# TARGET T0378 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0378.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 913 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 2 L 0.005 0.009 0.026 0.270 0.004 0.063 0.622 3 S 0.003 0.003 0.025 0.282 0.187 0.137 0.363 4 A 0.002 0.002 0.018 0.462 0.155 0.145 0.216 5 N 0.003 0.002 0.011 0.619 0.033 0.103 0.230 6 Q 0.001 0.001 0.003 0.568 0.016 0.017 0.394 7 I 0.003 0.001 0.002 0.931 0.005 0.008 0.050 8 K 0.002 0.001 0.001 0.964 0.007 0.005 0.020 9 F 0.001 0.001 0.001 0.980 0.004 0.005 0.008 10 L 0.001 0.001 0.001 0.983 0.003 0.006 0.004 11 R 0.001 0.001 0.001 0.978 0.003 0.014 0.004 12 S 0.001 0.001 0.001 0.956 0.004 0.034 0.005 13 L 0.001 0.001 0.002 0.897 0.012 0.066 0.022 14 R 0.001 0.001 0.006 0.811 0.023 0.120 0.038 15 E 0.002 0.003 0.016 0.679 0.044 0.147 0.110 16 R 0.003 0.004 0.028 0.612 0.062 0.157 0.133 17 K 0.014 0.004 0.033 0.616 0.057 0.143 0.131 18 Y 0.034 0.008 0.043 0.532 0.078 0.086 0.219 19 R 0.063 0.009 0.039 0.553 0.078 0.068 0.191 20 L 0.071 0.006 0.043 0.558 0.057 0.126 0.139 21 R 0.042 0.005 0.041 0.404 0.106 0.292 0.111 22 E 0.020 0.002 0.018 0.139 0.099 0.660 0.062 23 Q 0.044 0.002 0.012 0.069 0.249 0.396 0.228 24 A 0.298 0.017 0.011 0.068 0.097 0.042 0.468 25 F 0.705 0.026 0.009 0.079 0.017 0.014 0.149 26 A 0.756 0.006 0.014 0.123 0.017 0.018 0.066 27 V 0.742 0.008 0.020 0.128 0.019 0.019 0.064 28 E 0.504 0.008 0.032 0.164 0.048 0.052 0.192 29 G 0.226 0.005 0.047 0.237 0.104 0.085 0.296 30 P 0.128 0.005 0.067 0.415 0.094 0.071 0.220 31 K 0.114 0.012 0.062 0.546 0.076 0.060 0.132 32 L 0.032 0.007 0.026 0.782 0.037 0.034 0.082 33 V 0.010 0.002 0.007 0.906 0.020 0.014 0.041 34 G 0.004 0.001 0.004 0.969 0.007 0.008 0.008 35 E 0.002 0.001 0.003 0.975 0.006 0.007 0.007 36 M 0.001 0.001 0.004 0.971 0.006 0.012 0.005 37 L 0.001 0.001 0.010 0.932 0.007 0.040 0.010 38 P 0.001 0.001 0.013 0.824 0.011 0.138 0.012 39 F 0.001 0.001 0.014 0.402 0.029 0.512 0.042 40 Y 0.003 0.003 0.011 0.098 0.055 0.623 0.207 41 R 0.010 0.006 0.007 0.026 0.071 0.021 0.859 42 C 0.074 0.023 0.024 0.075 0.091 0.020 0.691 43 R 0.200 0.018 0.068 0.251 0.085 0.057 0.321 44 M 0.302 0.009 0.075 0.337 0.060 0.054 0.162 45 L 0.442 0.007 0.065 0.318 0.042 0.033 0.094 46 V 0.452 0.008 0.040 0.338 0.030 0.036 0.096 47 G 0.406 0.008 0.027 0.352 0.049 0.045 0.113 48 T 0.265 0.008 0.035 0.367 0.066 0.062 0.196 49 A 0.104 0.009 0.024 0.369 0.091 0.060 0.343 50 A 0.036 0.005 0.029 0.682 0.044 0.050 0.155 51 M 0.018 0.002 0.033 0.806 0.031 0.054 0.056 52 L 0.011 0.003 0.027 0.833 0.028 0.050 0.048 53 R 0.005 0.002 0.012 0.899 0.024 0.023 0.035 54 A 0.004 0.001 0.007 0.927 0.014 0.021 0.026 55 V 0.006 0.001 0.006 0.923 0.012 0.026 0.027 56 S 0.003 0.001 0.005 0.936 0.010 0.018 0.027 57 T 0.004 0.001 0.010 0.927 0.013 0.025 0.019 58 P 0.003 0.002 0.020 0.874 0.010 0.075 0.016 59 H 0.002 0.002 0.023 0.747 0.021 0.181 0.025 60 D 0.001 0.001 0.009 0.192 0.043 0.738 0.016 61 A 0.001 0.001 0.003 0.007 0.047 0.884 0.058 62 E 0.033 0.006 0.001 0.003 0.161 0.008 0.789 63 V 0.284 0.014 0.001 0.002 0.087 0.004 0.608 64 V 0.822 0.014 0.002 0.002 0.012 0.003 0.146 65 E 0.930 0.001 0.001 0.002 0.009 0.002 0.054 66 L 0.942 0.004 0.001 0.001 0.009 0.002 0.041 67 P 0.751 0.018 0.001 0.002 0.025 0.002 0.203 68 E 0.121 0.004 0.001 0.004 0.038 0.004 0.829 69 S 0.001 0.001 0.073 0.843 0.026 0.046 0.012 70 F 0.001 0.001 0.082 0.868 0.018 0.027 0.005 71 D 0.001 0.001 0.065 0.909 0.005 0.016 0.005 72 F 0.001 0.001 0.021 0.956 0.004 0.012 0.007 73 K 0.001 0.001 0.028 0.907 0.005 0.051 0.007 74 R 0.001 0.001 0.037 0.869 0.008 0.078 0.007 75 I 0.002 0.003 0.028 0.832 0.029 0.085 0.020 76 S 0.009 0.011 0.020 0.487 0.107 0.272 0.092 77 T 0.012 0.005 0.012 0.084 0.202 0.430 0.255 78 Q 0.018 0.007 0.010 0.017 0.408 0.112 0.429 79 T 0.064 0.022 0.018 0.013 0.313 0.079 0.490 80 T 0.118 0.035 0.025 0.011 0.209 0.068 0.534 81 P 0.174 0.018 0.046 0.011 0.184 0.066 0.501 82 Q 0.232 0.016 0.063 0.014 0.261 0.177 0.236 83 P 0.465 0.012 0.049 0.010 0.130 0.089 0.244 84 L 0.815 0.008 0.009 0.004 0.019 0.009 0.136 85 M 0.959 0.003 0.001 0.002 0.007 0.002 0.026 86 A 0.967 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 87 V 0.955 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.034 88 F 0.835 0.011 0.001 0.002 0.017 0.003 0.131 89 D 0.476 0.009 0.003 0.004 0.087 0.009 0.412 90 L 0.146 0.015 0.016 0.021 0.214 0.049 0.539 91 P 0.041 0.012 0.056 0.042 0.155 0.137 0.558 92 A 0.026 0.019 0.078 0.047 0.159 0.131 0.539 93 E 0.021 0.015 0.128 0.068 0.136 0.162 0.469 94 P 0.017 0.008 0.131 0.061 0.129 0.196 0.458 95 E 0.017 0.020 0.147 0.067 0.150 0.128 0.471 96 P 0.015 0.012 0.244 0.079 0.141 0.145 0.364 97 V 0.020 0.011 0.230 0.078 0.145 0.243 0.273 98 V 0.021 0.016 0.127 0.067 0.272 0.231 0.265 99 E 0.031 0.011 0.013 0.021 0.413 0.050 0.462 100 G 0.086 0.005 0.006 0.008 0.185 0.056 0.654 101 L 0.608 0.015 0.005 0.006 0.072 0.015 0.279 102 T 0.924 0.007 0.002 0.003 0.012 0.002 0.051 103 L 0.975 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 104 L 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 105 L 0.923 0.010 0.003 0.002 0.008 0.004 0.051 106 D 0.658 0.011 0.008 0.003 0.059 0.017 0.243 107 G 0.172 0.017 0.033 0.004 0.261 0.165 0.349 108 V 0.062 0.034 0.025 0.004 0.297 0.158 0.419 109 Q 0.015 0.033 0.015 0.003 0.428 0.091 0.415 110 D 0.006 0.012 0.008 0.005 0.439 0.036 0.494 111 P 0.002 0.006 0.077 0.054 0.177 0.496 0.188 112 G 0.003 0.007 0.089 0.108 0.163 0.508 0.122 113 N 0.013 0.027 0.070 0.438 0.143 0.072 0.238 114 V 0.007 0.005 0.012 0.895 0.018 0.016 0.047 115 G 0.004 0.001 0.006 0.962 0.007 0.007 0.012 116 T 0.005 0.001 0.008 0.972 0.002 0.007 0.005 117 I 0.002 0.001 0.003 0.986 0.001 0.006 0.001 118 L 0.002 0.001 0.002 0.986 0.001 0.006 0.002 119 R 0.002 0.001 0.002 0.975 0.002 0.016 0.003 120 T 0.002 0.001 0.002 0.961 0.004 0.020 0.010 121 A 0.001 0.001 0.010 0.959 0.005 0.014 0.011 122 D 0.001 0.001 0.033 0.916 0.006 0.040 0.004 123 W 0.002 0.001 0.082 0.719 0.011 0.176 0.009 124 F 0.003 0.004 0.065 0.431 0.025 0.457 0.016 125 G 0.008 0.007 0.024 0.065 0.041 0.794 0.061 126 I 0.038 0.002 0.004 0.008 0.134 0.027 0.786 127 R 0.172 0.001 0.006 0.003 0.492 0.030 0.296 128 H 0.918 0.012 0.002 0.001 0.019 0.005 0.042 129 V 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 130 W 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 131 L 0.922 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.068 132 G 0.391 0.008 0.001 0.001 0.100 0.015 0.483 133 T 0.051 0.006 0.020 0.007 0.462 0.162 0.291 134 G 0.016 0.012 0.060 0.011 0.394 0.314 0.192 135 S 0.023 0.028 0.115 0.020 0.294 0.271 0.248 136 A 0.031 0.057 0.075 0.024 0.341 0.099 0.373 137 D 0.022 0.026 0.060 0.026 0.237 0.167 0.463 138 V 0.019 0.018 0.069 0.039 0.174 0.374 0.307 139 F 0.015 0.036 0.024 0.055 0.381 0.173 0.316 140 S 0.013 0.012 0.004 0.074 0.264 0.016 0.618 141 P 0.001 0.001 0.014 0.942 0.010 0.021 0.012 142 K 0.001 0.001 0.011 0.964 0.006 0.015 0.004 143 V 0.003 0.001 0.011 0.973 0.002 0.008 0.003 144 V 0.004 0.001 0.003 0.982 0.002 0.005 0.003 145 Q 0.012 0.001 0.006 0.958 0.003 0.016 0.005 146 A 0.010 0.001 0.012 0.910 0.007 0.052 0.009 147 S 0.016 0.005 0.014 0.810 0.018 0.118 0.020 148 M 0.010 0.002 0.023 0.618 0.038 0.280 0.030 149 G 0.010 0.002 0.029 0.287 0.078 0.541 0.054 150 A 0.048 0.012 0.048 0.260 0.147 0.135 0.349 151 L 0.192 0.019 0.087 0.247 0.106 0.093 0.256 152 A 0.381 0.012 0.089 0.171 0.097 0.101 0.149 153 R 0.446 0.024 0.074 0.100 0.060 0.134 0.161 154 V 0.505 0.008 0.006 0.022 0.125 0.013 0.322 155 Q 0.624 0.004 0.004 0.005 0.078 0.007 0.278 156 P 0.857 0.016 0.003 0.004 0.012 0.004 0.103 157 T 0.901 0.004 0.003 0.002 0.016 0.004 0.070 158 P 0.884 0.007 0.003 0.003 0.017 0.005 0.080 159 L 0.546 0.013 0.004 0.004 0.051 0.016 0.366 160 K 0.144 0.023 0.003 0.002 0.382 0.036 0.409 161 N 0.056 0.039 0.001 0.005 0.382 0.010 0.507 162 T 0.003 0.002 0.020 0.885 0.027 0.016 0.048 163 V 0.001 0.001 0.008 0.982 0.003 0.006 0.001 164 D 0.001 0.001 0.008 0.986 0.001 0.005 0.001 165 T 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 166 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 167 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 168 Y 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 169 F 0.001 0.001 0.002 0.987 0.002 0.006 0.002 170 R 0.001 0.001 0.008 0.969 0.001 0.017 0.003 171 R 0.001 0.001 0.013 0.892 0.007 0.084 0.004 172 Q 0.001 0.001 0.008 0.218 0.018 0.753 0.003 173 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.941 0.031 174 I 0.068 0.001 0.001 0.001 0.059 0.003 0.868 175 P 0.821 0.004 0.001 0.001 0.041 0.001 0.132 176 V 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 177 Y 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 178 G 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 179 A 0.861 0.004 0.001 0.001 0.017 0.002 0.114 180 F 0.483 0.013 0.005 0.004 0.097 0.018 0.379 181 L 0.136 0.010 0.030 0.017 0.218 0.181 0.408 182 D 0.041 0.013 0.050 0.024 0.276 0.246 0.350 183 G 0.035 0.007 0.130 0.087 0.263 0.271 0.207 184 Q 0.044 0.010 0.131 0.123 0.212 0.229 0.251 185 S 0.077 0.018 0.109 0.129 0.216 0.162 0.289 186 L 0.139 0.030 0.072 0.131 0.130 0.152 0.347 187 Y 0.170 0.020 0.060 0.134 0.148 0.117 0.351 188 E 0.184 0.025 0.075 0.142 0.064 0.074 0.436 189 A 0.152 0.023 0.208 0.222 0.053 0.104 0.239 190 P 0.198 0.023 0.236 0.190 0.077 0.105 0.169 191 L 0.187 0.017 0.183 0.176 0.100 0.106 0.231 192 P 0.139 0.041 0.061 0.123 0.175 0.092 0.370 193 N 0.068 0.039 0.042 0.044 0.134 0.137 0.536 194 F 0.048 0.035 0.026 0.032 0.288 0.200 0.371 195 T 0.030 0.034 0.018 0.010 0.399 0.172 0.337 196 E 0.027 0.007 0.006 0.004 0.590 0.048 0.318 197 P 0.105 0.003 0.002 0.001 0.288 0.024 0.578 198 A 0.874 0.009 0.001 0.001 0.033 0.003 0.080 199 I 0.984 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 200 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 201 V 0.972 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 202 L 0.639 0.003 0.001 0.001 0.038 0.006 0.313 203 G 0.241 0.008 0.003 0.001 0.318 0.024 0.405 204 S 0.088 0.043 0.026 0.008 0.368 0.069 0.399 205 E 0.026 0.024 0.148 0.022 0.228 0.222 0.329 206 G 0.013 0.010 0.237 0.024 0.203 0.362 0.151 207 R 0.007 0.005 0.193 0.025 0.226 0.392 0.152 208 G 0.009 0.029 0.084 0.025 0.312 0.293 0.249 209 I 0.009 0.075 0.017 0.040 0.254 0.032 0.572 210 S 0.005 0.006 0.002 0.064 0.068 0.006 0.849 211 P 0.001 0.001 0.010 0.981 0.002 0.005 0.002 212 E 0.001 0.001 0.007 0.986 0.001 0.006 0.001 213 V 0.001 0.001 0.010 0.981 0.001 0.008 0.001 214 A 0.001 0.001 0.011 0.974 0.001 0.011 0.002 215 A 0.005 0.001 0.022 0.817 0.007 0.141 0.008 216 E 0.010 0.005 0.051 0.500 0.022 0.386 0.026 217 I 0.072 0.016 0.019 0.095 0.181 0.133 0.484 218 T 0.115 0.001 0.007 0.013 0.391 0.067 0.406 219 D 0.571 0.001 0.003 0.010 0.328 0.023 0.064 220 R 0.966 0.004 0.001 0.003 0.003 0.002 0.022 221 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 222 T 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 223 I 0.809 0.005 0.001 0.001 0.016 0.001 0.169 224 P 0.319 0.005 0.001 0.001 0.079 0.004 0.592 225 A 0.082 0.029 0.029 0.017 0.222 0.067 0.553 226 S 0.032 0.030 0.072 0.022 0.236 0.132 0.477 227 G 0.019 0.007 0.190 0.054 0.206 0.384 0.140 228 L 0.011 0.010 0.172 0.058 0.245 0.342 0.162 229 S 0.010 0.012 0.108 0.063 0.228 0.299 0.281 230 V 0.018 0.014 0.085 0.082 0.179 0.285 0.338 231 K 0.033 0.012 0.074 0.109 0.215 0.256 0.301 232 G 0.059 0.018 0.060 0.116 0.209 0.251 0.286 233 H 0.110 0.023 0.051 0.245 0.163 0.104 0.304 234 T 0.281 0.024 0.029 0.214 0.068 0.063 0.320 235 E 0.334 0.014 0.019 0.251 0.088 0.039 0.255 236 S 0.319 0.015 0.010 0.358 0.066 0.017 0.215 237 L 0.032 0.002 0.010 0.899 0.018 0.013 0.024 238 N 0.009 0.001 0.005 0.958 0.007 0.009 0.011 239 V 0.002 0.001 0.002 0.981 0.003 0.005 0.006 240 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.004 0.003 241 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.003 0.002 242 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 243 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 244 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 245 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 246 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 247 C 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 248 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 249 E 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.011 0.001 250 W 0.001 0.001 0.002 0.971 0.003 0.020 0.003 251 R 0.001 0.001 0.007 0.919 0.011 0.052 0.010 252 R 0.004 0.001 0.015 0.566 0.032 0.342 0.040 253 R 0.004 0.007 0.020 0.266 0.003 0.460 0.240 254 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.997