# TARGET T0378 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0378.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1350 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.881 0.090 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 2 L 0.703 0.181 0.080 0.028 0.007 0.001 0.001 3 S 0.820 0.134 0.034 0.010 0.002 0.001 0.001 4 A 0.767 0.171 0.045 0.013 0.003 0.001 0.001 5 N 0.703 0.216 0.063 0.015 0.003 0.001 0.001 6 Q 0.283 0.275 0.250 0.147 0.041 0.004 0.001 7 I 0.190 0.226 0.265 0.222 0.083 0.013 0.001 8 K 0.548 0.334 0.092 0.023 0.004 0.001 0.001 9 F 0.198 0.255 0.269 0.203 0.064 0.010 0.001 10 L 0.109 0.084 0.125 0.271 0.305 0.102 0.002 11 R 0.251 0.324 0.251 0.134 0.034 0.005 0.001 12 S 0.338 0.389 0.186 0.068 0.016 0.003 0.001 13 L 0.113 0.140 0.210 0.280 0.187 0.067 0.003 14 R 0.217 0.223 0.236 0.194 0.094 0.033 0.003 15 E 0.572 0.263 0.103 0.043 0.014 0.004 0.001 16 R 0.628 0.238 0.089 0.034 0.009 0.002 0.001 17 K 0.601 0.234 0.102 0.045 0.014 0.003 0.001 18 Y 0.426 0.252 0.173 0.105 0.037 0.007 0.001 19 R 0.435 0.274 0.166 0.095 0.027 0.004 0.001 20 L 0.664 0.238 0.072 0.021 0.004 0.001 0.001 21 R 0.772 0.166 0.045 0.014 0.003 0.001 0.001 22 E 0.778 0.152 0.047 0.018 0.005 0.001 0.001 23 Q 0.496 0.318 0.136 0.042 0.007 0.001 0.001 24 A 0.187 0.311 0.273 0.161 0.058 0.010 0.001 25 F 0.050 0.091 0.150 0.255 0.296 0.146 0.012 26 A 0.020 0.056 0.135 0.247 0.294 0.215 0.033 27 V 0.017 0.031 0.045 0.085 0.190 0.434 0.198 28 E 0.009 0.028 0.071 0.181 0.283 0.308 0.121 29 G 0.003 0.010 0.022 0.063 0.180 0.436 0.287 30 P 0.008 0.040 0.112 0.250 0.302 0.230 0.059 31 K 0.016 0.141 0.274 0.288 0.182 0.084 0.015 32 L 0.004 0.013 0.045 0.142 0.307 0.400 0.089 33 V 0.005 0.008 0.013 0.038 0.162 0.544 0.230 34 G 0.034 0.115 0.234 0.310 0.207 0.089 0.010 35 E 0.046 0.222 0.321 0.250 0.118 0.040 0.004 36 M 0.025 0.032 0.047 0.162 0.344 0.346 0.044 37 L 0.018 0.055 0.133 0.299 0.341 0.146 0.007 38 P 0.238 0.387 0.235 0.108 0.027 0.005 0.001 39 F 0.208 0.336 0.248 0.144 0.050 0.013 0.001 40 Y 0.027 0.104 0.221 0.312 0.228 0.101 0.007 41 R 0.094 0.262 0.268 0.213 0.118 0.040 0.005 42 C 0.004 0.016 0.048 0.156 0.338 0.378 0.061 43 R 0.011 0.070 0.170 0.266 0.246 0.189 0.047 44 M 0.005 0.031 0.093 0.203 0.309 0.297 0.063 45 L 0.004 0.011 0.024 0.059 0.169 0.502 0.231 46 V 0.005 0.015 0.038 0.098 0.231 0.454 0.159 47 G 0.003 0.007 0.019 0.071 0.229 0.480 0.192 48 T 0.009 0.038 0.092 0.243 0.366 0.226 0.025 49 A 0.057 0.218 0.272 0.253 0.140 0.051 0.008 50 A 0.161 0.333 0.263 0.153 0.063 0.023 0.004 51 M 0.043 0.094 0.173 0.286 0.271 0.125 0.007 52 L 0.095 0.143 0.208 0.252 0.207 0.089 0.007 53 R 0.348 0.349 0.187 0.080 0.027 0.007 0.001 54 A 0.333 0.315 0.191 0.105 0.042 0.012 0.001 55 V 0.133 0.202 0.221 0.234 0.154 0.053 0.003 56 S 0.206 0.204 0.227 0.221 0.113 0.028 0.002 57 T 0.519 0.311 0.117 0.043 0.009 0.001 0.001 58 P 0.557 0.271 0.112 0.047 0.011 0.002 0.001 59 H 0.486 0.276 0.147 0.069 0.019 0.003 0.001 60 D 0.450 0.369 0.129 0.042 0.008 0.001 0.001 61 A 0.046 0.111 0.241 0.357 0.204 0.041 0.001 62 E 0.148 0.376 0.281 0.142 0.043 0.008 0.001 63 V 0.019 0.053 0.132 0.291 0.343 0.155 0.006 64 V 0.048 0.129 0.227 0.304 0.218 0.073 0.003 65 E 0.113 0.345 0.298 0.170 0.059 0.014 0.001 66 L 0.036 0.087 0.191 0.355 0.256 0.071 0.003 67 P 0.293 0.368 0.205 0.101 0.028 0.005 0.001 68 E 0.501 0.312 0.127 0.047 0.010 0.002 0.001 69 S 0.455 0.321 0.144 0.062 0.016 0.003 0.001 70 F 0.241 0.297 0.245 0.151 0.054 0.011 0.001 71 D 0.166 0.314 0.271 0.169 0.066 0.013 0.001 72 F 0.051 0.064 0.143 0.332 0.321 0.086 0.003 73 K 0.282 0.399 0.222 0.079 0.016 0.003 0.001 74 R 0.248 0.365 0.240 0.108 0.031 0.007 0.001 75 I 0.112 0.103 0.141 0.259 0.255 0.122 0.008 76 S 0.169 0.202 0.218 0.219 0.133 0.053 0.005 77 T 0.516 0.265 0.122 0.065 0.022 0.008 0.001 78 Q 0.415 0.292 0.156 0.091 0.034 0.010 0.001 79 T 0.327 0.264 0.195 0.125 0.058 0.026 0.006 80 T 0.170 0.217 0.203 0.184 0.134 0.077 0.015 81 P 0.063 0.106 0.152 0.225 0.239 0.173 0.042 82 Q 0.049 0.093 0.137 0.200 0.235 0.214 0.072 83 P 0.044 0.099 0.146 0.204 0.211 0.203 0.092 84 L 0.015 0.027 0.051 0.118 0.226 0.374 0.189 85 M 0.015 0.035 0.061 0.118 0.209 0.381 0.182 86 A 0.010 0.020 0.038 0.096 0.222 0.413 0.201 87 V 0.018 0.065 0.153 0.269 0.277 0.187 0.030 88 F 0.019 0.038 0.085 0.221 0.365 0.240 0.033 89 D 0.172 0.365 0.266 0.136 0.045 0.014 0.002 90 L 0.141 0.197 0.231 0.242 0.144 0.043 0.003 91 P 0.516 0.299 0.118 0.048 0.015 0.003 0.001 92 A 0.459 0.244 0.152 0.097 0.037 0.009 0.001 93 E 0.525 0.250 0.139 0.063 0.019 0.004 0.001 94 P 0.590 0.276 0.092 0.032 0.008 0.001 0.001 95 E 0.412 0.300 0.183 0.081 0.020 0.004 0.001 96 P 0.593 0.264 0.091 0.038 0.012 0.002 0.001 97 V 0.270 0.353 0.224 0.117 0.032 0.004 0.001 98 V 0.038 0.103 0.242 0.384 0.205 0.027 0.001 99 E 0.257 0.457 0.203 0.069 0.013 0.001 0.001 100 G 0.047 0.282 0.359 0.233 0.066 0.012 0.001 101 L 0.001 0.003 0.022 0.146 0.440 0.372 0.018 102 T 0.001 0.001 0.011 0.071 0.276 0.534 0.106 103 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.326 0.644 104 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.222 0.757 105 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.146 0.841 106 D 0.001 0.003 0.009 0.034 0.109 0.306 0.539 107 G 0.002 0.016 0.042 0.100 0.206 0.374 0.260 108 V 0.004 0.012 0.028 0.084 0.213 0.404 0.256 109 Q 0.037 0.101 0.156 0.218 0.221 0.206 0.062 110 D 0.050 0.109 0.165 0.203 0.208 0.187 0.079 111 P 0.068 0.090 0.097 0.145 0.207 0.260 0.134 112 G 0.051 0.106 0.132 0.170 0.188 0.225 0.128 113 N 0.020 0.035 0.048 0.093 0.189 0.321 0.295 114 V 0.003 0.008 0.016 0.047 0.141 0.329 0.456 115 G 0.003 0.008 0.023 0.047 0.092 0.247 0.579 116 T 0.001 0.003 0.009 0.021 0.044 0.180 0.741 117 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.022 0.144 0.826 118 L 0.001 0.001 0.003 0.014 0.071 0.275 0.637 119 R 0.001 0.002 0.006 0.020 0.070 0.307 0.593 120 T 0.001 0.001 0.002 0.008 0.032 0.224 0.732 121 A 0.001 0.001 0.002 0.008 0.048 0.316 0.626 122 D 0.001 0.007 0.029 0.112 0.256 0.353 0.241 123 W 0.001 0.005 0.017 0.062 0.190 0.439 0.286 124 F 0.001 0.005 0.011 0.032 0.116 0.463 0.373 125 G 0.003 0.020 0.064 0.169 0.253 0.301 0.191 126 I 0.001 0.007 0.018 0.055 0.187 0.429 0.302 127 R 0.001 0.012 0.055 0.198 0.312 0.314 0.108 128 H 0.001 0.003 0.022 0.092 0.238 0.418 0.226 129 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.024 0.303 0.665 130 W 0.001 0.002 0.007 0.030 0.113 0.405 0.442 131 L 0.001 0.004 0.008 0.028 0.115 0.390 0.455 132 G 0.005 0.019 0.046 0.150 0.322 0.361 0.097 133 T 0.032 0.150 0.229 0.279 0.190 0.100 0.020 134 G 0.057 0.175 0.250 0.251 0.166 0.081 0.020 135 S 0.116 0.155 0.168 0.209 0.193 0.136 0.021 136 A 0.090 0.106 0.133 0.192 0.224 0.204 0.051 137 D 0.109 0.159 0.182 0.200 0.177 0.139 0.035 138 V 0.101 0.166 0.189 0.189 0.168 0.140 0.047 139 F 0.069 0.084 0.121 0.206 0.253 0.215 0.053 140 S 0.158 0.237 0.224 0.181 0.112 0.069 0.018 141 P 0.256 0.274 0.196 0.141 0.080 0.041 0.012 142 K 0.116 0.183 0.193 0.212 0.170 0.101 0.024 143 V 0.021 0.029 0.044 0.116 0.249 0.385 0.155 144 V 0.028 0.081 0.151 0.242 0.245 0.200 0.054 145 Q 0.042 0.103 0.156 0.208 0.219 0.197 0.074 146 A 0.029 0.037 0.060 0.113 0.194 0.329 0.239 147 S 0.017 0.022 0.035 0.068 0.136 0.350 0.372 148 M 0.043 0.077 0.112 0.160 0.201 0.243 0.162 149 G 0.055 0.099 0.129 0.186 0.208 0.203 0.120 150 A 0.026 0.031 0.039 0.083 0.179 0.370 0.272 151 L 0.023 0.055 0.095 0.170 0.241 0.296 0.119 152 A 0.045 0.127 0.185 0.240 0.213 0.145 0.045 153 R 0.023 0.078 0.166 0.255 0.249 0.183 0.046 154 V 0.007 0.013 0.026 0.080 0.232 0.457 0.184 155 Q 0.022 0.105 0.199 0.277 0.231 0.142 0.024 156 P 0.012 0.041 0.077 0.174 0.290 0.329 0.077 157 T 0.022 0.077 0.157 0.274 0.274 0.167 0.029 158 P 0.025 0.145 0.277 0.289 0.182 0.076 0.006 159 L 0.015 0.048 0.113 0.261 0.350 0.195 0.018 160 K 0.175 0.391 0.230 0.118 0.059 0.023 0.004 161 N 0.040 0.200 0.321 0.268 0.124 0.041 0.005 162 T 0.004 0.012 0.033 0.138 0.383 0.386 0.043 163 V 0.030 0.152 0.314 0.324 0.141 0.037 0.003 164 D 0.047 0.313 0.360 0.190 0.067 0.021 0.002 165 T 0.004 0.010 0.027 0.105 0.338 0.462 0.054 166 L 0.002 0.011 0.046 0.171 0.369 0.370 0.031 167 A 0.075 0.399 0.332 0.140 0.042 0.011 0.001 168 Y 0.014 0.132 0.321 0.371 0.138 0.024 0.001 169 F 0.002 0.010 0.040 0.213 0.480 0.249 0.006 170 R 0.072 0.353 0.344 0.186 0.041 0.004 0.001 171 R 0.624 0.317 0.050 0.008 0.001 0.001 0.001 172 Q 0.197 0.423 0.272 0.094 0.013 0.001 0.001 173 G 0.161 0.540 0.236 0.055 0.008 0.001 0.001 174 I 0.001 0.010 0.068 0.321 0.479 0.119 0.002 175 P 0.001 0.006 0.053 0.247 0.459 0.212 0.022 176 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.052 0.605 0.338 177 Y 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.340 0.623 178 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.216 0.755 179 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.232 0.742 180 F 0.001 0.002 0.011 0.052 0.184 0.463 0.288 181 L 0.002 0.023 0.080 0.207 0.338 0.290 0.060 182 D 0.064 0.203 0.240 0.237 0.162 0.077 0.017 183 G 0.198 0.243 0.205 0.179 0.111 0.054 0.011 184 Q 0.285 0.284 0.197 0.131 0.069 0.029 0.005 185 S 0.199 0.198 0.191 0.192 0.139 0.069 0.011 186 L 0.154 0.209 0.218 0.204 0.137 0.068 0.010 187 Y 0.104 0.148 0.190 0.232 0.195 0.113 0.018 188 E 0.209 0.220 0.194 0.184 0.121 0.062 0.011 189 A 0.270 0.248 0.197 0.153 0.085 0.038 0.008 190 P 0.234 0.245 0.201 0.167 0.096 0.049 0.008 191 L 0.073 0.139 0.193 0.250 0.203 0.126 0.015 192 P 0.110 0.153 0.186 0.240 0.201 0.098 0.013 193 N 0.204 0.336 0.233 0.145 0.062 0.020 0.002 194 F 0.025 0.051 0.121 0.300 0.354 0.142 0.007 195 T 0.212 0.419 0.227 0.106 0.030 0.005 0.001 196 E 0.051 0.270 0.322 0.248 0.089 0.018 0.002 197 P 0.003 0.036 0.127 0.321 0.347 0.155 0.012 198 A 0.001 0.001 0.005 0.050 0.265 0.556 0.124 199 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.365 0.609 200 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.137 0.856 201 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.110 0.883 202 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.191 0.786 203 G 0.001 0.004 0.014 0.063 0.188 0.421 0.309 204 S 0.005 0.041 0.106 0.223 0.306 0.266 0.054 205 E 0.014 0.040 0.085 0.209 0.327 0.281 0.044 206 G 0.120 0.235 0.241 0.204 0.126 0.065 0.009 207 R 0.096 0.214 0.270 0.233 0.126 0.052 0.008 208 G 0.130 0.176 0.180 0.193 0.177 0.117 0.027 209 I 0.077 0.104 0.167 0.236 0.226 0.164 0.026 210 S 0.155 0.233 0.232 0.181 0.115 0.071 0.014 211 P 0.512 0.302 0.116 0.048 0.016 0.005 0.001 212 E 0.417 0.357 0.144 0.059 0.018 0.005 0.001 213 V 0.092 0.111 0.152 0.290 0.261 0.090 0.004 214 A 0.075 0.167 0.275 0.299 0.149 0.034 0.002 215 A 0.441 0.413 0.116 0.025 0.004 0.001 0.001 216 E 0.114 0.274 0.338 0.203 0.061 0.010 0.001 217 I 0.020 0.044 0.090 0.239 0.386 0.212 0.009 218 T 0.077 0.274 0.294 0.215 0.103 0.034 0.004 219 D 0.087 0.242 0.253 0.235 0.123 0.055 0.005 220 R 0.009 0.067 0.220 0.334 0.243 0.116 0.010 221 L 0.005 0.015 0.035 0.115 0.312 0.428 0.089 222 T 0.013 0.066 0.175 0.286 0.265 0.168 0.027 223 I 0.008 0.020 0.038 0.116 0.288 0.410 0.120 224 P 0.059 0.170 0.244 0.266 0.169 0.080 0.013 225 A 0.124 0.203 0.243 0.241 0.136 0.048 0.005 226 S 0.381 0.302 0.176 0.093 0.036 0.010 0.002 227 G 0.494 0.256 0.132 0.076 0.031 0.010 0.001 228 L 0.505 0.239 0.132 0.077 0.034 0.012 0.002 229 S 0.484 0.247 0.133 0.084 0.038 0.013 0.002 230 V 0.467 0.236 0.131 0.089 0.049 0.024 0.005 231 K 0.364 0.244 0.161 0.124 0.069 0.031 0.007 232 G 0.264 0.235 0.190 0.156 0.093 0.047 0.014 233 H 0.145 0.177 0.169 0.185 0.160 0.128 0.036 234 T 0.042 0.066 0.098 0.171 0.235 0.273 0.115 235 E 0.026 0.053 0.082 0.137 0.212 0.306 0.184 236 S 0.011 0.022 0.034 0.066 0.137 0.326 0.404 237 L 0.005 0.010 0.019 0.047 0.111 0.291 0.517 238 N 0.005 0.013 0.030 0.064 0.118 0.252 0.518 239 V 0.009 0.018 0.026 0.047 0.091 0.253 0.557 240 A 0.006 0.011 0.021 0.054 0.120 0.255 0.534 241 I 0.004 0.010 0.017 0.034 0.091 0.256 0.588 242 A 0.003 0.006 0.014 0.039 0.081 0.220 0.638 243 T 0.002 0.004 0.011 0.025 0.060 0.210 0.688 244 A 0.003 0.006 0.014 0.046 0.091 0.256 0.584 245 I 0.003 0.004 0.007 0.018 0.054 0.248 0.666 246 L 0.009 0.007 0.012 0.022 0.047 0.255 0.649 247 C 0.009 0.010 0.013 0.028 0.094 0.368 0.478 248 S 0.035 0.047 0.068 0.158 0.249 0.314 0.129 249 E 0.035 0.041 0.062 0.136 0.260 0.374 0.093 250 W 0.086 0.080 0.108 0.201 0.239 0.256 0.031 251 R 0.102 0.148 0.195 0.260 0.205 0.084 0.005 252 R 0.150 0.225 0.274 0.231 0.096 0.022 0.001 253 R 0.327 0.255 0.191 0.137 0.064 0.024 0.003 254 S 0.766 0.158 0.046 0.019 0.007 0.003 0.001