0.006 0.019 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.952 0.008 0.006 0.027 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 L 0.933 0.011 0.010 0.039 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 L 0.851 0.017 0.032 0.087 0.003 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 68 G 0.749 0.005 0.017 0.054 0.017 0.001 0.043 0.087 0.001 0.024 0.001 69 F 0.759 0.019 0.049 0.143 0.005 0.012 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 70 L 0.572 0.103 0.137 0.136 0.009 0.023 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 71 E 0.506 0.097 0.186 0.126 0.021 0.028 0.015 0.004 0.013 0.005 0.001 72 E 0.535 0.099 0.152 0.099 0.042 0.012 0.025 0.013 0.012 0.010 0.001