# TARGET T0378 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0378.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 913 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.752 0.174 0.054 0.017 0.003 0.001 0.001 2 L 0.658 0.187 0.087 0.049 0.016 0.003 0.001 3 S 0.748 0.156 0.052 0.029 0.012 0.003 0.001 4 A 0.782 0.152 0.045 0.016 0.004 0.001 0.001 5 N 0.734 0.180 0.059 0.021 0.005 0.001 0.001 6 Q 0.600 0.225 0.089 0.055 0.024 0.006 0.001 7 I 0.464 0.262 0.182 0.077 0.014 0.001 0.001 8 K 0.638 0.267 0.071 0.019 0.004 0.001 0.001 9 F 0.526 0.284 0.124 0.052 0.012 0.001 0.001 10 L 0.335 0.216 0.190 0.184 0.066 0.008 0.001 11 R 0.625 0.259 0.084 0.027 0.005 0.001 0.001 12 S 0.689 0.233 0.059 0.016 0.003 0.001 0.001 13 L 0.371 0.226 0.196 0.147 0.052 0.007 0.001 14 R 0.580 0.222 0.113 0.063 0.019 0.003 0.001 15 E 0.657 0.217 0.080 0.035 0.010 0.002 0.001 16 R 0.657 0.226 0.078 0.030 0.008 0.001 0.001 17 K 0.592 0.256 0.093 0.041 0.014 0.003 0.001 18 Y 0.362 0.284 0.190 0.123 0.034 0.005 0.001 19 R 0.359 0.275 0.185 0.130 0.045 0.006 0.001 20 L 0.536 0.295 0.108 0.048 0.012 0.002 0.001 21 R 0.559 0.261 0.110 0.054 0.014 0.002 0.001 22 E 0.427 0.323 0.154 0.073 0.020 0.003 0.001 23 Q 0.229 0.333 0.230 0.148 0.051 0.009 0.001 24 A 0.047 0.133 0.202 0.295 0.238 0.079 0.005 25 F 0.015 0.024 0.049 0.137 0.272 0.417 0.087 26 A 0.006 0.010 0.023 0.066 0.167 0.456 0.272 27 V 0.005 0.006 0.014 0.042 0.121 0.408 0.404 28 E 0.005 0.016 0.036 0.095 0.204 0.369 0.276 29 G 0.006 0.015 0.029 0.070 0.175 0.400 0.305 30 P 0.006 0.038 0.096 0.193 0.261 0.295 0.111 31 K 0.021 0.095 0.181 0.263 0.244 0.164 0.032 32 L 0.010 0.033 0.063 0.141 0.287 0.354 0.113 33 V 0.008 0.013 0.022 0.087 0.279 0.489 0.103 34 G 0.041 0.200 0.291 0.264 0.140 0.056 0.007 35 E 0.066 0.247 0.321 0.235 0.097 0.030 0.003 36 M 0.012 0.032 0.061 0.179 0.372 0.314 0.030 37 L 0.034 0.078 0.171 0.314 0.270 0.121 0.011 38 P 0.393 0.395 0.137 0.051 0.016 0.006 0.002 39 F 0.285 0.325 0.225 0.113 0.040 0.011 0.002 40 Y 0.276 0.257 0.207 0.151 0.077 0.028 0.004 41 R 0.217 0.207 0.211 0.190 0.125 0.045 0.005 42 C 0.282 0.250 0.186 0.162 0.088 0.028 0.003 43 R 0.174 0.166 0.173 0.208 0.176 0.091 0.012 44 M 0.176 0.184 0.180 0.197 0.162 0.087 0.014 45 L 0.175 0.179 0.173 0.184 0.162 0.106 0.020 46 V 0.099 0.107 0.125 0.205 0.234 0.192 0.038 47 G 0.091 0.094 0.122 0.193 0.234 0.224 0.041 48 T 0.101 0.130 0.144 0.183 0.207 0.192 0.044 49 A 0.131 0.192 0.197 0.216 0.162 0.086 0.016 50 A 0.130 0.164 0.185 0.213 0.178 0.110 0.020 51 M 0.371 0.315 0.164 0.089 0.040 0.018 0.003 52 L 0.197 0.323 0.237 0.144 0.070 0.025 0.004 53 R 0.037 0.061 0.114 0.229 0.327 0.215 0.016 54 A 0.073 0.156 0.229 0.284 0.186 0.068 0.004 55 V 0.342 0.394 0.153 0.069 0.030 0.011 0.001 56 S 0.104 0.226 0.298 0.250 0.100 0.022 0.001 57 T 0.084 0.099 0.157 0.305 0.264 0.087 0.003 58 P 0.368 0.349 0.175 0.078 0.024 0.005 0.001 59 H 0.556 0.273 0.105 0.050 0.014 0.002 0.001 60 D 0.376 0.306 0.192 0.098 0.025 0.004 0.001 61 A 0.521 0.316 0.111 0.038 0.011 0.002 0.001 62 E 0.098 0.149 0.223 0.316 0.180 0.032 0.001 63 V 0.204 0.347 0.248 0.135 0.053 0.012 0.001 64 V 0.025 0.047 0.113 0.281 0.371 0.155 0.009 65 E 0.075 0.190 0.237 0.281 0.165 0.051 0.003 66 L 0.122 0.242 0.241 0.207 0.134 0.051 0.003 67 P 0.020 0.065 0.159 0.342 0.313 0.096 0.005 68 E 0.264 0.401 0.199 0.097 0.031 0.007 0.001 69 S 0.331 0.362 0.206 0.081 0.017 0.002 0.001 70 F 0.598 0.331 0.059 0.010 0.002 0.001 0.001 71 D 0.067 0.238 0.314 0.252 0.110 0.018 0.001 72 F 0.014 0.039 0.121 0.348 0.380 0.095 0.003 73 K 0.153 0.457 0.272 0.095 0.020 0.003 0.001 74 R 0.203 0.375 0.263 0.121 0.031 0.006 0.001 75 I 0.036 0.075 0.127 0.264 0.348 0.143 0.008 76 S 0.050 0.084 0.204 0.334 0.244 0.078 0.007 77 T 0.378 0.381 0.151 0.061 0.021 0.007 0.001 78 Q 0.236 0.299 0.240 0.142 0.060 0.019 0.003 79 T 0.221 0.236 0.184 0.176 0.113 0.056 0.014 80 T 0.119 0.139 0.150 0.191 0.214 0.148 0.039 81 P 0.083 0.081 0.106 0.195 0.246 0.213 0.075 82 Q 0.092 0.121 0.130 0.178 0.190 0.198 0.091 83 P 0.052 0.081 0.116 0.177 0.207 0.226 0.142 84 L 0.015 0.023 0.038 0.079 0.170 0.381 0.293 85 M 0.015 0.026 0.052 0.119 0.205 0.364 0.220 86 A 0.015 0.030 0.053 0.107 0.195 0.394 0.205 87 V 0.012 0.043 0.114 0.229 0.283 0.258 0.060 88 F 0.010 0.021 0.050 0.141 0.334 0.377 0.067 89 D 0.078 0.212 0.268 0.250 0.137 0.049 0.006 90 L 0.154 0.264 0.249 0.195 0.100 0.034 0.003 91 P 0.170 0.219 0.222 0.226 0.123 0.037 0.002 92 A 0.344 0.307 0.184 0.107 0.046 0.012 0.001 93 E 0.222 0.231 0.230 0.191 0.098 0.027 0.002 94 P 0.269 0.245 0.201 0.172 0.088 0.024 0.001 95 E 0.399 0.288 0.164 0.103 0.036 0.009 0.001 96 P 0.354 0.243 0.168 0.138 0.074 0.022 0.002 97 V 0.489 0.271 0.131 0.075 0.027 0.006 0.001 98 V 0.409 0.329 0.163 0.073 0.022 0.004 0.001 99 E 0.105 0.208 0.254 0.271 0.137 0.024 0.001 100 G 0.038 0.213 0.326 0.298 0.105 0.019 0.001 101 L 0.004 0.019 0.054 0.211 0.384 0.300 0.029 102 T 0.002 0.008 0.028 0.097 0.286 0.471 0.108 103 L 0.001 0.002 0.007 0.029 0.097 0.447 0.417 104 L 0.001 0.005 0.017 0.061 0.154 0.431 0.331 105 L 0.001 0.003 0.009 0.031 0.116 0.433 0.407 106 D 0.005 0.032 0.085 0.197 0.281 0.283 0.117 107 G 0.033 0.119 0.181 0.249 0.250 0.142 0.026 108 V 0.026 0.068 0.132 0.243 0.294 0.202 0.036 109 Q 0.154 0.245 0.199 0.181 0.134 0.074 0.012 110 D 0.130 0.141 0.183 0.209 0.175 0.134 0.028 111 P 0.126 0.133 0.135 0.195 0.210 0.160 0.041 112 G 0.143 0.187 0.194 0.189 0.168 0.089 0.029 113 N 0.050 0.070 0.100 0.179 0.238 0.240 0.122 114 V 0.051 0.048 0.057 0.095 0.158 0.338 0.254 115 G 0.031 0.044 0.068 0.142 0.210 0.279 0.225 116 T 0.023 0.029 0.046 0.089 0.192 0.345 0.275 117 I 0.009 0.009 0.011 0.035 0.104 0.338 0.494 118 L 0.005 0.008 0.017 0.048 0.107 0.295 0.520 119 R 0.015 0.028 0.042 0.078 0.134 0.272 0.432 120 T 0.011 0.019 0.030 0.065 0.144 0.332 0.399 121 A 0.006 0.007 0.012 0.040 0.110 0.367 0.457 122 D 0.017 0.046 0.064 0.123 0.164 0.269 0.317 123 W 0.019 0.024 0.033 0.070 0.157 0.344 0.353 124 F 0.007 0.010 0.015 0.042 0.160 0.461 0.305 125 G 0.018 0.054 0.115 0.232 0.243 0.262 0.075 126 I 0.010 0.019 0.048 0.106 0.208 0.383 0.226 127 R 0.008 0.057 0.120 0.234 0.261 0.237 0.084 128 H 0.002 0.008 0.025 0.082 0.216 0.456 0.211 129 V 0.001 0.001 0.003 0.013 0.066 0.425 0.493 130 W 0.001 0.002 0.007 0.033 0.120 0.485 0.353 131 L 0.001 0.002 0.006 0.022 0.124 0.503 0.343 132 G 0.004 0.028 0.089 0.238 0.336 0.251 0.053 133 T 0.049 0.180 0.307 0.275 0.132 0.049 0.009 134 G 0.126 0.264 0.218 0.186 0.139 0.058 0.008 135 S 0.096 0.191 0.228 0.250 0.155 0.071 0.008 136 A 0.072 0.084 0.136 0.213 0.261 0.206 0.027 137 D 0.155 0.183 0.186 0.198 0.160 0.101 0.017 138 V 0.159 0.181 0.187 0.200 0.158 0.095 0.020 139 F 0.106 0.154 0.176 0.225 0.213 0.107 0.019 140 S 0.149 0.262 0.262 0.193 0.094 0.034 0.007 141 P 0.217 0.276 0.193 0.170 0.098 0.038 0.008 142 K 0.142 0.248 0.252 0.195 0.108 0.045 0.010 143 V 0.031 0.055 0.095 0.196 0.302 0.264 0.057 144 V 0.040 0.091 0.128 0.211 0.266 0.213 0.050 145 Q 0.065 0.121 0.164 0.219 0.194 0.169 0.068 146 A 0.030 0.042 0.062 0.127 0.227 0.329 0.183 147 S 0.024 0.039 0.054 0.097 0.174 0.345 0.267 148 M 0.045 0.078 0.109 0.181 0.209 0.234 0.144 149 G 0.063 0.109 0.139 0.183 0.207 0.202 0.096 150 A 0.028 0.037 0.050 0.101 0.200 0.361 0.223 151 L 0.035 0.063 0.095 0.169 0.213 0.268 0.157 152 A 0.073 0.133 0.159 0.199 0.193 0.174 0.070 153 R 0.053 0.104 0.141 0.203 0.235 0.196 0.068 154 V 0.031 0.046 0.077 0.168 0.268 0.304 0.106 155 Q 0.071 0.148 0.187 0.225 0.188 0.141 0.039 156 P 0.033 0.050 0.086 0.174 0.271 0.314 0.071 157 T 0.033 0.075 0.103 0.185 0.278 0.266 0.060 158 P 0.067 0.191 0.255 0.252 0.151 0.072 0.011 159 L 0.045 0.107 0.173 0.262 0.258 0.140 0.015 160 K 0.232 0.344 0.216 0.114 0.057 0.031 0.005 161 N 0.050 0.256 0.308 0.255 0.101 0.026 0.004 162 T 0.005 0.022 0.070 0.180 0.396 0.300 0.026 163 V 0.096 0.362 0.348 0.148 0.036 0.009 0.001 164 D 0.067 0.434 0.345 0.121 0.027 0.005 0.001 165 T 0.002 0.005 0.019 0.103 0.435 0.417 0.020 166 L 0.001 0.011 0.071 0.329 0.422 0.159 0.007 167 A 0.084 0.612 0.224 0.060 0.015 0.004 0.001 168 Y 0.007 0.103 0.434 0.376 0.072 0.007 0.001 169 F 0.002 0.010 0.026 0.181 0.544 0.232 0.005 170 R 0.089 0.359 0.364 0.155 0.029 0.003 0.001 171 R 0.676 0.271 0.039 0.011 0.002 0.001 0.001 172 Q 0.048 0.313 0.433 0.182 0.023 0.001 0.001 173 G 0.116 0.520 0.259 0.086 0.017 0.002 0.001 174 I 0.001 0.005 0.028 0.152 0.440 0.355 0.019 175 P 0.001 0.006 0.034 0.203 0.415 0.316 0.027 176 V 0.001 0.001 0.001 0.008 0.066 0.506 0.419 177 Y 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.298 0.671 178 G 0.001 0.001 0.002 0.013 0.055 0.319 0.610 179 A 0.001 0.001 0.002 0.011 0.069 0.395 0.522 180 F 0.001 0.014 0.053 0.150 0.333 0.355 0.093 181 L 0.007 0.054 0.144 0.285 0.314 0.169 0.027 182 D 0.096 0.246 0.249 0.209 0.139 0.055 0.006 183 G 0.206 0.246 0.211 0.180 0.105 0.048 0.005 184 Q 0.416 0.280 0.162 0.089 0.036 0.014 0.002 185 S 0.404 0.241 0.159 0.109 0.059 0.024 0.004 186 L 0.237 0.241 0.221 0.162 0.100 0.035 0.004 187 Y 0.246 0.269 0.208 0.172 0.078 0.024 0.003 188 E 0.206 0.269 0.226 0.177 0.085 0.033 0.004 189 A 0.084 0.106 0.154 0.241 0.243 0.149 0.024 190 P 0.142 0.207 0.196 0.210 0.158 0.074 0.013 191 L 0.195 0.266 0.231 0.171 0.088 0.040 0.009 192 P 0.092 0.130 0.160 0.256 0.234 0.114 0.013 193 N 0.194 0.332 0.227 0.159 0.067 0.019 0.002 194 F 0.056 0.096 0.171 0.315 0.279 0.079 0.004 195 T 0.230 0.392 0.226 0.115 0.032 0.005 0.001 196 E 0.076 0.347 0.327 0.188 0.054 0.007 0.001 197 P 0.004 0.058 0.190 0.394 0.287 0.066 0.002 198 A 0.001 0.003 0.018 0.110 0.394 0.448 0.027 199 I 0.001 0.001 0.001 0.010 0.080 0.514 0.395 200 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.227 0.750 201 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.152 0.830 202 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.226 0.738 203 G 0.001 0.002 0.007 0.029 0.120 0.399 0.443 204 S 0.001 0.009 0.028 0.087 0.260 0.385 0.230 205 E 0.005 0.032 0.077 0.142 0.264 0.344 0.137 206 G 0.019 0.066 0.118 0.225 0.286 0.244 0.041 207 R 0.066 0.154 0.207 0.237 0.186 0.130 0.022 208 G 0.104 0.171 0.193 0.211 0.180 0.118 0.024 209 I 0.034 0.065 0.113 0.235 0.334 0.191 0.029 210 S 0.081 0.258 0.307 0.222 0.103 0.027 0.003 211 P 0.419 0.399 0.128 0.042 0.010 0.002 0.001 212 E 0.183 0.374 0.278 0.120 0.036 0.008 0.001 213 V 0.022 0.042 0.095 0.267 0.394 0.168 0.011 214 A 0.051 0.224 0.306 0.270 0.117 0.029 0.002 215 A 0.353 0.452 0.141 0.040 0.011 0.003 0.001 216 E 0.035 0.126 0.272 0.321 0.178 0.061 0.007 217 I 0.006 0.011 0.028 0.115 0.337 0.436 0.065 218 T 0.027 0.108 0.226 0.283 0.226 0.106 0.024 219 D 0.053 0.199 0.232 0.218 0.167 0.113 0.018 220 R 0.009 0.034 0.109 0.244 0.304 0.247 0.053 221 L 0.003 0.005 0.013 0.057 0.204 0.506 0.212 222 T 0.026 0.083 0.152 0.247 0.258 0.186 0.048 223 I 0.025 0.028 0.041 0.094 0.207 0.398 0.206 224 P 0.036 0.085 0.130 0.236 0.247 0.216 0.049 225 A 0.108 0.137 0.130 0.197 0.232 0.165 0.031 226 S 0.201 0.251 0.187 0.171 0.118 0.059 0.012 227 G 0.246 0.229 0.205 0.167 0.100 0.044 0.010 228 L 0.490 0.242 0.130 0.082 0.037 0.016 0.003 229 S 0.525 0.248 0.124 0.068 0.025 0.007 0.001 230 V 0.523 0.278 0.121 0.055 0.018 0.004 0.001 231 K 0.426 0.303 0.162 0.076 0.025 0.007 0.001 232 G 0.326 0.209 0.168 0.158 0.097 0.038 0.006 233 H 0.236 0.295 0.210 0.156 0.077 0.023 0.004 234 T 0.049 0.087 0.131 0.232 0.293 0.171 0.036 235 E 0.061 0.153 0.226 0.259 0.187 0.087 0.026 236 S 0.034 0.060 0.077 0.141 0.225 0.331 0.133 237 L 0.014 0.019 0.036 0.095 0.226 0.403 0.207 238 N 0.021 0.034 0.052 0.115 0.223 0.372 0.183 239 V 0.010 0.016 0.029 0.074 0.173 0.375 0.322 240 A 0.018 0.022 0.020 0.044 0.110 0.313 0.472 241 I 0.015 0.029 0.037 0.081 0.128 0.289 0.421 242 A 0.017 0.025 0.039 0.084 0.140 0.300 0.395 243 T 0.011 0.015 0.025 0.054 0.118 0.306 0.471 244 A 0.020 0.018 0.024 0.050 0.110 0.316 0.462 245 I 0.021 0.021 0.037 0.080 0.160 0.318 0.363 246 L 0.033 0.043 0.057 0.101 0.153 0.326 0.286 247 C 0.048 0.036 0.050 0.100 0.157 0.345 0.264 248 S 0.138 0.081 0.083 0.126 0.209 0.267 0.096 249 E 0.239 0.144 0.149 0.161 0.162 0.112 0.033 250 W 0.236 0.130 0.135 0.184 0.166 0.122 0.028 251 R 0.283 0.188 0.150 0.154 0.135 0.081 0.010 252 R 0.359 0.204 0.152 0.146 0.090 0.041 0.008 253 R 0.521 0.170 0.107 0.097 0.066 0.033 0.005 254 S 0.597 0.156 0.079 0.067 0.059 0.036 0.006