# TARGET T0377 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.599 0.191 0.112 0.065 0.025 0.007 0.001 2 A 0.558 0.248 0.097 0.062 0.026 0.008 0.001 3 M 0.114 0.129 0.123 0.181 0.247 0.179 0.026 4 L 0.039 0.078 0.124 0.227 0.270 0.210 0.051 5 Y 0.013 0.022 0.042 0.118 0.223 0.382 0.200 6 L 0.010 0.007 0.015 0.041 0.133 0.417 0.377 7 I 0.036 0.018 0.029 0.058 0.148 0.442 0.269 8 F 0.044 0.025 0.042 0.080 0.162 0.407 0.240 9 Y 0.052 0.050 0.080 0.136 0.208 0.349 0.125 10 D 0.039 0.048 0.067 0.167 0.276 0.341 0.062 11 I 0.092 0.126 0.141 0.207 0.267 0.153 0.015 12 T 0.322 0.252 0.194 0.154 0.062 0.014 0.001 13 D 0.572 0.276 0.097 0.043 0.010 0.002 0.001 14 D 0.616 0.232 0.094 0.041 0.013 0.003 0.001 15 N 0.625 0.269 0.075 0.022 0.006 0.002 0.001 16 L 0.105 0.229 0.276 0.246 0.114 0.028 0.002 17 R 0.009 0.061 0.188 0.300 0.315 0.120 0.007 18 N 0.144 0.440 0.278 0.101 0.030 0.007 0.001 19 R 0.027 0.220 0.386 0.262 0.086 0.018 0.002 20 V 0.002 0.004 0.011 0.069 0.347 0.528 0.039 21 A 0.003 0.030 0.141 0.389 0.354 0.080 0.003 22 E 0.061 0.486 0.314 0.111 0.024 0.004 0.001 23 F 0.004 0.027 0.165 0.472 0.290 0.041 0.001 24 L 0.006 0.011 0.019 0.102 0.417 0.418 0.026 25 K 0.102 0.342 0.312 0.190 0.044 0.008 0.001 26 K 0.305 0.482 0.153 0.048 0.010 0.002 0.001 27 K 0.028 0.127 0.295 0.316 0.178 0.052 0.004 28 G 0.098 0.211 0.215 0.232 0.173 0.066 0.005 29 L 0.069 0.096 0.136 0.237 0.274 0.164 0.023 30 D 0.114 0.213 0.204 0.244 0.169 0.052 0.005 31 R 0.062 0.148 0.192 0.239 0.215 0.120 0.024 32 I 0.037 0.055 0.074 0.155 0.251 0.306 0.122 33 Q 0.019 0.050 0.079 0.173 0.252 0.304 0.123 34 Y 0.015 0.039 0.074 0.146 0.232 0.322 0.173 35 S 0.008 0.019 0.035 0.078 0.162 0.379 0.319 36 V 0.008 0.015 0.035 0.101 0.187 0.347 0.307 37 F 0.008 0.018 0.035 0.082 0.184 0.386 0.285 38 M 0.021 0.066 0.124 0.211 0.260 0.239 0.078 39 G 0.009 0.032 0.060 0.146 0.287 0.384 0.082 40 D 0.030 0.137 0.245 0.286 0.203 0.091 0.007 41 L 0.008 0.033 0.105 0.321 0.383 0.142 0.009 42 N 0.251 0.489 0.191 0.057 0.010 0.001 0.001 43 S 0.449 0.346 0.146 0.050 0.009 0.001 0.001 44 S 0.647 0.287 0.053 0.010 0.002 0.001 0.001 45 R 0.119 0.313 0.307 0.196 0.057 0.006 0.001 46 L 0.014 0.071 0.244 0.381 0.248 0.041 0.001 47 K 0.251 0.487 0.199 0.050 0.010 0.002 0.001 48 D 0.124 0.412 0.302 0.126 0.031 0.005 0.001 49 V 0.005 0.018 0.065 0.254 0.458 0.195 0.006 50 E 0.049 0.178 0.337 0.282 0.124 0.027 0.001 51 A 0.237 0.429 0.223 0.081 0.022 0.006 0.001 52 G 0.077 0.145 0.203 0.274 0.210 0.085 0.006 53 L 0.038 0.056 0.113 0.255 0.353 0.175 0.010 54 K 0.193 0.407 0.250 0.110 0.032 0.008 0.001 55 I 0.177 0.230 0.221 0.219 0.121 0.031 0.002 56 I 0.108 0.106 0.130 0.211 0.253 0.177 0.014 57 G 0.195 0.260 0.185 0.186 0.122 0.048 0.005 58 N 0.306 0.345 0.189 0.105 0.042 0.012 0.002 59 R 0.203 0.204 0.219 0.199 0.117 0.049 0.009 60 K 0.272 0.242 0.184 0.152 0.099 0.045 0.007 61 K 0.398 0.293 0.159 0.090 0.043 0.015 0.002 62 L 0.290 0.261 0.195 0.163 0.069 0.021 0.002 63 Q 0.135 0.146 0.162 0.254 0.213 0.084 0.007 64 E 0.393 0.306 0.161 0.092 0.038 0.009 0.001 65 D 0.425 0.251 0.158 0.111 0.042 0.010 0.001 66 E 0.472 0.316 0.130 0.060 0.018 0.004 0.001 67 R 0.193 0.336 0.246 0.151 0.057 0.015 0.002 68 F 0.021 0.068 0.125 0.263 0.323 0.183 0.018 69 F 0.011 0.065 0.155 0.251 0.282 0.203 0.033 70 I 0.005 0.006 0.014 0.055 0.175 0.495 0.250 71 L 0.005 0.025 0.062 0.164 0.290 0.354 0.099 72 I 0.003 0.008 0.023 0.072 0.200 0.519 0.173 73 V 0.008 0.029 0.057 0.141 0.283 0.378 0.105 74 P 0.027 0.116 0.241 0.293 0.202 0.105 0.015 75 I 0.021 0.063 0.108 0.247 0.354 0.191 0.016 76 T 0.085 0.260 0.268 0.235 0.118 0.031 0.002 77 E 0.362 0.362 0.166 0.081 0.023 0.006 0.001 78 N 0.405 0.383 0.152 0.047 0.010 0.002 0.001 79 Q 0.140 0.188 0.206 0.248 0.171 0.045 0.002 80 F 0.108 0.201 0.273 0.258 0.128 0.030 0.002 81 R 0.442 0.340 0.134 0.057 0.020 0.006 0.001 82 E 0.176 0.304 0.276 0.169 0.059 0.015 0.001 83 R 0.064 0.094 0.158 0.269 0.291 0.116 0.007 84 I 0.106 0.233 0.255 0.221 0.133 0.049 0.004 85 V 0.125 0.168 0.203 0.229 0.173 0.094 0.008 86 I 0.047 0.049 0.089 0.206 0.308 0.269 0.032 87 G 0.160 0.216 0.219 0.209 0.139 0.051 0.005 88 Y 0.287 0.268 0.210 0.144 0.069 0.020 0.002 89 S 0.383 0.309 0.165 0.093 0.037 0.011 0.001 90 G 0.348 0.282 0.189 0.123 0.046 0.010 0.001 91 S 0.327 0.275 0.193 0.139 0.053 0.011 0.001 92 E 0.502 0.302 0.123 0.055 0.016 0.003 0.001 93 R 0.495 0.297 0.131 0.061 0.014 0.002 0.001 94 E 0.313 0.261 0.202 0.150 0.062 0.012 0.001 95 E 0.342 0.269 0.194 0.136 0.049 0.010 0.001 96 K 0.409 0.331 0.162 0.069 0.022 0.006 0.001 97 S 0.132 0.156 0.176 0.247 0.200 0.081 0.008 98 N 0.160 0.203 0.206 0.203 0.152 0.069 0.007 99 V 0.141 0.121 0.134 0.198 0.193 0.177 0.036 100 V 0.181 0.156 0.149 0.204 0.186 0.109 0.015 101 W 0.217 0.153 0.138 0.168 0.178 0.123 0.024