# TARGET T0378 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0378.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 913 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.091 0.049 0.053 0.026 0.051 0.074 0.012 0.644 2 L 0.144 0.097 0.071 0.049 0.089 0.169 0.014 0.368 3 S 0.109 0.131 0.046 0.031 0.065 0.256 0.017 0.345 4 A 0.090 0.113 0.017 0.008 0.018 0.052 0.011 0.692 5 N 0.090 0.071 0.009 0.005 0.005 0.205 0.013 0.602 6 Q 0.213 0.115 0.014 0.005 0.007 0.270 0.018 0.358 7 I 0.038 0.499 0.021 0.006 0.013 0.088 0.005 0.330 8 K 0.004 0.800 0.009 0.006 0.010 0.040 0.001 0.129 9 F 0.006 0.909 0.003 0.002 0.003 0.014 0.001 0.062 10 L 0.007 0.964 0.002 0.001 0.003 0.004 0.001 0.018 11 R 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 12 S 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 13 L 0.011 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 14 R 0.026 0.936 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.021 15 E 0.064 0.867 0.004 0.001 0.002 0.012 0.016 0.034 16 R 0.044 0.900 0.004 0.002 0.001 0.004 0.012 0.034 17 K 0.061 0.751 0.011 0.004 0.003 0.015 0.023 0.133 18 Y 0.077 0.610 0.038 0.012 0.012 0.029 0.018 0.203 19 R 0.084 0.589 0.026 0.021 0.030 0.043 0.013 0.194 20 L 0.047 0.421 0.030 0.029 0.048 0.041 0.012 0.371 21 R 0.069 0.442 0.025 0.034 0.050 0.081 0.022 0.277 22 E 0.103 0.288 0.027 0.029 0.029 0.090 0.043 0.389 23 Q 0.178 0.224 0.027 0.033 0.026 0.061 0.060 0.391 24 A 0.264 0.088 0.083 0.046 0.059 0.122 0.025 0.314 25 F 0.086 0.094 0.131 0.215 0.177 0.070 0.015 0.213 26 A 0.053 0.057 0.143 0.140 0.315 0.053 0.007 0.232 27 V 0.022 0.074 0.197 0.245 0.294 0.038 0.006 0.125 28 E 0.024 0.167 0.143 0.200 0.236 0.047 0.009 0.174 29 G 0.049 0.078 0.102 0.155 0.273 0.047 0.014 0.283 30 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.990 31 K 0.019 0.045 0.020 0.037 0.068 0.177 0.007 0.627 32 L 0.130 0.205 0.018 0.014 0.022 0.113 0.017 0.480 33 V 0.097 0.506 0.018 0.014 0.044 0.036 0.010 0.276 34 G 0.043 0.422 0.017 0.008 0.018 0.060 0.008 0.424 35 E 0.105 0.536 0.006 0.005 0.006 0.046 0.018 0.279 36 M 0.151 0.671 0.007 0.004 0.005 0.011 0.027 0.123 37 L 0.066 0.693 0.016 0.012 0.022 0.013 0.014 0.165 38 P 0.002 0.048 0.002 0.001 0.002 0.006 0.002 0.937 39 F 0.081 0.287 0.012 0.016 0.019 0.042 0.033 0.511 40 Y 0.308 0.287 0.019 0.014 0.007 0.024 0.061 0.280 41 R 0.119 0.185 0.110 0.037 0.031 0.082 0.031 0.405 42 C 0.071 0.111 0.075 0.057 0.061 0.111 0.011 0.503 43 R 0.046 0.128 0.071 0.064 0.077 0.103 0.009 0.503 44 M 0.040 0.215 0.086 0.091 0.091 0.108 0.013 0.356 45 L 0.086 0.237 0.127 0.096 0.132 0.088 0.013 0.220 46 V 0.056 0.243 0.090 0.186 0.186 0.046 0.010 0.184 47 G 0.027 0.234 0.072 0.148 0.174 0.034 0.008 0.303 48 T 0.028 0.234 0.064 0.132 0.200 0.045 0.008 0.289 49 A 0.031 0.295 0.030 0.078 0.147 0.057 0.008 0.353 50 A 0.047 0.330 0.024 0.047 0.118 0.086 0.013 0.334 51 M 0.070 0.478 0.016 0.025 0.039 0.069 0.018 0.285 52 L 0.091 0.641 0.012 0.014 0.018 0.043 0.017 0.162 53 R 0.096 0.731 0.009 0.011 0.014 0.023 0.014 0.101 54 A 0.089 0.695 0.014 0.013 0.026 0.021 0.018 0.124 55 V 0.126 0.566 0.015 0.018 0.026 0.024 0.034 0.190 56 S 0.166 0.458 0.029 0.018 0.022 0.024 0.089 0.194 57 T 0.331 0.174 0.030 0.042 0.043 0.041 0.032 0.308 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 59 H 0.007 0.006 0.007 0.019 0.052 0.137 0.004 0.769 60 D 0.313 0.010 0.011 0.010 0.009 0.094 0.027 0.528 61 A 0.381 0.018 0.015 0.017 0.017 0.054 0.017 0.482 62 E 0.444 0.009 0.091 0.050 0.054 0.135 0.010 0.207 63 V 0.031 0.004 0.131 0.095 0.085 0.063 0.004 0.587 64 V 0.012 0.004 0.110 0.181 0.359 0.029 0.002 0.304 65 E 0.011 0.004 0.203 0.251 0.377 0.019 0.004 0.131 66 L 0.005 0.002 0.109 0.115 0.099 0.016 0.002 0.652 67 P 0.001 0.001 0.007 0.007 0.009 0.005 0.001 0.973 68 E 0.002 0.001 0.020 0.026 0.104 0.092 0.001 0.755 69 S 0.012 0.002 0.009 0.005 0.034 0.041 0.001 0.895 70 F 0.023 0.005 0.003 0.003 0.007 0.134 0.002 0.822 71 D 0.103 0.036 0.003 0.003 0.006 0.392 0.006 0.452 72 F 0.180 0.521 0.009 0.008 0.019 0.031 0.007 0.226 73 K 0.049 0.690 0.009 0.012 0.021 0.042 0.009 0.169 74 R 0.131 0.590 0.016 0.013 0.016 0.021 0.023 0.190 75 I 0.145 0.676 0.020 0.010 0.019 0.015 0.021 0.094 76 S 0.074 0.597 0.036 0.034 0.047 0.031 0.025 0.155 77 T 0.102 0.245 0.047 0.024 0.032 0.047 0.044 0.459 78 Q 0.223 0.116 0.056 0.017 0.021 0.152 0.046 0.369 79 T 0.164 0.073 0.036 0.016 0.017 0.194 0.034 0.465 80 T 0.056 0.069 0.040 0.026 0.030 0.172 0.016 0.591 81 P 0.005 0.007 0.010 0.006 0.008 0.033 0.003 0.930 82 Q 0.038 0.020 0.035 0.045 0.066 0.305 0.008 0.483 83 P 0.010 0.008 0.008 0.011 0.013 0.046 0.003 0.902 84 L 0.055 0.065 0.149 0.174 0.316 0.124 0.008 0.109 85 M 0.045 0.130 0.110 0.293 0.306 0.039 0.004 0.072 86 A 0.018 0.052 0.121 0.334 0.440 0.010 0.004 0.022 87 V 0.031 0.038 0.070 0.284 0.430 0.020 0.007 0.120 88 F 0.023 0.029 0.155 0.329 0.365 0.012 0.011 0.077 89 D 0.017 0.018 0.062 0.162 0.239 0.046 0.018 0.439 90 L 0.029 0.007 0.032 0.058 0.111 0.039 0.010 0.714 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 92 A 0.013 0.002 0.006 0.010 0.020 0.070 0.008 0.872 93 E 0.179 0.003 0.009 0.008 0.010 0.067 0.009 0.714 94 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 95 E 0.025 0.002 0.009 0.024 0.041 0.102 0.002 0.796 96 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 97 V 0.040 0.007 0.012 0.038 0.092 0.141 0.004 0.666 98 V 0.296 0.012 0.020 0.030 0.041 0.093 0.009 0.498 99 E 0.105 0.027 0.038 0.070 0.084 0.086 0.010 0.579 100 G 0.069 0.007 0.051 0.063 0.061 0.108 0.015 0.625 101 L 0.197 0.003 0.192 0.098 0.109 0.137 0.014 0.250 102 T 0.010 0.001 0.600 0.189 0.156 0.016 0.002 0.027 103 L 0.001 0.001 0.636 0.158 0.182 0.004 0.001 0.018 104 L 0.001 0.001 0.870 0.049 0.072 0.001 0.001 0.007 105 L 0.001 0.001 0.853 0.054 0.077 0.004 0.001 0.011 106 D 0.001 0.001 0.758 0.065 0.110 0.018 0.001 0.047 107 G 0.004 0.001 0.451 0.044 0.097 0.089 0.004 0.311 108 V 0.029 0.001 0.312 0.034 0.093 0.156 0.004 0.372 109 Q 0.014 0.001 0.078 0.029 0.061 0.223 0.005 0.589 110 D 0.027 0.005 0.028 0.026 0.060 0.182 0.005 0.667 111 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 112 G 0.013 0.003 0.005 0.005 0.009 0.740 0.006 0.218 113 N 0.636 0.005 0.004 0.002 0.002 0.157 0.016 0.178 114 V 0.051 0.321 0.087 0.022 0.019 0.113 0.004 0.383 115 G 0.028 0.172 0.053 0.035 0.069 0.299 0.010 0.333 116 T 0.162 0.185 0.047 0.028 0.060 0.252 0.008 0.259 117 I 0.051 0.587 0.034 0.045 0.091 0.063 0.007 0.123 118 L 0.013 0.771 0.046 0.031 0.040 0.015 0.004 0.079 119 R 0.010 0.856 0.019 0.022 0.029 0.013 0.006 0.044 120 T 0.023 0.816 0.017 0.020 0.034 0.007 0.010 0.072 121 A 0.049 0.651 0.030 0.020 0.086 0.019 0.018 0.126 122 D 0.043 0.643 0.008 0.010 0.020 0.059 0.021 0.196 123 W 0.127 0.705 0.010 0.007 0.009 0.025 0.033 0.083 124 F 0.235 0.618 0.012 0.024 0.011 0.008 0.044 0.049 125 G 0.413 0.096 0.056 0.040 0.023 0.019 0.195 0.160 126 I 0.075 0.026 0.577 0.073 0.086 0.045 0.018 0.100 127 R 0.013 0.016 0.287 0.226 0.247 0.053 0.007 0.151 128 H 0.012 0.004 0.188 0.053 0.122 0.060 0.005 0.556 129 V 0.002 0.001 0.898 0.055 0.031 0.004 0.001 0.008 130 W 0.002 0.001 0.871 0.056 0.033 0.005 0.001 0.030 131 L 0.001 0.001 0.852 0.043 0.071 0.003 0.001 0.029 132 G 0.001 0.001 0.668 0.050 0.104 0.046 0.001 0.129 133 T 0.003 0.001 0.221 0.026 0.069 0.082 0.002 0.596 134 G 0.008 0.001 0.086 0.011 0.026 0.137 0.006 0.724 135 S 0.150 0.001 0.034 0.009 0.015 0.202 0.012 0.578 136 A 0.067 0.005 0.094 0.032 0.027 0.116 0.008 0.651 137 D 0.055 0.008 0.036 0.034 0.068 0.314 0.009 0.476 138 V 0.042 0.009 0.032 0.019 0.035 0.069 0.004 0.791 139 F 0.055 0.030 0.029 0.021 0.047 0.418 0.008 0.392 140 S 0.114 0.031 0.019 0.017 0.034 0.322 0.009 0.453 141 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 142 K 0.007 0.021 0.003 0.006 0.013 0.531 0.002 0.417 143 V 0.256 0.167 0.007 0.005 0.010 0.169 0.010 0.375 144 V 0.012 0.910 0.006 0.007 0.010 0.007 0.001 0.046 145 Q 0.005 0.907 0.007 0.008 0.013 0.007 0.002 0.052 146 A 0.011 0.920 0.009 0.006 0.009 0.005 0.004 0.037 147 S 0.019 0.930 0.004 0.005 0.010 0.006 0.006 0.021 148 M 0.064 0.817 0.009 0.008 0.013 0.008 0.017 0.064 149 G 0.117 0.698 0.008 0.007 0.007 0.014 0.030 0.120 150 A 0.105 0.664 0.026 0.009 0.013 0.031 0.035 0.116 151 L 0.059 0.719 0.013 0.013 0.018 0.021 0.023 0.135 152 A 0.165 0.442 0.034 0.041 0.036 0.035 0.044 0.203 153 R 0.205 0.190 0.047 0.028 0.036 0.052 0.067 0.376 154 V 0.138 0.231 0.146 0.102 0.106 0.029 0.035 0.214 155 Q 0.003 0.006 0.021 0.028 0.022 0.012 0.002 0.905 156 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 157 T 0.048 0.004 0.297 0.155 0.116 0.053 0.007 0.321 158 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 159 L 0.027 0.006 0.338 0.039 0.138 0.073 0.003 0.377 160 K 0.064 0.013 0.083 0.018 0.014 0.151 0.002 0.654 161 N 0.082 0.019 0.035 0.007 0.014 0.149 0.005 0.688 162 T 0.128 0.050 0.045 0.005 0.014 0.192 0.005 0.561 163 V 0.026 0.059 0.014 0.002 0.006 0.224 0.005 0.664 164 D 0.025 0.076 0.002 0.001 0.002 0.472 0.003 0.420 165 T 0.016 0.815 0.001 0.001 0.001 0.071 0.001 0.094 166 L 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 167 A 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 168 Y 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 169 F 0.010 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 170 R 0.012 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 171 R 0.010 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 172 Q 0.092 0.776 0.005 0.002 0.001 0.001 0.112 0.012 173 G 0.802 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.186 0.007 174 I 0.009 0.001 0.976 0.003 0.001 0.002 0.002 0.008 175 P 0.001 0.001 0.045 0.003 0.003 0.003 0.001 0.945 176 V 0.001 0.001 0.668 0.022 0.083 0.022 0.001 0.202 177 Y 0.001 0.001 0.956 0.014 0.012 0.004 0.001 0.012 178 G 0.002 0.001 0.873 0.032 0.029 0.009 0.001 0.052 179 A 0.006 0.002 0.756 0.040 0.101 0.020 0.002 0.075 180 F 0.024 0.006 0.330 0.076 0.136 0.111 0.005 0.313 181 L 0.062 0.007 0.240 0.055 0.126 0.122 0.012 0.376 182 D 0.040 0.007 0.057 0.028 0.066 0.193 0.012 0.598 183 G 0.112 0.011 0.034 0.016 0.038 0.079 0.025 0.686 184 Q 0.150 0.015 0.029 0.012 0.023 0.372 0.017 0.382 185 S 0.143 0.038 0.023 0.020 0.025 0.240 0.024 0.487 186 L 0.158 0.080 0.042 0.022 0.045 0.097 0.014 0.542 187 Y 0.103 0.108 0.086 0.067 0.086 0.126 0.018 0.406 188 E 0.035 0.033 0.028 0.018 0.030 0.058 0.018 0.781 189 A 0.151 0.048 0.069 0.067 0.134 0.053 0.013 0.466 190 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 191 L 0.015 0.003 0.017 0.031 0.056 0.056 0.003 0.817 192 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 193 N 0.059 0.004 0.014 0.035 0.061 0.091 0.005 0.732 194 F 0.299 0.006 0.032 0.023 0.032 0.054 0.008 0.547 195 T 0.099 0.010 0.038 0.036 0.064 0.220 0.014 0.519 196 E 0.131 0.005 0.039 0.049 0.059 0.173 0.007 0.536 197 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 198 A 0.028 0.002 0.224 0.161 0.244 0.178 0.007 0.156 199 I 0.023 0.004 0.701 0.111 0.098 0.012 0.003 0.048 200 L 0.002 0.001 0.718 0.099 0.153 0.005 0.001 0.022 201 V 0.002 0.001 0.742 0.099 0.119 0.008 0.001 0.029 202 L 0.001 0.002 0.758 0.071 0.113 0.009 0.001 0.046 203 G 0.003 0.001 0.579 0.075 0.141 0.037 0.003 0.160 204 S 0.011 0.002 0.222 0.041 0.097 0.122 0.007 0.499 205 E 0.021 0.003 0.090 0.015 0.049 0.139 0.008 0.676 206 G 0.066 0.007 0.024 0.011 0.020 0.351 0.011 0.509 207 R 0.324 0.014 0.025 0.012 0.014 0.212 0.038 0.361 208 G 0.249 0.023 0.043 0.018 0.015 0.081 0.026 0.545 209 I 0.220 0.030 0.154 0.022 0.036 0.138 0.020 0.379 210 S 0.030 0.012 0.033 0.016 0.043 0.298 0.004 0.565 211 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 212 E 0.002 0.004 0.001 0.002 0.006 0.467 0.001 0.518 213 V 0.081 0.017 0.001 0.001 0.001 0.725 0.003 0.172 214 A 0.014 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 215 A 0.004 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 216 E 0.191 0.684 0.003 0.001 0.001 0.004 0.030 0.086 217 I 0.133 0.811 0.005 0.002 0.003 0.002 0.016 0.028 218 T 0.038 0.777 0.020 0.019 0.029 0.010 0.022 0.085 219 D 0.062 0.480 0.066 0.016 0.017 0.030 0.056 0.272 220 R 0.184 0.210 0.176 0.033 0.029 0.088 0.049 0.231 221 L 0.049 0.157 0.438 0.146 0.052 0.020 0.022 0.117 222 T 0.012 0.028 0.544 0.072 0.095 0.023 0.012 0.215 223 I 0.010 0.006 0.544 0.184 0.118 0.017 0.004 0.117 224 P 0.001 0.001 0.010 0.007 0.009 0.004 0.001 0.970 225 A 0.005 0.004 0.108 0.057 0.240 0.119 0.003 0.464 226 S 0.050 0.007 0.041 0.026 0.039 0.125 0.009 0.703 227 G 0.150 0.009 0.024 0.030 0.037 0.094 0.020 0.635 228 L 0.293 0.011 0.037 0.031 0.041 0.171 0.011 0.405 229 S 0.083 0.023 0.038 0.050 0.074 0.149 0.018 0.564 230 V 0.108 0.028 0.045 0.057 0.092 0.117 0.016 0.535 231 K 0.028 0.020 0.042 0.038 0.046 0.126 0.012 0.688 232 G 0.090 0.027 0.070 0.099 0.085 0.089 0.035 0.504 233 H 0.092 0.007 0.093 0.034 0.058 0.103 0.010 0.602 234 T 0.011 0.005 0.075 0.063 0.081 0.058 0.002 0.704 235 E 0.015 0.012 0.119 0.140 0.195 0.107 0.004 0.409 236 S 0.019 0.012 0.060 0.043 0.091 0.086 0.003 0.686 237 L 0.045 0.062 0.172 0.151 0.141 0.066 0.007 0.357 238 N 0.034 0.026 0.040 0.029 0.046 0.237 0.007 0.583 239 V 0.050 0.137 0.056 0.049 0.083 0.209 0.006 0.409 240 A 0.021 0.535 0.018 0.025 0.045 0.130 0.003 0.223 241 I 0.028 0.403 0.007 0.012 0.029 0.204 0.008 0.309 242 A 0.003 0.969 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.017 243 T 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 244 A 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 245 I 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 246 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 247 C 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 248 S 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 249 E 0.015 0.955 0.003 0.002 0.001 0.002 0.007 0.015 250 W 0.019 0.942 0.002 0.002 0.002 0.003 0.006 0.024 251 R 0.016 0.927 0.004 0.003 0.005 0.005 0.006 0.034 252 R 0.020 0.916 0.004 0.005 0.004 0.004 0.009 0.037 253 R 0.043 0.827 0.016 0.008 0.009 0.008 0.021 0.068 254 S 0.023 0.751 0.016 0.020 0.016 0.010 0.016 0.147