# TARGET T0377 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0377/T0377.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82.3526 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.104 0.060 0.176 0.331 0.005 0.107 0.014 0.009 0.021 0.006 0.023 0.024 0.083 0.002 0.005 0.030 2 A 0.025 0.304 0.229 0.389 0.001 0.015 0.002 0.002 0.004 0.001 0.002 0.007 0.011 0.001 0.001 0.007 3 M 0.007 0.016 0.113 0.855 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 4 L 0.003 0.004 0.210 0.781 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 Y 0.001 0.001 0.022 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 L 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 F 0.001 0.002 0.001 0.976 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 Y 0.001 0.014 0.001 0.973 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 D 0.001 0.008 0.001 0.194 0.012 0.775 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 I 0.004 0.179 0.006 0.140 0.131 0.079 0.002 0.010 0.001 0.001 0.443 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 12 T 0.001 0.152 0.008 0.053 0.019 0.212 0.002 0.107 0.004 0.005 0.037 0.392 0.002 0.002 0.005 0.001 13 D 0.002 0.020 0.012 0.010 0.005 0.206 0.005 0.031 0.020 0.043 0.464 0.064 0.089 0.002 0.015 0.013 14 D 0.020 0.036 0.005 0.006 0.001 0.011 0.001 0.005 0.011 0.004 0.423 0.360 0.098 0.001 0.008 0.011 15 N 0.023 0.004 0.016 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 0.582 0.314 0.001 0.002 0.012 16 L 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.045 0.867 0.001 0.001 0.002 17 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.051 0.925 0.001 0.001 0.001 18 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.041 0.952 0.001 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.991 0.001 0.001 0.001 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.991 0.001 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 22 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 23 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.005 0.002 0.001 25 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.007 0.005 0.005 26 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.927 0.002 0.013 27 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.001 0.927 0.004 28 G 0.003 0.002 0.011 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.008 0.008 0.004 0.002 0.132 0.004 0.001 0.818 29 L 0.685 0.005 0.008 0.004 0.001 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.025 0.045 0.202 0.001 0.002 0.002 30 D 0.005 0.213 0.158 0.022 0.001 0.035 0.007 0.002 0.003 0.001 0.034 0.155 0.345 0.002 0.007 0.012 31 R 0.014 0.026 0.084 0.293 0.001 0.020 0.004 0.002 0.003 0.001 0.053 0.038 0.432 0.001 0.005 0.023 32 I 0.008 0.029 0.424 0.199 0.003 0.028 0.009 0.001 0.001 0.001 0.008 0.031 0.251 0.001 0.001 0.007 33 Q 0.004 0.049 0.090 0.462 0.006 0.110 0.015 0.002 0.001 0.001 0.009 0.009 0.237 0.001 0.001 0.004 34 Y 0.002 0.143 0.052 0.712 0.001 0.020 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.004 0.050 0.001 0.002 0.006 35 S 0.010 0.019 0.053 0.788 0.003 0.062 0.002 0.001 0.003 0.001 0.007 0.004 0.040 0.001 0.001 0.007 36 V 0.016 0.069 0.208 0.633 0.003 0.025 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 0.004 0.022 0.001 0.001 0.003 37 F 0.002 0.018 0.049 0.827 0.016 0.036 0.001 0.003 0.001 0.001 0.020 0.004 0.015 0.004 0.001 0.002 38 M 0.004 0.041 0.074 0.815 0.014 0.012 0.003 0.007 0.001 0.001 0.003 0.002 0.015 0.001 0.004 0.003 39 G 0.005 0.014 0.038 0.845 0.009 0.032 0.003 0.006 0.005 0.008 0.005 0.003 0.012 0.001 0.002 0.012 40 D 0.038 0.082 0.046 0.557 0.033 0.189 0.005 0.004 0.004 0.004 0.011 0.005 0.010 0.001 0.001 0.011 41 L 0.010 0.135 0.062 0.716 0.005 0.023 0.001 0.013 0.001 0.002 0.018 0.006 0.004 0.001 0.001 0.002 42 N 0.001 0.004 0.002 0.006 0.001 0.962 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 43 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 44 S 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.978 0.006 0.001 0.001 0.001 45 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.035 0.944 0.001 0.001 0.007 46 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 47 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.043 0.950 0.001 0.001 0.001 48 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.002 49 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 50 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.973 0.015 0.001 0.002 51 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.972 0.001 0.019 0.001 52 G 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.705 0.011 0.002 0.265 53 L 0.019 0.002 0.014 0.005 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.918 0.003 0.010 0.005 54 K 0.002 0.030 0.117 0.019 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.737 0.013 0.007 0.044 55 I 0.010 0.005 0.016 0.033 0.069 0.038 0.122 0.002 0.001 0.001 0.012 0.010 0.391 0.258 0.010 0.021 56 I 0.004 0.040 0.112 0.023 0.013 0.017 0.047 0.109 0.002 0.001 0.046 0.011 0.269 0.031 0.253 0.020 57 G 0.010 0.049 0.044 0.080 0.005 0.025 0.019 0.041 0.068 0.066 0.036 0.064 0.253 0.012 0.042 0.187 58 N 0.326 0.031 0.057 0.062 0.004 0.060 0.014 0.011 0.014 0.015 0.042 0.062 0.237 0.007 0.014 0.044 59 R 0.048 0.078 0.196 0.078 0.002 0.111 0.008 0.012 0.005 0.003 0.093 0.077 0.236 0.006 0.019 0.027 60 K 0.022 0.082 0.161 0.240 0.002 0.049 0.008 0.004 0.006 0.002 0.066 0.120 0.205 0.004 0.009 0.018 61 K 0.034 0.038 0.142 0.307 0.006 0.070 0.016 0.003 0.004 0.002 0.032 0.060 0.250 0.006 0.005 0.024 62 L 0.016 0.089 0.279 0.310 0.009 0.041 0.028 0.004 0.003 0.001 0.017 0.020 0.120 0.011 0.006 0.045 63 Q 0.010 0.076 0.258 0.471 0.010 0.031 0.021 0.008 0.002 0.002 0.007 0.011 0.057 0.004 0.009 0.022 64 E 0.017 0.027 0.091 0.141 0.019 0.527 0.016 0.020 0.004 0.012 0.025 0.010 0.070 0.003 0.005 0.013 65 D 0.013 0.072 0.020 0.041 0.009 0.139 0.004 0.028 0.005 0.005 0.586 0.023 0.045 0.003 0.003 0.006 66 E 0.018 0.216 0.030 0.042 0.013 0.034 0.015 0.018 0.017 0.004 0.161 0.338 0.050 0.018 0.015 0.014 67 R 0.035 0.084 0.251 0.078 0.004 0.055 0.050 0.020 0.018 0.003 0.028 0.062 0.114 0.016 0.116 0.065 68 F 0.047 0.164 0.415 0.114 0.001 0.023 0.010 0.007 0.023 0.004 0.006 0.012 0.041 0.001 0.022 0.113 69 F 0.162 0.088 0.334 0.330 0.001 0.005 0.001 0.001 0.012 0.001 0.003 0.002 0.007 0.001 0.001 0.053 70 I 0.035 0.004 0.562 0.389 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 L 0.001 0.008 0.172 0.815 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 I 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.001 0.003 0.016 0.967 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 P 0.001 0.009 0.004 0.703 0.024 0.254 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 I 0.001 0.230 0.004 0.568 0.014 0.117 0.001 0.011 0.001 0.002 0.047 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 76 T 0.002 0.057 0.003 0.063 0.023 0.718 0.002 0.012 0.005 0.007 0.030 0.074 0.004 0.001 0.001 0.001 77 E 0.002 0.033 0.012 0.014 0.006 0.050 0.003 0.020 0.003 0.002 0.800 0.028 0.022 0.002 0.002 0.001 78 N 0.006 0.083 0.018 0.034 0.002 0.015 0.003 0.018 0.014 0.003 0.065 0.660 0.051 0.002 0.020 0.007 79 Q 0.035 0.020 0.079 0.036 0.006 0.029 0.025 0.005 0.018 0.006 0.050 0.067 0.476 0.014 0.014 0.120 80 F 0.033 0.037 0.237 0.053 0.003 0.045 0.035 0.008 0.004 0.001 0.056 0.046 0.396 0.007 0.014 0.024 81 R 0.013 0.208 0.171 0.178 0.001 0.047 0.010 0.007 0.007 0.002 0.010 0.046 0.266 0.001 0.010 0.024 82 E 0.021 0.084 0.152 0.568 0.001 0.019 0.002 0.001 0.008 0.001 0.006 0.009 0.094 0.001 0.002 0.032 83 R 0.013 0.009 0.384 0.543 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.027 0.001 0.001 0.005 84 I 0.003 0.009 0.217 0.718 0.006 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 85 V 0.001 0.006 0.012 0.360 0.505 0.050 0.019 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.031 0.001 0.001 86 I 0.001 0.065 0.017 0.490 0.015 0.019 0.002 0.333 0.002 0.001 0.005 0.002 0.008 0.001 0.038 0.002 87 G 0.004 0.034 0.018 0.263 0.016 0.108 0.004 0.006 0.200 0.242 0.009 0.007 0.013 0.001 0.001 0.074 88 Y 0.366 0.033 0.033 0.112 0.204 0.049 0.071 0.009 0.002 0.005 0.068 0.018 0.009 0.017 0.001 0.003 89 S 0.005 0.141 0.080 0.098 0.006 0.159 0.002 0.328 0.005 0.004 0.037 0.050 0.012 0.001 0.070 0.004 90 G 0.009 0.110 0.047 0.210 0.008 0.035 0.006 0.009 0.181 0.116 0.089 0.038 0.027 0.003 0.003 0.107 91 S 0.290 0.042 0.046 0.097 0.007 0.242 0.011 0.007 0.006 0.004 0.035 0.140 0.061 0.001 0.005 0.004 92 E 0.011 0.122 0.234 0.075 0.004 0.067 0.007 0.017 0.005 0.004 0.264 0.059 0.103 0.004 0.007 0.020 93 R 0.025 0.076 0.050 0.144 0.016 0.125 0.019 0.008 0.016 0.005 0.051 0.309 0.124 0.011 0.008 0.016 94 E 0.019 0.063 0.205 0.091 0.016 0.072 0.048 0.016 0.005 0.003 0.092 0.045 0.270 0.012 0.022 0.025 95 E 0.016 0.123 0.166 0.155 0.011 0.061 0.029 0.025 0.015 0.007 0.041 0.081 0.156 0.013 0.032 0.069 96 K 0.059 0.080 0.191 0.174 0.009 0.082 0.036 0.014 0.018 0.008 0.040 0.030 0.159 0.015 0.022 0.064 97 S 0.058 0.148 0.323 0.203 0.002 0.045 0.011 0.013 0.012 0.003 0.022 0.029 0.080 0.003 0.016 0.031 98 N 0.035 0.067 0.306 0.471 0.001 0.014 0.003 0.003 0.008 0.002 0.014 0.010 0.032 0.001 0.003 0.031 99 V 0.030 0.011 0.312 0.584 0.007 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.018 0.001 0.001 0.005 100 V 0.006 0.018 0.129 0.494 0.174 0.120 0.017 0.004 0.001 0.001 0.007 0.004 0.018 0.005 0.001 0.002 101 W 0.002 0.093 0.019 0.532 0.089 0.108 0.007 0.086 0.003 0.002 0.028 0.007 0.013 0.003 0.005 0.002