# TARGET T0377 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82.3526 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.089 0.117 0.164 0.172 0.143 0.107 0.069 0.038 0.026 0.010 0.004 0.002 0.001 2 A 0.017 0.040 0.064 0.115 0.149 0.169 0.164 0.117 0.069 0.051 0.028 0.009 0.005 0.003 3 M 0.003 0.009 0.019 0.047 0.077 0.131 0.172 0.138 0.137 0.107 0.090 0.037 0.019 0.014 4 L 0.001 0.001 0.003 0.009 0.016 0.037 0.080 0.119 0.188 0.156 0.195 0.110 0.052 0.033 5 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.019 0.078 0.135 0.177 0.248 0.158 0.118 0.055 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.040 0.077 0.152 0.218 0.221 0.183 0.101 7 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.063 0.171 0.226 0.217 0.149 0.138 8 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.036 0.068 0.145 0.219 0.205 0.154 0.160 9 Y 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.014 0.038 0.090 0.128 0.179 0.211 0.145 0.082 0.104 10 D 0.001 0.004 0.008 0.022 0.055 0.086 0.135 0.246 0.171 0.116 0.084 0.032 0.016 0.023 11 I 0.005 0.009 0.013 0.032 0.069 0.127 0.116 0.175 0.167 0.129 0.093 0.039 0.017 0.009 12 T 0.049 0.131 0.161 0.241 0.169 0.097 0.071 0.032 0.033 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 13 D 0.286 0.245 0.152 0.123 0.085 0.049 0.026 0.013 0.014 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 14 D 0.437 0.333 0.144 0.053 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 N 0.625 0.242 0.085 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.198 0.143 0.194 0.135 0.191 0.079 0.034 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 17 R 0.116 0.091 0.159 0.174 0.204 0.139 0.069 0.032 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 18 N 0.634 0.198 0.080 0.039 0.032 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.110 0.163 0.181 0.260 0.158 0.065 0.036 0.021 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.012 0.010 0.018 0.060 0.130 0.272 0.200 0.130 0.140 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 21 A 0.041 0.098 0.158 0.333 0.196 0.091 0.048 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 22 E 0.776 0.190 0.031 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 F 0.067 0.116 0.178 0.205 0.235 0.131 0.043 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.026 0.033 0.062 0.175 0.249 0.165 0.171 0.076 0.036 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 25 K 0.548 0.317 0.087 0.032 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.681 0.229 0.073 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.137 0.131 0.200 0.182 0.195 0.095 0.037 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 G 0.274 0.168 0.151 0.095 0.127 0.087 0.052 0.027 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 29 L 0.101 0.081 0.071 0.151 0.210 0.160 0.091 0.061 0.033 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 30 D 0.203 0.160 0.142 0.154 0.104 0.076 0.068 0.033 0.026 0.013 0.012 0.006 0.002 0.001 31 R 0.057 0.046 0.089 0.097 0.144 0.160 0.113 0.085 0.083 0.060 0.034 0.019 0.007 0.005 32 I 0.025 0.015 0.021 0.039 0.070 0.099 0.116 0.154 0.136 0.116 0.092 0.072 0.034 0.013 33 Q 0.015 0.016 0.022 0.049 0.065 0.094 0.119 0.121 0.125 0.130 0.119 0.072 0.034 0.018 34 Y 0.015 0.015 0.023 0.042 0.055 0.071 0.111 0.122 0.162 0.132 0.122 0.081 0.028 0.023 35 S 0.010 0.008 0.015 0.022 0.034 0.057 0.083 0.134 0.170 0.158 0.155 0.079 0.047 0.029 36 V 0.008 0.008 0.011 0.019 0.039 0.057 0.076 0.154 0.154 0.151 0.122 0.093 0.069 0.040 37 F 0.008 0.006 0.008 0.016 0.025 0.042 0.073 0.109 0.129 0.194 0.156 0.131 0.068 0.035 38 M 0.013 0.020 0.033 0.064 0.101 0.110 0.153 0.132 0.131 0.091 0.077 0.043 0.017 0.016 39 G 0.025 0.020 0.026 0.049 0.064 0.114 0.117 0.118 0.124 0.119 0.122 0.055 0.030 0.017 40 D 0.063 0.071 0.088 0.136 0.168 0.120 0.126 0.098 0.072 0.030 0.016 0.008 0.003 0.002 41 L 0.034 0.030 0.040 0.073 0.104 0.141 0.135 0.158 0.118 0.092 0.046 0.017 0.009 0.002 42 N 0.161 0.148 0.171 0.162 0.137 0.101 0.060 0.028 0.019 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 43 S 0.328 0.175 0.159 0.123 0.099 0.047 0.030 0.016 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 44 S 0.437 0.215 0.130 0.093 0.061 0.033 0.016 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 R 0.248 0.228 0.171 0.144 0.107 0.052 0.026 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 46 L 0.062 0.058 0.094 0.169 0.217 0.164 0.113 0.068 0.036 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 47 K 0.590 0.216 0.100 0.049 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 D 0.366 0.247 0.189 0.096 0.063 0.020 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 V 0.029 0.019 0.036 0.099 0.189 0.240 0.178 0.136 0.045 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 50 E 0.154 0.163 0.222 0.195 0.151 0.058 0.033 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 51 A 0.662 0.149 0.072 0.050 0.026 0.019 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 52 G 0.093 0.108 0.118 0.201 0.234 0.120 0.064 0.030 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 53 L 0.029 0.026 0.051 0.096 0.134 0.184 0.190 0.168 0.064 0.036 0.014 0.005 0.002 0.001 54 K 0.299 0.190 0.138 0.121 0.101 0.072 0.039 0.020 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 55 I 0.158 0.099 0.131 0.159 0.152 0.114 0.084 0.041 0.027 0.018 0.011 0.004 0.001 0.001 56 I 0.092 0.056 0.077 0.117 0.165 0.184 0.137 0.078 0.048 0.028 0.011 0.005 0.002 0.001 57 G 0.281 0.155 0.165 0.136 0.108 0.064 0.044 0.024 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 58 N 0.402 0.159 0.129 0.109 0.080 0.051 0.034 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 59 R 0.207 0.128 0.134 0.146 0.146 0.104 0.063 0.032 0.023 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 60 K 0.281 0.180 0.192 0.139 0.096 0.052 0.029 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 61 K 0.631 0.179 0.100 0.043 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.215 0.130 0.152 0.177 0.173 0.080 0.037 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 63 Q 0.100 0.083 0.100 0.226 0.215 0.135 0.072 0.041 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 64 E 0.473 0.300 0.108 0.076 0.025 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 D 0.503 0.292 0.120 0.055 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 E 0.365 0.319 0.188 0.063 0.032 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 R 0.089 0.134 0.145 0.150 0.208 0.138 0.063 0.039 0.020 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 68 F 0.013 0.018 0.032 0.084 0.165 0.183 0.175 0.148 0.087 0.053 0.024 0.010 0.005 0.002 69 F 0.008 0.014 0.023 0.059 0.105 0.122 0.132 0.147 0.136 0.113 0.065 0.048 0.017 0.011 70 I 0.003 0.002 0.004 0.007 0.012 0.026 0.052 0.112 0.163 0.166 0.155 0.192 0.078 0.029 71 L 0.003 0.003 0.006 0.013 0.021 0.037 0.064 0.135 0.163 0.184 0.158 0.121 0.056 0.038 72 I 0.002 0.001 0.002 0.004 0.010 0.022 0.036 0.070 0.119 0.165 0.216 0.187 0.099 0.067 73 V 0.006 0.005 0.007 0.014 0.024 0.047 0.077 0.120 0.147 0.176 0.150 0.109 0.074 0.044 74 P 0.014 0.026 0.038 0.082 0.126 0.113 0.147 0.146 0.117 0.081 0.060 0.026 0.011 0.012 75 I 0.013 0.015 0.024 0.058 0.091 0.168 0.151 0.134 0.132 0.101 0.069 0.027 0.011 0.005 76 T 0.075 0.107 0.120 0.182 0.182 0.131 0.084 0.044 0.048 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 77 E 0.291 0.209 0.142 0.139 0.096 0.049 0.033 0.020 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 78 N 0.411 0.266 0.167 0.077 0.042 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.300 0.172 0.201 0.111 0.097 0.058 0.034 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 80 F 0.158 0.088 0.147 0.142 0.218 0.111 0.066 0.037 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 81 R 0.317 0.151 0.121 0.131 0.112 0.067 0.040 0.032 0.013 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 82 E 0.217 0.161 0.116 0.150 0.140 0.074 0.047 0.033 0.028 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 83 R 0.033 0.040 0.057 0.113 0.132 0.126 0.123 0.156 0.096 0.068 0.033 0.016 0.005 0.002 84 I 0.031 0.029 0.042 0.073 0.092 0.132 0.129 0.171 0.116 0.088 0.053 0.027 0.010 0.005 85 V 0.020 0.017 0.026 0.048 0.079 0.106 0.107 0.163 0.139 0.126 0.092 0.047 0.021 0.009 86 I 0.024 0.018 0.026 0.050 0.070 0.103 0.108 0.125 0.128 0.127 0.100 0.075 0.035 0.011 87 G 0.051 0.055 0.069 0.117 0.123 0.127 0.135 0.102 0.100 0.052 0.040 0.019 0.006 0.004 88 Y 0.061 0.061 0.080 0.116 0.136 0.156 0.122 0.093 0.077 0.047 0.037 0.010 0.004 0.002 89 S 0.288 0.210 0.163 0.124 0.092 0.050 0.032 0.017 0.013 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 90 G 0.305 0.197 0.181 0.120 0.086 0.050 0.029 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 91 S 0.303 0.158 0.146 0.135 0.126 0.066 0.032 0.017 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.442 0.219 0.143 0.101 0.055 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 R 0.538 0.212 0.126 0.063 0.036 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 E 0.328 0.174 0.151 0.140 0.110 0.053 0.022 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 95 E 0.370 0.205 0.135 0.120 0.080 0.042 0.022 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 96 K 0.257 0.190 0.139 0.131 0.113 0.076 0.040 0.025 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 97 S 0.052 0.054 0.071 0.133 0.187 0.160 0.126 0.086 0.061 0.036 0.021 0.009 0.004 0.002 98 N 0.039 0.032 0.049 0.077 0.104 0.149 0.156 0.136 0.104 0.065 0.048 0.024 0.011 0.006 99 V 0.023 0.014 0.022 0.041 0.073 0.110 0.112 0.128 0.132 0.120 0.097 0.074 0.037 0.018 100 V 0.020 0.010 0.013 0.025 0.038 0.060 0.086 0.116 0.146 0.146 0.142 0.119 0.058 0.020 101 W 0.031 0.024 0.032 0.059 0.075 0.114 0.121 0.119 0.127 0.111 0.089 0.059 0.026 0.013