# TARGET T0377 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.142 0.208 0.076 0.013 0.305 0.012 0.018 0.085 0.045 0.065 0.033 2 A 0.236 0.116 0.025 0.004 0.411 0.004 0.012 0.071 0.025 0.037 0.061 3 M 0.193 0.155 0.013 0.007 0.571 0.004 0.003 0.022 0.005 0.006 0.021 4 L 0.144 0.059 0.003 0.004 0.754 0.005 0.007 0.015 0.002 0.001 0.007 5 Y 0.223 0.024 0.001 0.001 0.731 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.007 6 L 0.264 0.050 0.002 0.001 0.638 0.004 0.006 0.013 0.002 0.001 0.019 7 I 0.304 0.031 0.003 0.001 0.539 0.002 0.007 0.021 0.003 0.008 0.081 8 F 0.242 0.046 0.012 0.004 0.322 0.014 0.063 0.100 0.033 0.070 0.093 9 Y 0.079 0.247 0.109 0.028 0.322 0.033 0.030 0.058 0.030 0.037 0.027 10 D 0.273 0.089 0.032 0.011 0.316 0.014 0.014 0.055 0.041 0.052 0.103 11 I 0.013 0.030 0.013 0.010 0.026 0.011 0.030 0.356 0.387 0.110 0.012 12 T 0.008 0.096 0.040 0.017 0.024 0.023 0.084 0.497 0.149 0.054 0.006 13 D 0.016 0.083 0.042 0.028 0.044 0.032 0.042 0.380 0.159 0.158 0.015 14 D 0.013 0.018 0.011 0.011 0.020 0.017 0.028 0.512 0.251 0.095 0.023 15 N 0.006 0.023 0.012 0.005 0.014 0.007 0.032 0.689 0.138 0.062 0.011 16 L 0.017 0.031 0.008 0.001 0.021 0.002 0.015 0.694 0.112 0.088 0.011 17 R 0.005 0.018 0.005 0.001 0.009 0.003 0.008 0.839 0.096 0.013 0.003 18 N 0.002 0.007 0.003 0.002 0.004 0.004 0.011 0.907 0.054 0.005 0.002 19 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.944 0.039 0.005 0.001 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.057 0.006 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.048 0.001 0.001 22 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.965 0.030 0.001 0.001 23 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.945 0.045 0.004 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.890 0.091 0.012 0.001 25 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.779 0.188 0.008 0.001 26 K 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.005 0.066 0.808 0.097 0.012 0.001 27 K 0.003 0.451 0.421 0.019 0.031 0.004 0.007 0.028 0.014 0.020 0.002 28 G 0.068 0.030 0.014 0.017 0.031 0.008 0.013 0.051 0.037 0.438 0.293 29 L 0.110 0.149 0.030 0.010 0.214 0.016 0.019 0.141 0.122 0.138 0.051 30 D 0.073 0.169 0.057 0.021 0.275 0.018 0.060 0.176 0.079 0.037 0.035 31 R 0.226 0.120 0.048 0.014 0.271 0.014 0.029 0.136 0.070 0.039 0.033 32 I 0.121 0.128 0.038 0.013 0.358 0.011 0.034 0.160 0.060 0.042 0.035 33 Q 0.166 0.096 0.037 0.017 0.266 0.024 0.066 0.179 0.056 0.048 0.044 34 Y 0.141 0.150 0.038 0.021 0.284 0.030 0.081 0.107 0.045 0.062 0.041 35 S 0.225 0.115 0.020 0.007 0.445 0.008 0.024 0.067 0.028 0.023 0.040 36 V 0.228 0.056 0.011 0.013 0.247 0.034 0.056 0.140 0.087 0.058 0.069 37 F 0.120 0.129 0.041 0.032 0.313 0.026 0.039 0.127 0.057 0.066 0.051 38 M 0.165 0.066 0.016 0.024 0.148 0.047 0.061 0.109 0.126 0.152 0.086 39 G 0.047 0.257 0.135 0.048 0.231 0.021 0.026 0.063 0.067 0.071 0.036 40 D 0.243 0.103 0.028 0.004 0.201 0.004 0.013 0.029 0.046 0.168 0.161 41 L 0.033 0.463 0.221 0.015 0.164 0.007 0.012 0.019 0.015 0.038 0.013 42 N 0.028 0.563 0.276 0.011 0.092 0.002 0.001 0.007 0.003 0.008 0.009 43 S 0.003 0.003 0.002 0.002 0.009 0.005 0.008 0.627 0.328 0.012 0.002 44 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.859 0.114 0.011 0.001 45 R 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.861 0.078 0.045 0.001 46 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.054 0.004 0.001 47 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.940 0.047 0.002 0.001 48 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.926 0.052 0.013 0.001 49 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.907 0.081 0.006 0.001 50 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.888 0.095 0.004 0.001 51 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.901 0.069 0.007 0.001 52 G 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.014 0.826 0.114 0.035 0.002 53 L 0.008 0.027 0.004 0.001 0.026 0.001 0.007 0.724 0.176 0.021 0.004 54 K 0.003 0.005 0.003 0.001 0.007 0.003 0.019 0.835 0.114 0.008 0.002 55 I 0.007 0.006 0.004 0.003 0.011 0.006 0.033 0.835 0.074 0.019 0.003 56 I 0.022 0.017 0.006 0.009 0.037 0.012 0.047 0.707 0.102 0.032 0.008 57 G 0.012 0.055 0.030 0.018 0.032 0.024 0.043 0.625 0.113 0.039 0.008 58 N 0.041 0.039 0.024 0.013 0.056 0.016 0.035 0.536 0.093 0.109 0.037 59 R 0.026 0.045 0.022 0.009 0.037 0.015 0.036 0.541 0.176 0.078 0.016 60 K 0.039 0.081 0.027 0.010 0.068 0.015 0.036 0.485 0.169 0.054 0.016 61 K 0.046 0.094 0.023 0.014 0.085 0.016 0.048 0.404 0.153 0.092 0.025 62 L 0.079 0.053 0.017 0.009 0.108 0.023 0.091 0.354 0.118 0.114 0.034 63 Q 0.117 0.157 0.033 0.012 0.211 0.021 0.043 0.161 0.073 0.110 0.060 64 E 0.156 0.150 0.040 0.017 0.285 0.017 0.019 0.124 0.069 0.071 0.053 65 D 0.038 0.098 0.067 0.042 0.061 0.029 0.043 0.297 0.248 0.061 0.016 66 E 0.020 0.020 0.024 0.024 0.025 0.035 0.151 0.336 0.255 0.094 0.017 67 R 0.105 0.193 0.038 0.020 0.171 0.027 0.044 0.107 0.139 0.113 0.045 68 F 0.050 0.075 0.028 0.061 0.113 0.069 0.085 0.100 0.120 0.245 0.054 69 F 0.248 0.086 0.011 0.003 0.556 0.003 0.006 0.014 0.012 0.029 0.032 70 I 0.309 0.037 0.001 0.001 0.620 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 71 L 0.139 0.074 0.004 0.001 0.769 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 72 I 0.507 0.022 0.002 0.001 0.364 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.093 73 V 0.067 0.377 0.100 0.015 0.419 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.009 74 P 0.241 0.217 0.048 0.001 0.409 0.002 0.004 0.008 0.004 0.010 0.056 75 I 0.155 0.250 0.142 0.030 0.219 0.023 0.025 0.028 0.015 0.036 0.077 76 T 0.020 0.440 0.293 0.062 0.100 0.024 0.012 0.023 0.011 0.011 0.005 77 E 0.013 0.021 0.018 0.030 0.023 0.034 0.036 0.477 0.291 0.044 0.014 78 N 0.016 0.039 0.024 0.005 0.030 0.005 0.022 0.585 0.178 0.085 0.011 79 Q 0.022 0.059 0.013 0.002 0.038 0.004 0.026 0.556 0.154 0.112 0.014 80 F 0.051 0.032 0.007 0.005 0.055 0.007 0.016 0.612 0.154 0.038 0.023 81 R 0.018 0.055 0.023 0.027 0.041 0.033 0.097 0.583 0.085 0.028 0.010 82 E 0.109 0.028 0.007 0.003 0.152 0.006 0.025 0.387 0.098 0.139 0.046 83 R 0.158 0.121 0.011 0.007 0.298 0.007 0.018 0.262 0.063 0.025 0.029 84 I 0.102 0.135 0.021 0.005 0.310 0.008 0.036 0.259 0.067 0.027 0.030 85 V 0.223 0.043 0.016 0.009 0.205 0.021 0.081 0.253 0.047 0.044 0.058 86 I 0.047 0.104 0.065 0.123 0.108 0.070 0.125 0.175 0.073 0.087 0.024 87 G 0.067 0.111 0.126 0.145 0.105 0.043 0.033 0.086 0.050 0.180 0.054 88 Y 0.053 0.161 0.183 0.084 0.133 0.032 0.029 0.104 0.064 0.123 0.035 89 S 0.034 0.217 0.170 0.071 0.102 0.045 0.066 0.149 0.064 0.061 0.020 90 G 0.102 0.180 0.105 0.022 0.168 0.012 0.026 0.125 0.094 0.117 0.048 91 S 0.109 0.263 0.095 0.011 0.222 0.008 0.019 0.104 0.080 0.057 0.032 92 E 0.072 0.250 0.176 0.022 0.156 0.014 0.037 0.109 0.073 0.060 0.032 93 R 0.041 0.407 0.274 0.016 0.131 0.010 0.022 0.044 0.024 0.019 0.011 94 E 0.063 0.369 0.288 0.018 0.182 0.007 0.009 0.027 0.012 0.010 0.015 95 E 0.050 0.188 0.102 0.036 0.137 0.069 0.128 0.145 0.090 0.033 0.021 96 K 0.185 0.080 0.027 0.021 0.175 0.014 0.021 0.052 0.083 0.197 0.144 97 S 0.094 0.145 0.028 0.043 0.217 0.056 0.078 0.072 0.053 0.164 0.049 98 N 0.242 0.071 0.006 0.002 0.583 0.002 0.007 0.016 0.009 0.024 0.036 99 V 0.243 0.077 0.006 0.002 0.641 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.021 100 V 0.238 0.086 0.011 0.001 0.604 0.002 0.002 0.005 0.001 0.004 0.046 101 W 0.221 0.174 0.054 0.012 0.361 0.010 0.011 0.017 0.010 0.026 0.105