# TARGET T0378 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0378.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 913 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.087 0.216 0.029 0.016 0.022 0.073 0.256 0.302 2 L 0.091 0.285 0.016 0.017 0.012 0.071 0.165 0.343 3 S 0.087 0.552 0.003 0.002 0.004 0.022 0.081 0.250 4 A 0.038 0.702 0.002 0.001 0.002 0.026 0.032 0.197 5 N 0.007 0.854 0.005 0.003 0.003 0.019 0.019 0.090 6 Q 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 7 I 0.023 0.952 0.003 0.001 0.001 0.002 0.013 0.007 8 K 0.012 0.560 0.028 0.003 0.002 0.007 0.362 0.026 9 F 0.009 0.886 0.007 0.001 0.001 0.004 0.072 0.021 10 L 0.037 0.902 0.011 0.001 0.001 0.004 0.027 0.019 11 R 0.028 0.852 0.013 0.002 0.001 0.009 0.023 0.072 12 S 0.031 0.788 0.004 0.001 0.001 0.010 0.030 0.135 13 L 0.044 0.815 0.006 0.001 0.001 0.015 0.042 0.077 14 R 0.035 0.811 0.004 0.002 0.001 0.015 0.040 0.092 15 E 0.045 0.725 0.003 0.001 0.001 0.017 0.046 0.162 16 R 0.023 0.819 0.008 0.002 0.002 0.015 0.052 0.079 17 K 0.034 0.704 0.015 0.007 0.006 0.024 0.068 0.144 18 Y 0.067 0.376 0.030 0.010 0.009 0.049 0.152 0.308 19 R 0.079 0.191 0.043 0.022 0.019 0.084 0.163 0.398 20 L 0.277 0.073 0.019 0.008 0.010 0.063 0.101 0.448 21 R 0.117 0.062 0.009 0.009 0.009 0.075 0.071 0.648 22 E 0.020 0.028 0.012 0.008 0.021 0.118 0.026 0.768 23 Q 0.015 0.030 0.028 0.038 0.104 0.104 0.095 0.586 24 A 0.010 0.014 0.075 0.156 0.204 0.105 0.089 0.346 25 F 0.014 0.015 0.131 0.190 0.325 0.053 0.055 0.217 26 A 0.015 0.028 0.125 0.172 0.261 0.058 0.055 0.285 27 V 0.005 0.022 0.203 0.219 0.234 0.051 0.035 0.229 28 E 0.017 0.120 0.121 0.125 0.161 0.070 0.052 0.334 29 G 0.081 0.692 0.017 0.027 0.030 0.020 0.052 0.081 30 P 0.063 0.646 0.038 0.012 0.015 0.029 0.074 0.124 31 K 0.031 0.662 0.024 0.025 0.015 0.025 0.082 0.136 32 L 0.062 0.702 0.031 0.006 0.007 0.018 0.083 0.092 33 V 0.187 0.662 0.012 0.004 0.005 0.015 0.062 0.052 34 G 0.211 0.301 0.027 0.009 0.007 0.029 0.122 0.294 35 E 0.034 0.211 0.012 0.007 0.007 0.048 0.075 0.606 36 M 0.082 0.143 0.041 0.009 0.010 0.085 0.125 0.505 37 L 0.315 0.135 0.018 0.015 0.010 0.075 0.094 0.338 38 P 0.130 0.074 0.007 0.003 0.005 0.050 0.041 0.690 39 F 0.056 0.122 0.014 0.005 0.010 0.094 0.046 0.653 40 Y 0.045 0.168 0.034 0.015 0.022 0.113 0.053 0.550 41 R 0.057 0.207 0.037 0.017 0.020 0.087 0.052 0.523 42 C 0.053 0.361 0.058 0.020 0.031 0.062 0.102 0.314 43 R 0.048 0.285 0.063 0.028 0.049 0.061 0.179 0.288 44 M 0.014 0.070 0.069 0.058 0.075 0.051 0.466 0.198 45 L 0.017 0.187 0.064 0.075 0.110 0.065 0.251 0.231 46 V 0.029 0.414 0.051 0.063 0.098 0.061 0.057 0.227 47 G 0.021 0.486 0.042 0.058 0.084 0.041 0.057 0.211 48 T 0.030 0.696 0.023 0.025 0.032 0.028 0.050 0.115 49 A 0.048 0.776 0.013 0.014 0.012 0.020 0.048 0.071 50 A 0.055 0.747 0.024 0.008 0.009 0.018 0.070 0.068 51 M 0.087 0.646 0.018 0.007 0.008 0.024 0.082 0.129 52 L 0.127 0.146 0.052 0.013 0.014 0.051 0.317 0.278 53 R 0.088 0.070 0.022 0.014 0.016 0.065 0.423 0.303 54 A 0.199 0.054 0.013 0.006 0.010 0.081 0.095 0.542 55 V 0.035 0.023 0.008 0.012 0.015 0.109 0.037 0.761 56 S 0.013 0.014 0.006 0.006 0.008 0.089 0.029 0.836 57 T 0.162 0.038 0.016 0.017 0.018 0.142 0.087 0.520 58 P 0.435 0.019 0.010 0.007 0.008 0.089 0.046 0.386 59 H 0.360 0.010 0.009 0.003 0.005 0.064 0.039 0.509 60 D 0.052 0.007 0.019 0.005 0.014 0.119 0.023 0.760 61 A 0.015 0.003 0.041 0.010 0.040 0.103 0.036 0.752 62 E 0.014 0.002 0.104 0.093 0.148 0.098 0.044 0.497 63 V 0.010 0.001 0.139 0.143 0.215 0.059 0.033 0.400 64 V 0.004 0.001 0.108 0.165 0.241 0.054 0.016 0.411 65 E 0.003 0.001 0.136 0.182 0.247 0.055 0.018 0.357 66 L 0.010 0.005 0.053 0.129 0.110 0.087 0.021 0.584 67 P 0.068 0.036 0.047 0.053 0.035 0.086 0.054 0.621 68 E 0.228 0.442 0.007 0.012 0.010 0.031 0.052 0.218 69 S 0.155 0.541 0.008 0.004 0.005 0.032 0.023 0.233 70 F 0.046 0.571 0.015 0.019 0.015 0.044 0.032 0.258 71 D 0.089 0.631 0.007 0.007 0.012 0.031 0.047 0.177 72 F 0.180 0.162 0.014 0.011 0.016 0.058 0.372 0.187 73 K 0.025 0.056 0.015 0.024 0.030 0.056 0.585 0.209 74 R 0.060 0.059 0.018 0.014 0.039 0.085 0.174 0.550 75 I 0.138 0.018 0.032 0.039 0.068 0.145 0.098 0.463 76 S 0.054 0.005 0.021 0.028 0.054 0.102 0.092 0.644 77 T 0.021 0.003 0.014 0.016 0.037 0.119 0.048 0.741 78 Q 0.010 0.002 0.023 0.024 0.047 0.198 0.030 0.667 79 T 0.014 0.002 0.027 0.027 0.026 0.173 0.042 0.690 80 T 0.104 0.023 0.032 0.019 0.019 0.133 0.073 0.597 81 P 0.152 0.077 0.032 0.015 0.024 0.123 0.057 0.519 82 Q 0.046 0.058 0.064 0.031 0.076 0.146 0.068 0.511 83 P 0.022 0.054 0.167 0.082 0.254 0.076 0.112 0.233 84 L 0.013 0.023 0.114 0.164 0.368 0.052 0.081 0.184 85 M 0.005 0.005 0.156 0.289 0.398 0.022 0.041 0.084 86 A 0.006 0.004 0.118 0.282 0.468 0.023 0.022 0.078 87 V 0.012 0.003 0.112 0.260 0.408 0.038 0.034 0.133 88 F 0.011 0.003 0.082 0.227 0.294 0.061 0.032 0.290 89 D 0.064 0.004 0.033 0.094 0.143 0.093 0.038 0.531 90 L 0.170 0.006 0.016 0.043 0.044 0.098 0.050 0.573 91 P 0.047 0.005 0.008 0.015 0.020 0.098 0.024 0.783 92 A 0.058 0.007 0.005 0.008 0.013 0.092 0.022 0.795 93 E 0.050 0.011 0.006 0.014 0.014 0.117 0.040 0.749 94 P 0.107 0.020 0.008 0.013 0.013 0.086 0.041 0.713 95 E 0.302 0.037 0.008 0.015 0.022 0.083 0.058 0.475 96 P 0.043 0.007 0.016 0.015 0.020 0.093 0.046 0.759 97 V 0.102 0.010 0.025 0.027 0.054 0.127 0.079 0.577 98 V 0.083 0.004 0.024 0.010 0.019 0.110 0.078 0.672 99 E 0.031 0.004 0.050 0.028 0.052 0.210 0.042 0.584 100 G 0.003 0.002 0.075 0.022 0.077 0.121 0.040 0.660 101 L 0.001 0.002 0.317 0.109 0.225 0.090 0.056 0.200 102 T 0.001 0.001 0.687 0.084 0.129 0.009 0.060 0.030 103 L 0.001 0.001 0.666 0.144 0.087 0.009 0.051 0.041 104 L 0.003 0.001 0.851 0.047 0.041 0.010 0.023 0.024 105 L 0.025 0.003 0.508 0.077 0.077 0.064 0.083 0.164 106 D 0.022 0.004 0.281 0.029 0.069 0.135 0.076 0.385 107 G 0.038 0.008 0.194 0.018 0.052 0.148 0.152 0.391 108 V 0.025 0.010 0.129 0.035 0.044 0.185 0.080 0.492 109 Q 0.040 0.010 0.123 0.019 0.024 0.128 0.070 0.586 110 D 0.201 0.075 0.028 0.012 0.015 0.101 0.324 0.244 111 P 0.066 0.137 0.024 0.004 0.008 0.187 0.048 0.525 112 G 0.023 0.054 0.021 0.004 0.006 0.127 0.259 0.505 113 N 0.031 0.630 0.008 0.004 0.003 0.024 0.250 0.050 114 V 0.026 0.864 0.005 0.001 0.004 0.021 0.035 0.045 115 G 0.021 0.804 0.012 0.008 0.015 0.017 0.064 0.059 116 T 0.022 0.287 0.036 0.013 0.036 0.028 0.526 0.052 117 I 0.007 0.526 0.022 0.006 0.011 0.027 0.362 0.040 118 L 0.009 0.816 0.056 0.009 0.013 0.012 0.053 0.031 119 R 0.024 0.692 0.087 0.020 0.022 0.021 0.076 0.058 120 T 0.048 0.715 0.045 0.006 0.010 0.022 0.105 0.049 121 A 0.167 0.197 0.164 0.010 0.009 0.032 0.283 0.138 122 D 0.572 0.126 0.010 0.009 0.006 0.032 0.051 0.195 123 W 0.046 0.018 0.013 0.002 0.003 0.065 0.048 0.805 124 F 0.006 0.010 0.103 0.011 0.021 0.264 0.065 0.520 125 G 0.134 0.015 0.078 0.012 0.023 0.110 0.152 0.475 126 I 0.045 0.007 0.043 0.015 0.009 0.166 0.079 0.636 127 R 0.003 0.003 0.449 0.018 0.068 0.104 0.075 0.280 128 H 0.005 0.002 0.473 0.029 0.080 0.051 0.136 0.223 129 V 0.002 0.001 0.762 0.054 0.033 0.019 0.051 0.080 130 W 0.003 0.001 0.777 0.040 0.049 0.024 0.029 0.076 131 L 0.019 0.002 0.397 0.072 0.099 0.105 0.076 0.230 132 G 0.061 0.004 0.159 0.027 0.041 0.158 0.075 0.475 133 T 0.088 0.006 0.035 0.010 0.022 0.165 0.048 0.626 134 G 0.055 0.007 0.024 0.010 0.021 0.167 0.057 0.659 135 S 0.065 0.014 0.022 0.016 0.026 0.132 0.050 0.676 136 A 0.059 0.012 0.020 0.024 0.031 0.107 0.099 0.649 137 D 0.106 0.052 0.018 0.024 0.029 0.115 0.140 0.516 138 V 0.020 0.043 0.019 0.019 0.028 0.155 0.040 0.675 139 F 0.018 0.109 0.014 0.011 0.013 0.079 0.036 0.721 140 S 0.075 0.837 0.002 0.003 0.004 0.010 0.036 0.033 141 P 0.021 0.860 0.006 0.003 0.006 0.017 0.024 0.064 142 K 0.016 0.820 0.013 0.013 0.025 0.015 0.046 0.052 143 V 0.019 0.491 0.028 0.012 0.022 0.024 0.350 0.055 144 V 0.012 0.630 0.030 0.022 0.026 0.018 0.214 0.048 145 Q 0.033 0.608 0.058 0.039 0.058 0.025 0.082 0.096 146 A 0.083 0.483 0.035 0.023 0.029 0.061 0.059 0.227 147 S 0.092 0.459 0.045 0.028 0.032 0.044 0.109 0.192 148 M 0.047 0.315 0.029 0.026 0.044 0.069 0.083 0.387 149 G 0.061 0.104 0.078 0.044 0.062 0.088 0.164 0.399 150 A 0.309 0.045 0.035 0.090 0.081 0.067 0.140 0.234 151 L 0.135 0.006 0.025 0.028 0.048 0.061 0.085 0.611 152 A 0.013 0.002 0.025 0.045 0.101 0.109 0.023 0.682 153 R 0.005 0.001 0.023 0.025 0.076 0.083 0.020 0.767 154 V 0.016 0.001 0.033 0.106 0.082 0.125 0.028 0.608 155 Q 0.032 0.003 0.056 0.076 0.126 0.125 0.046 0.535 156 P 0.024 0.003 0.029 0.033 0.057 0.087 0.029 0.738 157 T 0.037 0.007 0.081 0.089 0.075 0.093 0.055 0.561 158 P 0.050 0.034 0.054 0.035 0.039 0.102 0.072 0.614 159 L 0.056 0.116 0.037 0.022 0.029 0.101 0.056 0.583 160 K 0.062 0.112 0.039 0.016 0.018 0.095 0.082 0.576 161 N 0.033 0.158 0.010 0.006 0.005 0.038 0.604 0.146 162 T 0.025 0.821 0.002 0.001 0.001 0.008 0.115 0.027 163 V 0.019 0.936 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.025 164 D 0.007 0.919 0.002 0.003 0.003 0.006 0.023 0.036 165 T 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.005 166 L 0.010 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 167 A 0.007 0.957 0.008 0.004 0.002 0.002 0.009 0.012 168 Y 0.061 0.776 0.030 0.003 0.004 0.012 0.051 0.064 169 F 0.157 0.013 0.405 0.005 0.002 0.011 0.376 0.031 170 R 0.940 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.008 0.042 171 R 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.934 172 Q 0.001 0.001 0.012 0.001 0.003 0.189 0.002 0.793 173 G 0.003 0.001 0.011 0.001 0.006 0.060 0.009 0.908 174 I 0.014 0.007 0.055 0.068 0.016 0.122 0.035 0.683 175 P 0.007 0.010 0.698 0.035 0.059 0.033 0.049 0.107 176 V 0.021 0.022 0.353 0.105 0.123 0.032 0.113 0.230 177 Y 0.006 0.007 0.802 0.058 0.040 0.010 0.019 0.057 178 G 0.017 0.019 0.533 0.088 0.097 0.032 0.055 0.160 179 A 0.019 0.027 0.296 0.076 0.102 0.075 0.073 0.332 180 F 0.136 0.048 0.165 0.055 0.068 0.093 0.089 0.346 181 L 0.085 0.020 0.040 0.026 0.032 0.121 0.118 0.559 182 D 0.070 0.036 0.021 0.016 0.026 0.107 0.095 0.629 183 G 0.150 0.052 0.011 0.012 0.021 0.092 0.062 0.599 184 Q 0.057 0.027 0.019 0.028 0.038 0.112 0.060 0.658 185 S 0.062 0.027 0.022 0.033 0.060 0.101 0.053 0.641 186 L 0.055 0.012 0.028 0.041 0.054 0.123 0.059 0.629 187 Y 0.030 0.009 0.037 0.051 0.058 0.119 0.040 0.658 188 E 0.122 0.012 0.018 0.020 0.031 0.097 0.043 0.657 189 A 0.047 0.006 0.023 0.035 0.036 0.113 0.085 0.655 190 P 0.084 0.006 0.015 0.017 0.028 0.094 0.041 0.714 191 L 0.154 0.003 0.013 0.025 0.033 0.083 0.102 0.587 192 P 0.030 0.001 0.009 0.016 0.023 0.092 0.027 0.801 193 N 0.041 0.001 0.016 0.011 0.030 0.121 0.034 0.745 194 F 0.013 0.001 0.019 0.010 0.015 0.168 0.019 0.756 195 T 0.036 0.004 0.043 0.018 0.027 0.144 0.068 0.659 196 E 0.009 0.004 0.101 0.026 0.041 0.276 0.083 0.461 197 P 0.001 0.001 0.597 0.035 0.099 0.044 0.087 0.136 198 A 0.001 0.001 0.703 0.071 0.087 0.011 0.088 0.038 199 I 0.001 0.001 0.863 0.034 0.035 0.008 0.029 0.029 200 L 0.001 0.001 0.862 0.048 0.049 0.007 0.018 0.013 201 V 0.005 0.002 0.713 0.054 0.094 0.033 0.059 0.040 202 L 0.015 0.006 0.557 0.026 0.065 0.115 0.071 0.145 203 G 0.109 0.012 0.230 0.035 0.073 0.176 0.107 0.257 204 S 0.045 0.008 0.124 0.023 0.050 0.183 0.211 0.355 205 E 0.132 0.009 0.039 0.013 0.035 0.166 0.043 0.563 206 G 0.134 0.006 0.027 0.022 0.044 0.129 0.149 0.490 207 R 0.016 0.008 0.011 0.008 0.014 0.180 0.026 0.737 208 G 0.006 0.018 0.015 0.014 0.030 0.166 0.019 0.731 209 I 0.016 0.115 0.006 0.011 0.007 0.081 0.020 0.745 210 S 0.070 0.911 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.004 211 P 0.024 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 212 E 0.033 0.899 0.009 0.001 0.001 0.005 0.022 0.031 213 V 0.200 0.608 0.006 0.001 0.001 0.010 0.134 0.040 214 A 0.054 0.031 0.006 0.001 0.001 0.015 0.841 0.051 215 A 0.016 0.108 0.009 0.004 0.005 0.056 0.360 0.442 216 E 0.024 0.050 0.017 0.003 0.005 0.085 0.058 0.757 217 I 0.246 0.050 0.028 0.013 0.014 0.153 0.078 0.417 218 T 0.111 0.012 0.021 0.004 0.009 0.104 0.087 0.652 219 D 0.027 0.005 0.115 0.011 0.035 0.185 0.072 0.550 220 R 0.008 0.001 0.273 0.029 0.060 0.093 0.088 0.448 221 L 0.004 0.001 0.440 0.094 0.075 0.092 0.025 0.269 222 T 0.004 0.001 0.526 0.036 0.068 0.062 0.033 0.270 223 I 0.010 0.001 0.225 0.111 0.103 0.128 0.060 0.362 224 P 0.075 0.003 0.074 0.020 0.026 0.149 0.039 0.615 225 A 0.336 0.012 0.022 0.016 0.018 0.108 0.073 0.414 226 S 0.061 0.019 0.019 0.008 0.015 0.110 0.032 0.736 227 G 0.076 0.027 0.027 0.016 0.038 0.136 0.054 0.626 228 L 0.052 0.017 0.032 0.050 0.061 0.150 0.070 0.567 229 S 0.122 0.019 0.020 0.028 0.035 0.112 0.062 0.602 230 V 0.142 0.022 0.019 0.026 0.037 0.117 0.092 0.545 231 K 0.025 0.015 0.020 0.017 0.046 0.121 0.033 0.724 232 G 0.019 0.024 0.040 0.039 0.082 0.114 0.089 0.594 233 H 0.043 0.117 0.039 0.048 0.065 0.115 0.121 0.453 234 T 0.055 0.245 0.032 0.034 0.038 0.076 0.202 0.318 235 E 0.031 0.615 0.014 0.013 0.019 0.039 0.074 0.196 236 S 0.011 0.722 0.008 0.003 0.006 0.024 0.144 0.081 237 L 0.001 0.945 0.002 0.002 0.001 0.003 0.036 0.010 238 N 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 239 V 0.001 0.698 0.001 0.001 0.001 0.001 0.297 0.002 240 A 0.001 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.001 241 I 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 242 A 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 243 T 0.001 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 244 A 0.002 0.842 0.002 0.001 0.001 0.002 0.148 0.003 245 I 0.003 0.929 0.008 0.003 0.003 0.003 0.048 0.003 246 L 0.007 0.957 0.007 0.001 0.002 0.004 0.014 0.008 247 C 0.006 0.924 0.018 0.003 0.003 0.007 0.020 0.020 248 S 0.015 0.785 0.049 0.013 0.011 0.014 0.059 0.055 249 E 0.146 0.636 0.016 0.010 0.010 0.030 0.055 0.098 250 W 0.211 0.077 0.037 0.028 0.031 0.054 0.376 0.188 251 R 0.044 0.019 0.013 0.021 0.028 0.085 0.251 0.540 252 R 0.036 0.012 0.004 0.013 0.022 0.057 0.046 0.809 253 R 0.023 0.006 0.006 0.019 0.030 0.105 0.022 0.789 254 S 0.053 0.008 0.009 0.028 0.045 0.129 0.042 0.686