# TARGET T0377 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.008 0.717 0.006 0.008 0.022 0.001 0.001 0.009 0.144 0.028 0.026 0.029 2 A 0.013 0.045 0.513 0.008 0.009 0.010 0.023 0.005 0.108 0.070 0.024 0.029 0.142 3 M 0.071 0.015 0.155 0.023 0.001 0.003 0.070 0.080 0.354 0.034 0.005 0.115 0.074 4 L 0.250 0.002 0.068 0.069 0.001 0.002 0.120 0.072 0.197 0.024 0.003 0.035 0.157 5 Y 0.232 0.001 0.019 0.009 0.001 0.001 0.204 0.190 0.257 0.002 0.001 0.042 0.042 6 L 0.307 0.001 0.012 0.019 0.001 0.001 0.300 0.241 0.052 0.002 0.001 0.023 0.044 7 I 0.290 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.324 0.261 0.055 0.001 0.001 0.030 0.024 8 F 0.370 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.293 0.192 0.063 0.001 0.001 0.020 0.048 9 Y 0.453 0.003 0.058 0.008 0.001 0.010 0.190 0.074 0.067 0.007 0.004 0.052 0.073 10 D 0.087 0.004 0.302 0.003 0.001 0.016 0.032 0.016 0.163 0.081 0.010 0.107 0.178 11 I 0.007 0.012 0.318 0.002 0.023 0.065 0.003 0.001 0.034 0.249 0.214 0.006 0.066 12 T 0.002 0.013 0.192 0.001 0.049 0.156 0.001 0.001 0.010 0.225 0.337 0.008 0.007 13 D 0.001 0.005 0.129 0.001 0.064 0.244 0.001 0.001 0.004 0.127 0.418 0.003 0.004 14 D 0.001 0.003 0.106 0.001 0.052 0.323 0.001 0.001 0.002 0.123 0.387 0.001 0.003 15 N 0.001 0.005 0.122 0.001 0.048 0.581 0.001 0.001 0.001 0.117 0.115 0.006 0.003 16 L 0.001 0.015 0.075 0.001 0.014 0.775 0.001 0.001 0.002 0.049 0.052 0.001 0.016 17 R 0.001 0.002 0.042 0.001 0.009 0.904 0.001 0.001 0.001 0.017 0.023 0.002 0.001 18 N 0.001 0.001 0.012 0.001 0.005 0.954 0.001 0.001 0.001 0.015 0.009 0.001 0.002 19 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 23 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 25 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 26 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.894 0.001 0.001 0.001 0.008 0.087 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.018 0.001 0.007 0.713 0.001 0.001 0.001 0.021 0.240 0.001 0.001 28 G 0.001 0.006 0.142 0.001 0.009 0.448 0.001 0.001 0.001 0.073 0.316 0.001 0.003 29 L 0.001 0.008 0.570 0.001 0.021 0.180 0.001 0.001 0.002 0.126 0.076 0.005 0.010 30 D 0.001 0.008 0.338 0.011 0.102 0.196 0.001 0.001 0.005 0.182 0.093 0.034 0.029 31 R 0.017 0.022 0.160 0.004 0.112 0.196 0.005 0.002 0.033 0.087 0.135 0.054 0.175 32 I 0.053 0.026 0.175 0.017 0.048 0.153 0.015 0.014 0.094 0.060 0.075 0.077 0.192 33 Q 0.114 0.009 0.099 0.237 0.008 0.091 0.020 0.019 0.054 0.071 0.041 0.054 0.183 34 Y 0.187 0.005 0.159 0.035 0.010 0.063 0.012 0.004 0.038 0.065 0.030 0.272 0.120 35 S 0.227 0.008 0.120 0.010 0.008 0.067 0.018 0.005 0.026 0.056 0.020 0.031 0.405 36 V 0.321 0.007 0.094 0.006 0.008 0.073 0.022 0.007 0.021 0.018 0.021 0.300 0.102 37 F 0.357 0.006 0.097 0.015 0.013 0.056 0.033 0.005 0.029 0.034 0.030 0.058 0.267 38 M 0.270 0.012 0.174 0.036 0.030 0.048 0.021 0.002 0.024 0.055 0.073 0.140 0.115 39 G 0.139 0.014 0.223 0.017 0.035 0.043 0.012 0.001 0.027 0.169 0.111 0.051 0.158 40 D 0.045 0.034 0.431 0.003 0.014 0.019 0.005 0.001 0.034 0.118 0.063 0.074 0.160 41 L 0.006 0.047 0.581 0.001 0.008 0.014 0.001 0.001 0.012 0.232 0.024 0.039 0.036 42 N 0.001 0.014 0.677 0.001 0.002 0.026 0.001 0.001 0.004 0.233 0.009 0.001 0.034 43 S 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.945 0.001 0.001 0.001 0.008 0.031 0.001 0.001 44 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 45 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 46 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 47 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 48 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 49 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 50 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 51 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 52 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 53 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 54 K 0.003 0.001 0.024 0.001 0.006 0.921 0.001 0.001 0.002 0.004 0.032 0.003 0.002 55 I 0.003 0.001 0.016 0.001 0.009 0.915 0.001 0.001 0.001 0.006 0.042 0.001 0.005 56 I 0.004 0.003 0.022 0.001 0.013 0.866 0.002 0.001 0.002 0.011 0.068 0.004 0.004 57 G 0.002 0.001 0.022 0.001 0.021 0.618 0.001 0.001 0.001 0.014 0.314 0.002 0.003 58 N 0.002 0.002 0.099 0.001 0.030 0.295 0.001 0.001 0.002 0.048 0.506 0.006 0.007 59 R 0.001 0.026 0.308 0.007 0.058 0.191 0.001 0.001 0.004 0.082 0.293 0.003 0.028 60 K 0.001 0.009 0.211 0.016 0.063 0.179 0.001 0.001 0.002 0.224 0.258 0.021 0.015 61 K 0.001 0.006 0.718 0.018 0.039 0.058 0.001 0.001 0.002 0.071 0.021 0.015 0.050 62 L 0.004 0.072 0.527 0.009 0.037 0.060 0.004 0.001 0.013 0.028 0.021 0.023 0.202 63 Q 0.016 0.083 0.417 0.089 0.024 0.057 0.007 0.001 0.011 0.084 0.023 0.061 0.128 64 E 0.003 0.029 0.544 0.004 0.015 0.032 0.002 0.001 0.007 0.149 0.017 0.042 0.156 65 D 0.001 0.003 0.189 0.020 0.108 0.163 0.001 0.001 0.001 0.131 0.362 0.003 0.022 66 E 0.001 0.007 0.080 0.007 0.112 0.101 0.001 0.001 0.001 0.150 0.533 0.007 0.003 67 R 0.001 0.007 0.199 0.009 0.096 0.021 0.001 0.001 0.001 0.222 0.425 0.004 0.014 68 F 0.005 0.005 0.342 0.008 0.037 0.004 0.001 0.001 0.005 0.188 0.369 0.013 0.024 69 F 0.250 0.023 0.162 0.006 0.005 0.005 0.041 0.010 0.053 0.060 0.036 0.062 0.285 70 I 0.596 0.003 0.030 0.024 0.001 0.003 0.092 0.015 0.037 0.008 0.002 0.053 0.136 71 L 0.499 0.001 0.018 0.002 0.001 0.002 0.138 0.016 0.090 0.003 0.001 0.192 0.038 72 I 0.384 0.005 0.028 0.005 0.001 0.002 0.133 0.018 0.104 0.002 0.001 0.014 0.303 73 V 0.136 0.003 0.072 0.016 0.001 0.001 0.063 0.009 0.160 0.013 0.001 0.480 0.045 74 P 0.048 0.008 0.229 0.010 0.001 0.001 0.021 0.002 0.150 0.016 0.004 0.021 0.489 75 I 0.017 0.020 0.641 0.004 0.006 0.002 0.006 0.001 0.055 0.065 0.006 0.112 0.064 76 T 0.001 0.015 0.689 0.002 0.009 0.007 0.001 0.001 0.017 0.128 0.008 0.002 0.121 77 E 0.001 0.002 0.061 0.001 0.200 0.487 0.001 0.001 0.001 0.064 0.180 0.002 0.002 78 N 0.001 0.001 0.024 0.001 0.086 0.655 0.001 0.001 0.001 0.034 0.199 0.001 0.001 79 Q 0.001 0.003 0.042 0.001 0.071 0.776 0.001 0.001 0.001 0.029 0.072 0.001 0.005 80 F 0.001 0.006 0.061 0.002 0.029 0.833 0.001 0.001 0.002 0.023 0.034 0.001 0.007 81 R 0.007 0.010 0.041 0.013 0.026 0.788 0.002 0.002 0.002 0.028 0.051 0.011 0.019 82 E 0.033 0.007 0.074 0.012 0.021 0.685 0.006 0.002 0.010 0.029 0.054 0.020 0.048 83 R 0.046 0.014 0.123 0.020 0.013 0.456 0.016 0.006 0.024 0.029 0.024 0.041 0.188 84 I 0.053 0.015 0.138 0.026 0.014 0.318 0.025 0.014 0.040 0.037 0.028 0.197 0.094 85 V 0.071 0.020 0.127 0.009 0.021 0.257 0.022 0.007 0.027 0.044 0.073 0.049 0.271 86 I 0.032 0.041 0.244 0.024 0.025 0.165 0.009 0.004 0.020 0.107 0.213 0.050 0.067 87 G 0.010 0.009 0.347 0.006 0.014 0.035 0.002 0.001 0.006 0.257 0.222 0.040 0.054 88 Y 0.002 0.008 0.421 0.005 0.015 0.020 0.001 0.001 0.002 0.371 0.110 0.013 0.033 89 S 0.001 0.023 0.456 0.003 0.029 0.025 0.001 0.001 0.001 0.308 0.100 0.022 0.031 90 G 0.001 0.019 0.464 0.004 0.060 0.047 0.001 0.001 0.001 0.244 0.117 0.014 0.028 91 S 0.001 0.011 0.562 0.004 0.107 0.046 0.001 0.001 0.001 0.131 0.103 0.009 0.025 92 E 0.001 0.020 0.439 0.009 0.159 0.055 0.001 0.001 0.002 0.163 0.109 0.012 0.032 93 R 0.001 0.043 0.452 0.003 0.103 0.040 0.001 0.001 0.003 0.220 0.077 0.024 0.033 94 E 0.001 0.015 0.734 0.004 0.036 0.020 0.001 0.001 0.002 0.119 0.032 0.007 0.030 95 E 0.001 0.021 0.458 0.008 0.069 0.055 0.001 0.001 0.001 0.113 0.241 0.013 0.021 96 K 0.004 0.017 0.232 0.005 0.074 0.031 0.001 0.001 0.002 0.154 0.435 0.019 0.026 97 S 0.009 0.004 0.314 0.012 0.067 0.020 0.001 0.001 0.007 0.340 0.165 0.015 0.045 98 N 0.107 0.030 0.295 0.004 0.018 0.019 0.048 0.002 0.105 0.055 0.039 0.115 0.162 99 V 0.148 0.064 0.161 0.002 0.005 0.012 0.113 0.004 0.116 0.018 0.017 0.114 0.225 100 V 0.037 0.023 0.586 0.001 0.001 0.004 0.030 0.002 0.078 0.004 0.005 0.107 0.122 101 W 0.001 0.002 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.032