# TARGET T0377 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36.8509 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.172 0.287 0.299 0.045 0.064 0.039 0.034 0.005 0.049 0.004 0.001 2 A 0.236 0.186 0.443 0.068 0.016 0.032 0.007 0.002 0.006 0.001 0.003 3 M 0.065 0.464 0.182 0.033 0.194 0.014 0.016 0.004 0.023 0.003 0.001 4 L 0.041 0.481 0.389 0.014 0.043 0.021 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 5 Y 0.007 0.823 0.112 0.002 0.033 0.010 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 6 L 0.005 0.795 0.161 0.001 0.011 0.015 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 7 I 0.005 0.857 0.091 0.001 0.010 0.018 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 8 F 0.008 0.713 0.187 0.004 0.021 0.037 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 9 Y 0.016 0.691 0.142 0.006 0.048 0.042 0.003 0.001 0.052 0.001 0.001 10 D 0.030 0.188 0.369 0.019 0.020 0.267 0.014 0.001 0.089 0.001 0.002 11 I 0.314 0.211 0.210 0.126 0.026 0.066 0.005 0.001 0.038 0.001 0.002 12 T 0.367 0.083 0.247 0.194 0.024 0.048 0.007 0.004 0.010 0.014 0.001 13 D 0.395 0.069 0.071 0.254 0.038 0.038 0.056 0.008 0.050 0.020 0.001 14 D 0.671 0.009 0.034 0.172 0.008 0.021 0.064 0.010 0.006 0.004 0.001 15 N 0.659 0.004 0.013 0.160 0.003 0.020 0.091 0.040 0.008 0.002 0.001 16 L 0.856 0.006 0.007 0.117 0.001 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 17 R 0.944 0.008 0.020 0.018 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 18 N 0.968 0.002 0.006 0.011 0.001 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 19 R 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 F 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.982 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.243 0.001 0.004 0.751 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 G 0.029 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.208 0.711 0.002 0.037 0.001 29 L 0.172 0.118 0.538 0.047 0.016 0.089 0.008 0.001 0.007 0.003 0.001 30 D 0.588 0.066 0.118 0.152 0.031 0.025 0.009 0.003 0.005 0.003 0.001 31 R 0.365 0.321 0.123 0.045 0.083 0.027 0.005 0.002 0.027 0.001 0.001 32 I 0.337 0.352 0.148 0.034 0.009 0.074 0.004 0.001 0.040 0.001 0.001 33 Q 0.226 0.383 0.144 0.073 0.023 0.093 0.007 0.001 0.049 0.001 0.001 34 Y 0.185 0.312 0.162 0.071 0.140 0.035 0.052 0.008 0.030 0.003 0.001 35 S 0.167 0.278 0.168 0.048 0.289 0.013 0.006 0.012 0.004 0.014 0.001 36 V 0.127 0.651 0.054 0.066 0.066 0.009 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 37 F 0.090 0.504 0.205 0.022 0.111 0.037 0.007 0.002 0.018 0.005 0.001 38 M 0.118 0.547 0.118 0.080 0.027 0.043 0.007 0.001 0.059 0.001 0.001 39 G 0.158 0.203 0.161 0.043 0.280 0.021 0.058 0.024 0.022 0.030 0.001 40 D 0.058 0.223 0.337 0.042 0.029 0.173 0.053 0.001 0.068 0.001 0.013 41 L 0.071 0.324 0.463 0.063 0.025 0.040 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 42 N 0.007 0.093 0.621 0.004 0.044 0.158 0.002 0.001 0.064 0.005 0.001 43 S 0.984 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 S 0.961 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 R 0.901 0.001 0.002 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 L 0.939 0.002 0.015 0.036 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 47 K 0.975 0.002 0.007 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 D 0.934 0.002 0.006 0.046 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 49 V 0.972 0.002 0.003 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 E 0.979 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 A 0.916 0.003 0.007 0.072 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 G 0.794 0.002 0.010 0.098 0.002 0.002 0.048 0.039 0.002 0.004 0.001 53 L 0.572 0.076 0.209 0.088 0.011 0.022 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 54 K 0.701 0.105 0.090 0.033 0.019 0.021 0.017 0.004 0.008 0.002 0.001 55 I 0.684 0.124 0.093 0.053 0.003 0.027 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 56 I 0.440 0.185 0.104 0.186 0.012 0.033 0.007 0.001 0.031 0.001 0.001 57 G 0.308 0.040 0.093 0.050 0.146 0.017 0.120 0.102 0.008 0.115 0.001 58 N 0.246 0.056 0.161 0.224 0.033 0.148 0.048 0.006 0.072 0.004 0.002 59 R 0.795 0.025 0.039 0.093 0.005 0.014 0.018 0.004 0.004 0.001 0.001 60 K 0.808 0.030 0.066 0.060 0.003 0.014 0.012 0.001 0.005 0.001 0.001 61 K 0.722 0.044 0.089 0.086 0.015 0.009 0.022 0.004 0.008 0.001 0.001 62 L 0.740 0.036 0.072 0.118 0.005 0.014 0.009 0.001 0.005 0.001 0.001 63 Q 0.410 0.169 0.178 0.167 0.018 0.031 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 64 E 0.285 0.150 0.273 0.122 0.046 0.036 0.032 0.004 0.038 0.011 0.001 65 D 0.347 0.050 0.239 0.171 0.038 0.033 0.070 0.021 0.018 0.010 0.002 66 E 0.566 0.070 0.107 0.178 0.015 0.017 0.026 0.009 0.008 0.002 0.001 67 R 0.255 0.277 0.158 0.210 0.043 0.018 0.015 0.005 0.016 0.003 0.001 68 F 0.038 0.368 0.297 0.102 0.067 0.039 0.047 0.003 0.038 0.001 0.001 69 F 0.005 0.698 0.198 0.008 0.063 0.015 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 70 I 0.001 0.817 0.153 0.001 0.013 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 71 L 0.001 0.885 0.078 0.001 0.015 0.010 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 72 I 0.001 0.592 0.348 0.001 0.005 0.037 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 73 V 0.001 0.678 0.105 0.001 0.012 0.031 0.002 0.001 0.171 0.001 0.001 74 P 0.009 0.070 0.825 0.001 0.001 0.082 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 75 I 0.036 0.414 0.425 0.020 0.023 0.060 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 76 T 0.034 0.258 0.486 0.015 0.083 0.080 0.003 0.001 0.033 0.007 0.001 77 E 0.904 0.010 0.023 0.041 0.008 0.004 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 78 N 0.696 0.009 0.027 0.221 0.005 0.010 0.015 0.009 0.006 0.001 0.001 79 Q 0.722 0.024 0.039 0.173 0.005 0.013 0.010 0.002 0.012 0.001 0.001 80 F 0.575 0.068 0.156 0.127 0.012 0.023 0.024 0.004 0.006 0.003 0.001 81 R 0.566 0.114 0.101 0.128 0.032 0.015 0.026 0.008 0.007 0.002 0.001 82 E 0.193 0.412 0.219 0.062 0.056 0.025 0.014 0.001 0.016 0.001 0.001 83 R 0.058 0.598 0.252 0.023 0.022 0.020 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 84 I 0.043 0.593 0.273 0.004 0.012 0.034 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 85 V 0.046 0.436 0.391 0.005 0.006 0.086 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 86 I 0.090 0.440 0.163 0.163 0.013 0.049 0.007 0.001 0.072 0.001 0.001 87 G 0.025 0.057 0.160 0.019 0.375 0.010 0.038 0.136 0.003 0.177 0.001 88 Y 0.131 0.410 0.190 0.092 0.084 0.026 0.012 0.004 0.044 0.008 0.001 89 S 0.151 0.079 0.450 0.180 0.031 0.030 0.036 0.006 0.021 0.012 0.004 90 G 0.059 0.010 0.116 0.023 0.112 0.003 0.042 0.276 0.002 0.356 0.002 91 S 0.227 0.108 0.458 0.115 0.045 0.017 0.005 0.004 0.005 0.008 0.007 92 E 0.168 0.262 0.368 0.074 0.050 0.029 0.016 0.006 0.021 0.003 0.002 93 R 0.084 0.350 0.440 0.021 0.028 0.030 0.007 0.001 0.037 0.001 0.001 94 E 0.110 0.106 0.683 0.014 0.010 0.043 0.004 0.001 0.022 0.002 0.005 95 E 0.385 0.125 0.341 0.054 0.033 0.031 0.006 0.004 0.011 0.005 0.004 96 K 0.356 0.158 0.165 0.189 0.048 0.026 0.026 0.008 0.017 0.006 0.001 97 S 0.137 0.285 0.166 0.197 0.138 0.014 0.029 0.011 0.015 0.006 0.001 98 N 0.055 0.349 0.263 0.069 0.086 0.056 0.057 0.004 0.060 0.002 0.001 99 V 0.033 0.559 0.327 0.009 0.020 0.033 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 100 V 0.043 0.653 0.160 0.028 0.020 0.051 0.002 0.001 0.042 0.001 0.001 101 W 0.053 0.387 0.351 0.028 0.081 0.050 0.010 0.003 0.030 0.006 0.001