# TARGET T0377 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82.3526 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.088 0.025 0.007 0.015 0.025 0.025 0.046 0.005 0.001 0.007 0.757 2 A 0.112 0.010 0.009 0.041 0.069 0.071 0.193 0.007 0.001 0.021 0.467 3 M 0.180 0.003 0.033 0.088 0.096 0.079 0.101 0.002 0.001 0.020 0.397 4 L 0.012 0.001 0.011 0.413 0.185 0.208 0.065 0.001 0.001 0.003 0.102 5 Y 0.001 0.001 0.002 0.516 0.200 0.235 0.017 0.001 0.001 0.001 0.028 6 L 0.001 0.001 0.001 0.724 0.126 0.137 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 7 I 0.001 0.001 0.001 0.680 0.124 0.173 0.006 0.001 0.001 0.001 0.017 8 F 0.001 0.001 0.001 0.684 0.125 0.167 0.005 0.001 0.001 0.001 0.019 9 Y 0.001 0.001 0.001 0.532 0.108 0.202 0.021 0.001 0.001 0.001 0.136 10 D 0.002 0.001 0.001 0.284 0.132 0.257 0.096 0.001 0.001 0.006 0.222 11 I 0.012 0.001 0.001 0.141 0.053 0.109 0.098 0.001 0.001 0.014 0.571 12 T 0.014 0.002 0.001 0.048 0.045 0.074 0.401 0.001 0.001 0.014 0.401 13 D 0.100 0.004 0.002 0.011 0.009 0.012 0.242 0.001 0.001 0.023 0.597 14 D 0.096 0.026 0.002 0.005 0.002 0.004 0.194 0.001 0.001 0.013 0.658 15 N 0.060 0.024 0.002 0.002 0.003 0.004 0.553 0.001 0.001 0.025 0.326 16 L 0.120 0.092 0.009 0.002 0.003 0.005 0.483 0.001 0.001 0.015 0.270 17 R 0.039 0.400 0.005 0.004 0.005 0.013 0.173 0.003 0.001 0.004 0.354 18 N 0.027 0.507 0.001 0.002 0.005 0.005 0.074 0.004 0.001 0.003 0.372 19 R 0.038 0.614 0.002 0.001 0.001 0.001 0.075 0.001 0.001 0.002 0.268 20 V 0.003 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.045 21 A 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.015 22 E 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 23 F 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 24 L 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 25 K 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 26 K 0.042 0.935 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 27 K 0.050 0.593 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.294 0.001 0.001 0.060 28 G 0.678 0.146 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.098 0.001 0.001 0.067 29 L 0.003 0.006 0.934 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.052 30 D 0.004 0.018 0.005 0.299 0.061 0.096 0.065 0.002 0.001 0.001 0.449 31 R 0.099 0.016 0.004 0.239 0.019 0.034 0.039 0.001 0.001 0.003 0.546 32 I 0.026 0.058 0.003 0.266 0.090 0.094 0.063 0.001 0.001 0.002 0.396 33 Q 0.011 0.016 0.002 0.482 0.096 0.188 0.046 0.001 0.001 0.004 0.155 34 Y 0.019 0.015 0.002 0.227 0.082 0.200 0.049 0.001 0.001 0.006 0.399 35 S 0.025 0.017 0.002 0.242 0.225 0.242 0.035 0.002 0.001 0.003 0.207 36 V 0.021 0.022 0.003 0.101 0.121 0.199 0.052 0.002 0.001 0.004 0.475 37 F 0.017 0.022 0.004 0.123 0.243 0.366 0.050 0.002 0.001 0.005 0.169 38 M 0.022 0.038 0.004 0.085 0.165 0.318 0.075 0.002 0.001 0.005 0.286 39 G 0.057 0.045 0.004 0.081 0.169 0.247 0.065 0.005 0.001 0.006 0.320 40 D 0.062 0.029 0.008 0.032 0.042 0.080 0.098 0.004 0.001 0.007 0.638 41 L 0.057 0.018 0.018 0.078 0.102 0.179 0.140 0.006 0.001 0.015 0.385 42 N 0.068 0.011 0.007 0.024 0.031 0.043 0.419 0.003 0.001 0.010 0.384 43 S 0.012 0.003 0.003 0.005 0.002 0.002 0.032 0.001 0.001 0.002 0.939 44 S 0.009 0.008 0.001 0.003 0.002 0.003 0.389 0.001 0.001 0.006 0.578 45 R 0.050 0.014 0.001 0.002 0.002 0.005 0.742 0.001 0.001 0.026 0.157 46 L 0.127 0.544 0.003 0.010 0.004 0.011 0.093 0.002 0.001 0.007 0.198 47 K 0.027 0.815 0.001 0.003 0.002 0.006 0.026 0.001 0.001 0.001 0.117 48 D 0.029 0.765 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.004 0.001 0.001 0.191 49 V 0.033 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.037 50 E 0.012 0.959 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.016 51 A 0.023 0.915 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.013 0.001 0.001 0.037 52 G 0.105 0.813 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.046 53 L 0.072 0.791 0.060 0.003 0.002 0.003 0.003 0.007 0.001 0.001 0.059 54 K 0.023 0.578 0.024 0.029 0.025 0.034 0.017 0.030 0.001 0.001 0.239 55 I 0.105 0.537 0.024 0.043 0.026 0.039 0.020 0.015 0.001 0.002 0.190 56 I 0.046 0.674 0.008 0.048 0.030 0.043 0.020 0.007 0.001 0.001 0.122 57 G 0.026 0.522 0.008 0.085 0.054 0.098 0.033 0.008 0.001 0.002 0.164 58 N 0.039 0.424 0.009 0.054 0.049 0.082 0.052 0.009 0.001 0.003 0.277 59 R 0.100 0.424 0.010 0.037 0.047 0.099 0.049 0.016 0.001 0.008 0.208 60 K 0.090 0.372 0.021 0.047 0.062 0.122 0.048 0.018 0.001 0.007 0.213 61 K 0.087 0.214 0.012 0.043 0.081 0.093 0.058 0.030 0.001 0.005 0.377 62 L 0.218 0.147 0.026 0.023 0.052 0.059 0.034 0.022 0.001 0.005 0.415 63 Q 0.152 0.117 0.024 0.047 0.086 0.115 0.098 0.018 0.001 0.007 0.335 64 E 0.084 0.036 0.014 0.025 0.050 0.061 0.152 0.007 0.001 0.007 0.563 65 D 0.044 0.013 0.010 0.014 0.017 0.023 0.087 0.002 0.001 0.005 0.785 66 E 0.054 0.009 0.002 0.012 0.019 0.025 0.361 0.002 0.001 0.019 0.498 67 R 0.383 0.012 0.007 0.020 0.016 0.026 0.193 0.003 0.001 0.057 0.283 68 F 0.143 0.032 0.016 0.062 0.095 0.089 0.215 0.003 0.001 0.019 0.326 69 F 0.057 0.013 0.007 0.207 0.188 0.201 0.086 0.001 0.001 0.006 0.235 70 I 0.015 0.004 0.004 0.144 0.221 0.347 0.029 0.001 0.001 0.002 0.234 71 L 0.002 0.001 0.001 0.208 0.345 0.405 0.014 0.001 0.001 0.001 0.025 72 I 0.003 0.002 0.002 0.169 0.161 0.359 0.034 0.001 0.001 0.002 0.268 73 V 0.002 0.001 0.001 0.346 0.276 0.288 0.024 0.001 0.001 0.001 0.061 74 P 0.001 0.001 0.001 0.026 0.008 0.018 0.011 0.001 0.001 0.001 0.936 75 I 0.002 0.001 0.001 0.175 0.117 0.292 0.126 0.001 0.001 0.004 0.283 76 T 0.036 0.002 0.001 0.049 0.035 0.078 0.189 0.001 0.001 0.014 0.594 77 E 0.040 0.011 0.001 0.024 0.019 0.024 0.121 0.001 0.001 0.006 0.755 78 N 0.093 0.015 0.001 0.010 0.011 0.018 0.267 0.001 0.001 0.018 0.565 79 Q 0.210 0.066 0.003 0.007 0.014 0.019 0.288 0.002 0.001 0.023 0.368 80 F 0.140 0.300 0.010 0.008 0.026 0.042 0.108 0.003 0.001 0.011 0.353 81 R 0.043 0.345 0.006 0.008 0.043 0.070 0.057 0.003 0.001 0.005 0.421 82 E 0.077 0.273 0.003 0.009 0.050 0.094 0.046 0.009 0.001 0.006 0.433 83 R 0.158 0.317 0.013 0.022 0.093 0.153 0.023 0.009 0.001 0.004 0.208 84 I 0.029 0.304 0.007 0.074 0.200 0.231 0.022 0.009 0.001 0.001 0.122 85 V 0.036 0.218 0.006 0.070 0.154 0.282 0.023 0.011 0.001 0.002 0.198 86 I 0.044 0.165 0.007 0.145 0.146 0.262 0.030 0.019 0.001 0.002 0.180 87 G 0.087 0.071 0.014 0.089 0.078 0.107 0.082 0.023 0.001 0.006 0.442 88 Y 0.059 0.018 0.086 0.064 0.036 0.062 0.083 0.005 0.001 0.007 0.580 89 S 0.009 0.004 0.004 0.040 0.019 0.037 0.105 0.001 0.001 0.002 0.779 90 G 0.035 0.003 0.003 0.025 0.010 0.018 0.078 0.001 0.001 0.007 0.821 91 S 0.133 0.009 0.003 0.017 0.013 0.020 0.221 0.001 0.001 0.011 0.573 92 E 0.062 0.009 0.002 0.012 0.010 0.011 0.073 0.001 0.001 0.005 0.815 93 R 0.101 0.021 0.001 0.015 0.021 0.028 0.189 0.001 0.001 0.010 0.613 94 E 0.180 0.047 0.003 0.014 0.031 0.046 0.167 0.002 0.001 0.016 0.494 95 E 0.124 0.131 0.003 0.023 0.053 0.077 0.122 0.006 0.001 0.011 0.450 96 K 0.181 0.081 0.004 0.019 0.045 0.069 0.088 0.010 0.001 0.017 0.486 97 S 0.233 0.044 0.016 0.036 0.055 0.078 0.055 0.010 0.001 0.012 0.461 98 N 0.126 0.014 0.025 0.103 0.146 0.128 0.075 0.007 0.001 0.007 0.370 99 V 0.040 0.006 0.033 0.177 0.194 0.229 0.063 0.001 0.001 0.004 0.253 100 V 0.003 0.002 0.003 0.275 0.240 0.350 0.033 0.001 0.001 0.001 0.093 101 W 0.002 0.002 0.001 0.283 0.190 0.328 0.038 0.001 0.001 0.001 0.155