# TARGET T0378 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0378.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1350 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.002 0.005 0.028 0.015 0.015 0.923 2 L 0.021 0.021 0.042 0.213 0.025 0.152 0.527 3 S 0.017 0.011 0.050 0.259 0.112 0.249 0.302 4 A 0.010 0.005 0.073 0.298 0.144 0.153 0.317 5 N 0.009 0.005 0.057 0.554 0.069 0.140 0.166 6 Q 0.010 0.005 0.038 0.742 0.036 0.073 0.095 7 I 0.014 0.004 0.015 0.869 0.022 0.014 0.063 8 K 0.011 0.002 0.013 0.924 0.010 0.014 0.025 9 F 0.017 0.003 0.016 0.920 0.006 0.023 0.015 10 L 0.010 0.002 0.016 0.930 0.004 0.017 0.021 11 R 0.004 0.001 0.018 0.948 0.005 0.017 0.009 12 S 0.003 0.001 0.019 0.917 0.006 0.043 0.011 13 L 0.002 0.001 0.026 0.888 0.006 0.058 0.019 14 R 0.003 0.003 0.023 0.851 0.018 0.072 0.030 15 E 0.003 0.002 0.028 0.818 0.025 0.087 0.038 16 R 0.003 0.001 0.025 0.737 0.054 0.125 0.055 17 K 0.005 0.003 0.025 0.652 0.052 0.177 0.086 18 Y 0.016 0.009 0.035 0.590 0.072 0.113 0.164 19 R 0.034 0.013 0.071 0.486 0.067 0.099 0.229 20 L 0.030 0.009 0.118 0.433 0.071 0.144 0.194 21 R 0.039 0.008 0.148 0.321 0.105 0.210 0.170 22 E 0.048 0.007 0.141 0.138 0.144 0.360 0.162 23 Q 0.112 0.005 0.057 0.031 0.218 0.316 0.261 24 A 0.229 0.007 0.028 0.019 0.232 0.105 0.381 25 F 0.784 0.010 0.014 0.017 0.052 0.037 0.086 26 A 0.924 0.005 0.006 0.014 0.008 0.007 0.036 27 V 0.927 0.005 0.003 0.012 0.007 0.007 0.040 28 E 0.750 0.011 0.005 0.017 0.042 0.011 0.162 29 G 0.160 0.004 0.005 0.017 0.168 0.013 0.632 30 P 0.020 0.002 0.053 0.214 0.177 0.331 0.202 31 K 0.012 0.009 0.048 0.378 0.161 0.281 0.112 32 L 0.020 0.019 0.033 0.716 0.040 0.058 0.114 33 V 0.004 0.001 0.023 0.941 0.004 0.013 0.013 34 G 0.002 0.001 0.027 0.947 0.004 0.015 0.003 35 E 0.001 0.001 0.047 0.909 0.002 0.037 0.003 36 M 0.003 0.002 0.073 0.825 0.006 0.085 0.006 37 L 0.002 0.001 0.126 0.807 0.008 0.049 0.007 38 P 0.002 0.001 0.207 0.570 0.008 0.197 0.015 39 F 0.002 0.001 0.163 0.434 0.033 0.348 0.020 40 Y 0.039 0.005 0.014 0.070 0.523 0.048 0.300 41 R 0.148 0.051 0.028 0.018 0.081 0.107 0.566 42 C 0.426 0.010 0.008 0.005 0.061 0.016 0.473 43 R 0.475 0.002 0.006 0.012 0.301 0.020 0.184 44 M 0.966 0.001 0.003 0.007 0.006 0.005 0.011 45 L 0.976 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.010 46 V 0.964 0.003 0.001 0.020 0.002 0.001 0.009 47 G 0.844 0.004 0.001 0.020 0.013 0.007 0.112 48 T 0.207 0.002 0.007 0.027 0.062 0.017 0.677 49 A 0.025 0.001 0.169 0.554 0.067 0.126 0.059 50 A 0.013 0.004 0.222 0.564 0.026 0.129 0.042 51 M 0.011 0.003 0.223 0.597 0.011 0.107 0.047 52 L 0.006 0.005 0.071 0.808 0.015 0.066 0.028 53 R 0.006 0.001 0.087 0.730 0.019 0.130 0.027 54 A 0.004 0.001 0.099 0.637 0.021 0.203 0.034 55 V 0.014 0.010 0.068 0.453 0.068 0.266 0.120 56 S 0.030 0.034 0.051 0.230 0.183 0.270 0.203 57 T 0.021 0.011 0.019 0.023 0.275 0.057 0.594 58 P 0.013 0.005 0.151 0.055 0.112 0.344 0.321 59 H 0.008 0.004 0.128 0.016 0.143 0.620 0.080 60 D 0.041 0.006 0.086 0.005 0.233 0.387 0.241 61 A 0.172 0.008 0.007 0.002 0.117 0.011 0.683 62 E 0.696 0.018 0.003 0.001 0.013 0.009 0.259 63 V 0.934 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.057 64 V 0.960 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.036 65 E 0.965 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.026 66 L 0.577 0.007 0.001 0.002 0.049 0.003 0.361 67 P 0.117 0.006 0.004 0.003 0.064 0.017 0.787 68 E 0.017 0.004 0.098 0.059 0.155 0.490 0.177 69 S 0.020 0.012 0.142 0.070 0.101 0.481 0.175 70 F 0.030 0.011 0.039 0.044 0.143 0.040 0.692 71 D 0.087 0.061 0.023 0.125 0.046 0.057 0.601 72 F 0.050 0.011 0.141 0.542 0.036 0.067 0.154 73 K 0.030 0.002 0.266 0.489 0.052 0.055 0.105 74 R 0.035 0.004 0.212 0.625 0.020 0.048 0.056 75 I 0.035 0.015 0.135 0.603 0.042 0.064 0.107 76 S 0.038 0.023 0.060 0.387 0.092 0.180 0.220 77 T 0.021 0.005 0.042 0.125 0.211 0.376 0.220 78 Q 0.049 0.013 0.023 0.031 0.378 0.153 0.353 79 T 0.045 0.013 0.025 0.010 0.323 0.122 0.461 80 T 0.056 0.016 0.014 0.004 0.332 0.085 0.493 81 P 0.079 0.019 0.023 0.006 0.293 0.114 0.466 82 Q 0.156 0.014 0.023 0.004 0.319 0.077 0.407 83 P 0.433 0.010 0.012 0.003 0.139 0.038 0.364 84 L 0.904 0.007 0.004 0.002 0.018 0.005 0.061 85 M 0.970 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.019 86 A 0.974 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.017 87 V 0.971 0.004 0.001 0.002 0.003 0.002 0.018 88 F 0.887 0.007 0.001 0.001 0.011 0.002 0.091 89 D 0.473 0.019 0.001 0.001 0.076 0.013 0.418 90 L 0.081 0.020 0.003 0.001 0.181 0.013 0.702 91 P 0.030 0.018 0.004 0.001 0.161 0.081 0.705 92 A 0.008 0.024 0.008 0.001 0.209 0.083 0.667 93 E 0.008 0.012 0.006 0.001 0.509 0.045 0.420 94 P 0.014 0.021 0.012 0.002 0.240 0.049 0.660 95 E 0.017 0.018 0.314 0.042 0.096 0.046 0.466 96 P 0.021 0.007 0.524 0.044 0.073 0.091 0.240 97 V 0.023 0.016 0.584 0.061 0.065 0.094 0.156 98 V 0.093 0.017 0.185 0.023 0.127 0.033 0.522 99 E 0.030 0.004 0.102 0.007 0.181 0.524 0.151 100 G 0.134 0.001 0.023 0.001 0.121 0.652 0.068 101 L 0.850 0.003 0.002 0.001 0.009 0.003 0.132 102 T 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 103 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 104 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 105 L 0.890 0.003 0.001 0.001 0.007 0.002 0.097 106 D 0.420 0.011 0.005 0.001 0.134 0.112 0.317 107 G 0.203 0.007 0.011 0.001 0.331 0.187 0.261 108 V 0.201 0.028 0.011 0.002 0.183 0.066 0.509 109 Q 0.156 0.116 0.008 0.004 0.220 0.075 0.421 110 D 0.051 0.021 0.007 0.004 0.293 0.026 0.597 111 P 0.008 0.003 0.055 0.056 0.114 0.670 0.095 112 G 0.004 0.006 0.052 0.137 0.114 0.639 0.048 113 N 0.007 0.016 0.038 0.535 0.111 0.104 0.188 114 V 0.002 0.003 0.005 0.922 0.015 0.018 0.036 115 G 0.001 0.001 0.002 0.984 0.003 0.004 0.005 116 T 0.002 0.001 0.003 0.991 0.001 0.002 0.001 117 I 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.001 118 L 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.006 0.001 119 R 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.015 0.001 120 T 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.015 0.003 121 A 0.001 0.001 0.003 0.979 0.004 0.010 0.003 122 D 0.002 0.001 0.012 0.947 0.005 0.029 0.005 123 W 0.002 0.001 0.016 0.885 0.009 0.083 0.004 124 F 0.005 0.002 0.009 0.401 0.011 0.568 0.005 125 G 0.006 0.004 0.003 0.006 0.029 0.907 0.046 126 I 0.042 0.004 0.004 0.001 0.036 0.015 0.899 127 R 0.140 0.001 0.005 0.001 0.665 0.015 0.173 128 H 0.937 0.001 0.004 0.002 0.016 0.010 0.030 129 V 0.986 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 130 W 0.992 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 131 L 0.935 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.055 132 G 0.387 0.003 0.004 0.002 0.083 0.025 0.495 133 T 0.095 0.004 0.014 0.005 0.477 0.148 0.258 134 G 0.034 0.012 0.037 0.004 0.302 0.354 0.257 135 S 0.052 0.034 0.062 0.011 0.212 0.196 0.433 136 A 0.062 0.050 0.063 0.033 0.300 0.181 0.311 137 D 0.085 0.013 0.071 0.026 0.298 0.179 0.328 138 V 0.074 0.023 0.078 0.065 0.136 0.285 0.339 139 F 0.034 0.042 0.019 0.047 0.215 0.131 0.511 140 S 0.008 0.007 0.001 0.032 0.123 0.009 0.820 141 P 0.001 0.001 0.009 0.941 0.006 0.039 0.005 142 K 0.001 0.001 0.006 0.968 0.002 0.021 0.002 143 V 0.001 0.001 0.006 0.982 0.001 0.006 0.004 144 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.003 0.002 145 Q 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.014 0.001 146 A 0.001 0.001 0.003 0.960 0.001 0.030 0.004 147 S 0.003 0.001 0.006 0.939 0.006 0.029 0.015 148 M 0.007 0.002 0.014 0.847 0.027 0.085 0.018 149 G 0.009 0.002 0.033 0.639 0.034 0.253 0.030 150 A 0.013 0.004 0.089 0.671 0.028 0.138 0.058 151 L 0.023 0.007 0.241 0.539 0.035 0.112 0.044 152 A 0.036 0.006 0.245 0.355 0.041 0.271 0.046 153 R 0.063 0.008 0.152 0.259 0.102 0.333 0.083 154 V 0.123 0.024 0.008 0.032 0.420 0.029 0.364 155 Q 0.106 0.018 0.003 0.003 0.058 0.022 0.789 156 P 0.159 0.017 0.010 0.008 0.096 0.045 0.665 157 T 0.326 0.039 0.015 0.014 0.178 0.032 0.397 158 P 0.432 0.035 0.018 0.026 0.092 0.017 0.380 159 L 0.154 0.032 0.045 0.074 0.075 0.026 0.593 160 K 0.066 0.026 0.046 0.109 0.424 0.093 0.235 161 N 0.033 0.040 0.014 0.067 0.347 0.044 0.455 162 T 0.001 0.001 0.013 0.962 0.003 0.010 0.011 163 V 0.001 0.001 0.007 0.989 0.001 0.003 0.001 164 D 0.001 0.001 0.010 0.987 0.001 0.002 0.001 165 T 0.001 0.001 0.010 0.986 0.001 0.003 0.001 166 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.001 167 A 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.015 0.001 168 Y 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.002 169 F 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.006 0.002 170 R 0.001 0.001 0.003 0.983 0.001 0.011 0.001 171 R 0.001 0.001 0.007 0.919 0.004 0.067 0.002 172 Q 0.001 0.001 0.003 0.183 0.008 0.804 0.002 173 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.968 0.013 174 I 0.017 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.948 175 P 0.525 0.002 0.001 0.001 0.178 0.004 0.290 176 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 177 Y 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 178 G 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 179 A 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.036 180 F 0.673 0.002 0.001 0.001 0.021 0.002 0.301 181 L 0.226 0.012 0.004 0.003 0.194 0.026 0.534 182 D 0.081 0.019 0.015 0.007 0.254 0.115 0.509 183 G 0.031 0.006 0.092 0.029 0.189 0.494 0.159 184 Q 0.034 0.007 0.093 0.047 0.224 0.416 0.178 185 S 0.096 0.017 0.105 0.049 0.213 0.156 0.364 186 L 0.204 0.067 0.079 0.066 0.150 0.101 0.333 187 Y 0.209 0.036 0.067 0.054 0.104 0.129 0.401 188 E 0.183 0.043 0.084 0.045 0.142 0.133 0.370 189 A 0.090 0.018 0.044 0.017 0.264 0.051 0.517 190 P 0.093 0.057 0.037 0.014 0.134 0.091 0.575 191 L 0.028 0.030 0.069 0.019 0.098 0.045 0.710 192 P 0.018 0.013 0.104 0.025 0.114 0.151 0.575 193 N 0.012 0.015 0.142 0.014 0.115 0.280 0.421 194 F 0.025 0.012 0.049 0.009 0.231 0.148 0.526 195 T 0.024 0.007 0.032 0.005 0.224 0.109 0.600 196 E 0.045 0.005 0.011 0.001 0.682 0.041 0.214 197 P 0.138 0.004 0.005 0.001 0.229 0.042 0.582 198 A 0.881 0.004 0.002 0.001 0.028 0.006 0.079 199 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 200 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 201 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 202 L 0.911 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.080 203 G 0.464 0.003 0.003 0.001 0.108 0.029 0.392 204 S 0.179 0.024 0.014 0.003 0.232 0.107 0.441 205 E 0.059 0.028 0.073 0.016 0.251 0.297 0.275 206 G 0.022 0.012 0.095 0.009 0.250 0.365 0.246 207 R 0.015 0.009 0.081 0.009 0.248 0.478 0.160 208 G 0.017 0.023 0.038 0.008 0.193 0.337 0.385 209 I 0.010 0.039 0.002 0.003 0.187 0.014 0.746 210 S 0.003 0.020 0.001 0.005 0.038 0.002 0.933 211 P 0.001 0.001 0.006 0.984 0.001 0.007 0.001 212 E 0.001 0.001 0.014 0.980 0.001 0.006 0.001 213 V 0.001 0.001 0.024 0.972 0.001 0.003 0.001 214 A 0.001 0.001 0.013 0.976 0.001 0.009 0.001 215 A 0.001 0.001 0.012 0.877 0.002 0.107 0.001 216 E 0.003 0.001 0.024 0.381 0.011 0.566 0.015 217 I 0.052 0.011 0.020 0.059 0.164 0.133 0.561 218 T 0.095 0.004 0.018 0.018 0.483 0.101 0.281 219 D 0.680 0.002 0.021 0.021 0.098 0.095 0.085 220 R 0.895 0.005 0.003 0.028 0.010 0.009 0.051 221 L 0.973 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 0.015 222 T 0.949 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.043 223 I 0.852 0.008 0.001 0.001 0.011 0.002 0.126 224 P 0.360 0.009 0.001 0.001 0.095 0.022 0.511 225 A 0.074 0.017 0.021 0.005 0.257 0.160 0.466 226 S 0.021 0.004 0.070 0.008 0.222 0.488 0.187 227 G 0.013 0.008 0.135 0.011 0.192 0.494 0.146 228 L 0.055 0.025 0.134 0.023 0.193 0.196 0.374 229 S 0.118 0.037 0.088 0.030 0.096 0.162 0.469 230 V 0.160 0.046 0.073 0.036 0.132 0.093 0.460 231 K 0.113 0.016 0.068 0.045 0.117 0.247 0.395 232 G 0.054 0.004 0.039 0.032 0.279 0.296 0.295 233 H 0.130 0.020 0.031 0.085 0.181 0.125 0.427 234 T 0.221 0.033 0.023 0.158 0.121 0.055 0.390 235 E 0.263 0.021 0.019 0.182 0.130 0.057 0.328 236 S 0.252 0.027 0.015 0.365 0.069 0.034 0.237 237 L 0.108 0.018 0.016 0.621 0.039 0.040 0.157 238 N 0.027 0.003 0.008 0.848 0.015 0.018 0.081 239 V 0.002 0.001 0.008 0.978 0.001 0.006 0.005 240 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 0.001 241 I 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 242 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 243 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 244 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 245 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 246 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 247 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 248 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 249 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 250 W 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.016 0.001 251 R 0.001 0.001 0.004 0.941 0.003 0.049 0.002 252 R 0.002 0.001 0.005 0.819 0.015 0.144 0.013 253 R 0.007 0.006 0.004 0.526 0.026 0.140 0.290 254 S 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.989