# TARGET T0378 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0378.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1385 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.001 0.008 0.003 0.004 0.978 2 L 0.021 0.027 0.012 0.111 0.010 0.052 0.768 3 S 0.025 0.012 0.024 0.214 0.129 0.114 0.483 4 A 0.007 0.002 0.073 0.446 0.091 0.160 0.220 5 N 0.005 0.002 0.061 0.636 0.049 0.120 0.126 6 Q 0.006 0.003 0.043 0.753 0.034 0.063 0.098 7 I 0.010 0.004 0.013 0.859 0.027 0.013 0.074 8 K 0.012 0.003 0.014 0.899 0.014 0.018 0.041 9 F 0.031 0.004 0.021 0.879 0.010 0.029 0.026 10 L 0.021 0.004 0.030 0.876 0.008 0.021 0.040 11 R 0.013 0.001 0.037 0.881 0.012 0.036 0.020 12 S 0.010 0.002 0.034 0.840 0.014 0.077 0.024 13 L 0.008 0.002 0.036 0.790 0.022 0.079 0.063 14 R 0.008 0.005 0.036 0.685 0.040 0.120 0.105 15 E 0.007 0.004 0.052 0.685 0.054 0.102 0.095 16 R 0.009 0.003 0.051 0.650 0.088 0.094 0.105 17 K 0.011 0.004 0.049 0.604 0.066 0.151 0.115 18 Y 0.034 0.011 0.053 0.533 0.072 0.123 0.173 19 R 0.069 0.021 0.073 0.434 0.074 0.096 0.234 20 L 0.056 0.013 0.107 0.358 0.078 0.139 0.249 21 R 0.049 0.007 0.146 0.278 0.107 0.253 0.159 22 E 0.052 0.007 0.139 0.117 0.144 0.390 0.152 23 Q 0.117 0.005 0.057 0.025 0.226 0.318 0.252 24 A 0.239 0.008 0.025 0.016 0.222 0.103 0.386 25 F 0.792 0.011 0.012 0.015 0.049 0.034 0.087 26 A 0.931 0.005 0.006 0.012 0.008 0.007 0.033 27 V 0.931 0.004 0.003 0.011 0.007 0.006 0.038 28 E 0.759 0.011 0.005 0.016 0.041 0.011 0.155 29 G 0.174 0.004 0.005 0.018 0.166 0.013 0.621 30 P 0.024 0.002 0.059 0.244 0.169 0.290 0.212 31 K 0.014 0.008 0.050 0.442 0.143 0.240 0.103 32 L 0.019 0.015 0.032 0.764 0.030 0.050 0.089 33 V 0.004 0.001 0.022 0.944 0.004 0.014 0.012 34 G 0.002 0.001 0.026 0.948 0.004 0.016 0.004 35 E 0.002 0.001 0.047 0.907 0.003 0.037 0.004 36 M 0.004 0.002 0.072 0.822 0.007 0.085 0.007 37 L 0.004 0.001 0.083 0.824 0.015 0.060 0.013 38 P 0.004 0.002 0.130 0.611 0.016 0.210 0.028 39 F 0.004 0.002 0.096 0.388 0.044 0.426 0.040 40 Y 0.025 0.005 0.024 0.077 0.334 0.161 0.375 41 R 0.077 0.025 0.033 0.015 0.104 0.099 0.647 42 C 0.227 0.008 0.007 0.003 0.055 0.011 0.689 43 R 0.406 0.002 0.008 0.011 0.284 0.020 0.269 44 M 0.957 0.001 0.004 0.007 0.007 0.006 0.018 45 L 0.978 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.010 46 V 0.971 0.002 0.001 0.015 0.002 0.001 0.008 47 G 0.873 0.003 0.001 0.016 0.012 0.005 0.090 48 T 0.210 0.002 0.005 0.031 0.059 0.017 0.676 49 A 0.018 0.001 0.090 0.679 0.061 0.092 0.058 50 A 0.009 0.002 0.135 0.722 0.020 0.080 0.033 51 M 0.008 0.002 0.167 0.717 0.007 0.070 0.028 52 L 0.006 0.003 0.059 0.861 0.008 0.044 0.018 53 R 0.006 0.001 0.061 0.802 0.010 0.108 0.013 54 A 0.004 0.001 0.071 0.665 0.013 0.221 0.025 55 V 0.014 0.011 0.049 0.443 0.062 0.228 0.194 56 S 0.024 0.030 0.051 0.267 0.126 0.249 0.254 57 T 0.014 0.006 0.040 0.068 0.243 0.161 0.468 58 P 0.015 0.004 0.077 0.081 0.139 0.302 0.382 59 H 0.015 0.007 0.075 0.032 0.245 0.398 0.228 60 D 0.054 0.006 0.033 0.006 0.235 0.228 0.439 61 A 0.156 0.006 0.006 0.002 0.114 0.009 0.708 62 E 0.679 0.018 0.004 0.002 0.013 0.009 0.275 63 V 0.911 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.079 64 V 0.946 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.047 65 E 0.961 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.029 66 L 0.533 0.008 0.001 0.003 0.054 0.003 0.398 67 P 0.111 0.007 0.004 0.004 0.064 0.015 0.795 68 E 0.017 0.004 0.121 0.089 0.141 0.450 0.178 69 S 0.018 0.010 0.174 0.100 0.098 0.436 0.164 70 F 0.029 0.011 0.061 0.071 0.159 0.057 0.612 71 D 0.074 0.059 0.029 0.172 0.054 0.071 0.540 72 F 0.035 0.009 0.135 0.588 0.032 0.064 0.137 73 K 0.022 0.002 0.258 0.532 0.046 0.053 0.088 74 R 0.026 0.003 0.192 0.668 0.018 0.045 0.048 75 I 0.027 0.015 0.125 0.640 0.038 0.063 0.094 76 S 0.029 0.022 0.054 0.402 0.091 0.183 0.219 77 T 0.016 0.005 0.039 0.124 0.212 0.381 0.223 78 Q 0.039 0.012 0.021 0.030 0.394 0.155 0.349 79 T 0.036 0.011 0.022 0.011 0.339 0.123 0.458 80 T 0.046 0.014 0.011 0.004 0.354 0.075 0.496 81 P 0.073 0.022 0.021 0.006 0.298 0.125 0.454 82 Q 0.153 0.016 0.018 0.004 0.306 0.071 0.434 83 P 0.421 0.009 0.010 0.004 0.153 0.032 0.372 84 L 0.913 0.005 0.003 0.002 0.017 0.004 0.054 85 M 0.972 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.017 86 A 0.976 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.015 87 V 0.976 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.015 88 F 0.917 0.004 0.001 0.002 0.005 0.003 0.068 89 D 0.612 0.010 0.001 0.002 0.079 0.014 0.281 90 L 0.203 0.022 0.001 0.001 0.236 0.010 0.526 91 P 0.061 0.020 0.002 0.001 0.162 0.056 0.699 92 A 0.020 0.026 0.003 0.001 0.238 0.063 0.649 93 E 0.017 0.008 0.003 0.001 0.386 0.050 0.534 94 P 0.019 0.012 0.019 0.007 0.181 0.060 0.702 95 E 0.037 0.015 0.041 0.020 0.150 0.018 0.719 96 P 0.089 0.019 0.120 0.029 0.066 0.039 0.639 97 V 0.133 0.054 0.224 0.075 0.103 0.106 0.305 98 V 0.162 0.018 0.158 0.042 0.079 0.087 0.455 99 E 0.039 0.003 0.072 0.015 0.194 0.592 0.084 100 G 0.116 0.001 0.016 0.001 0.107 0.642 0.116 101 L 0.736 0.004 0.003 0.001 0.018 0.006 0.232 102 T 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 103 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 104 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 105 L 0.915 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.072 106 D 0.455 0.008 0.005 0.001 0.122 0.121 0.287 107 G 0.213 0.006 0.012 0.001 0.327 0.204 0.238 108 V 0.214 0.029 0.010 0.002 0.177 0.063 0.505 109 Q 0.165 0.118 0.008 0.004 0.213 0.073 0.420 110 D 0.053 0.022 0.007 0.004 0.292 0.027 0.596 111 P 0.008 0.003 0.056 0.057 0.115 0.666 0.095 112 G 0.004 0.006 0.054 0.140 0.114 0.634 0.049 113 N 0.007 0.017 0.039 0.530 0.110 0.106 0.190 114 V 0.002 0.002 0.005 0.926 0.014 0.017 0.034 115 G 0.001 0.001 0.002 0.985 0.003 0.004 0.005 116 T 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.002 0.001 117 I 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.001 118 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.001 119 R 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.015 0.001 120 T 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.015 0.003 121 A 0.001 0.001 0.003 0.981 0.003 0.009 0.003 122 D 0.001 0.001 0.011 0.952 0.004 0.026 0.004 123 W 0.002 0.001 0.015 0.893 0.008 0.078 0.003 124 F 0.004 0.002 0.009 0.414 0.010 0.557 0.005 125 G 0.005 0.004 0.003 0.006 0.030 0.906 0.047 126 I 0.039 0.004 0.004 0.001 0.037 0.015 0.900 127 R 0.132 0.001 0.005 0.001 0.666 0.016 0.178 128 H 0.934 0.001 0.005 0.002 0.016 0.011 0.031 129 V 0.986 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 130 W 0.992 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 131 L 0.937 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.053 132 G 0.392 0.003 0.004 0.002 0.083 0.025 0.491 133 T 0.097 0.004 0.013 0.004 0.482 0.136 0.264 134 G 0.035 0.013 0.036 0.004 0.305 0.345 0.263 135 S 0.050 0.033 0.062 0.011 0.213 0.195 0.435 136 A 0.059 0.047 0.065 0.033 0.303 0.186 0.308 137 D 0.082 0.012 0.072 0.026 0.305 0.182 0.320 138 V 0.075 0.023 0.076 0.063 0.139 0.276 0.348 139 F 0.034 0.043 0.018 0.046 0.216 0.124 0.519 140 S 0.007 0.007 0.001 0.032 0.122 0.009 0.821 141 P 0.001 0.001 0.008 0.946 0.006 0.036 0.005 142 K 0.001 0.001 0.006 0.970 0.002 0.020 0.002 143 V 0.001 0.001 0.006 0.984 0.001 0.005 0.003 144 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.003 0.002 145 Q 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.014 0.001 146 A 0.001 0.001 0.003 0.960 0.001 0.031 0.004 147 S 0.002 0.001 0.006 0.938 0.007 0.030 0.016 148 M 0.007 0.002 0.015 0.832 0.028 0.096 0.019 149 G 0.009 0.002 0.035 0.594 0.038 0.289 0.032 150 A 0.014 0.004 0.098 0.630 0.033 0.154 0.068 151 L 0.023 0.007 0.253 0.513 0.038 0.117 0.048 152 A 0.036 0.005 0.258 0.343 0.043 0.266 0.048 153 R 0.069 0.007 0.155 0.261 0.105 0.318 0.085 154 V 0.142 0.025 0.008 0.037 0.382 0.031 0.373 155 Q 0.105 0.016 0.003 0.003 0.047 0.020 0.807 156 P 0.161 0.013 0.006 0.006 0.081 0.037 0.697 157 T 0.404 0.044 0.011 0.012 0.136 0.030 0.362 158 P 0.521 0.033 0.012 0.025 0.081 0.011 0.316 159 L 0.185 0.026 0.036 0.084 0.071 0.024 0.574 160 K 0.078 0.025 0.044 0.128 0.430 0.086 0.209 161 N 0.038 0.039 0.014 0.073 0.329 0.044 0.463 162 T 0.001 0.001 0.014 0.960 0.004 0.010 0.011 163 V 0.001 0.001 0.007 0.987 0.001 0.003 0.002 164 D 0.001 0.001 0.010 0.986 0.001 0.002 0.001 165 T 0.001 0.001 0.011 0.985 0.001 0.003 0.001 166 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.007 0.001 167 A 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.016 0.001 168 Y 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.011 0.002 169 F 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.008 0.002 170 R 0.001 0.001 0.004 0.979 0.002 0.014 0.002 171 R 0.001 0.001 0.009 0.907 0.006 0.075 0.003 172 Q 0.001 0.001 0.004 0.170 0.010 0.813 0.003 173 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.963 0.015 174 I 0.021 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.946 175 P 0.559 0.002 0.001 0.001 0.162 0.004 0.273 176 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 177 Y 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 178 G 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 179 A 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.038 180 F 0.687 0.002 0.001 0.001 0.021 0.002 0.287 181 L 0.240 0.012 0.005 0.004 0.179 0.027 0.533 182 D 0.085 0.018 0.017 0.009 0.245 0.148 0.478 183 G 0.038 0.007 0.069 0.025 0.200 0.482 0.180 184 Q 0.050 0.009 0.079 0.047 0.239 0.343 0.232 185 S 0.117 0.018 0.077 0.048 0.220 0.120 0.400 186 L 0.210 0.062 0.075 0.069 0.133 0.103 0.349 187 Y 0.202 0.033 0.068 0.062 0.111 0.133 0.391 188 E 0.177 0.038 0.075 0.053 0.119 0.121 0.417 189 A 0.076 0.014 0.044 0.019 0.225 0.047 0.576 190 P 0.083 0.051 0.039 0.018 0.127 0.095 0.588 191 L 0.031 0.034 0.070 0.024 0.096 0.055 0.691 192 P 0.014 0.009 0.078 0.019 0.084 0.122 0.674 193 N 0.012 0.014 0.120 0.014 0.092 0.276 0.473 194 F 0.026 0.014 0.046 0.009 0.228 0.157 0.520 195 T 0.026 0.008 0.027 0.005 0.212 0.100 0.623 196 E 0.051 0.006 0.013 0.002 0.641 0.051 0.235 197 P 0.142 0.004 0.005 0.001 0.225 0.044 0.580 198 A 0.866 0.005 0.002 0.001 0.032 0.007 0.088 199 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 200 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 201 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 202 L 0.917 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.075 203 G 0.467 0.003 0.003 0.001 0.105 0.029 0.392 204 S 0.181 0.024 0.013 0.003 0.232 0.106 0.440 205 E 0.059 0.029 0.074 0.016 0.251 0.301 0.270 206 G 0.022 0.012 0.096 0.009 0.246 0.373 0.241 207 R 0.015 0.009 0.082 0.009 0.248 0.478 0.160 208 G 0.017 0.023 0.038 0.008 0.193 0.338 0.383 209 I 0.010 0.039 0.002 0.003 0.187 0.014 0.745 210 S 0.003 0.020 0.001 0.005 0.038 0.002 0.933 211 P 0.001 0.001 0.006 0.984 0.001 0.007 0.001 212 E 0.001 0.001 0.013 0.980 0.001 0.005 0.001 213 V 0.001 0.001 0.023 0.973 0.001 0.003 0.001 214 A 0.001 0.001 0.013 0.976 0.001 0.009 0.001 215 A 0.001 0.001 0.012 0.879 0.002 0.105 0.001 216 E 0.003 0.001 0.024 0.373 0.011 0.575 0.014 217 I 0.053 0.011 0.019 0.054 0.163 0.132 0.567 218 T 0.095 0.003 0.016 0.017 0.498 0.095 0.276 219 D 0.700 0.002 0.019 0.020 0.093 0.087 0.080 220 R 0.903 0.004 0.002 0.027 0.008 0.008 0.047 221 L 0.973 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 0.015 222 T 0.947 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.045 223 I 0.832 0.007 0.001 0.001 0.013 0.002 0.144 224 P 0.375 0.012 0.001 0.001 0.098 0.018 0.495 225 A 0.071 0.022 0.015 0.003 0.225 0.098 0.566 226 S 0.014 0.003 0.060 0.006 0.211 0.532 0.173 227 G 0.008 0.009 0.121 0.009 0.186 0.540 0.128 228 L 0.032 0.025 0.134 0.018 0.248 0.260 0.284 229 S 0.060 0.028 0.084 0.017 0.128 0.210 0.473 230 V 0.100 0.053 0.080 0.023 0.145 0.079 0.519 231 K 0.090 0.026 0.089 0.034 0.115 0.215 0.430 232 G 0.046 0.006 0.051 0.030 0.273 0.281 0.314 233 H 0.123 0.021 0.037 0.079 0.169 0.126 0.444 234 T 0.213 0.037 0.027 0.152 0.126 0.056 0.389 235 E 0.252 0.023 0.021 0.179 0.130 0.057 0.337 236 S 0.247 0.029 0.016 0.365 0.071 0.034 0.237 237 L 0.107 0.018 0.017 0.614 0.040 0.040 0.164 238 N 0.028 0.003 0.009 0.837 0.016 0.018 0.090 239 V 0.002 0.001 0.008 0.978 0.001 0.006 0.005 240 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 0.001 241 I 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 242 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 243 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 244 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 245 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 246 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 247 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 248 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 249 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 250 W 0.001 0.001 0.001 0.965 0.001 0.030 0.002 251 R 0.002 0.001 0.005 0.874 0.008 0.104 0.006 252 R 0.005 0.003 0.009 0.551 0.041 0.337 0.055 253 R 0.008 0.007 0.009 0.149 0.021 0.129 0.677 254 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.994