# TARGET T0378 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0378.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1385 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.014 0.043 0.020 0.035 0.049 0.006 0.800 2 L 0.079 0.044 0.118 0.062 0.130 0.125 0.008 0.434 3 S 0.050 0.052 0.041 0.029 0.065 0.324 0.010 0.430 4 A 0.103 0.078 0.021 0.010 0.028 0.086 0.011 0.663 5 N 0.091 0.060 0.010 0.006 0.007 0.169 0.012 0.647 6 Q 0.255 0.058 0.010 0.005 0.006 0.287 0.023 0.356 7 I 0.095 0.446 0.044 0.011 0.021 0.095 0.009 0.279 8 K 0.011 0.666 0.020 0.015 0.027 0.053 0.003 0.206 9 F 0.020 0.657 0.010 0.007 0.015 0.044 0.005 0.243 10 L 0.033 0.863 0.009 0.006 0.012 0.014 0.005 0.058 11 R 0.012 0.931 0.007 0.004 0.004 0.008 0.003 0.032 12 S 0.018 0.916 0.004 0.003 0.003 0.006 0.007 0.043 13 L 0.061 0.849 0.010 0.003 0.007 0.006 0.010 0.054 14 R 0.053 0.710 0.008 0.005 0.007 0.043 0.020 0.154 15 E 0.123 0.545 0.013 0.004 0.007 0.079 0.029 0.200 16 R 0.061 0.819 0.008 0.003 0.003 0.017 0.011 0.077 17 K 0.082 0.598 0.013 0.005 0.005 0.037 0.026 0.234 18 Y 0.095 0.508 0.037 0.011 0.013 0.042 0.016 0.279 19 R 0.089 0.564 0.024 0.017 0.029 0.066 0.012 0.200 20 L 0.066 0.444 0.020 0.019 0.038 0.056 0.015 0.342 21 R 0.095 0.450 0.017 0.016 0.030 0.070 0.022 0.300 22 E 0.116 0.303 0.019 0.017 0.018 0.112 0.041 0.374 23 Q 0.238 0.235 0.020 0.020 0.016 0.066 0.071 0.334 24 A 0.294 0.130 0.084 0.036 0.046 0.096 0.028 0.285 25 F 0.109 0.098 0.147 0.183 0.157 0.065 0.017 0.224 26 A 0.046 0.052 0.154 0.108 0.214 0.048 0.007 0.371 27 V 0.021 0.053 0.264 0.226 0.250 0.035 0.006 0.145 28 E 0.015 0.117 0.167 0.171 0.182 0.050 0.006 0.291 29 G 0.028 0.065 0.119 0.118 0.232 0.051 0.009 0.379 30 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 0.988 31 K 0.016 0.037 0.015 0.020 0.037 0.197 0.005 0.672 32 L 0.095 0.295 0.016 0.012 0.018 0.091 0.011 0.462 33 V 0.058 0.624 0.011 0.009 0.032 0.037 0.008 0.221 34 G 0.036 0.724 0.009 0.005 0.012 0.035 0.006 0.173 35 E 0.064 0.796 0.004 0.003 0.003 0.015 0.012 0.102 36 M 0.153 0.722 0.006 0.003 0.004 0.006 0.027 0.079 37 L 0.072 0.734 0.015 0.010 0.020 0.009 0.013 0.126 38 P 0.005 0.093 0.004 0.002 0.005 0.008 0.004 0.881 39 F 0.101 0.249 0.011 0.010 0.013 0.033 0.048 0.535 40 Y 0.435 0.133 0.016 0.010 0.004 0.024 0.091 0.287 41 R 0.123 0.058 0.117 0.025 0.016 0.091 0.036 0.535 42 C 0.054 0.035 0.142 0.047 0.067 0.149 0.010 0.497 43 R 0.045 0.049 0.236 0.111 0.124 0.144 0.008 0.284 44 M 0.027 0.054 0.255 0.086 0.095 0.103 0.008 0.373 45 L 0.029 0.042 0.587 0.096 0.122 0.035 0.006 0.083 46 V 0.016 0.050 0.426 0.178 0.151 0.028 0.005 0.146 47 G 0.008 0.046 0.358 0.153 0.205 0.030 0.005 0.195 48 T 0.012 0.059 0.236 0.133 0.283 0.049 0.005 0.223 49 A 0.007 0.025 0.045 0.025 0.089 0.039 0.004 0.766 50 A 0.024 0.047 0.021 0.017 0.046 0.207 0.009 0.629 51 M 0.197 0.147 0.012 0.010 0.020 0.216 0.021 0.377 52 L 0.167 0.494 0.011 0.009 0.018 0.049 0.016 0.235 53 R 0.115 0.486 0.010 0.008 0.013 0.060 0.022 0.285 54 A 0.181 0.441 0.012 0.007 0.008 0.038 0.036 0.277 55 V 0.320 0.365 0.014 0.008 0.014 0.025 0.041 0.213 56 S 0.156 0.259 0.049 0.024 0.035 0.051 0.080 0.347 57 T 0.137 0.067 0.037 0.034 0.038 0.073 0.024 0.589 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 59 H 0.022 0.006 0.025 0.056 0.073 0.120 0.008 0.690 60 D 0.182 0.004 0.030 0.019 0.020 0.073 0.025 0.648 61 A 0.136 0.003 0.077 0.053 0.061 0.056 0.006 0.609 62 E 0.048 0.001 0.220 0.203 0.182 0.102 0.003 0.240 63 V 0.002 0.001 0.017 0.014 0.032 0.013 0.001 0.922 64 V 0.002 0.001 0.554 0.232 0.185 0.005 0.001 0.020 65 E 0.005 0.001 0.068 0.060 0.075 0.015 0.002 0.774 66 L 0.006 0.001 0.561 0.118 0.204 0.012 0.001 0.098 67 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 68 E 0.001 0.001 0.009 0.005 0.044 0.032 0.001 0.910 69 S 0.041 0.001 0.004 0.002 0.005 0.091 0.002 0.854 70 F 0.207 0.007 0.004 0.004 0.005 0.095 0.007 0.671 71 D 0.189 0.107 0.017 0.013 0.017 0.231 0.007 0.419 72 F 0.132 0.402 0.033 0.016 0.049 0.047 0.007 0.314 73 K 0.090 0.438 0.019 0.022 0.037 0.096 0.014 0.284 74 R 0.261 0.384 0.022 0.016 0.023 0.061 0.031 0.203 75 I 0.162 0.617 0.037 0.016 0.024 0.022 0.019 0.104 76 S 0.074 0.491 0.053 0.041 0.062 0.047 0.028 0.204 77 T 0.106 0.183 0.040 0.025 0.037 0.053 0.038 0.519 78 Q 0.229 0.096 0.046 0.016 0.023 0.170 0.046 0.373 79 T 0.211 0.060 0.032 0.016 0.018 0.215 0.038 0.412 80 T 0.062 0.063 0.042 0.026 0.030 0.176 0.017 0.585 81 P 0.003 0.004 0.007 0.004 0.006 0.024 0.002 0.950 82 Q 0.035 0.015 0.037 0.046 0.068 0.320 0.008 0.470 83 P 0.010 0.005 0.007 0.009 0.010 0.039 0.002 0.917 84 L 0.063 0.048 0.162 0.166 0.298 0.130 0.008 0.125 85 M 0.053 0.084 0.116 0.304 0.309 0.047 0.004 0.084 86 A 0.019 0.033 0.122 0.327 0.462 0.012 0.003 0.023 87 V 0.023 0.027 0.068 0.278 0.426 0.022 0.005 0.150 88 F 0.017 0.020 0.139 0.331 0.399 0.012 0.008 0.073 89 D 0.015 0.018 0.052 0.151 0.237 0.042 0.016 0.470 90 L 0.060 0.010 0.062 0.126 0.204 0.052 0.015 0.471 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 92 A 0.019 0.002 0.013 0.027 0.068 0.097 0.009 0.765 93 E 0.101 0.002 0.008 0.008 0.011 0.059 0.006 0.805 94 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 95 E 0.020 0.002 0.009 0.022 0.036 0.117 0.001 0.793 96 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 97 V 0.097 0.022 0.023 0.048 0.117 0.104 0.006 0.583 98 V 0.241 0.042 0.033 0.053 0.075 0.102 0.011 0.443 99 E 0.081 0.045 0.040 0.061 0.083 0.073 0.015 0.602 100 G 0.118 0.013 0.044 0.051 0.048 0.098 0.032 0.596 101 L 0.369 0.003 0.149 0.075 0.064 0.110 0.025 0.206 102 T 0.006 0.001 0.725 0.125 0.093 0.015 0.002 0.032 103 L 0.001 0.001 0.645 0.139 0.183 0.006 0.001 0.025 104 L 0.001 0.001 0.904 0.038 0.051 0.001 0.001 0.005 105 L 0.001 0.001 0.877 0.045 0.061 0.004 0.001 0.012 106 D 0.001 0.001 0.859 0.040 0.063 0.010 0.001 0.027 107 G 0.003 0.001 0.479 0.047 0.090 0.089 0.003 0.288 108 V 0.015 0.001 0.303 0.028 0.087 0.131 0.003 0.433 109 Q 0.011 0.001 0.068 0.023 0.055 0.247 0.004 0.591 110 D 0.025 0.004 0.023 0.019 0.042 0.187 0.004 0.696 111 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 112 G 0.015 0.004 0.005 0.004 0.008 0.725 0.006 0.233 113 N 0.608 0.006 0.004 0.002 0.002 0.166 0.014 0.198 114 V 0.048 0.403 0.064 0.014 0.014 0.096 0.003 0.359 115 G 0.023 0.268 0.038 0.022 0.044 0.256 0.009 0.340 116 T 0.132 0.261 0.028 0.015 0.034 0.265 0.007 0.257 117 I 0.035 0.770 0.012 0.016 0.035 0.043 0.004 0.085 118 L 0.008 0.910 0.013 0.009 0.013 0.007 0.002 0.037 119 R 0.005 0.954 0.004 0.005 0.006 0.005 0.003 0.019 120 T 0.013 0.940 0.004 0.005 0.007 0.002 0.005 0.024 121 A 0.032 0.851 0.010 0.006 0.027 0.007 0.012 0.056 122 D 0.028 0.853 0.003 0.004 0.007 0.015 0.013 0.076 123 W 0.063 0.858 0.006 0.003 0.004 0.007 0.021 0.039 124 F 0.182 0.699 0.009 0.014 0.006 0.004 0.050 0.037 125 G 0.475 0.095 0.048 0.024 0.013 0.013 0.195 0.137 126 I 0.069 0.031 0.648 0.051 0.061 0.039 0.016 0.086 127 R 0.014 0.023 0.279 0.170 0.186 0.073 0.009 0.247 128 H 0.016 0.006 0.206 0.046 0.091 0.073 0.007 0.556 129 V 0.006 0.002 0.880 0.050 0.034 0.008 0.003 0.017 130 W 0.002 0.001 0.892 0.052 0.027 0.004 0.001 0.021 131 L 0.001 0.001 0.791 0.054 0.087 0.005 0.001 0.060 132 G 0.002 0.001 0.722 0.051 0.100 0.029 0.001 0.094 133 T 0.003 0.001 0.259 0.038 0.081 0.082 0.002 0.533 134 G 0.005 0.001 0.072 0.009 0.026 0.094 0.004 0.790 135 S 0.086 0.001 0.033 0.008 0.015 0.175 0.009 0.673 136 A 0.068 0.004 0.054 0.017 0.016 0.113 0.008 0.719 137 D 0.092 0.010 0.033 0.025 0.048 0.301 0.011 0.480 138 V 0.060 0.014 0.038 0.020 0.032 0.075 0.006 0.755 139 F 0.076 0.034 0.032 0.020 0.044 0.385 0.010 0.400 140 S 0.124 0.037 0.023 0.018 0.039 0.319 0.009 0.431 141 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 142 K 0.006 0.017 0.003 0.004 0.009 0.570 0.002 0.390 143 V 0.286 0.138 0.006 0.004 0.007 0.171 0.011 0.377 144 V 0.015 0.898 0.006 0.006 0.009 0.009 0.001 0.057 145 Q 0.005 0.906 0.007 0.007 0.011 0.007 0.002 0.056 146 A 0.014 0.918 0.009 0.005 0.008 0.006 0.004 0.037 147 S 0.026 0.925 0.004 0.005 0.008 0.006 0.007 0.020 148 M 0.083 0.788 0.014 0.009 0.013 0.009 0.020 0.063 149 G 0.171 0.610 0.010 0.009 0.008 0.018 0.039 0.134 150 A 0.137 0.590 0.046 0.011 0.017 0.036 0.037 0.127 151 L 0.057 0.659 0.019 0.017 0.025 0.030 0.023 0.169 152 A 0.150 0.387 0.040 0.044 0.038 0.042 0.047 0.253 153 R 0.196 0.163 0.053 0.024 0.034 0.061 0.059 0.409 154 V 0.149 0.224 0.144 0.096 0.099 0.034 0.033 0.220 155 Q 0.004 0.008 0.027 0.028 0.024 0.016 0.003 0.890 156 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 157 T 0.045 0.005 0.308 0.141 0.102 0.056 0.007 0.337 158 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 159 L 0.032 0.008 0.376 0.039 0.144 0.077 0.003 0.321 160 K 0.057 0.012 0.063 0.014 0.011 0.200 0.003 0.640 161 N 0.104 0.020 0.027 0.005 0.012 0.172 0.005 0.655 162 T 0.145 0.058 0.039 0.004 0.012 0.186 0.005 0.552 163 V 0.023 0.058 0.012 0.001 0.005 0.237 0.005 0.658 164 D 0.024 0.072 0.001 0.001 0.002 0.448 0.002 0.450 165 T 0.012 0.837 0.001 0.001 0.001 0.059 0.001 0.089 166 L 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 167 A 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 168 Y 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 169 F 0.019 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 170 R 0.021 0.954 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.014 171 R 0.013 0.954 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 172 Q 0.109 0.720 0.008 0.003 0.001 0.002 0.130 0.027 173 G 0.802 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.186 0.007 174 I 0.011 0.001 0.974 0.003 0.001 0.003 0.002 0.007 175 P 0.001 0.001 0.085 0.006 0.005 0.004 0.001 0.901 176 V 0.001 0.001 0.656 0.025 0.103 0.021 0.001 0.194 177 Y 0.001 0.001 0.972 0.011 0.009 0.002 0.001 0.005 178 G 0.001 0.001 0.913 0.026 0.022 0.006 0.001 0.032 179 A 0.002 0.001 0.854 0.028 0.069 0.009 0.001 0.039 180 F 0.008 0.002 0.449 0.077 0.127 0.087 0.003 0.247 181 L 0.025 0.003 0.313 0.061 0.145 0.104 0.007 0.344 182 D 0.020 0.004 0.065 0.030 0.080 0.192 0.007 0.603 183 G 0.059 0.007 0.029 0.016 0.040 0.085 0.015 0.750 184 Q 0.146 0.013 0.025 0.014 0.025 0.364 0.018 0.394 185 S 0.229 0.031 0.022 0.023 0.025 0.252 0.028 0.391 186 L 0.170 0.069 0.044 0.034 0.049 0.084 0.013 0.538 187 Y 0.073 0.059 0.056 0.054 0.097 0.138 0.014 0.509 188 E 0.071 0.035 0.044 0.029 0.068 0.121 0.022 0.610 189 A 0.102 0.044 0.035 0.045 0.084 0.105 0.012 0.573 190 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 191 L 0.108 0.012 0.039 0.046 0.085 0.122 0.010 0.579 192 P 0.004 0.001 0.002 0.003 0.002 0.005 0.001 0.983 193 N 0.034 0.007 0.020 0.048 0.096 0.065 0.005 0.724 194 F 0.185 0.006 0.039 0.028 0.054 0.058 0.008 0.621 195 T 0.062 0.006 0.026 0.028 0.051 0.303 0.013 0.511 196 E 0.098 0.004 0.039 0.045 0.050 0.179 0.007 0.578 197 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.996 198 A 0.031 0.002 0.231 0.144 0.235 0.178 0.007 0.172 199 I 0.023 0.003 0.708 0.111 0.097 0.011 0.003 0.043 200 L 0.002 0.001 0.682 0.108 0.176 0.005 0.001 0.025 201 V 0.001 0.001 0.748 0.097 0.120 0.007 0.001 0.025 202 L 0.001 0.001 0.712 0.087 0.130 0.011 0.001 0.056 203 G 0.003 0.001 0.551 0.078 0.154 0.037 0.004 0.172 204 S 0.010 0.002 0.201 0.042 0.102 0.124 0.006 0.514 205 E 0.018 0.002 0.075 0.015 0.047 0.131 0.007 0.706 206 G 0.059 0.006 0.021 0.011 0.020 0.358 0.011 0.514 207 R 0.364 0.012 0.022 0.012 0.013 0.196 0.038 0.342 208 G 0.246 0.022 0.047 0.019 0.015 0.082 0.026 0.543 209 I 0.208 0.027 0.152 0.023 0.041 0.146 0.019 0.383 210 S 0.027 0.010 0.029 0.016 0.043 0.266 0.004 0.606 211 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 212 E 0.002 0.004 0.001 0.002 0.006 0.453 0.001 0.531 213 V 0.087 0.018 0.001 0.001 0.001 0.706 0.003 0.185 214 A 0.015 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 215 A 0.005 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 216 E 0.217 0.650 0.003 0.002 0.001 0.004 0.035 0.090 217 I 0.164 0.771 0.005 0.002 0.004 0.002 0.020 0.031 218 T 0.043 0.743 0.022 0.023 0.031 0.012 0.027 0.100 219 D 0.068 0.409 0.063 0.018 0.019 0.035 0.065 0.324 220 R 0.190 0.179 0.169 0.037 0.034 0.091 0.046 0.254 221 L 0.046 0.136 0.371 0.196 0.074 0.025 0.018 0.135 222 T 0.012 0.024 0.344 0.099 0.146 0.029 0.011 0.335 223 I 0.011 0.006 0.392 0.282 0.153 0.020 0.004 0.132 224 P 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.002 0.001 0.987 225 A 0.003 0.003 0.080 0.074 0.283 0.122 0.002 0.432 226 S 0.039 0.006 0.031 0.025 0.041 0.133 0.006 0.718 227 G 0.130 0.009 0.019 0.027 0.040 0.111 0.017 0.647 228 L 0.296 0.013 0.027 0.024 0.032 0.261 0.011 0.337 229 S 0.096 0.029 0.027 0.038 0.051 0.156 0.019 0.583 230 V 0.139 0.039 0.040 0.055 0.090 0.112 0.020 0.505 231 K 0.051 0.023 0.044 0.042 0.062 0.182 0.016 0.580 232 G 0.106 0.026 0.055 0.085 0.087 0.091 0.028 0.522 233 H 0.058 0.010 0.057 0.027 0.051 0.101 0.008 0.690 234 T 0.017 0.008 0.068 0.060 0.091 0.080 0.003 0.674 235 E 0.016 0.017 0.082 0.098 0.132 0.122 0.004 0.529 236 S 0.024 0.020 0.051 0.038 0.080 0.105 0.004 0.678 237 L 0.071 0.095 0.154 0.109 0.104 0.075 0.009 0.381 238 N 0.035 0.037 0.032 0.023 0.034 0.268 0.008 0.564 239 V 0.056 0.176 0.052 0.040 0.067 0.214 0.007 0.389 240 A 0.019 0.602 0.015 0.019 0.032 0.121 0.003 0.189 241 I 0.031 0.442 0.007 0.010 0.023 0.200 0.008 0.279 242 A 0.003 0.972 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.016 243 T 0.001 0.983 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.009 244 A 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 245 I 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 246 L 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 247 C 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 248 S 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 249 E 0.024 0.944 0.003 0.003 0.002 0.002 0.010 0.012 250 W 0.043 0.904 0.004 0.003 0.004 0.003 0.013 0.025 251 R 0.054 0.840 0.010 0.006 0.008 0.008 0.019 0.055 252 R 0.123 0.648 0.017 0.011 0.010 0.012 0.047 0.130 253 R 0.142 0.338 0.052 0.013 0.014 0.025 0.061 0.355 254 S 0.034 0.091 0.023 0.011 0.012 0.029 0.019 0.782