# TARGET T0379 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.110 0.107 0.044 0.016 0.146 0.017 0.044 0.275 0.070 0.115 0.056 2 L 0.098 0.188 0.040 0.016 0.178 0.030 0.038 0.192 0.072 0.089 0.059 3 N 0.110 0.196 0.129 0.028 0.166 0.016 0.021 0.139 0.045 0.094 0.057 4 R 0.034 0.085 0.048 0.008 0.056 0.005 0.009 0.439 0.175 0.122 0.019 5 E 0.013 0.043 0.014 0.005 0.031 0.007 0.024 0.646 0.176 0.033 0.007 6 E 0.018 0.032 0.013 0.004 0.028 0.005 0.023 0.693 0.129 0.043 0.011 7 S 0.013 0.036 0.019 0.005 0.028 0.006 0.016 0.717 0.095 0.059 0.007 8 I 0.042 0.028 0.005 0.002 0.048 0.003 0.007 0.653 0.142 0.050 0.019 9 R 0.008 0.021 0.008 0.005 0.020 0.014 0.035 0.748 0.118 0.019 0.004 10 R 0.021 0.041 0.015 0.003 0.042 0.003 0.022 0.641 0.103 0.099 0.011 11 F 0.093 0.051 0.013 0.004 0.119 0.006 0.017 0.440 0.128 0.091 0.037 12 K 0.022 0.033 0.012 0.011 0.030 0.024 0.079 0.566 0.178 0.033 0.012 13 A 0.105 0.055 0.023 0.008 0.125 0.011 0.097 0.320 0.111 0.105 0.040 14 I 0.047 0.414 0.121 0.025 0.186 0.020 0.032 0.052 0.029 0.049 0.024 15 G 0.142 0.136 0.090 0.037 0.134 0.015 0.014 0.090 0.036 0.146 0.161 16 V 0.200 0.062 0.013 0.006 0.179 0.009 0.019 0.204 0.128 0.100 0.081 17 A 0.014 0.127 0.059 0.047 0.070 0.073 0.067 0.428 0.077 0.026 0.012 18 D 0.228 0.167 0.054 0.002 0.209 0.001 0.006 0.202 0.026 0.040 0.064 19 I 0.015 0.007 0.003 0.002 0.010 0.003 0.003 0.569 0.318 0.062 0.008 20 E 0.003 0.021 0.006 0.004 0.010 0.008 0.017 0.736 0.186 0.008 0.001 21 E 0.005 0.003 0.002 0.002 0.006 0.003 0.033 0.796 0.123 0.025 0.003 22 M 0.006 0.010 0.005 0.003 0.015 0.009 0.089 0.736 0.076 0.049 0.003 23 L 0.029 0.080 0.035 0.012 0.050 0.013 0.022 0.321 0.127 0.280 0.030 24 D 0.114 0.067 0.025 0.004 0.215 0.002 0.008 0.398 0.106 0.024 0.035 25 P 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.700 0.272 0.011 0.001 26 Y 0.002 0.006 0.002 0.001 0.006 0.002 0.043 0.683 0.146 0.108 0.002 27 L 0.034 0.020 0.006 0.002 0.021 0.004 0.029 0.580 0.194 0.094 0.016 28 Q 0.016 0.040 0.029 0.027 0.037 0.057 0.097 0.490 0.117 0.076 0.014 29 K 0.015 0.268 0.140 0.083 0.069 0.052 0.108 0.132 0.059 0.062 0.011 30 G 0.095 0.050 0.052 0.087 0.065 0.036 0.028 0.062 0.058 0.285 0.181 31 L 0.130 0.200 0.029 0.008 0.418 0.008 0.022 0.079 0.042 0.032 0.032 32 F 0.263 0.111 0.018 0.003 0.435 0.003 0.008 0.041 0.019 0.038 0.062 33 L 0.082 0.416 0.076 0.009 0.309 0.011 0.015 0.029 0.015 0.019 0.020 34 D 0.314 0.072 0.022 0.001 0.520 0.001 0.002 0.007 0.003 0.009 0.049 35 L 0.077 0.079 0.033 0.003 0.073 0.004 0.014 0.353 0.276 0.058 0.030 36 E 0.018 0.043 0.040 0.030 0.027 0.063 0.175 0.384 0.136 0.074 0.011 37 S 0.018 0.504 0.157 0.058 0.109 0.012 0.034 0.045 0.020 0.032 0.011 38 G 0.027 0.020 0.034 0.044 0.018 0.021 0.009 0.042 0.060 0.524 0.201 39 R 0.057 0.315 0.113 0.011 0.192 0.011 0.027 0.123 0.067 0.057 0.029 40 K 0.127 0.256 0.080 0.010 0.236 0.010 0.020 0.101 0.047 0.056 0.056 41 S 0.035 0.411 0.241 0.017 0.095 0.005 0.008 0.099 0.037 0.040 0.013 42 E 0.021 0.047 0.019 0.005 0.031 0.006 0.009 0.625 0.189 0.040 0.010 43 E 0.007 0.027 0.008 0.004 0.021 0.005 0.013 0.797 0.099 0.014 0.004 44 E 0.014 0.011 0.003 0.001 0.019 0.003 0.016 0.827 0.061 0.039 0.006 45 F 0.017 0.026 0.010 0.002 0.026 0.002 0.004 0.796 0.063 0.048 0.006 46 R 0.012 0.009 0.002 0.001 0.017 0.003 0.007 0.844 0.075 0.023 0.006 47 T 0.006 0.032 0.009 0.002 0.022 0.004 0.019 0.840 0.053 0.011 0.002 48 E 0.014 0.013 0.005 0.001 0.022 0.002 0.017 0.839 0.049 0.030 0.006 49 L 0.027 0.017 0.005 0.002 0.026 0.003 0.009 0.737 0.115 0.050 0.009 50 S 0.016 0.028 0.008 0.005 0.033 0.009 0.021 0.710 0.132 0.032 0.006 51 R 0.016 0.035 0.017 0.006 0.032 0.013 0.071 0.677 0.105 0.021 0.006 52 Y 0.031 0.020 0.015 0.013 0.029 0.020 0.093 0.605 0.084 0.073 0.017 53 I 0.045 0.116 0.044 0.048 0.071 0.049 0.086 0.328 0.090 0.095 0.027 54 G 0.030 0.065 0.056 0.131 0.034 0.054 0.021 0.181 0.118 0.260 0.049 55 K 0.025 0.174 0.083 0.019 0.089 0.020 0.042 0.366 0.118 0.053 0.012 56 E 0.125 0.136 0.028 0.005 0.190 0.010 0.045 0.290 0.062 0.063 0.046 57 L 0.157 0.159 0.026 0.007 0.272 0.010 0.020 0.161 0.049 0.067 0.073 58 T 0.054 0.273 0.126 0.012 0.118 0.009 0.015 0.311 0.036 0.031 0.016 59 Y 0.036 0.018 0.008 0.004 0.028 0.003 0.005 0.709 0.124 0.050 0.017 60 Q 0.005 0.035 0.008 0.003 0.023 0.007 0.012 0.839 0.058 0.006 0.002 61 Q 0.013 0.008 0.002 0.001 0.015 0.001 0.008 0.907 0.032 0.008 0.004 62 V 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.006 0.923 0.045 0.011 0.001 63 Y 0.004 0.008 0.002 0.001 0.006 0.001 0.004 0.902 0.060 0.010 0.002 64 D 0.002 0.006 0.001 0.001 0.006 0.003 0.012 0.911 0.051 0.005 0.001 65 A 0.003 0.007 0.005 0.002 0.005 0.003 0.026 0.879 0.058 0.010 0.002 66 L 0.007 0.005 0.003 0.004 0.005 0.006 0.025 0.834 0.070 0.037 0.004 67 L 0.012 0.067 0.012 0.013 0.027 0.017 0.043 0.637 0.132 0.034 0.007 68 G 0.012 0.016 0.013 0.026 0.012 0.026 0.039 0.620 0.127 0.087 0.021 69 F 0.013 0.026 0.014 0.007 0.030 0.012 0.054 0.629 0.151 0.059 0.006 70 L 0.086 0.047 0.013 0.005 0.073 0.006 0.025 0.466 0.156 0.081 0.041 71 E 0.028 0.106 0.039 0.019 0.066 0.028 0.066 0.399 0.168 0.067 0.014 72 E 0.068 0.101 0.040 0.010 0.116 0.018 0.071 0.340 0.122 0.081 0.032