# TARGET T0378 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0378.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1350 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.009 0.012 0.012 0.020 0.051 0.003 0.874 2 L 0.019 0.019 0.013 0.012 0.029 0.055 0.002 0.849 3 S 0.036 0.030 0.009 0.008 0.018 0.229 0.007 0.661 4 A 0.129 0.069 0.007 0.005 0.010 0.107 0.010 0.664 5 N 0.104 0.133 0.007 0.005 0.006 0.118 0.010 0.618 6 Q 0.152 0.136 0.009 0.005 0.008 0.289 0.014 0.386 7 I 0.076 0.617 0.020 0.008 0.017 0.061 0.005 0.197 8 K 0.010 0.795 0.008 0.009 0.018 0.033 0.002 0.124 9 F 0.012 0.825 0.004 0.005 0.009 0.020 0.003 0.122 10 L 0.021 0.913 0.004 0.003 0.007 0.008 0.004 0.041 11 R 0.009 0.955 0.003 0.002 0.003 0.005 0.002 0.022 12 S 0.012 0.947 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.027 13 L 0.042 0.894 0.007 0.002 0.004 0.004 0.008 0.039 14 R 0.042 0.816 0.005 0.003 0.004 0.027 0.015 0.087 15 E 0.103 0.683 0.010 0.003 0.004 0.056 0.023 0.118 16 R 0.050 0.866 0.006 0.002 0.001 0.011 0.009 0.055 17 K 0.087 0.653 0.012 0.003 0.003 0.027 0.026 0.189 18 Y 0.095 0.578 0.036 0.008 0.009 0.036 0.016 0.223 19 R 0.077 0.605 0.019 0.011 0.021 0.066 0.012 0.188 20 L 0.071 0.500 0.017 0.013 0.029 0.054 0.014 0.300 21 R 0.093 0.519 0.013 0.011 0.020 0.068 0.020 0.256 22 E 0.113 0.398 0.017 0.014 0.014 0.091 0.040 0.312 23 Q 0.220 0.312 0.020 0.018 0.015 0.050 0.068 0.297 24 A 0.281 0.152 0.082 0.035 0.045 0.088 0.030 0.286 25 F 0.114 0.113 0.140 0.173 0.148 0.061 0.018 0.233 26 A 0.053 0.057 0.148 0.103 0.202 0.049 0.008 0.380 27 V 0.024 0.057 0.257 0.226 0.237 0.037 0.007 0.156 28 E 0.016 0.117 0.167 0.167 0.176 0.049 0.006 0.301 29 G 0.027 0.066 0.113 0.121 0.227 0.050 0.009 0.387 30 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.989 31 K 0.015 0.037 0.014 0.020 0.038 0.200 0.005 0.673 32 L 0.096 0.294 0.015 0.012 0.018 0.092 0.010 0.462 33 V 0.059 0.630 0.011 0.009 0.031 0.037 0.008 0.217 34 G 0.036 0.738 0.009 0.005 0.012 0.032 0.005 0.163 35 E 0.061 0.797 0.004 0.003 0.003 0.014 0.012 0.106 36 M 0.149 0.720 0.005 0.003 0.004 0.006 0.026 0.086 37 L 0.065 0.744 0.013 0.009 0.018 0.009 0.012 0.130 38 P 0.005 0.106 0.003 0.002 0.004 0.008 0.004 0.867 39 F 0.100 0.241 0.009 0.009 0.011 0.030 0.051 0.547 40 Y 0.450 0.163 0.019 0.014 0.005 0.022 0.085 0.241 41 R 0.057 0.053 0.112 0.028 0.018 0.070 0.025 0.637 42 C 0.033 0.029 0.126 0.051 0.075 0.127 0.007 0.552 43 R 0.044 0.048 0.267 0.139 0.138 0.129 0.007 0.228 44 M 0.030 0.054 0.253 0.094 0.104 0.090 0.008 0.368 45 L 0.025 0.038 0.628 0.088 0.112 0.027 0.006 0.077 46 V 0.015 0.048 0.409 0.185 0.147 0.030 0.005 0.161 47 G 0.009 0.053 0.314 0.147 0.218 0.035 0.005 0.219 48 T 0.013 0.068 0.218 0.116 0.295 0.054 0.005 0.231 49 A 0.008 0.029 0.038 0.021 0.076 0.044 0.004 0.780 50 A 0.031 0.057 0.017 0.014 0.035 0.221 0.010 0.616 51 M 0.233 0.191 0.011 0.008 0.017 0.176 0.023 0.339 52 L 0.153 0.565 0.011 0.007 0.013 0.037 0.017 0.196 53 R 0.120 0.504 0.011 0.007 0.011 0.052 0.023 0.273 54 A 0.139 0.470 0.015 0.007 0.009 0.033 0.028 0.299 55 V 0.240 0.362 0.010 0.007 0.012 0.027 0.039 0.302 56 S 0.235 0.267 0.051 0.022 0.032 0.062 0.094 0.236 57 T 0.228 0.099 0.030 0.038 0.043 0.075 0.025 0.461 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 59 H 0.010 0.004 0.012 0.041 0.059 0.152 0.006 0.715 60 D 0.391 0.003 0.013 0.009 0.009 0.067 0.038 0.471 61 A 0.418 0.004 0.062 0.041 0.046 0.066 0.007 0.357 62 E 0.047 0.001 0.221 0.204 0.161 0.099 0.002 0.265 63 V 0.002 0.001 0.024 0.019 0.039 0.012 0.001 0.904 64 V 0.002 0.001 0.531 0.242 0.205 0.004 0.001 0.015 65 E 0.004 0.001 0.081 0.067 0.089 0.012 0.002 0.746 66 L 0.003 0.001 0.627 0.109 0.183 0.009 0.001 0.069 67 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 68 E 0.001 0.001 0.011 0.006 0.054 0.034 0.001 0.895 69 S 0.045 0.001 0.005 0.002 0.006 0.099 0.002 0.841 70 F 0.238 0.005 0.005 0.004 0.005 0.086 0.007 0.651 71 D 0.188 0.064 0.018 0.014 0.018 0.232 0.007 0.459 72 F 0.151 0.288 0.042 0.020 0.064 0.061 0.008 0.367 73 K 0.093 0.354 0.024 0.033 0.052 0.120 0.014 0.310 74 R 0.264 0.302 0.026 0.021 0.032 0.078 0.031 0.247 75 I 0.182 0.532 0.052 0.022 0.034 0.029 0.020 0.130 76 S 0.073 0.422 0.062 0.050 0.077 0.059 0.027 0.230 77 T 0.096 0.163 0.042 0.029 0.045 0.056 0.036 0.533 78 Q 0.212 0.090 0.048 0.019 0.028 0.173 0.044 0.387 79 T 0.223 0.051 0.034 0.019 0.022 0.217 0.038 0.396 80 T 0.061 0.053 0.043 0.030 0.035 0.171 0.018 0.589 81 P 0.004 0.004 0.009 0.006 0.008 0.026 0.002 0.940 82 Q 0.036 0.012 0.049 0.061 0.087 0.309 0.008 0.437 83 P 0.008 0.003 0.009 0.011 0.012 0.034 0.002 0.921 84 L 0.047 0.019 0.236 0.180 0.339 0.093 0.007 0.079 85 M 0.046 0.038 0.161 0.321 0.309 0.039 0.004 0.082 86 A 0.010 0.010 0.213 0.333 0.410 0.006 0.003 0.016 87 V 0.017 0.009 0.094 0.214 0.387 0.023 0.004 0.253 88 F 0.009 0.004 0.234 0.321 0.343 0.010 0.005 0.072 89 D 0.002 0.001 0.016 0.032 0.053 0.019 0.002 0.875 90 L 0.029 0.003 0.049 0.074 0.186 0.067 0.007 0.585 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 92 A 0.012 0.001 0.006 0.009 0.021 0.049 0.005 0.898 93 E 0.221 0.004 0.017 0.017 0.019 0.108 0.008 0.607 94 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 95 E 0.027 0.003 0.010 0.023 0.050 0.087 0.002 0.799 96 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 97 V 0.057 0.006 0.009 0.027 0.065 0.103 0.004 0.727 98 V 0.374 0.017 0.036 0.036 0.059 0.064 0.009 0.404 99 E 0.050 0.015 0.031 0.053 0.059 0.073 0.007 0.712 100 G 0.067 0.005 0.039 0.041 0.044 0.092 0.017 0.696 101 L 0.344 0.002 0.224 0.081 0.078 0.106 0.016 0.149 102 T 0.005 0.001 0.732 0.132 0.092 0.013 0.001 0.025 103 L 0.001 0.001 0.722 0.102 0.149 0.004 0.001 0.022 104 L 0.001 0.001 0.934 0.028 0.034 0.001 0.001 0.003 105 L 0.001 0.001 0.884 0.042 0.056 0.004 0.001 0.013 106 D 0.001 0.001 0.876 0.031 0.058 0.010 0.001 0.025 107 G 0.003 0.001 0.477 0.040 0.075 0.100 0.003 0.302 108 V 0.017 0.001 0.295 0.025 0.076 0.130 0.003 0.452 109 Q 0.012 0.001 0.065 0.021 0.050 0.248 0.005 0.599 110 D 0.027 0.004 0.023 0.019 0.041 0.184 0.005 0.697 111 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 112 G 0.015 0.004 0.005 0.004 0.008 0.726 0.006 0.232 113 N 0.612 0.006 0.004 0.002 0.002 0.162 0.015 0.198 114 V 0.049 0.384 0.066 0.015 0.014 0.100 0.003 0.369 115 G 0.024 0.252 0.040 0.024 0.048 0.262 0.009 0.340 116 T 0.138 0.246 0.030 0.017 0.038 0.264 0.007 0.260 117 I 0.037 0.744 0.014 0.020 0.042 0.047 0.004 0.092 118 L 0.009 0.895 0.016 0.011 0.016 0.008 0.003 0.042 119 R 0.005 0.945 0.005 0.006 0.008 0.006 0.003 0.021 120 T 0.014 0.931 0.005 0.006 0.009 0.002 0.005 0.028 121 A 0.034 0.828 0.012 0.008 0.033 0.008 0.013 0.064 122 D 0.029 0.835 0.003 0.005 0.009 0.018 0.014 0.087 123 W 0.066 0.847 0.007 0.003 0.004 0.008 0.022 0.043 124 F 0.187 0.689 0.009 0.015 0.006 0.005 0.050 0.038 125 G 0.476 0.092 0.047 0.025 0.013 0.013 0.196 0.137 126 I 0.068 0.029 0.647 0.053 0.062 0.039 0.016 0.085 127 R 0.014 0.022 0.283 0.181 0.195 0.070 0.008 0.227 128 H 0.015 0.005 0.208 0.047 0.096 0.070 0.006 0.551 129 V 0.005 0.002 0.886 0.049 0.033 0.007 0.002 0.015 130 W 0.002 0.001 0.894 0.051 0.026 0.004 0.001 0.020 131 L 0.001 0.001 0.800 0.052 0.084 0.005 0.001 0.056 132 G 0.002 0.001 0.726 0.050 0.098 0.029 0.001 0.093 133 T 0.003 0.001 0.254 0.036 0.080 0.081 0.002 0.542 134 G 0.005 0.001 0.072 0.009 0.026 0.097 0.004 0.787 135 S 0.094 0.001 0.033 0.008 0.014 0.178 0.010 0.662 136 A 0.068 0.004 0.058 0.018 0.017 0.113 0.008 0.713 137 D 0.088 0.010 0.034 0.026 0.051 0.305 0.011 0.475 138 V 0.058 0.013 0.040 0.021 0.034 0.074 0.006 0.756 139 F 0.072 0.033 0.031 0.020 0.044 0.401 0.009 0.389 140 S 0.126 0.036 0.023 0.018 0.039 0.328 0.009 0.421 141 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 142 K 0.006 0.016 0.003 0.004 0.009 0.575 0.002 0.386 143 V 0.298 0.133 0.006 0.004 0.008 0.168 0.011 0.373 144 V 0.016 0.892 0.007 0.006 0.010 0.010 0.001 0.059 145 Q 0.005 0.896 0.008 0.008 0.012 0.008 0.002 0.062 146 A 0.014 0.910 0.010 0.005 0.009 0.006 0.004 0.040 147 S 0.026 0.922 0.004 0.005 0.009 0.006 0.007 0.021 148 M 0.082 0.785 0.014 0.010 0.014 0.010 0.020 0.066 149 G 0.162 0.619 0.010 0.010 0.008 0.018 0.038 0.134 150 A 0.133 0.595 0.044 0.011 0.018 0.036 0.036 0.127 151 L 0.057 0.668 0.019 0.017 0.025 0.029 0.022 0.162 152 A 0.150 0.399 0.039 0.045 0.038 0.041 0.046 0.243 153 R 0.202 0.171 0.052 0.025 0.034 0.059 0.060 0.398 154 V 0.152 0.229 0.143 0.095 0.102 0.033 0.034 0.212 155 Q 0.005 0.009 0.029 0.031 0.027 0.017 0.004 0.879 156 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 157 T 0.050 0.005 0.300 0.143 0.103 0.056 0.007 0.336 158 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 159 L 0.032 0.007 0.362 0.038 0.139 0.076 0.003 0.343 160 K 0.054 0.011 0.067 0.014 0.011 0.177 0.002 0.663 161 N 0.094 0.017 0.028 0.005 0.012 0.166 0.005 0.672 162 T 0.135 0.052 0.041 0.004 0.012 0.189 0.005 0.562 163 V 0.023 0.051 0.012 0.001 0.005 0.242 0.005 0.660 164 D 0.025 0.066 0.001 0.001 0.002 0.470 0.002 0.435 165 T 0.013 0.831 0.001 0.001 0.001 0.063 0.001 0.090 166 L 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 167 A 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 168 Y 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 169 F 0.018 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 170 R 0.018 0.959 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.013 171 R 0.011 0.964 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 172 Q 0.095 0.755 0.006 0.003 0.001 0.002 0.120 0.019 173 G 0.819 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.173 0.005 174 I 0.009 0.001 0.979 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 175 P 0.001 0.001 0.092 0.006 0.005 0.004 0.001 0.893 176 V 0.001 0.001 0.687 0.023 0.096 0.018 0.001 0.174 177 Y 0.001 0.001 0.976 0.009 0.007 0.002 0.001 0.005 178 G 0.001 0.001 0.927 0.022 0.018 0.005 0.001 0.027 179 A 0.001 0.001 0.868 0.026 0.064 0.008 0.001 0.033 180 F 0.007 0.001 0.467 0.075 0.127 0.084 0.002 0.236 181 L 0.022 0.002 0.321 0.061 0.145 0.099 0.006 0.344 182 D 0.019 0.003 0.065 0.028 0.078 0.203 0.007 0.598 183 G 0.058 0.006 0.028 0.016 0.039 0.084 0.013 0.757 184 Q 0.136 0.012 0.024 0.014 0.025 0.364 0.018 0.407 185 S 0.267 0.027 0.020 0.021 0.024 0.274 0.028 0.339 186 L 0.214 0.073 0.049 0.037 0.051 0.086 0.014 0.477 187 Y 0.064 0.057 0.055 0.056 0.099 0.129 0.014 0.525 188 E 0.066 0.032 0.048 0.030 0.071 0.101 0.022 0.630 189 A 0.102 0.040 0.042 0.056 0.100 0.125 0.012 0.522 190 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 191 L 0.098 0.010 0.044 0.051 0.100 0.119 0.009 0.570 192 P 0.005 0.001 0.003 0.003 0.002 0.006 0.001 0.979 193 N 0.036 0.006 0.021 0.048 0.097 0.061 0.005 0.726 194 F 0.185 0.006 0.043 0.030 0.059 0.057 0.008 0.613 195 T 0.053 0.005 0.024 0.026 0.047 0.308 0.013 0.524 196 E 0.091 0.003 0.036 0.041 0.046 0.178 0.007 0.597 197 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 198 A 0.030 0.001 0.244 0.144 0.235 0.174 0.007 0.165 199 I 0.019 0.002 0.719 0.109 0.097 0.011 0.003 0.039 200 L 0.002 0.001 0.691 0.107 0.172 0.004 0.001 0.022 201 V 0.001 0.001 0.760 0.094 0.114 0.006 0.001 0.023 202 L 0.001 0.001 0.727 0.083 0.126 0.010 0.001 0.051 203 G 0.003 0.001 0.563 0.077 0.156 0.035 0.003 0.162 204 S 0.009 0.001 0.201 0.041 0.104 0.124 0.005 0.514 205 E 0.017 0.002 0.074 0.014 0.047 0.133 0.006 0.706 206 G 0.060 0.006 0.021 0.011 0.019 0.356 0.010 0.517 207 R 0.364 0.012 0.023 0.012 0.013 0.194 0.038 0.344 208 G 0.242 0.021 0.047 0.019 0.015 0.082 0.026 0.548 209 I 0.212 0.027 0.152 0.023 0.041 0.145 0.019 0.381 210 S 0.027 0.010 0.029 0.015 0.043 0.264 0.004 0.609 211 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 212 E 0.002 0.004 0.002 0.002 0.007 0.452 0.001 0.533 213 V 0.088 0.017 0.001 0.001 0.001 0.705 0.003 0.184 214 A 0.015 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 215 A 0.005 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 216 E 0.224 0.639 0.003 0.002 0.001 0.004 0.035 0.093 217 I 0.164 0.769 0.006 0.002 0.004 0.003 0.020 0.033 218 T 0.042 0.741 0.022 0.023 0.032 0.012 0.027 0.101 219 D 0.067 0.409 0.065 0.018 0.019 0.035 0.064 0.323 220 R 0.192 0.178 0.162 0.037 0.035 0.093 0.046 0.258 221 L 0.045 0.138 0.360 0.207 0.075 0.024 0.018 0.132 222 T 0.012 0.025 0.329 0.099 0.142 0.028 0.011 0.354 223 I 0.012 0.006 0.386 0.281 0.156 0.021 0.004 0.135 224 P 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.002 0.001 0.988 225 A 0.004 0.003 0.074 0.068 0.273 0.120 0.002 0.457 226 S 0.043 0.005 0.031 0.022 0.037 0.126 0.007 0.729 227 G 0.130 0.008 0.017 0.024 0.032 0.111 0.017 0.661 228 L 0.285 0.013 0.030 0.025 0.032 0.232 0.012 0.372 229 S 0.110 0.029 0.036 0.046 0.063 0.165 0.019 0.532 230 V 0.124 0.038 0.054 0.070 0.115 0.121 0.018 0.461 231 K 0.047 0.024 0.051 0.054 0.081 0.157 0.014 0.570 232 G 0.090 0.027 0.060 0.091 0.097 0.086 0.025 0.523 233 H 0.053 0.009 0.056 0.027 0.051 0.098 0.008 0.697 234 T 0.017 0.009 0.068 0.061 0.089 0.078 0.003 0.676 235 E 0.016 0.017 0.082 0.096 0.129 0.120 0.005 0.536 236 S 0.024 0.021 0.053 0.037 0.078 0.106 0.005 0.677 237 L 0.072 0.098 0.157 0.108 0.101 0.074 0.010 0.380 238 N 0.037 0.037 0.033 0.023 0.033 0.263 0.008 0.567 239 V 0.058 0.177 0.055 0.040 0.066 0.211 0.007 0.387 240 A 0.019 0.605 0.015 0.019 0.032 0.119 0.003 0.189 241 I 0.030 0.441 0.007 0.010 0.024 0.199 0.008 0.281 242 A 0.003 0.971 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.016 243 T 0.001 0.982 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.010 244 A 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 245 I 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 246 L 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 247 C 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 248 S 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 249 E 0.017 0.955 0.003 0.002 0.002 0.002 0.007 0.012 250 W 0.029 0.925 0.003 0.003 0.004 0.003 0.009 0.024 251 R 0.042 0.874 0.009 0.005 0.007 0.007 0.015 0.042 252 R 0.085 0.774 0.015 0.011 0.008 0.008 0.029 0.069 253 R 0.164 0.458 0.065 0.015 0.016 0.026 0.061 0.195 254 S 0.053 0.326 0.042 0.024 0.024 0.036 0.030 0.464