# TARGET T0378 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0378.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1385 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.477 0.239 0.129 0.089 0.045 0.019 0.003 2 L 0.123 0.159 0.230 0.268 0.173 0.044 0.003 3 S 0.532 0.294 0.115 0.044 0.012 0.003 0.001 4 A 0.588 0.244 0.110 0.044 0.012 0.002 0.001 5 N 0.628 0.243 0.093 0.028 0.007 0.001 0.001 6 Q 0.233 0.270 0.230 0.181 0.071 0.014 0.001 7 I 0.139 0.148 0.222 0.277 0.171 0.041 0.001 8 K 0.473 0.343 0.126 0.044 0.011 0.002 0.001 9 F 0.234 0.192 0.210 0.237 0.103 0.023 0.001 10 L 0.167 0.114 0.157 0.248 0.225 0.085 0.004 11 R 0.360 0.336 0.195 0.084 0.022 0.004 0.001 12 S 0.410 0.338 0.167 0.065 0.016 0.003 0.001 13 L 0.168 0.174 0.229 0.238 0.153 0.037 0.001 14 R 0.504 0.271 0.129 0.067 0.023 0.005 0.001 15 E 0.674 0.221 0.070 0.026 0.008 0.001 0.001 16 R 0.566 0.237 0.129 0.051 0.014 0.002 0.001 17 K 0.566 0.293 0.095 0.036 0.008 0.002 0.001 18 Y 0.346 0.263 0.183 0.137 0.059 0.013 0.001 19 R 0.310 0.273 0.212 0.139 0.055 0.011 0.001 20 L 0.635 0.230 0.080 0.040 0.013 0.003 0.001 21 R 0.737 0.180 0.055 0.021 0.006 0.001 0.001 22 E 0.625 0.232 0.096 0.036 0.010 0.001 0.001 23 Q 0.405 0.326 0.179 0.073 0.015 0.002 0.001 24 A 0.187 0.307 0.256 0.169 0.066 0.014 0.001 25 F 0.044 0.073 0.153 0.283 0.309 0.128 0.009 26 A 0.028 0.066 0.120 0.212 0.276 0.249 0.049 27 V 0.012 0.018 0.034 0.088 0.222 0.422 0.204 28 E 0.006 0.023 0.055 0.141 0.268 0.348 0.159 29 G 0.004 0.011 0.020 0.056 0.175 0.452 0.283 30 P 0.014 0.068 0.139 0.255 0.263 0.203 0.059 31 K 0.015 0.086 0.200 0.281 0.238 0.145 0.035 32 L 0.011 0.030 0.074 0.168 0.278 0.331 0.107 33 V 0.015 0.016 0.022 0.070 0.207 0.481 0.188 34 G 0.050 0.126 0.204 0.279 0.205 0.111 0.026 35 E 0.055 0.177 0.239 0.270 0.159 0.087 0.014 36 M 0.019 0.035 0.052 0.133 0.293 0.384 0.084 37 L 0.017 0.053 0.123 0.268 0.332 0.184 0.023 38 P 0.216 0.339 0.219 0.129 0.061 0.029 0.007 39 F 0.097 0.220 0.283 0.242 0.120 0.033 0.003 40 Y 0.138 0.259 0.278 0.191 0.095 0.033 0.005 41 R 0.108 0.255 0.238 0.199 0.129 0.061 0.011 42 C 0.019 0.029 0.073 0.203 0.348 0.277 0.050 43 R 0.044 0.151 0.223 0.266 0.184 0.109 0.022 44 M 0.017 0.059 0.136 0.229 0.265 0.240 0.053 45 L 0.007 0.015 0.034 0.084 0.228 0.475 0.158 46 V 0.008 0.022 0.045 0.125 0.270 0.411 0.118 47 G 0.010 0.021 0.047 0.146 0.299 0.388 0.090 48 T 0.035 0.102 0.174 0.262 0.258 0.148 0.020 49 A 0.141 0.299 0.286 0.184 0.070 0.019 0.002 50 A 0.310 0.412 0.179 0.070 0.022 0.006 0.001 51 M 0.061 0.103 0.195 0.314 0.249 0.075 0.003 52 L 0.098 0.154 0.238 0.282 0.182 0.045 0.002 53 R 0.439 0.363 0.148 0.041 0.008 0.001 0.001 54 A 0.384 0.341 0.173 0.076 0.022 0.004 0.001 55 V 0.097 0.180 0.248 0.273 0.155 0.045 0.001 56 S 0.329 0.272 0.193 0.135 0.059 0.011 0.001 57 T 0.579 0.267 0.106 0.038 0.009 0.001 0.001 58 P 0.480 0.270 0.148 0.075 0.023 0.003 0.001 59 H 0.333 0.285 0.215 0.124 0.037 0.005 0.001 60 D 0.577 0.310 0.086 0.022 0.004 0.001 0.001 61 A 0.088 0.136 0.277 0.319 0.159 0.020 0.001 62 E 0.249 0.407 0.225 0.089 0.024 0.005 0.001 63 V 0.034 0.066 0.152 0.330 0.327 0.087 0.003 64 V 0.069 0.189 0.294 0.282 0.137 0.027 0.001 65 E 0.156 0.431 0.272 0.110 0.027 0.004 0.001 66 L 0.075 0.135 0.248 0.336 0.174 0.031 0.001 67 P 0.502 0.326 0.116 0.042 0.012 0.002 0.001 68 E 0.535 0.293 0.122 0.041 0.008 0.001 0.001 69 S 0.577 0.280 0.098 0.035 0.008 0.002 0.001 70 F 0.314 0.332 0.216 0.103 0.031 0.005 0.001 71 D 0.211 0.340 0.267 0.137 0.038 0.007 0.001 72 F 0.075 0.077 0.152 0.336 0.289 0.068 0.002 73 K 0.295 0.400 0.217 0.072 0.014 0.002 0.001 74 R 0.296 0.401 0.194 0.083 0.022 0.004 0.001 75 I 0.135 0.148 0.204 0.263 0.189 0.057 0.003 76 S 0.185 0.207 0.215 0.216 0.127 0.045 0.005 77 T 0.534 0.272 0.114 0.055 0.019 0.005 0.001 78 Q 0.471 0.263 0.138 0.082 0.035 0.009 0.001 79 T 0.337 0.268 0.197 0.118 0.052 0.022 0.005 80 T 0.202 0.264 0.214 0.167 0.092 0.048 0.013 81 P 0.054 0.059 0.088 0.164 0.277 0.270 0.089 82 Q 0.038 0.087 0.153 0.248 0.232 0.174 0.067 83 P 0.067 0.161 0.188 0.200 0.161 0.156 0.068 84 L 0.031 0.059 0.097 0.175 0.238 0.291 0.109 85 M 0.015 0.043 0.094 0.180 0.245 0.304 0.119 86 A 0.020 0.029 0.052 0.131 0.272 0.391 0.105 87 V 0.025 0.111 0.235 0.308 0.221 0.089 0.010 88 F 0.025 0.043 0.110 0.254 0.369 0.182 0.016 89 D 0.236 0.404 0.219 0.096 0.034 0.010 0.001 90 L 0.153 0.212 0.261 0.245 0.108 0.020 0.001 91 P 0.542 0.268 0.117 0.052 0.017 0.004 0.001 92 A 0.482 0.273 0.146 0.075 0.021 0.003 0.001 93 E 0.666 0.224 0.072 0.029 0.008 0.001 0.001 94 P 0.461 0.295 0.156 0.067 0.018 0.003 0.001 95 E 0.514 0.318 0.119 0.038 0.010 0.002 0.001 96 P 0.466 0.313 0.130 0.066 0.021 0.004 0.001 97 V 0.067 0.160 0.285 0.324 0.146 0.018 0.001 98 V 0.148 0.280 0.290 0.211 0.064 0.007 0.001 99 E 0.263 0.397 0.228 0.090 0.019 0.002 0.001 100 G 0.103 0.325 0.315 0.184 0.059 0.013 0.001 101 L 0.001 0.004 0.022 0.140 0.431 0.381 0.021 102 T 0.001 0.006 0.034 0.133 0.348 0.403 0.075 103 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.055 0.467 0.466 104 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.055 0.345 0.589 105 L 0.001 0.001 0.002 0.007 0.038 0.268 0.684 106 D 0.001 0.007 0.021 0.073 0.167 0.325 0.407 107 G 0.003 0.026 0.074 0.163 0.262 0.338 0.134 108 V 0.003 0.010 0.025 0.078 0.213 0.440 0.231 109 Q 0.029 0.062 0.107 0.190 0.260 0.267 0.085 110 D 0.052 0.117 0.166 0.207 0.207 0.180 0.071 111 P 0.045 0.079 0.098 0.165 0.223 0.249 0.142 112 G 0.019 0.085 0.138 0.200 0.212 0.228 0.119 113 N 0.006 0.015 0.029 0.087 0.212 0.367 0.284 114 V 0.002 0.006 0.013 0.040 0.136 0.398 0.405 115 G 0.001 0.003 0.011 0.040 0.112 0.309 0.524 116 T 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.157 0.814 117 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.126 0.859 118 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.185 0.791 119 R 0.001 0.001 0.001 0.007 0.041 0.212 0.738 120 T 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.135 0.848 121 A 0.001 0.001 0.001 0.006 0.037 0.222 0.733 122 D 0.001 0.002 0.009 0.040 0.106 0.306 0.536 123 W 0.001 0.001 0.003 0.020 0.098 0.384 0.494 124 F 0.001 0.002 0.005 0.015 0.075 0.400 0.503 125 G 0.001 0.005 0.017 0.066 0.185 0.379 0.347 126 I 0.001 0.001 0.004 0.018 0.081 0.370 0.525 127 R 0.001 0.005 0.028 0.121 0.275 0.372 0.199 128 H 0.001 0.001 0.012 0.067 0.212 0.425 0.283 129 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.033 0.339 0.621 130 W 0.001 0.001 0.002 0.011 0.080 0.406 0.500 131 L 0.001 0.001 0.005 0.024 0.123 0.427 0.421 132 G 0.002 0.011 0.038 0.137 0.315 0.387 0.110 133 T 0.020 0.106 0.207 0.290 0.225 0.129 0.023 134 G 0.077 0.227 0.249 0.222 0.142 0.069 0.015 135 S 0.105 0.167 0.202 0.231 0.185 0.097 0.013 136 A 0.090 0.111 0.160 0.218 0.225 0.166 0.030 137 D 0.144 0.189 0.204 0.198 0.146 0.095 0.022 138 V 0.131 0.205 0.196 0.178 0.140 0.112 0.037 139 F 0.051 0.084 0.131 0.240 0.286 0.177 0.031 140 S 0.154 0.243 0.240 0.195 0.109 0.048 0.010 141 P 0.222 0.318 0.232 0.137 0.063 0.023 0.005 142 K 0.047 0.144 0.261 0.263 0.191 0.081 0.013 143 V 0.008 0.012 0.023 0.084 0.264 0.487 0.122 144 V 0.012 0.052 0.131 0.288 0.295 0.190 0.031 145 Q 0.030 0.115 0.205 0.255 0.205 0.154 0.036 146 A 0.008 0.022 0.049 0.118 0.221 0.387 0.195 147 S 0.004 0.008 0.020 0.066 0.170 0.389 0.343 148 M 0.030 0.104 0.172 0.228 0.208 0.170 0.088 149 G 0.049 0.114 0.141 0.193 0.218 0.202 0.083 150 A 0.010 0.024 0.040 0.088 0.198 0.408 0.232 151 L 0.013 0.035 0.073 0.180 0.288 0.307 0.105 152 A 0.044 0.156 0.212 0.240 0.188 0.125 0.035 153 R 0.013 0.057 0.149 0.282 0.286 0.178 0.035 154 V 0.007 0.012 0.028 0.077 0.239 0.463 0.175 155 Q 0.024 0.111 0.190 0.262 0.236 0.147 0.031 156 P 0.018 0.042 0.088 0.183 0.306 0.296 0.066 157 T 0.032 0.133 0.213 0.265 0.227 0.110 0.020 158 P 0.028 0.174 0.281 0.267 0.165 0.075 0.010 159 L 0.008 0.033 0.091 0.252 0.369 0.223 0.024 160 K 0.189 0.403 0.232 0.101 0.051 0.020 0.004 161 N 0.019 0.144 0.293 0.305 0.168 0.065 0.007 162 T 0.003 0.007 0.021 0.122 0.374 0.420 0.052 163 V 0.021 0.147 0.338 0.314 0.140 0.038 0.002 164 D 0.038 0.291 0.400 0.206 0.055 0.009 0.001 165 T 0.002 0.006 0.018 0.095 0.356 0.485 0.038 166 L 0.002 0.012 0.065 0.263 0.458 0.190 0.010 167 A 0.067 0.486 0.308 0.103 0.027 0.008 0.001 168 Y 0.009 0.144 0.381 0.357 0.096 0.013 0.001 169 F 0.001 0.009 0.051 0.248 0.487 0.200 0.005 170 R 0.079 0.392 0.344 0.150 0.032 0.003 0.001 171 R 0.560 0.333 0.084 0.020 0.003 0.001 0.001 172 Q 0.218 0.407 0.271 0.088 0.014 0.001 0.001 173 G 0.175 0.491 0.242 0.080 0.010 0.001 0.001 174 I 0.001 0.009 0.061 0.291 0.495 0.138 0.003 175 P 0.002 0.019 0.105 0.325 0.384 0.150 0.015 176 V 0.001 0.001 0.002 0.013 0.098 0.624 0.262 177 Y 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.379 0.582 178 G 0.001 0.001 0.002 0.011 0.058 0.277 0.652 179 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.035 0.292 0.669 180 F 0.001 0.003 0.010 0.051 0.182 0.465 0.287 181 L 0.002 0.019 0.072 0.201 0.326 0.309 0.071 182 D 0.044 0.176 0.236 0.248 0.173 0.099 0.024 183 G 0.145 0.210 0.232 0.220 0.135 0.051 0.007 184 Q 0.256 0.285 0.214 0.139 0.073 0.030 0.004 185 S 0.140 0.160 0.198 0.230 0.181 0.081 0.010 186 L 0.101 0.202 0.256 0.231 0.140 0.062 0.008 187 Y 0.141 0.173 0.200 0.232 0.168 0.078 0.008 188 E 0.264 0.254 0.202 0.155 0.088 0.033 0.004 189 A 0.428 0.234 0.155 0.104 0.058 0.019 0.002 190 P 0.386 0.277 0.165 0.098 0.049 0.020 0.003 191 L 0.129 0.200 0.248 0.239 0.131 0.049 0.004 192 P 0.239 0.283 0.212 0.157 0.081 0.026 0.002 193 N 0.403 0.300 0.159 0.089 0.038 0.010 0.001 194 F 0.052 0.092 0.197 0.355 0.255 0.047 0.002 195 T 0.262 0.422 0.208 0.082 0.021 0.004 0.001 196 E 0.039 0.218 0.321 0.280 0.120 0.021 0.002 197 P 0.004 0.036 0.142 0.335 0.343 0.130 0.010 198 A 0.001 0.001 0.004 0.036 0.238 0.604 0.117 199 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 0.387 0.571 200 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.151 0.835 201 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.116 0.871 202 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.189 0.783 203 G 0.001 0.005 0.019 0.077 0.183 0.385 0.331 204 S 0.008 0.038 0.078 0.168 0.250 0.319 0.139 205 E 0.015 0.041 0.086 0.184 0.286 0.307 0.081 206 G 0.132 0.200 0.208 0.194 0.150 0.096 0.020 207 R 0.144 0.224 0.234 0.209 0.118 0.057 0.014 208 G 0.251 0.257 0.176 0.140 0.094 0.064 0.018 209 I 0.082 0.108 0.149 0.239 0.237 0.159 0.027 210 S 0.181 0.274 0.246 0.182 0.084 0.029 0.005 211 P 0.558 0.290 0.102 0.036 0.011 0.003 0.001 212 E 0.482 0.309 0.133 0.055 0.017 0.004 0.001 213 V 0.084 0.147 0.228 0.298 0.182 0.057 0.004 214 A 0.145 0.197 0.223 0.251 0.142 0.039 0.002 215 A 0.455 0.376 0.126 0.034 0.008 0.001 0.001 216 E 0.187 0.365 0.264 0.138 0.037 0.008 0.001 217 I 0.016 0.044 0.109 0.273 0.369 0.178 0.011 218 T 0.077 0.241 0.295 0.243 0.107 0.031 0.005 219 D 0.099 0.325 0.280 0.188 0.080 0.026 0.002 220 R 0.009 0.071 0.260 0.355 0.230 0.069 0.006 221 L 0.002 0.005 0.016 0.070 0.278 0.539 0.090 222 T 0.010 0.098 0.242 0.321 0.232 0.085 0.012 223 I 0.006 0.021 0.053 0.162 0.354 0.350 0.054 224 P 0.048 0.171 0.227 0.248 0.180 0.108 0.019 225 A 0.078 0.135 0.203 0.302 0.210 0.068 0.004 226 S 0.318 0.298 0.216 0.118 0.041 0.008 0.001 227 G 0.427 0.301 0.153 0.082 0.028 0.008 0.001 228 L 0.394 0.263 0.169 0.111 0.048 0.015 0.001 229 S 0.475 0.283 0.132 0.076 0.027 0.007 0.001 230 V 0.362 0.236 0.188 0.135 0.061 0.016 0.002 231 K 0.416 0.294 0.153 0.087 0.037 0.012 0.002 232 G 0.205 0.308 0.253 0.158 0.060 0.015 0.002 233 H 0.080 0.237 0.270 0.227 0.131 0.049 0.007 234 T 0.007 0.019 0.059 0.183 0.381 0.297 0.055 235 E 0.008 0.027 0.080 0.202 0.335 0.279 0.070 236 S 0.002 0.006 0.016 0.036 0.099 0.395 0.445 237 L 0.001 0.001 0.002 0.012 0.057 0.288 0.640 238 N 0.001 0.001 0.002 0.011 0.055 0.233 0.697 239 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.024 0.159 0.808 240 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.199 0.772 241 I 0.001 0.001 0.001 0.008 0.041 0.219 0.729 242 A 0.001 0.001 0.001 0.006 0.030 0.174 0.789 243 T 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.128 0.853 244 A 0.001 0.001 0.002 0.011 0.044 0.188 0.754 245 I 0.001 0.001 0.002 0.010 0.045 0.257 0.686 246 L 0.001 0.002 0.003 0.012 0.036 0.235 0.711 247 C 0.001 0.001 0.003 0.010 0.043 0.313 0.629 248 S 0.003 0.017 0.042 0.122 0.237 0.381 0.199 249 E 0.005 0.028 0.088 0.216 0.306 0.291 0.064 250 W 0.014 0.034 0.058 0.148 0.276 0.408 0.063 251 R 0.044 0.143 0.232 0.299 0.211 0.068 0.003 252 R 0.189 0.291 0.269 0.165 0.070 0.015 0.001 253 R 0.521 0.272 0.136 0.056 0.013 0.002 0.001 254 S 0.811 0.129 0.038 0.016 0.005 0.001 0.001