# TARGET T0377 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82.3526 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.006 0.698 0.013 0.014 0.020 0.002 0.001 0.004 0.118 0.028 0.053 0.040 2 A 0.025 0.014 0.448 0.009 0.013 0.008 0.016 0.001 0.036 0.041 0.019 0.035 0.333 3 M 0.116 0.003 0.239 0.074 0.003 0.002 0.066 0.010 0.095 0.050 0.005 0.175 0.161 4 L 0.311 0.001 0.038 0.011 0.001 0.001 0.194 0.056 0.127 0.013 0.001 0.089 0.158 5 Y 0.303 0.001 0.007 0.010 0.001 0.001 0.291 0.245 0.071 0.002 0.001 0.038 0.032 6 L 0.393 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.250 0.299 0.028 0.001 0.001 0.016 0.010 7 I 0.302 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.295 0.359 0.028 0.001 0.001 0.004 0.008 8 F 0.442 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.280 0.197 0.041 0.001 0.001 0.019 0.014 9 Y 0.422 0.002 0.047 0.007 0.001 0.001 0.164 0.126 0.124 0.005 0.002 0.027 0.074 10 D 0.048 0.006 0.464 0.010 0.001 0.001 0.016 0.010 0.161 0.072 0.012 0.091 0.108 11 I 0.002 0.015 0.531 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.023 0.307 0.053 0.023 0.037 12 T 0.001 0.016 0.601 0.001 0.007 0.009 0.001 0.001 0.004 0.269 0.079 0.004 0.011 13 D 0.001 0.002 0.243 0.001 0.059 0.333 0.001 0.001 0.001 0.233 0.128 0.001 0.001 14 D 0.001 0.001 0.013 0.001 0.027 0.884 0.001 0.001 0.001 0.012 0.063 0.001 0.001 15 N 0.001 0.001 0.006 0.001 0.031 0.929 0.001 0.001 0.001 0.008 0.025 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.017 0.953 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 17 R 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 18 N 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 20 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 25 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 26 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.838 0.001 0.001 0.001 0.003 0.149 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.555 0.001 0.001 0.001 0.016 0.417 0.001 0.001 28 G 0.001 0.004 0.137 0.001 0.015 0.146 0.001 0.001 0.001 0.059 0.638 0.001 0.001 29 L 0.001 0.012 0.678 0.001 0.023 0.130 0.001 0.001 0.006 0.100 0.039 0.002 0.009 30 D 0.001 0.005 0.351 0.011 0.083 0.271 0.001 0.001 0.008 0.171 0.076 0.013 0.007 31 R 0.011 0.009 0.087 0.002 0.119 0.457 0.010 0.014 0.079 0.060 0.065 0.017 0.070 32 I 0.012 0.006 0.105 0.040 0.061 0.521 0.016 0.014 0.035 0.056 0.078 0.015 0.039 33 Q 0.027 0.010 0.066 0.008 0.026 0.541 0.016 0.022 0.067 0.028 0.102 0.055 0.034 34 Y 0.031 0.006 0.175 0.057 0.020 0.273 0.012 0.006 0.021 0.131 0.184 0.019 0.065 35 S 0.051 0.010 0.345 0.005 0.014 0.140 0.012 0.003 0.055 0.102 0.067 0.106 0.088 36 V 0.100 0.012 0.177 0.013 0.043 0.147 0.017 0.005 0.040 0.073 0.114 0.037 0.221 37 F 0.118 0.009 0.099 0.006 0.036 0.121 0.024 0.006 0.057 0.077 0.131 0.236 0.081 38 M 0.296 0.009 0.076 0.015 0.020 0.055 0.035 0.006 0.034 0.057 0.054 0.036 0.306 39 G 0.133 0.005 0.156 0.004 0.011 0.023 0.012 0.001 0.040 0.108 0.038 0.407 0.064 40 D 0.044 0.024 0.296 0.002 0.006 0.011 0.008 0.001 0.024 0.054 0.035 0.014 0.484 41 L 0.016 0.085 0.475 0.003 0.005 0.013 0.003 0.001 0.012 0.135 0.046 0.165 0.042 42 N 0.001 0.008 0.777 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.003 0.115 0.010 0.004 0.064 43 S 0.001 0.001 0.008 0.001 0.050 0.848 0.001 0.001 0.001 0.014 0.079 0.001 0.001 44 S 0.001 0.001 0.004 0.001 0.060 0.878 0.001 0.001 0.001 0.006 0.051 0.001 0.001 45 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.047 0.923 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.001 0.001 46 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 47 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 48 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 49 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 51 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 52 G 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.940 0.001 0.001 0.001 0.003 0.048 0.001 0.001 53 L 0.001 0.001 0.028 0.001 0.010 0.898 0.001 0.001 0.001 0.014 0.047 0.001 0.001 54 K 0.001 0.002 0.044 0.001 0.039 0.803 0.001 0.001 0.002 0.030 0.072 0.005 0.003 55 I 0.002 0.003 0.056 0.001 0.047 0.783 0.001 0.001 0.005 0.021 0.060 0.004 0.018 56 I 0.006 0.006 0.126 0.004 0.054 0.613 0.002 0.001 0.013 0.054 0.082 0.013 0.024 57 G 0.006 0.011 0.179 0.013 0.040 0.362 0.002 0.002 0.025 0.110 0.178 0.028 0.045 58 N 0.004 0.005 0.289 0.020 0.052 0.174 0.002 0.002 0.018 0.154 0.211 0.035 0.035 59 R 0.005 0.014 0.382 0.008 0.082 0.146 0.002 0.001 0.025 0.155 0.090 0.019 0.071 60 K 0.010 0.014 0.310 0.015 0.087 0.145 0.003 0.001 0.033 0.177 0.060 0.084 0.061 61 K 0.015 0.023 0.429 0.011 0.053 0.122 0.005 0.002 0.031 0.055 0.050 0.041 0.164 62 L 0.015 0.036 0.439 0.013 0.079 0.102 0.006 0.003 0.020 0.043 0.070 0.042 0.131 63 Q 0.022 0.029 0.331 0.022 0.036 0.047 0.004 0.002 0.009 0.155 0.082 0.129 0.134 64 E 0.005 0.011 0.441 0.035 0.026 0.025 0.001 0.001 0.003 0.223 0.093 0.056 0.081 65 D 0.001 0.003 0.319 0.009 0.085 0.032 0.001 0.001 0.001 0.247 0.254 0.013 0.035 66 E 0.007 0.008 0.137 0.018 0.115 0.022 0.001 0.001 0.002 0.267 0.357 0.023 0.042 67 R 0.058 0.029 0.168 0.013 0.065 0.014 0.011 0.001 0.014 0.164 0.157 0.109 0.197 68 F 0.136 0.008 0.229 0.069 0.014 0.003 0.014 0.002 0.018 0.104 0.028 0.142 0.233 69 F 0.409 0.001 0.077 0.018 0.003 0.001 0.042 0.002 0.022 0.030 0.009 0.201 0.186 70 I 0.612 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.066 0.004 0.028 0.004 0.001 0.050 0.219 71 L 0.407 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.095 0.004 0.041 0.002 0.001 0.412 0.029 72 I 0.270 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.099 0.001 0.030 0.001 0.001 0.009 0.570 73 V 0.092 0.002 0.070 0.020 0.001 0.001 0.028 0.001 0.061 0.006 0.001 0.688 0.030 74 P 0.011 0.005 0.280 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.064 0.014 0.001 0.008 0.609 75 I 0.011 0.056 0.507 0.018 0.004 0.002 0.004 0.001 0.028 0.095 0.025 0.186 0.064 76 T 0.001 0.015 0.681 0.001 0.013 0.009 0.001 0.001 0.008 0.156 0.038 0.010 0.069 77 E 0.001 0.001 0.044 0.001 0.293 0.231 0.001 0.001 0.001 0.100 0.326 0.001 0.002 78 N 0.001 0.002 0.066 0.001 0.260 0.237 0.001 0.001 0.001 0.065 0.362 0.003 0.004 79 Q 0.006 0.010 0.097 0.005 0.305 0.269 0.001 0.001 0.003 0.072 0.203 0.008 0.022 80 F 0.025 0.028 0.256 0.021 0.122 0.229 0.003 0.001 0.011 0.085 0.104 0.041 0.074 81 R 0.044 0.008 0.292 0.121 0.057 0.073 0.006 0.002 0.019 0.085 0.058 0.094 0.140 82 E 0.072 0.005 0.187 0.059 0.029 0.050 0.017 0.006 0.065 0.091 0.028 0.081 0.310 83 R 0.173 0.004 0.101 0.042 0.008 0.042 0.059 0.054 0.128 0.035 0.005 0.151 0.197 84 I 0.185 0.005 0.040 0.014 0.003 0.036 0.124 0.133 0.220 0.007 0.003 0.126 0.104 85 V 0.158 0.005 0.032 0.009 0.002 0.040 0.166 0.220 0.215 0.003 0.004 0.053 0.093 86 I 0.135 0.007 0.082 0.036 0.003 0.034 0.100 0.167 0.187 0.028 0.044 0.105 0.072 87 G 0.044 0.006 0.297 0.015 0.004 0.009 0.022 0.035 0.150 0.131 0.125 0.069 0.093 88 Y 0.011 0.017 0.439 0.012 0.008 0.008 0.006 0.006 0.077 0.243 0.054 0.049 0.068 89 S 0.004 0.018 0.310 0.009 0.040 0.025 0.002 0.002 0.022 0.273 0.225 0.035 0.035 90 G 0.003 0.010 0.364 0.010 0.058 0.027 0.001 0.001 0.007 0.278 0.197 0.016 0.028 91 S 0.003 0.023 0.544 0.011 0.056 0.050 0.001 0.001 0.006 0.159 0.093 0.017 0.036 92 E 0.006 0.020 0.331 0.003 0.142 0.151 0.002 0.001 0.005 0.135 0.140 0.025 0.040 93 R 0.010 0.016 0.244 0.006 0.172 0.225 0.002 0.001 0.005 0.112 0.138 0.023 0.045 94 E 0.009 0.017 0.260 0.013 0.175 0.178 0.002 0.001 0.007 0.090 0.171 0.028 0.049 95 E 0.012 0.012 0.257 0.016 0.116 0.129 0.002 0.001 0.006 0.111 0.241 0.040 0.055 96 K 0.010 0.010 0.343 0.015 0.053 0.083 0.003 0.001 0.010 0.166 0.194 0.053 0.058 97 S 0.015 0.009 0.373 0.024 0.039 0.054 0.003 0.001 0.016 0.226 0.099 0.050 0.092 98 N 0.062 0.011 0.265 0.044 0.017 0.035 0.021 0.005 0.058 0.160 0.044 0.139 0.139 99 V 0.113 0.031 0.119 0.004 0.006 0.021 0.060 0.009 0.108 0.027 0.010 0.191 0.302 100 V 0.108 0.028 0.230 0.021 0.005 0.018 0.047 0.011 0.116 0.027 0.012 0.129 0.245 101 W 0.019 0.010 0.653 0.011 0.002 0.006 0.008 0.003 0.054 0.027 0.005 0.090 0.112