# TARGET T0377 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36.8509 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.048 0.040 0.008 0.012 0.017 0.017 0.021 0.003 0.001 0.004 0.830 2 A 0.056 0.023 0.006 0.050 0.108 0.140 0.246 0.008 0.001 0.020 0.342 3 M 0.271 0.014 0.022 0.115 0.135 0.142 0.073 0.007 0.001 0.020 0.202 4 L 0.014 0.006 0.008 0.506 0.200 0.205 0.024 0.001 0.001 0.001 0.035 5 Y 0.001 0.001 0.002 0.475 0.232 0.250 0.012 0.001 0.001 0.001 0.026 6 L 0.001 0.001 0.001 0.711 0.133 0.145 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 7 I 0.001 0.001 0.001 0.669 0.121 0.177 0.008 0.001 0.001 0.001 0.024 8 F 0.001 0.001 0.001 0.623 0.148 0.201 0.006 0.001 0.001 0.001 0.020 9 Y 0.001 0.001 0.001 0.472 0.101 0.213 0.030 0.001 0.001 0.001 0.183 10 D 0.003 0.001 0.001 0.262 0.105 0.224 0.110 0.001 0.001 0.007 0.287 11 I 0.020 0.001 0.003 0.139 0.053 0.102 0.115 0.001 0.001 0.018 0.549 12 T 0.016 0.003 0.001 0.042 0.038 0.060 0.402 0.001 0.001 0.012 0.426 13 D 0.072 0.006 0.002 0.016 0.012 0.015 0.214 0.001 0.001 0.018 0.644 14 D 0.067 0.033 0.002 0.004 0.002 0.004 0.242 0.001 0.001 0.012 0.633 15 N 0.038 0.029 0.001 0.001 0.002 0.003 0.638 0.001 0.001 0.023 0.263 16 L 0.117 0.164 0.008 0.002 0.002 0.004 0.456 0.002 0.001 0.017 0.228 17 R 0.035 0.578 0.004 0.003 0.003 0.008 0.173 0.004 0.001 0.004 0.188 18 N 0.025 0.673 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 0.005 0.001 0.002 0.264 19 R 0.030 0.794 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.151 20 V 0.003 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.041 21 A 0.008 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.014 22 E 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 23 F 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 24 L 0.006 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 25 K 0.013 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.006 26 K 0.045 0.924 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 27 K 0.058 0.636 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.237 0.001 0.001 0.066 28 G 0.507 0.334 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.058 0.001 0.001 0.084 29 L 0.009 0.053 0.714 0.011 0.005 0.008 0.010 0.003 0.001 0.001 0.185 30 D 0.007 0.050 0.007 0.292 0.067 0.118 0.066 0.003 0.001 0.001 0.390 31 R 0.109 0.040 0.006 0.253 0.030 0.057 0.050 0.002 0.001 0.004 0.449 32 I 0.036 0.091 0.008 0.246 0.108 0.114 0.065 0.001 0.001 0.003 0.328 33 Q 0.010 0.023 0.003 0.426 0.119 0.227 0.041 0.001 0.001 0.003 0.147 34 Y 0.014 0.018 0.003 0.196 0.100 0.253 0.048 0.001 0.001 0.005 0.362 35 S 0.021 0.023 0.002 0.243 0.220 0.255 0.034 0.002 0.001 0.003 0.197 36 V 0.019 0.039 0.003 0.101 0.111 0.183 0.055 0.002 0.001 0.003 0.484 37 F 0.021 0.049 0.004 0.128 0.209 0.349 0.054 0.002 0.001 0.005 0.178 38 M 0.026 0.081 0.004 0.076 0.150 0.320 0.075 0.004 0.001 0.005 0.259 39 G 0.084 0.104 0.005 0.065 0.120 0.186 0.073 0.009 0.001 0.008 0.345 40 D 0.106 0.067 0.014 0.019 0.028 0.048 0.107 0.006 0.001 0.008 0.596 41 L 0.070 0.046 0.029 0.056 0.078 0.119 0.149 0.009 0.001 0.015 0.428 42 N 0.076 0.030 0.010 0.019 0.025 0.036 0.412 0.005 0.001 0.012 0.376 43 S 0.043 0.023 0.006 0.009 0.004 0.004 0.062 0.002 0.001 0.005 0.843 44 S 0.023 0.038 0.003 0.003 0.002 0.003 0.335 0.001 0.001 0.008 0.585 45 R 0.049 0.038 0.002 0.003 0.003 0.006 0.692 0.002 0.001 0.022 0.184 46 L 0.100 0.591 0.005 0.009 0.004 0.011 0.080 0.003 0.001 0.007 0.191 47 K 0.022 0.822 0.001 0.003 0.002 0.007 0.027 0.002 0.001 0.001 0.114 48 D 0.039 0.767 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 0.177 49 V 0.042 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.034 50 E 0.016 0.947 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.001 0.001 0.020 51 A 0.031 0.873 0.003 0.001 0.004 0.008 0.006 0.030 0.001 0.001 0.044 52 G 0.254 0.571 0.006 0.004 0.003 0.004 0.003 0.092 0.001 0.001 0.061 53 L 0.167 0.284 0.338 0.013 0.008 0.009 0.006 0.017 0.001 0.002 0.158 54 K 0.018 0.082 0.063 0.193 0.103 0.085 0.044 0.018 0.001 0.001 0.393 55 I 0.055 0.065 0.039 0.256 0.073 0.118 0.046 0.004 0.001 0.002 0.340 56 I 0.016 0.099 0.003 0.483 0.103 0.179 0.046 0.001 0.001 0.001 0.070 57 G 0.010 0.080 0.002 0.268 0.051 0.083 0.064 0.002 0.001 0.002 0.439 58 N 0.040 0.109 0.005 0.172 0.052 0.092 0.142 0.002 0.001 0.008 0.378 59 R 0.074 0.135 0.007 0.067 0.041 0.106 0.155 0.005 0.001 0.017 0.393 60 K 0.068 0.163 0.005 0.057 0.065 0.120 0.120 0.009 0.001 0.015 0.377 61 K 0.110 0.141 0.007 0.019 0.049 0.060 0.084 0.012 0.001 0.008 0.510 62 L 0.241 0.228 0.013 0.012 0.040 0.041 0.032 0.014 0.001 0.004 0.376 63 Q 0.172 0.212 0.015 0.024 0.074 0.092 0.064 0.018 0.001 0.007 0.321 64 E 0.099 0.089 0.014 0.016 0.061 0.078 0.105 0.009 0.001 0.006 0.522 65 D 0.094 0.045 0.010 0.015 0.029 0.040 0.096 0.006 0.001 0.006 0.660 66 E 0.095 0.026 0.005 0.014 0.022 0.025 0.220 0.005 0.001 0.017 0.572 67 R 0.241 0.017 0.010 0.022 0.021 0.032 0.240 0.005 0.001 0.047 0.365 68 F 0.167 0.023 0.026 0.066 0.102 0.094 0.204 0.004 0.001 0.024 0.290 69 F 0.058 0.011 0.008 0.253 0.203 0.193 0.082 0.001 0.001 0.005 0.185 70 I 0.008 0.003 0.004 0.164 0.241 0.357 0.028 0.001 0.001 0.001 0.194 71 L 0.001 0.001 0.001 0.246 0.321 0.402 0.011 0.001 0.001 0.001 0.018 72 I 0.002 0.001 0.001 0.217 0.155 0.355 0.033 0.001 0.001 0.001 0.234 73 V 0.002 0.001 0.001 0.395 0.241 0.275 0.024 0.001 0.001 0.001 0.061 74 P 0.001 0.001 0.001 0.025 0.006 0.014 0.010 0.001 0.001 0.001 0.944 75 I 0.002 0.001 0.001 0.182 0.097 0.259 0.154 0.001 0.001 0.005 0.300 76 T 0.038 0.003 0.001 0.045 0.025 0.060 0.192 0.001 0.001 0.012 0.625 77 E 0.044 0.021 0.001 0.026 0.020 0.023 0.120 0.001 0.001 0.006 0.739 78 N 0.123 0.030 0.002 0.006 0.009 0.013 0.253 0.001 0.001 0.019 0.544 79 Q 0.174 0.109 0.002 0.005 0.013 0.016 0.287 0.002 0.001 0.017 0.375 80 F 0.111 0.421 0.008 0.005 0.020 0.029 0.073 0.003 0.001 0.009 0.322 81 R 0.047 0.481 0.005 0.005 0.031 0.057 0.046 0.005 0.001 0.007 0.315 82 E 0.109 0.378 0.005 0.009 0.054 0.105 0.036 0.022 0.001 0.007 0.275 83 R 0.210 0.339 0.017 0.027 0.091 0.112 0.013 0.024 0.001 0.003 0.164 84 I 0.037 0.255 0.015 0.107 0.240 0.225 0.014 0.014 0.001 0.001 0.092 85 V 0.018 0.108 0.008 0.130 0.223 0.341 0.018 0.010 0.001 0.001 0.145 86 I 0.019 0.058 0.007 0.241 0.175 0.318 0.024 0.010 0.001 0.001 0.147 87 G 0.036 0.027 0.009 0.197 0.119 0.196 0.085 0.011 0.001 0.004 0.316 88 Y 0.027 0.006 0.024 0.086 0.041 0.068 0.077 0.002 0.001 0.005 0.663 89 S 0.007 0.001 0.003 0.045 0.020 0.041 0.130 0.001 0.001 0.003 0.748 90 G 0.022 0.001 0.001 0.023 0.011 0.020 0.102 0.001 0.001 0.007 0.812 91 S 0.077 0.006 0.002 0.015 0.011 0.018 0.168 0.001 0.001 0.009 0.694 92 E 0.121 0.014 0.001 0.013 0.018 0.022 0.118 0.001 0.001 0.008 0.683 93 R 0.205 0.034 0.002 0.013 0.024 0.032 0.120 0.001 0.001 0.010 0.559 94 E 0.140 0.068 0.004 0.013 0.046 0.071 0.118 0.002 0.001 0.008 0.531 95 E 0.062 0.098 0.002 0.016 0.063 0.096 0.068 0.003 0.001 0.005 0.586 96 K 0.102 0.084 0.002 0.018 0.062 0.123 0.084 0.009 0.001 0.012 0.504 97 S 0.304 0.057 0.011 0.028 0.075 0.101 0.061 0.012 0.001 0.014 0.338 98 N 0.178 0.029 0.026 0.092 0.148 0.129 0.067 0.007 0.001 0.008 0.316 99 V 0.032 0.010 0.034 0.140 0.217 0.266 0.063 0.001 0.001 0.004 0.233 100 V 0.003 0.004 0.003 0.221 0.276 0.395 0.030 0.001 0.001 0.001 0.068 101 W 0.002 0.004 0.001 0.212 0.212 0.354 0.033 0.001 0.001 0.001 0.180