# TARGET T0378 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0378.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 913 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.006 0.006 0.031 0.215 0.734 2 L 0.020 0.025 0.013 0.078 0.256 0.609 3 S 0.019 0.012 0.011 0.117 0.302 0.540 4 A 0.011 0.006 0.024 0.413 0.305 0.242 5 N 0.004 0.004 0.021 0.719 0.140 0.113 6 Q 0.004 0.004 0.017 0.838 0.069 0.067 7 I 0.003 0.001 0.009 0.943 0.025 0.019 8 K 0.003 0.001 0.006 0.953 0.020 0.017 9 F 0.002 0.001 0.005 0.970 0.011 0.011 10 L 0.003 0.001 0.004 0.959 0.014 0.019 11 R 0.002 0.001 0.006 0.951 0.020 0.021 12 S 0.001 0.001 0.006 0.946 0.022 0.023 13 L 0.002 0.001 0.005 0.918 0.031 0.043 14 R 0.005 0.002 0.009 0.816 0.067 0.101 15 E 0.007 0.002 0.008 0.660 0.124 0.199 16 R 0.006 0.001 0.011 0.691 0.129 0.163 17 K 0.008 0.003 0.010 0.757 0.100 0.123 18 Y 0.009 0.005 0.012 0.797 0.090 0.086 19 R 0.007 0.002 0.019 0.848 0.079 0.045 20 L 0.009 0.001 0.022 0.840 0.085 0.043 21 R 0.010 0.003 0.020 0.850 0.078 0.038 22 E 0.009 0.002 0.021 0.700 0.140 0.127 23 Q 0.023 0.002 0.008 0.118 0.300 0.549 24 A 0.192 0.006 0.010 0.059 0.214 0.519 25 F 0.734 0.022 0.005 0.058 0.061 0.119 26 A 0.803 0.010 0.004 0.080 0.034 0.068 27 V 0.706 0.012 0.008 0.138 0.050 0.086 28 E 0.431 0.008 0.023 0.249 0.114 0.175 29 G 0.230 0.005 0.037 0.320 0.178 0.230 30 P 0.101 0.004 0.039 0.573 0.157 0.126 31 K 0.076 0.007 0.033 0.676 0.103 0.105 32 L 0.044 0.006 0.017 0.844 0.039 0.050 33 V 0.019 0.001 0.011 0.929 0.022 0.018 34 G 0.008 0.001 0.015 0.944 0.022 0.010 35 E 0.003 0.001 0.016 0.952 0.021 0.006 36 M 0.002 0.001 0.018 0.943 0.025 0.011 37 L 0.002 0.001 0.023 0.925 0.033 0.016 38 P 0.002 0.001 0.020 0.891 0.057 0.029 39 F 0.003 0.001 0.013 0.762 0.096 0.126 40 Y 0.006 0.002 0.004 0.107 0.180 0.701 41 R 0.026 0.005 0.005 0.085 0.225 0.654 42 C 0.084 0.010 0.009 0.160 0.209 0.527 43 R 0.130 0.007 0.045 0.455 0.151 0.210 44 M 0.220 0.006 0.069 0.470 0.090 0.145 45 L 0.297 0.008 0.083 0.447 0.067 0.099 46 V 0.287 0.007 0.047 0.489 0.055 0.115 47 G 0.369 0.008 0.024 0.429 0.047 0.123 48 T 0.361 0.009 0.022 0.408 0.055 0.145 49 A 0.243 0.009 0.015 0.378 0.078 0.277 50 A 0.048 0.002 0.034 0.733 0.075 0.109 51 M 0.021 0.001 0.029 0.767 0.093 0.089 52 L 0.011 0.002 0.032 0.826 0.079 0.051 53 R 0.011 0.003 0.020 0.821 0.078 0.067 54 A 0.008 0.001 0.016 0.837 0.081 0.057 55 V 0.005 0.001 0.011 0.885 0.061 0.036 56 S 0.004 0.002 0.011 0.906 0.050 0.027 57 T 0.004 0.002 0.021 0.884 0.065 0.024 58 P 0.003 0.001 0.037 0.851 0.077 0.031 59 H 0.004 0.001 0.045 0.826 0.090 0.034 60 D 0.007 0.001 0.035 0.638 0.153 0.167 61 A 0.007 0.001 0.002 0.012 0.157 0.821 62 E 0.061 0.004 0.001 0.004 0.125 0.804 63 V 0.423 0.008 0.002 0.002 0.083 0.481 64 V 0.827 0.009 0.002 0.002 0.027 0.133 65 E 0.934 0.003 0.001 0.001 0.011 0.050 66 L 0.880 0.010 0.002 0.001 0.017 0.091 67 P 0.480 0.019 0.001 0.003 0.052 0.446 68 E 0.063 0.003 0.001 0.007 0.081 0.845 69 S 0.002 0.001 0.033 0.840 0.068 0.057 70 F 0.001 0.001 0.032 0.876 0.070 0.020 71 D 0.001 0.001 0.037 0.918 0.038 0.005 72 F 0.002 0.001 0.012 0.957 0.019 0.009 73 K 0.002 0.001 0.019 0.950 0.023 0.005 74 R 0.003 0.001 0.032 0.895 0.052 0.017 75 I 0.004 0.001 0.019 0.861 0.080 0.035 76 S 0.005 0.006 0.020 0.791 0.116 0.061 77 T 0.020 0.005 0.017 0.362 0.318 0.278 78 Q 0.042 0.011 0.027 0.083 0.407 0.430 79 T 0.124 0.032 0.042 0.050 0.453 0.298 80 T 0.128 0.020 0.041 0.028 0.372 0.412 81 P 0.167 0.015 0.056 0.025 0.448 0.289 82 Q 0.267 0.013 0.044 0.020 0.380 0.277 83 P 0.526 0.007 0.018 0.008 0.202 0.238 84 L 0.847 0.007 0.004 0.004 0.048 0.089 85 M 0.933 0.003 0.001 0.002 0.015 0.046 86 A 0.963 0.002 0.001 0.002 0.008 0.025 87 V 0.959 0.003 0.001 0.002 0.008 0.027 88 F 0.836 0.006 0.001 0.003 0.026 0.128 89 D 0.555 0.007 0.003 0.005 0.082 0.347 90 L 0.176 0.009 0.015 0.013 0.166 0.622 91 P 0.082 0.018 0.038 0.030 0.274 0.559 92 A 0.040 0.007 0.064 0.040 0.330 0.518 93 E 0.023 0.008 0.082 0.064 0.400 0.423 94 P 0.019 0.014 0.100 0.096 0.419 0.352 95 E 0.023 0.012 0.136 0.120 0.413 0.296 96 P 0.020 0.006 0.267 0.119 0.411 0.178 97 V 0.024 0.009 0.171 0.097 0.450 0.249 98 V 0.041 0.013 0.108 0.058 0.403 0.377 99 E 0.067 0.015 0.019 0.017 0.387 0.494 100 G 0.062 0.002 0.008 0.005 0.212 0.711 101 L 0.665 0.006 0.005 0.006 0.084 0.234 102 T 0.966 0.002 0.001 0.002 0.008 0.022 103 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 104 L 0.969 0.001 0.001 0.002 0.005 0.022 105 L 0.887 0.007 0.004 0.007 0.021 0.075 106 D 0.383 0.007 0.019 0.020 0.231 0.340 107 G 0.085 0.014 0.018 0.011 0.610 0.262 108 V 0.028 0.052 0.009 0.011 0.707 0.193 109 Q 0.015 0.041 0.006 0.013 0.664 0.261 110 D 0.005 0.027 0.003 0.013 0.705 0.247 111 P 0.004 0.009 0.029 0.399 0.461 0.098 112 G 0.005 0.006 0.019 0.603 0.257 0.110 113 N 0.001 0.001 0.003 0.977 0.012 0.006 114 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 115 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 116 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 117 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 118 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 119 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 120 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 122 D 0.001 0.001 0.004 0.988 0.006 0.002 123 W 0.001 0.001 0.010 0.968 0.015 0.005 124 F 0.002 0.001 0.012 0.868 0.041 0.076 125 G 0.002 0.001 0.001 0.007 0.072 0.917 126 I 0.018 0.001 0.002 0.002 0.156 0.821 127 R 0.147 0.003 0.004 0.001 0.149 0.697 128 H 0.936 0.003 0.002 0.001 0.019 0.038 129 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 130 W 0.985 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 131 L 0.914 0.003 0.001 0.001 0.027 0.053 132 G 0.482 0.016 0.009 0.003 0.208 0.282 133 T 0.054 0.005 0.043 0.008 0.662 0.228 134 G 0.027 0.007 0.094 0.015 0.660 0.199 135 S 0.069 0.053 0.098 0.023 0.551 0.205 136 A 0.082 0.045 0.067 0.029 0.510 0.267 137 D 0.057 0.014 0.037 0.022 0.544 0.326 138 V 0.020 0.022 0.051 0.054 0.657 0.195 139 F 0.015 0.024 0.024 0.123 0.487 0.327 140 S 0.025 0.013 0.006 0.100 0.291 0.565 141 P 0.002 0.001 0.009 0.953 0.020 0.016 142 K 0.006 0.001 0.011 0.964 0.014 0.004 143 V 0.008 0.001 0.015 0.964 0.010 0.002 144 V 0.010 0.001 0.013 0.964 0.009 0.003 145 Q 0.013 0.001 0.013 0.959 0.010 0.003 146 A 0.018 0.001 0.008 0.948 0.017 0.008 147 S 0.016 0.001 0.006 0.932 0.027 0.018 148 M 0.010 0.003 0.013 0.872 0.059 0.044 149 G 0.029 0.005 0.036 0.500 0.248 0.183 150 A 0.065 0.008 0.083 0.337 0.333 0.174 151 L 0.283 0.022 0.102 0.125 0.330 0.139 152 A 0.308 0.011 0.089 0.171 0.260 0.160 153 R 0.411 0.014 0.044 0.083 0.214 0.234 154 V 0.429 0.007 0.012 0.024 0.187 0.341 155 Q 0.462 0.006 0.010 0.013 0.144 0.365 156 P 0.771 0.008 0.008 0.009 0.068 0.136 157 T 0.816 0.010 0.008 0.006 0.060 0.101 158 P 0.826 0.011 0.005 0.004 0.048 0.106 159 L 0.455 0.017 0.010 0.007 0.166 0.345 160 K 0.122 0.026 0.006 0.010 0.195 0.642 161 N 0.029 0.011 0.002 0.011 0.131 0.816 162 T 0.001 0.001 0.011 0.950 0.027 0.012 163 V 0.001 0.001 0.004 0.979 0.015 0.002 164 D 0.001 0.001 0.003 0.987 0.009 0.001 165 T 0.001 0.001 0.001 0.993 0.005 0.001 166 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 167 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.008 0.001 168 Y 0.001 0.001 0.002 0.989 0.007 0.002 169 F 0.001 0.001 0.006 0.981 0.010 0.002 170 R 0.001 0.001 0.015 0.966 0.014 0.004 171 R 0.001 0.001 0.022 0.919 0.040 0.018 172 Q 0.005 0.001 0.020 0.678 0.117 0.179 173 G 0.005 0.001 0.001 0.004 0.091 0.899 174 I 0.144 0.002 0.001 0.001 0.092 0.761 175 P 0.827 0.003 0.001 0.001 0.034 0.135 176 V 0.981 0.003 0.001 0.001 0.004 0.012 177 Y 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 178 G 0.964 0.002 0.001 0.001 0.007 0.026 179 A 0.878 0.003 0.002 0.002 0.028 0.086 180 F 0.507 0.010 0.005 0.004 0.209 0.264 181 L 0.107 0.014 0.017 0.013 0.481 0.368 182 D 0.041 0.008 0.030 0.015 0.596 0.310 183 G 0.031 0.009 0.117 0.065 0.581 0.197 184 Q 0.046 0.015 0.097 0.119 0.444 0.280 185 S 0.068 0.020 0.092 0.216 0.344 0.261 186 L 0.072 0.018 0.060 0.234 0.312 0.304 187 Y 0.048 0.016 0.045 0.287 0.286 0.317 188 E 0.043 0.007 0.047 0.218 0.263 0.422 189 A 0.045 0.009 0.199 0.309 0.252 0.186 190 P 0.045 0.011 0.289 0.244 0.256 0.155 191 L 0.057 0.009 0.292 0.233 0.251 0.159 192 P 0.076 0.021 0.138 0.175 0.307 0.284 193 N 0.058 0.018 0.084 0.072 0.466 0.302 194 F 0.033 0.009 0.071 0.059 0.574 0.254 195 T 0.036 0.017 0.059 0.020 0.555 0.313 196 E 0.071 0.005 0.015 0.005 0.520 0.384 197 P 0.200 0.002 0.005 0.002 0.198 0.594 198 A 0.914 0.006 0.001 0.001 0.016 0.063 199 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 200 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 201 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 202 L 0.895 0.003 0.001 0.001 0.014 0.087 203 G 0.366 0.005 0.002 0.001 0.137 0.488 204 S 0.163 0.023 0.003 0.002 0.281 0.527 205 E 0.055 0.040 0.023 0.007 0.373 0.502 206 G 0.021 0.034 0.049 0.009 0.764 0.123 207 R 0.015 0.006 0.053 0.009 0.837 0.080 208 G 0.005 0.004 0.017 0.005 0.814 0.156 209 I 0.008 0.055 0.003 0.007 0.549 0.378 210 S 0.002 0.006 0.001 0.012 0.088 0.891 211 P 0.001 0.001 0.007 0.917 0.034 0.041 212 E 0.001 0.001 0.009 0.944 0.036 0.009 213 V 0.001 0.002 0.021 0.946 0.027 0.003 214 A 0.002 0.001 0.044 0.928 0.022 0.004 215 A 0.003 0.001 0.071 0.864 0.050 0.011 216 E 0.009 0.004 0.087 0.719 0.139 0.042 217 I 0.040 0.007 0.031 0.335 0.326 0.262 218 T 0.053 0.002 0.019 0.105 0.311 0.510 219 D 0.629 0.006 0.008 0.048 0.104 0.205 220 R 0.900 0.012 0.002 0.012 0.022 0.053 221 L 0.958 0.003 0.001 0.005 0.007 0.027 222 T 0.924 0.004 0.001 0.005 0.010 0.056 223 I 0.701 0.028 0.003 0.008 0.034 0.226 224 P 0.274 0.017 0.017 0.017 0.355 0.320 225 A 0.078 0.012 0.034 0.014 0.541 0.322 226 S 0.039 0.028 0.054 0.023 0.596 0.260 227 G 0.025 0.030 0.048 0.032 0.698 0.166 228 L 0.033 0.015 0.031 0.062 0.492 0.368 229 S 0.027 0.019 0.039 0.060 0.544 0.311 230 V 0.023 0.013 0.029 0.085 0.463 0.386 231 K 0.034 0.017 0.033 0.133 0.368 0.415 232 G 0.037 0.016 0.033 0.172 0.336 0.406 233 H 0.063 0.037 0.025 0.274 0.208 0.392 234 T 0.049 0.018 0.032 0.617 0.105 0.179 235 E 0.046 0.010 0.028 0.660 0.095 0.160 236 S 0.027 0.006 0.016 0.781 0.049 0.121 237 L 0.008 0.002 0.004 0.951 0.012 0.025 238 N 0.002 0.001 0.001 0.985 0.004 0.007 239 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 240 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 241 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 242 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 243 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 244 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 245 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 246 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 247 C 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 248 S 0.001 0.001 0.004 0.987 0.003 0.005 249 E 0.002 0.001 0.012 0.970 0.008 0.007 250 W 0.006 0.001 0.015 0.946 0.018 0.013 251 R 0.020 0.003 0.029 0.851 0.044 0.053 252 R 0.027 0.009 0.025 0.682 0.070 0.188 253 R 0.015 0.006 0.015 0.452 0.061 0.452 254 S 0.001 0.001 0.001 0.012 0.014 0.972