# TARGET T0378 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0378.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1350 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.002 0.003 0.040 0.098 0.853 2 L 0.006 0.004 0.018 0.110 0.199 0.662 3 S 0.006 0.004 0.021 0.133 0.243 0.592 4 A 0.004 0.003 0.049 0.299 0.297 0.347 5 N 0.005 0.002 0.033 0.690 0.121 0.149 6 Q 0.013 0.004 0.020 0.834 0.050 0.080 7 I 0.011 0.001 0.008 0.930 0.022 0.029 8 K 0.011 0.001 0.009 0.941 0.015 0.022 9 F 0.012 0.001 0.010 0.949 0.016 0.012 10 L 0.005 0.001 0.008 0.966 0.010 0.010 11 R 0.004 0.001 0.008 0.965 0.013 0.010 12 S 0.006 0.001 0.011 0.931 0.026 0.025 13 L 0.003 0.001 0.012 0.887 0.036 0.062 14 R 0.004 0.001 0.015 0.865 0.044 0.071 15 E 0.006 0.002 0.018 0.823 0.069 0.082 16 R 0.011 0.002 0.017 0.667 0.107 0.197 17 K 0.021 0.003 0.016 0.554 0.132 0.274 18 Y 0.061 0.008 0.027 0.537 0.162 0.205 19 R 0.067 0.006 0.039 0.582 0.138 0.168 20 L 0.061 0.006 0.043 0.581 0.152 0.157 21 R 0.064 0.008 0.055 0.561 0.175 0.137 22 E 0.062 0.005 0.054 0.466 0.219 0.195 23 Q 0.070 0.004 0.049 0.257 0.313 0.307 24 A 0.179 0.006 0.026 0.134 0.269 0.386 25 F 0.468 0.008 0.014 0.080 0.145 0.284 26 A 0.772 0.008 0.007 0.070 0.049 0.094 27 V 0.728 0.011 0.007 0.113 0.044 0.097 28 E 0.597 0.014 0.008 0.106 0.068 0.207 29 G 0.223 0.006 0.017 0.190 0.137 0.427 30 P 0.066 0.005 0.086 0.470 0.125 0.248 31 K 0.035 0.013 0.082 0.682 0.095 0.093 32 L 0.006 0.004 0.081 0.863 0.029 0.017 33 V 0.003 0.001 0.042 0.920 0.023 0.010 34 G 0.002 0.001 0.082 0.890 0.022 0.004 35 E 0.003 0.001 0.080 0.862 0.045 0.009 36 M 0.004 0.004 0.084 0.842 0.049 0.017 37 L 0.006 0.002 0.240 0.532 0.201 0.019 38 P 0.004 0.001 0.228 0.406 0.310 0.051 39 F 0.014 0.006 0.179 0.213 0.402 0.185 40 Y 0.077 0.012 0.027 0.035 0.462 0.388 41 R 0.167 0.010 0.010 0.015 0.156 0.642 42 C 0.646 0.010 0.010 0.019 0.093 0.223 43 R 0.717 0.002 0.009 0.030 0.088 0.154 44 M 0.937 0.001 0.004 0.015 0.015 0.028 45 L 0.977 0.001 0.001 0.008 0.004 0.009 46 V 0.968 0.001 0.001 0.009 0.005 0.016 47 G 0.844 0.005 0.001 0.019 0.018 0.114 48 T 0.207 0.005 0.004 0.046 0.083 0.655 49 A 0.009 0.001 0.080 0.771 0.080 0.060 50 A 0.002 0.001 0.103 0.828 0.056 0.011 51 M 0.002 0.001 0.103 0.846 0.042 0.006 52 L 0.003 0.001 0.055 0.894 0.031 0.016 53 R 0.004 0.002 0.067 0.848 0.046 0.033 54 A 0.008 0.004 0.073 0.738 0.080 0.097 55 V 0.014 0.009 0.041 0.439 0.155 0.342 56 S 0.025 0.026 0.036 0.242 0.186 0.483 57 T 0.013 0.006 0.020 0.037 0.234 0.690 58 P 0.015 0.009 0.166 0.029 0.547 0.234 59 H 0.015 0.003 0.169 0.017 0.626 0.170 60 D 0.021 0.002 0.046 0.003 0.624 0.303 61 A 0.359 0.011 0.003 0.001 0.229 0.396 62 E 0.729 0.004 0.001 0.001 0.035 0.231 63 V 0.958 0.004 0.001 0.001 0.007 0.029 64 V 0.965 0.002 0.001 0.001 0.007 0.026 65 E 0.916 0.004 0.001 0.001 0.011 0.068 66 L 0.414 0.010 0.002 0.001 0.070 0.503 67 P 0.119 0.009 0.005 0.002 0.340 0.524 68 E 0.018 0.003 0.177 0.087 0.555 0.160 69 S 0.013 0.002 0.164 0.192 0.540 0.090 70 F 0.022 0.007 0.175 0.296 0.440 0.060 71 D 0.033 0.022 0.094 0.495 0.171 0.184 72 F 0.007 0.004 0.219 0.662 0.074 0.035 73 K 0.007 0.001 0.280 0.610 0.074 0.028 74 R 0.014 0.004 0.187 0.665 0.093 0.037 75 I 0.019 0.022 0.072 0.670 0.133 0.084 76 S 0.019 0.009 0.050 0.535 0.252 0.135 77 T 0.018 0.007 0.053 0.296 0.425 0.202 78 Q 0.024 0.016 0.036 0.127 0.449 0.348 79 T 0.040 0.027 0.023 0.046 0.442 0.421 80 T 0.043 0.032 0.011 0.014 0.406 0.494 81 P 0.044 0.009 0.020 0.014 0.500 0.413 82 Q 0.101 0.007 0.020 0.013 0.477 0.382 83 P 0.389 0.006 0.015 0.011 0.303 0.276 84 L 0.804 0.005 0.003 0.009 0.076 0.103 85 M 0.970 0.002 0.001 0.006 0.006 0.015 86 A 0.983 0.001 0.001 0.006 0.003 0.006 87 V 0.979 0.001 0.001 0.006 0.003 0.012 88 F 0.878 0.004 0.001 0.006 0.017 0.094 89 D 0.376 0.007 0.003 0.006 0.141 0.466 90 L 0.064 0.007 0.011 0.005 0.282 0.631 91 P 0.045 0.013 0.026 0.009 0.448 0.459 92 A 0.026 0.015 0.054 0.017 0.507 0.381 93 E 0.024 0.024 0.025 0.014 0.404 0.510 94 P 0.019 0.025 0.029 0.020 0.392 0.516 95 E 0.017 0.016 0.115 0.038 0.420 0.394 96 P 0.035 0.011 0.194 0.027 0.424 0.309 97 V 0.059 0.022 0.245 0.018 0.380 0.275 98 V 0.118 0.038 0.067 0.009 0.399 0.371 99 E 0.147 0.011 0.015 0.002 0.356 0.468 100 G 0.229 0.002 0.005 0.001 0.320 0.444 101 L 0.723 0.005 0.001 0.001 0.098 0.172 102 T 0.980 0.002 0.001 0.001 0.004 0.014 103 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 104 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 105 L 0.952 0.001 0.001 0.002 0.020 0.025 106 D 0.708 0.003 0.001 0.005 0.114 0.169 107 G 0.216 0.012 0.003 0.008 0.470 0.291 108 V 0.213 0.073 0.008 0.009 0.483 0.214 109 Q 0.096 0.070 0.011 0.013 0.285 0.525 110 D 0.022 0.012 0.011 0.010 0.727 0.218 111 P 0.002 0.002 0.102 0.256 0.555 0.082 112 G 0.005 0.006 0.105 0.278 0.512 0.095 113 N 0.005 0.010 0.076 0.640 0.226 0.042 114 V 0.002 0.002 0.009 0.919 0.032 0.036 115 G 0.002 0.001 0.004 0.977 0.010 0.007 116 T 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.002 117 I 0.001 0.001 0.007 0.986 0.004 0.001 118 L 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 119 R 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 120 T 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 121 A 0.001 0.001 0.008 0.985 0.006 0.001 122 D 0.001 0.001 0.025 0.963 0.010 0.001 123 W 0.001 0.001 0.040 0.940 0.016 0.003 124 F 0.001 0.001 0.046 0.841 0.031 0.080 125 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.981 126 I 0.036 0.005 0.006 0.001 0.147 0.805 127 R 0.183 0.001 0.007 0.001 0.253 0.555 128 H 0.938 0.003 0.002 0.001 0.020 0.037 129 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 130 W 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 131 L 0.942 0.003 0.001 0.001 0.012 0.041 132 G 0.568 0.008 0.002 0.001 0.090 0.331 133 T 0.178 0.011 0.009 0.003 0.327 0.473 134 G 0.045 0.021 0.034 0.007 0.505 0.388 135 S 0.045 0.038 0.061 0.028 0.571 0.258 136 A 0.043 0.054 0.118 0.050 0.541 0.195 137 D 0.027 0.025 0.100 0.088 0.563 0.198 138 V 0.017 0.015 0.101 0.089 0.576 0.202 139 F 0.021 0.025 0.038 0.109 0.512 0.296 140 S 0.012 0.008 0.004 0.045 0.361 0.570 141 P 0.001 0.001 0.014 0.931 0.043 0.011 142 K 0.004 0.001 0.012 0.952 0.025 0.006 143 V 0.013 0.002 0.011 0.951 0.019 0.004 144 V 0.026 0.001 0.006 0.946 0.014 0.007 145 Q 0.016 0.001 0.007 0.960 0.009 0.007 146 A 0.014 0.001 0.007 0.960 0.009 0.009 147 S 0.011 0.001 0.012 0.925 0.029 0.023 148 M 0.016 0.003 0.026 0.856 0.074 0.026 149 G 0.039 0.005 0.071 0.559 0.233 0.093 150 A 0.058 0.013 0.123 0.420 0.244 0.142 151 L 0.063 0.011 0.324 0.315 0.230 0.058 152 A 0.098 0.006 0.176 0.360 0.276 0.084 153 R 0.141 0.013 0.075 0.328 0.202 0.241 154 V 0.105 0.026 0.007 0.052 0.176 0.633 155 Q 0.147 0.008 0.004 0.014 0.157 0.671 156 P 0.357 0.009 0.033 0.047 0.200 0.354 157 T 0.559 0.016 0.042 0.041 0.113 0.229 158 P 0.544 0.020 0.061 0.042 0.126 0.206 159 L 0.244 0.020 0.037 0.048 0.166 0.486 160 K 0.098 0.021 0.017 0.035 0.224 0.604 161 N 0.030 0.014 0.024 0.104 0.258 0.570 162 T 0.001 0.001 0.032 0.915 0.035 0.018 163 V 0.001 0.001 0.018 0.962 0.015 0.004 164 D 0.001 0.001 0.018 0.965 0.014 0.003 165 T 0.001 0.001 0.010 0.981 0.005 0.003 166 L 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 167 A 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 168 Y 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 169 F 0.001 0.001 0.005 0.989 0.004 0.001 170 R 0.001 0.001 0.013 0.982 0.004 0.001 171 R 0.001 0.001 0.016 0.980 0.003 0.001 172 Q 0.001 0.001 0.025 0.940 0.006 0.029 173 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.990 174 I 0.039 0.001 0.001 0.001 0.051 0.909 175 P 0.623 0.001 0.001 0.001 0.034 0.342 176 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 177 Y 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 178 G 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 179 A 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 180 F 0.765 0.002 0.001 0.001 0.050 0.180 181 L 0.364 0.006 0.006 0.003 0.195 0.425 182 D 0.135 0.019 0.021 0.008 0.432 0.384 183 G 0.066 0.009 0.106 0.031 0.582 0.206 184 Q 0.086 0.010 0.141 0.048 0.488 0.227 185 S 0.168 0.030 0.151 0.055 0.374 0.222 186 L 0.226 0.060 0.065 0.062 0.268 0.319 187 Y 0.225 0.060 0.032 0.045 0.275 0.363 188 E 0.157 0.035 0.044 0.059 0.352 0.352 189 A 0.093 0.017 0.050 0.055 0.426 0.359 190 P 0.077 0.034 0.060 0.041 0.454 0.333 191 L 0.064 0.056 0.074 0.038 0.436 0.332 192 P 0.064 0.061 0.065 0.042 0.397 0.371 193 N 0.044 0.042 0.045 0.026 0.528 0.314 194 F 0.028 0.015 0.041 0.024 0.525 0.368 195 T 0.033 0.020 0.022 0.011 0.470 0.444 196 E 0.041 0.009 0.013 0.003 0.530 0.404 197 P 0.053 0.002 0.006 0.001 0.414 0.524 198 A 0.715 0.008 0.002 0.001 0.086 0.188 199 I 0.984 0.003 0.001 0.001 0.003 0.009 200 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 201 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 202 L 0.894 0.004 0.001 0.002 0.022 0.078 203 G 0.337 0.006 0.003 0.003 0.190 0.460 204 S 0.080 0.015 0.013 0.004 0.430 0.458 205 E 0.050 0.043 0.059 0.015 0.535 0.298 206 G 0.030 0.015 0.100 0.015 0.689 0.151 207 R 0.020 0.011 0.092 0.031 0.676 0.170 208 G 0.026 0.036 0.038 0.026 0.514 0.361 209 I 0.020 0.069 0.006 0.046 0.294 0.565 210 S 0.008 0.016 0.001 0.067 0.140 0.768 211 P 0.001 0.001 0.006 0.983 0.009 0.002 212 E 0.001 0.001 0.010 0.980 0.008 0.001 213 V 0.001 0.001 0.018 0.967 0.012 0.002 214 A 0.004 0.002 0.012 0.960 0.013 0.008 215 A 0.005 0.001 0.013 0.933 0.030 0.018 216 E 0.011 0.001 0.021 0.853 0.066 0.047 217 I 0.057 0.006 0.037 0.526 0.222 0.152 218 T 0.169 0.003 0.068 0.150 0.476 0.134 219 D 0.358 0.002 0.047 0.136 0.265 0.193 220 R 0.748 0.004 0.008 0.083 0.048 0.109 221 L 0.895 0.004 0.002 0.018 0.015 0.066 222 T 0.939 0.006 0.001 0.003 0.006 0.045 223 I 0.806 0.011 0.001 0.002 0.025 0.156 224 P 0.426 0.011 0.003 0.001 0.239 0.319 225 A 0.049 0.009 0.078 0.006 0.669 0.189 226 S 0.013 0.006 0.132 0.012 0.740 0.098 227 G 0.011 0.004 0.117 0.014 0.788 0.065 228 L 0.028 0.026 0.053 0.030 0.586 0.276 229 S 0.054 0.062 0.030 0.048 0.403 0.403 230 V 0.072 0.040 0.039 0.065 0.474 0.311 231 K 0.091 0.026 0.031 0.071 0.463 0.318 232 G 0.054 0.014 0.034 0.091 0.442 0.366 233 H 0.082 0.029 0.030 0.229 0.267 0.363 234 T 0.081 0.029 0.031 0.424 0.142 0.293 235 E 0.037 0.009 0.040 0.597 0.121 0.196 236 S 0.047 0.006 0.036 0.719 0.067 0.125 237 L 0.021 0.004 0.019 0.879 0.036 0.040 238 N 0.010 0.002 0.010 0.935 0.020 0.022 239 V 0.002 0.001 0.007 0.979 0.008 0.003 240 A 0.001 0.001 0.006 0.988 0.005 0.001 241 I 0.001 0.001 0.003 0.995 0.002 0.001 242 A 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 243 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 244 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 245 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 246 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 247 C 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 248 S 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 249 E 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 250 W 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 251 R 0.001 0.001 0.005 0.980 0.004 0.012 252 R 0.001 0.001 0.006 0.926 0.011 0.057 253 R 0.001 0.001 0.003 0.406 0.029 0.560 254 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.996