# TARGET T0378 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0378.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1350 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.217 0.183 0.013 0.011 0.013 0.065 0.156 0.341 2 L 0.075 0.170 0.009 0.011 0.009 0.089 0.099 0.539 3 S 0.067 0.471 0.003 0.002 0.004 0.033 0.062 0.358 4 A 0.060 0.714 0.002 0.002 0.002 0.025 0.032 0.163 5 N 0.012 0.747 0.007 0.007 0.007 0.035 0.036 0.149 6 Q 0.006 0.957 0.002 0.001 0.001 0.004 0.009 0.020 7 I 0.024 0.937 0.003 0.001 0.001 0.004 0.016 0.014 8 K 0.014 0.560 0.038 0.012 0.007 0.013 0.308 0.047 9 F 0.010 0.877 0.008 0.001 0.002 0.007 0.064 0.032 10 L 0.049 0.872 0.013 0.001 0.001 0.006 0.030 0.028 11 R 0.035 0.791 0.022 0.007 0.004 0.014 0.033 0.095 12 S 0.038 0.723 0.005 0.001 0.001 0.015 0.034 0.181 13 L 0.079 0.707 0.012 0.002 0.001 0.023 0.056 0.118 14 R 0.049 0.760 0.006 0.004 0.003 0.020 0.037 0.121 15 E 0.055 0.636 0.004 0.001 0.002 0.020 0.033 0.250 16 R 0.028 0.775 0.010 0.003 0.003 0.021 0.044 0.116 17 K 0.038 0.717 0.014 0.007 0.005 0.023 0.049 0.147 18 Y 0.098 0.474 0.020 0.007 0.007 0.041 0.086 0.266 19 R 0.086 0.203 0.043 0.020 0.015 0.073 0.180 0.381 20 L 0.250 0.095 0.014 0.007 0.008 0.056 0.117 0.452 21 R 0.139 0.064 0.009 0.006 0.007 0.066 0.096 0.612 22 E 0.027 0.028 0.011 0.007 0.017 0.115 0.033 0.762 23 Q 0.026 0.026 0.016 0.022 0.059 0.099 0.090 0.662 24 A 0.013 0.013 0.043 0.084 0.127 0.132 0.074 0.515 25 F 0.012 0.011 0.115 0.162 0.312 0.064 0.056 0.269 26 A 0.011 0.018 0.091 0.153 0.220 0.071 0.049 0.387 27 V 0.004 0.017 0.189 0.214 0.222 0.055 0.026 0.272 28 E 0.014 0.143 0.119 0.144 0.182 0.061 0.047 0.289 29 G 0.040 0.831 0.010 0.017 0.017 0.011 0.024 0.051 30 P 0.033 0.768 0.032 0.009 0.010 0.018 0.054 0.076 31 K 0.024 0.755 0.022 0.019 0.010 0.013 0.101 0.057 32 L 0.085 0.730 0.031 0.004 0.006 0.010 0.097 0.037 33 V 0.234 0.611 0.014 0.004 0.005 0.013 0.072 0.047 34 G 0.224 0.207 0.022 0.010 0.008 0.028 0.121 0.379 35 E 0.020 0.075 0.010 0.008 0.008 0.046 0.087 0.745 36 M 0.084 0.055 0.034 0.011 0.013 0.101 0.120 0.582 37 L 0.558 0.018 0.012 0.013 0.008 0.058 0.075 0.259 38 P 0.106 0.010 0.003 0.002 0.004 0.040 0.018 0.816 39 F 0.018 0.007 0.009 0.002 0.007 0.090 0.015 0.853 40 Y 0.029 0.013 0.065 0.023 0.029 0.189 0.054 0.598 41 R 0.061 0.033 0.066 0.020 0.026 0.094 0.046 0.654 42 C 0.023 0.029 0.213 0.024 0.046 0.115 0.069 0.481 43 R 0.009 0.019 0.272 0.073 0.143 0.066 0.110 0.308 44 M 0.004 0.007 0.284 0.127 0.170 0.029 0.245 0.134 45 L 0.006 0.031 0.305 0.128 0.179 0.051 0.090 0.211 46 V 0.006 0.057 0.288 0.216 0.258 0.035 0.026 0.113 47 G 0.012 0.215 0.201 0.110 0.145 0.040 0.047 0.229 48 T 0.064 0.782 0.028 0.017 0.021 0.012 0.039 0.036 49 A 0.094 0.653 0.040 0.018 0.012 0.027 0.045 0.111 50 A 0.074 0.616 0.047 0.010 0.008 0.035 0.049 0.161 51 M 0.298 0.379 0.027 0.006 0.006 0.027 0.095 0.163 52 L 0.322 0.086 0.017 0.005 0.006 0.052 0.196 0.314 53 R 0.053 0.027 0.007 0.005 0.006 0.047 0.231 0.624 54 A 0.052 0.020 0.005 0.005 0.006 0.075 0.056 0.780 55 V 0.037 0.011 0.008 0.015 0.021 0.156 0.045 0.706 56 S 0.017 0.003 0.009 0.009 0.009 0.092 0.034 0.827 57 T 0.487 0.008 0.006 0.009 0.014 0.065 0.043 0.367 58 P 0.275 0.003 0.008 0.004 0.006 0.101 0.036 0.568 59 H 0.029 0.002 0.018 0.006 0.015 0.167 0.011 0.752 60 D 0.014 0.001 0.021 0.004 0.021 0.083 0.020 0.834 61 A 0.011 0.002 0.098 0.057 0.063 0.120 0.066 0.584 62 E 0.020 0.002 0.329 0.112 0.182 0.053 0.047 0.255 63 V 0.008 0.001 0.141 0.123 0.167 0.036 0.033 0.491 64 V 0.002 0.001 0.334 0.186 0.205 0.043 0.013 0.218 65 E 0.002 0.001 0.148 0.119 0.203 0.052 0.025 0.452 66 L 0.025 0.010 0.074 0.132 0.068 0.070 0.046 0.576 67 P 0.378 0.109 0.046 0.036 0.024 0.047 0.147 0.212 68 E 0.115 0.328 0.014 0.013 0.018 0.059 0.041 0.413 69 S 0.050 0.242 0.019 0.008 0.014 0.059 0.019 0.587 70 F 0.059 0.439 0.026 0.036 0.024 0.070 0.054 0.292 71 D 0.110 0.578 0.010 0.010 0.016 0.039 0.059 0.177 72 F 0.190 0.146 0.020 0.012 0.015 0.050 0.351 0.216 73 K 0.022 0.054 0.021 0.027 0.030 0.060 0.528 0.257 74 R 0.054 0.054 0.026 0.017 0.045 0.092 0.171 0.541 75 I 0.159 0.017 0.033 0.038 0.064 0.135 0.108 0.446 76 S 0.065 0.005 0.021 0.027 0.048 0.099 0.091 0.643 77 T 0.021 0.003 0.012 0.015 0.037 0.114 0.043 0.754 78 Q 0.010 0.002 0.019 0.023 0.046 0.194 0.026 0.680 79 T 0.013 0.001 0.026 0.027 0.027 0.174 0.042 0.690 80 T 0.083 0.012 0.030 0.017 0.017 0.136 0.075 0.630 81 P 0.167 0.041 0.032 0.015 0.021 0.127 0.062 0.536 82 Q 0.036 0.025 0.060 0.023 0.053 0.153 0.072 0.578 83 P 0.018 0.023 0.220 0.067 0.205 0.088 0.114 0.266 84 L 0.013 0.010 0.160 0.139 0.318 0.058 0.098 0.204 85 M 0.005 0.002 0.230 0.255 0.301 0.028 0.042 0.137 86 A 0.005 0.002 0.206 0.238 0.418 0.026 0.023 0.083 87 V 0.013 0.001 0.149 0.170 0.300 0.062 0.045 0.260 88 F 0.012 0.001 0.101 0.222 0.241 0.089 0.033 0.301 89 D 0.041 0.002 0.022 0.030 0.061 0.095 0.022 0.727 90 L 0.133 0.005 0.020 0.045 0.043 0.115 0.062 0.577 91 P 0.042 0.008 0.014 0.017 0.025 0.115 0.032 0.748 92 A 0.049 0.009 0.007 0.008 0.014 0.104 0.025 0.784 93 E 0.039 0.011 0.013 0.020 0.013 0.119 0.042 0.742 94 P 0.249 0.059 0.006 0.010 0.011 0.066 0.075 0.523 95 E 0.405 0.049 0.009 0.009 0.013 0.071 0.065 0.380 96 P 0.031 0.008 0.017 0.020 0.024 0.116 0.054 0.730 97 V 0.074 0.009 0.015 0.011 0.025 0.106 0.079 0.681 98 V 0.127 0.006 0.020 0.008 0.013 0.163 0.099 0.564 99 E 0.046 0.006 0.047 0.015 0.035 0.224 0.051 0.575 100 G 0.004 0.003 0.092 0.014 0.058 0.135 0.051 0.644 101 L 0.001 0.001 0.443 0.071 0.170 0.093 0.057 0.164 102 T 0.001 0.001 0.741 0.071 0.092 0.008 0.064 0.023 103 L 0.001 0.001 0.710 0.117 0.069 0.010 0.046 0.046 104 L 0.002 0.001 0.873 0.037 0.038 0.009 0.021 0.020 105 L 0.019 0.002 0.503 0.072 0.085 0.068 0.075 0.176 106 D 0.025 0.003 0.288 0.031 0.069 0.139 0.069 0.375 107 G 0.048 0.007 0.120 0.020 0.052 0.174 0.139 0.439 108 V 0.027 0.009 0.086 0.023 0.035 0.209 0.071 0.540 109 Q 0.040 0.011 0.073 0.017 0.021 0.137 0.067 0.636 110 D 0.211 0.099 0.023 0.011 0.013 0.101 0.274 0.268 111 P 0.085 0.206 0.019 0.004 0.008 0.157 0.048 0.474 112 G 0.023 0.071 0.021 0.004 0.006 0.114 0.299 0.462 113 N 0.022 0.710 0.005 0.003 0.002 0.017 0.204 0.038 114 V 0.015 0.929 0.002 0.001 0.002 0.009 0.021 0.021 115 G 0.012 0.897 0.006 0.004 0.006 0.008 0.037 0.030 116 T 0.014 0.271 0.019 0.007 0.020 0.019 0.615 0.034 117 I 0.004 0.484 0.011 0.003 0.005 0.016 0.459 0.020 118 L 0.006 0.909 0.019 0.003 0.005 0.006 0.037 0.015 119 R 0.022 0.757 0.063 0.015 0.016 0.016 0.065 0.045 120 T 0.040 0.697 0.045 0.005 0.009 0.022 0.133 0.049 121 A 0.192 0.186 0.172 0.008 0.006 0.028 0.293 0.115 122 D 0.643 0.099 0.008 0.006 0.004 0.027 0.043 0.171 123 W 0.037 0.015 0.009 0.001 0.002 0.057 0.033 0.846 124 F 0.004 0.009 0.094 0.008 0.017 0.268 0.061 0.539 125 G 0.122 0.019 0.084 0.013 0.023 0.113 0.166 0.459 126 I 0.065 0.010 0.047 0.014 0.008 0.160 0.083 0.613 127 R 0.004 0.004 0.395 0.016 0.061 0.110 0.079 0.332 128 H 0.006 0.002 0.522 0.028 0.079 0.051 0.134 0.179 129 V 0.002 0.001 0.715 0.050 0.037 0.023 0.063 0.109 130 W 0.003 0.001 0.779 0.048 0.052 0.022 0.025 0.069 131 L 0.013 0.002 0.400 0.072 0.114 0.101 0.070 0.228 132 G 0.039 0.003 0.197 0.035 0.051 0.154 0.068 0.453 133 T 0.125 0.008 0.043 0.015 0.026 0.160 0.055 0.569 134 G 0.070 0.008 0.021 0.008 0.017 0.162 0.059 0.655 135 S 0.076 0.015 0.019 0.013 0.022 0.128 0.044 0.682 136 A 0.059 0.013 0.018 0.020 0.030 0.109 0.114 0.637 137 D 0.085 0.049 0.017 0.022 0.027 0.126 0.131 0.544 138 V 0.017 0.041 0.019 0.021 0.029 0.159 0.041 0.674 139 F 0.017 0.110 0.012 0.009 0.011 0.078 0.032 0.731 140 S 0.091 0.840 0.002 0.002 0.002 0.007 0.030 0.025 141 P 0.023 0.881 0.005 0.002 0.003 0.013 0.019 0.054 142 K 0.017 0.859 0.008 0.007 0.013 0.013 0.031 0.051 143 V 0.026 0.507 0.026 0.008 0.014 0.023 0.339 0.056 144 V 0.017 0.679 0.020 0.014 0.016 0.018 0.186 0.050 145 Q 0.042 0.562 0.070 0.025 0.037 0.030 0.097 0.139 146 A 0.116 0.461 0.029 0.017 0.019 0.059 0.052 0.247 147 S 0.146 0.361 0.045 0.018 0.020 0.048 0.112 0.250 148 M 0.041 0.231 0.028 0.018 0.029 0.085 0.071 0.498 149 G 0.053 0.082 0.082 0.031 0.043 0.088 0.154 0.466 150 A 0.325 0.044 0.034 0.065 0.051 0.073 0.135 0.272 151 L 0.161 0.006 0.030 0.022 0.035 0.060 0.089 0.597 152 A 0.016 0.002 0.027 0.034 0.078 0.110 0.024 0.709 153 R 0.004 0.001 0.025 0.017 0.052 0.075 0.019 0.807 154 V 0.017 0.001 0.041 0.101 0.071 0.133 0.028 0.608 155 Q 0.035 0.003 0.059 0.059 0.099 0.125 0.053 0.567 156 P 0.027 0.003 0.032 0.032 0.052 0.092 0.029 0.734 157 T 0.033 0.007 0.085 0.080 0.070 0.098 0.053 0.573 158 P 0.049 0.048 0.048 0.029 0.034 0.101 0.068 0.623 159 L 0.060 0.175 0.036 0.019 0.023 0.099 0.052 0.536 160 K 0.057 0.145 0.034 0.014 0.014 0.090 0.097 0.551 161 N 0.026 0.173 0.006 0.003 0.003 0.024 0.681 0.084 162 T 0.019 0.871 0.001 0.001 0.001 0.004 0.090 0.013 163 V 0.015 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.017 164 D 0.006 0.925 0.002 0.003 0.003 0.005 0.022 0.034 165 T 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.006 166 L 0.016 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 167 A 0.010 0.936 0.010 0.004 0.002 0.003 0.012 0.021 168 Y 0.057 0.745 0.030 0.003 0.004 0.015 0.052 0.094 169 F 0.128 0.010 0.479 0.007 0.002 0.012 0.324 0.038 170 R 0.951 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.006 0.035 171 R 0.092 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.894 172 Q 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.188 0.002 0.796 173 G 0.002 0.001 0.009 0.001 0.004 0.048 0.006 0.930 174 I 0.008 0.003 0.053 0.066 0.015 0.130 0.031 0.694 175 P 0.004 0.004 0.763 0.031 0.053 0.027 0.040 0.079 176 V 0.014 0.009 0.382 0.111 0.134 0.026 0.111 0.212 177 Y 0.003 0.003 0.842 0.056 0.036 0.007 0.014 0.040 178 G 0.009 0.008 0.598 0.090 0.108 0.024 0.047 0.116 179 A 0.015 0.016 0.334 0.089 0.123 0.071 0.061 0.291 180 F 0.082 0.027 0.226 0.073 0.094 0.099 0.083 0.316 181 L 0.063 0.015 0.049 0.031 0.041 0.131 0.082 0.588 182 D 0.121 0.037 0.025 0.021 0.034 0.105 0.099 0.559 183 G 0.128 0.038 0.012 0.015 0.023 0.108 0.053 0.624 184 Q 0.047 0.029 0.020 0.026 0.044 0.119 0.052 0.664 185 S 0.060 0.031 0.020 0.026 0.045 0.104 0.043 0.670 186 L 0.051 0.014 0.036 0.056 0.055 0.140 0.077 0.571 187 Y 0.053 0.016 0.030 0.037 0.045 0.111 0.073 0.635 188 E 0.243 0.017 0.015 0.018 0.026 0.081 0.057 0.544 189 A 0.064 0.005 0.016 0.028 0.033 0.101 0.065 0.689 190 P 0.060 0.004 0.011 0.017 0.036 0.094 0.035 0.742 191 L 0.054 0.001 0.013 0.029 0.044 0.108 0.053 0.698 192 P 0.025 0.001 0.012 0.025 0.034 0.101 0.026 0.775 193 N 0.047 0.001 0.016 0.012 0.028 0.110 0.035 0.750 194 F 0.017 0.001 0.022 0.010 0.013 0.160 0.020 0.758 195 T 0.034 0.003 0.045 0.014 0.021 0.133 0.058 0.692 196 E 0.009 0.003 0.112 0.023 0.038 0.267 0.079 0.469 197 P 0.001 0.001 0.601 0.033 0.093 0.044 0.084 0.142 198 A 0.001 0.001 0.680 0.076 0.093 0.011 0.095 0.043 199 I 0.001 0.001 0.848 0.040 0.041 0.008 0.030 0.031 200 L 0.001 0.001 0.834 0.060 0.061 0.008 0.018 0.017 201 V 0.005 0.002 0.700 0.061 0.103 0.033 0.053 0.044 202 L 0.014 0.005 0.527 0.029 0.070 0.120 0.070 0.166 203 G 0.135 0.011 0.186 0.035 0.071 0.179 0.106 0.277 204 S 0.057 0.007 0.095 0.022 0.044 0.182 0.194 0.399 205 E 0.116 0.007 0.033 0.012 0.032 0.169 0.038 0.593 206 G 0.108 0.004 0.025 0.020 0.042 0.120 0.154 0.526 207 R 0.015 0.007 0.013 0.010 0.016 0.179 0.029 0.731 208 G 0.006 0.014 0.015 0.013 0.028 0.156 0.018 0.749 209 I 0.017 0.111 0.007 0.012 0.007 0.080 0.017 0.749 210 S 0.073 0.906 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.006 211 P 0.027 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.012 212 E 0.033 0.888 0.010 0.002 0.001 0.005 0.027 0.033 213 V 0.219 0.582 0.008 0.001 0.002 0.011 0.133 0.044 214 A 0.076 0.035 0.010 0.002 0.002 0.021 0.788 0.067 215 A 0.017 0.088 0.010 0.004 0.006 0.059 0.305 0.510 216 E 0.026 0.040 0.015 0.003 0.005 0.076 0.047 0.788 217 I 0.225 0.039 0.028 0.014 0.015 0.164 0.071 0.445 218 T 0.090 0.009 0.020 0.005 0.010 0.102 0.079 0.685 219 D 0.027 0.005 0.118 0.014 0.045 0.177 0.071 0.543 220 R 0.008 0.001 0.218 0.036 0.071 0.090 0.071 0.504 221 L 0.004 0.001 0.383 0.131 0.106 0.081 0.020 0.275 222 T 0.004 0.001 0.397 0.048 0.093 0.069 0.028 0.361 223 I 0.010 0.001 0.180 0.133 0.114 0.134 0.037 0.391 224 P 0.057 0.003 0.040 0.014 0.018 0.114 0.021 0.732 225 A 0.436 0.020 0.014 0.012 0.011 0.090 0.064 0.353 226 S 0.082 0.051 0.014 0.007 0.013 0.099 0.034 0.701 227 G 0.077 0.054 0.024 0.014 0.034 0.117 0.054 0.627 228 L 0.060 0.042 0.046 0.077 0.077 0.128 0.099 0.471 229 S 0.105 0.036 0.029 0.039 0.053 0.117 0.067 0.555 230 V 0.134 0.030 0.031 0.031 0.050 0.109 0.117 0.499 231 K 0.037 0.026 0.024 0.022 0.052 0.117 0.050 0.671 232 G 0.023 0.033 0.030 0.030 0.059 0.105 0.094 0.626 233 H 0.044 0.140 0.031 0.035 0.048 0.118 0.119 0.464 234 T 0.063 0.263 0.026 0.025 0.030 0.080 0.196 0.317 235 E 0.034 0.627 0.011 0.009 0.013 0.039 0.066 0.201 236 S 0.012 0.743 0.008 0.003 0.005 0.024 0.125 0.082 237 L 0.002 0.926 0.002 0.002 0.001 0.004 0.050 0.013 238 N 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 239 V 0.001 0.784 0.001 0.001 0.001 0.001 0.212 0.002 240 A 0.001 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 241 I 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 242 A 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 243 T 0.001 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 244 A 0.001 0.820 0.002 0.001 0.001 0.002 0.170 0.003 245 I 0.002 0.920 0.010 0.004 0.004 0.003 0.054 0.003 246 L 0.008 0.937 0.013 0.002 0.004 0.005 0.020 0.010 247 C 0.013 0.823 0.051 0.009 0.009 0.013 0.044 0.037 248 S 0.047 0.527 0.085 0.032 0.030 0.031 0.126 0.123 249 E 0.273 0.175 0.039 0.025 0.027 0.072 0.111 0.279 250 W 0.315 0.022 0.028 0.034 0.036 0.089 0.125 0.352 251 R 0.026 0.004 0.007 0.013 0.022 0.092 0.055 0.781 252 R 0.009 0.002 0.003 0.007 0.015 0.083 0.012 0.869 253 R 0.032 0.004 0.005 0.018 0.021 0.116 0.023 0.781 254 S 0.108 0.014 0.006 0.017 0.019 0.121 0.040 0.675