# TARGET T0379 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.489 0.250 0.126 0.080 0.038 0.015 0.002 2 L 0.213 0.175 0.198 0.221 0.143 0.047 0.003 3 N 0.504 0.288 0.120 0.061 0.021 0.006 0.001 4 R 0.365 0.319 0.191 0.091 0.028 0.006 0.001 5 E 0.657 0.212 0.080 0.034 0.013 0.003 0.001 6 E 0.414 0.332 0.170 0.064 0.016 0.003 0.001 7 S 0.201 0.253 0.238 0.195 0.087 0.024 0.002 8 I 0.094 0.138 0.217 0.293 0.196 0.056 0.004 9 R 0.321 0.345 0.199 0.097 0.030 0.007 0.001 10 R 0.172 0.236 0.241 0.209 0.101 0.037 0.004 11 F 0.061 0.054 0.095 0.217 0.329 0.218 0.025 12 K 0.177 0.268 0.260 0.179 0.078 0.033 0.005 13 A 0.295 0.224 0.162 0.152 0.106 0.055 0.006 14 I 0.135 0.149 0.177 0.217 0.196 0.109 0.017 15 G 0.201 0.192 0.184 0.193 0.136 0.080 0.014 16 V 0.170 0.161 0.161 0.190 0.172 0.121 0.026 17 A 0.265 0.220 0.188 0.164 0.108 0.046 0.008 18 D 0.274 0.300 0.209 0.127 0.059 0.026 0.005 19 I 0.104 0.099 0.136 0.226 0.262 0.152 0.021 20 E 0.274 0.290 0.217 0.135 0.062 0.019 0.003 21 E 0.322 0.333 0.182 0.101 0.043 0.017 0.003 22 M 0.112 0.140 0.190 0.254 0.195 0.095 0.014 23 L 0.072 0.096 0.151 0.247 0.251 0.158 0.025 24 D 0.215 0.286 0.234 0.155 0.072 0.030 0.008 25 P 0.317 0.302 0.177 0.110 0.057 0.029 0.007 26 Y 0.129 0.148 0.172 0.208 0.195 0.126 0.022 27 L 0.119 0.111 0.148 0.221 0.224 0.150 0.026 28 Q 0.229 0.241 0.219 0.172 0.093 0.040 0.006 29 K 0.304 0.274 0.195 0.130 0.066 0.027 0.005 30 G 0.264 0.219 0.188 0.163 0.105 0.052 0.008 31 L 0.114 0.106 0.158 0.228 0.236 0.141 0.016 32 F 0.105 0.110 0.144 0.207 0.235 0.174 0.025 33 L 0.130 0.129 0.167 0.227 0.222 0.112 0.014 34 D 0.218 0.292 0.230 0.154 0.076 0.026 0.003 35 L 0.131 0.154 0.226 0.267 0.171 0.048 0.003 36 E 0.511 0.260 0.127 0.066 0.028 0.007 0.001 37 S 0.557 0.257 0.114 0.052 0.017 0.003 0.001 38 G 0.573 0.226 0.111 0.063 0.022 0.004 0.001 39 R 0.524 0.282 0.126 0.052 0.013 0.002 0.001 40 K 0.589 0.277 0.093 0.033 0.008 0.001 0.001 41 S 0.627 0.229 0.086 0.042 0.014 0.002 0.001 42 E 0.499 0.276 0.145 0.061 0.017 0.002 0.001 43 E 0.627 0.263 0.083 0.023 0.004 0.001 0.001 44 E 0.429 0.357 0.150 0.053 0.010 0.001 0.001 45 F 0.117 0.151 0.240 0.309 0.157 0.026 0.001 46 R 0.232 0.300 0.258 0.152 0.048 0.008 0.001 47 T 0.462 0.295 0.142 0.070 0.024 0.006 0.001 48 E 0.303 0.280 0.207 0.136 0.056 0.017 0.001 49 L 0.170 0.129 0.168 0.238 0.200 0.088 0.006 50 S 0.293 0.286 0.218 0.136 0.051 0.015 0.001 51 R 0.390 0.357 0.158 0.066 0.022 0.006 0.001 52 Y 0.266 0.197 0.188 0.185 0.118 0.041 0.004 53 I 0.256 0.160 0.174 0.195 0.144 0.065 0.006 54 G 0.390 0.263 0.171 0.107 0.049 0.018 0.003 55 K 0.413 0.301 0.163 0.084 0.030 0.008 0.001 56 E 0.289 0.316 0.199 0.113 0.056 0.023 0.004 57 L 0.123 0.113 0.152 0.225 0.235 0.132 0.020 58 T 0.161 0.309 0.242 0.155 0.080 0.043 0.009 59 Y 0.078 0.078 0.121 0.261 0.301 0.140 0.020 60 Q 0.235 0.328 0.239 0.137 0.045 0.015 0.002 61 Q 0.222 0.269 0.228 0.169 0.081 0.027 0.004 62 V 0.098 0.081 0.107 0.167 0.245 0.251 0.052 63 Y 0.105 0.084 0.127 0.238 0.267 0.160 0.018 64 D 0.171 0.304 0.263 0.171 0.065 0.023 0.003 65 A 0.174 0.136 0.151 0.216 0.194 0.114 0.014 66 L 0.127 0.110 0.121 0.156 0.213 0.224 0.050 67 L 0.245 0.156 0.157 0.181 0.153 0.096 0.013 68 G 0.329 0.275 0.188 0.127 0.059 0.019 0.003 69 F 0.227 0.182 0.172 0.193 0.151 0.068 0.007 70 L 0.303 0.197 0.175 0.170 0.113 0.039 0.003 71 E 0.624 0.243 0.087 0.034 0.010 0.002 0.001 72 E 0.741 0.176 0.058 0.019 0.005 0.001 0.001