# TARGET T0377 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 70.9037 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.018 0.399 0.040 0.088 0.049 0.002 0.001 0.004 0.145 0.107 0.057 0.075 2 A 0.039 0.012 0.292 0.088 0.065 0.016 0.005 0.001 0.008 0.175 0.100 0.073 0.125 3 M 0.104 0.006 0.229 0.050 0.039 0.009 0.028 0.006 0.052 0.109 0.054 0.111 0.203 4 L 0.379 0.002 0.055 0.034 0.003 0.001 0.109 0.022 0.079 0.027 0.004 0.132 0.153 5 Y 0.588 0.001 0.009 0.009 0.001 0.001 0.179 0.046 0.042 0.002 0.001 0.068 0.056 6 L 0.700 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.138 0.062 0.021 0.001 0.001 0.043 0.032 7 I 0.637 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.205 0.076 0.033 0.001 0.001 0.015 0.020 8 F 0.723 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.188 0.021 0.013 0.001 0.001 0.022 0.028 9 Y 0.575 0.001 0.036 0.006 0.001 0.001 0.122 0.035 0.059 0.006 0.001 0.092 0.065 10 D 0.059 0.005 0.472 0.006 0.001 0.001 0.012 0.004 0.065 0.048 0.006 0.032 0.291 11 I 0.004 0.014 0.435 0.004 0.009 0.006 0.001 0.001 0.008 0.203 0.261 0.031 0.023 12 T 0.001 0.009 0.221 0.001 0.009 0.015 0.001 0.001 0.003 0.319 0.406 0.004 0.012 13 D 0.001 0.003 0.224 0.001 0.019 0.182 0.001 0.001 0.001 0.403 0.164 0.001 0.001 14 D 0.001 0.001 0.014 0.001 0.007 0.923 0.001 0.001 0.001 0.007 0.048 0.001 0.001 15 N 0.001 0.003 0.005 0.001 0.009 0.967 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.012 0.001 0.009 0.966 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 17 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 18 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 25 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 26 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.539 0.001 0.001 0.001 0.006 0.446 0.001 0.001 28 G 0.001 0.007 0.224 0.001 0.006 0.237 0.001 0.001 0.002 0.099 0.424 0.001 0.001 29 L 0.001 0.021 0.522 0.002 0.024 0.244 0.001 0.001 0.008 0.124 0.048 0.003 0.005 30 D 0.001 0.005 0.190 0.008 0.079 0.536 0.001 0.002 0.015 0.077 0.072 0.008 0.006 31 R 0.002 0.005 0.061 0.002 0.120 0.633 0.003 0.009 0.031 0.050 0.056 0.010 0.017 32 I 0.003 0.005 0.061 0.004 0.062 0.739 0.005 0.008 0.016 0.031 0.050 0.004 0.011 33 Q 0.006 0.007 0.029 0.005 0.031 0.785 0.004 0.016 0.022 0.010 0.063 0.010 0.014 34 Y 0.009 0.006 0.035 0.021 0.027 0.659 0.002 0.003 0.008 0.038 0.168 0.010 0.013 35 S 0.008 0.005 0.184 0.008 0.032 0.283 0.002 0.002 0.015 0.134 0.282 0.018 0.028 36 V 0.019 0.028 0.251 0.014 0.053 0.201 0.008 0.003 0.041 0.124 0.151 0.016 0.090 37 F 0.017 0.026 0.259 0.008 0.017 0.086 0.010 0.005 0.119 0.090 0.065 0.252 0.046 38 M 0.076 0.024 0.204 0.026 0.016 0.059 0.023 0.009 0.052 0.066 0.062 0.016 0.368 39 G 0.073 0.009 0.214 0.010 0.016 0.034 0.013 0.004 0.053 0.127 0.061 0.346 0.038 40 D 0.014 0.030 0.453 0.002 0.010 0.016 0.005 0.001 0.025 0.077 0.044 0.010 0.314 41 L 0.004 0.064 0.629 0.002 0.007 0.013 0.002 0.001 0.008 0.149 0.044 0.063 0.016 42 N 0.001 0.005 0.856 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.088 0.009 0.002 0.026 43 S 0.001 0.001 0.006 0.001 0.027 0.928 0.001 0.001 0.001 0.005 0.034 0.001 0.001 44 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.946 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 45 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 46 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 47 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 51 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 52 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 53 L 0.001 0.001 0.021 0.001 0.004 0.954 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.001 0.001 54 K 0.001 0.001 0.022 0.001 0.057 0.863 0.001 0.001 0.001 0.016 0.037 0.001 0.001 55 I 0.001 0.001 0.010 0.001 0.035 0.892 0.001 0.001 0.005 0.008 0.043 0.001 0.003 56 I 0.003 0.007 0.033 0.001 0.019 0.816 0.001 0.004 0.012 0.026 0.066 0.005 0.008 57 G 0.002 0.012 0.141 0.006 0.027 0.592 0.001 0.001 0.015 0.078 0.099 0.010 0.014 58 N 0.002 0.005 0.158 0.009 0.067 0.394 0.001 0.002 0.011 0.111 0.212 0.014 0.015 59 R 0.004 0.008 0.133 0.003 0.150 0.421 0.001 0.001 0.012 0.064 0.168 0.006 0.028 60 K 0.011 0.013 0.231 0.004 0.120 0.321 0.003 0.001 0.011 0.124 0.081 0.039 0.041 61 K 0.012 0.028 0.324 0.007 0.084 0.258 0.004 0.002 0.014 0.057 0.112 0.037 0.061 62 L 0.012 0.037 0.419 0.007 0.066 0.159 0.004 0.003 0.011 0.071 0.110 0.018 0.083 63 Q 0.004 0.023 0.545 0.006 0.025 0.045 0.001 0.001 0.003 0.160 0.103 0.054 0.029 64 E 0.001 0.009 0.708 0.005 0.016 0.015 0.001 0.001 0.001 0.132 0.080 0.008 0.024 65 D 0.001 0.004 0.418 0.003 0.077 0.027 0.001 0.001 0.001 0.265 0.193 0.005 0.008 66 E 0.002 0.006 0.167 0.006 0.132 0.022 0.001 0.001 0.002 0.200 0.424 0.011 0.028 67 R 0.009 0.031 0.185 0.012 0.142 0.020 0.003 0.001 0.009 0.233 0.255 0.043 0.056 68 F 0.035 0.015 0.372 0.083 0.026 0.005 0.006 0.002 0.020 0.172 0.056 0.086 0.121 69 F 0.218 0.004 0.210 0.110 0.006 0.002 0.028 0.003 0.024 0.081 0.020 0.132 0.162 70 I 0.624 0.002 0.019 0.004 0.001 0.001 0.065 0.008 0.028 0.005 0.001 0.076 0.168 71 L 0.467 0.001 0.011 0.005 0.001 0.001 0.136 0.010 0.049 0.002 0.001 0.270 0.049 72 I 0.446 0.001 0.019 0.004 0.001 0.001 0.164 0.008 0.042 0.001 0.001 0.016 0.298 73 V 0.107 0.001 0.050 0.008 0.001 0.001 0.035 0.002 0.079 0.007 0.001 0.681 0.028 74 P 0.014 0.005 0.263 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.046 0.014 0.002 0.007 0.639 75 I 0.012 0.037 0.543 0.018 0.006 0.002 0.003 0.001 0.014 0.108 0.048 0.170 0.038 76 T 0.002 0.010 0.604 0.001 0.018 0.005 0.001 0.001 0.004 0.206 0.057 0.012 0.080 77 E 0.001 0.001 0.049 0.001 0.407 0.123 0.001 0.001 0.001 0.063 0.349 0.003 0.003 78 N 0.001 0.002 0.080 0.002 0.326 0.133 0.001 0.001 0.001 0.051 0.393 0.003 0.007 79 Q 0.007 0.020 0.129 0.006 0.340 0.135 0.002 0.001 0.003 0.057 0.257 0.015 0.029 80 F 0.021 0.030 0.300 0.017 0.150 0.147 0.004 0.001 0.008 0.079 0.112 0.029 0.103 81 R 0.030 0.009 0.334 0.158 0.070 0.054 0.004 0.001 0.010 0.123 0.050 0.089 0.069 82 E 0.067 0.007 0.175 0.040 0.037 0.045 0.013 0.005 0.065 0.080 0.017 0.079 0.369 83 R 0.158 0.006 0.078 0.029 0.008 0.036 0.054 0.034 0.133 0.035 0.004 0.211 0.215 84 I 0.217 0.010 0.046 0.014 0.002 0.028 0.094 0.086 0.224 0.006 0.003 0.151 0.118 85 V 0.280 0.009 0.043 0.008 0.002 0.025 0.133 0.110 0.168 0.003 0.005 0.066 0.146 86 I 0.195 0.013 0.089 0.043 0.005 0.023 0.094 0.067 0.106 0.028 0.089 0.151 0.097 87 G 0.045 0.007 0.269 0.018 0.006 0.008 0.012 0.011 0.066 0.146 0.248 0.081 0.083 88 Y 0.014 0.018 0.401 0.006 0.014 0.007 0.003 0.002 0.030 0.254 0.107 0.064 0.080 89 S 0.007 0.030 0.328 0.006 0.042 0.014 0.002 0.001 0.009 0.222 0.250 0.036 0.053 90 G 0.003 0.016 0.453 0.006 0.048 0.015 0.001 0.001 0.002 0.245 0.165 0.015 0.029 91 S 0.001 0.018 0.716 0.003 0.039 0.020 0.001 0.001 0.001 0.132 0.043 0.009 0.018 92 E 0.001 0.016 0.380 0.003 0.204 0.112 0.001 0.001 0.001 0.127 0.124 0.009 0.022 93 R 0.002 0.012 0.265 0.004 0.219 0.170 0.001 0.001 0.002 0.134 0.158 0.013 0.019 94 E 0.003 0.022 0.335 0.006 0.169 0.142 0.001 0.001 0.004 0.127 0.142 0.019 0.031 95 E 0.005 0.021 0.362 0.009 0.100 0.129 0.002 0.001 0.006 0.138 0.164 0.019 0.045 96 K 0.006 0.017 0.397 0.013 0.079 0.094 0.002 0.001 0.008 0.152 0.164 0.034 0.033 97 S 0.006 0.009 0.336 0.017 0.072 0.062 0.001 0.001 0.013 0.257 0.159 0.030 0.036 98 N 0.022 0.008 0.373 0.060 0.046 0.031 0.006 0.003 0.025 0.201 0.102 0.043 0.081 99 V 0.093 0.035 0.203 0.005 0.013 0.017 0.039 0.019 0.119 0.047 0.017 0.214 0.177 100 V 0.091 0.039 0.247 0.009 0.004 0.011 0.047 0.032 0.149 0.023 0.011 0.120 0.217 101 W 0.028 0.020 0.591 0.016 0.003 0.009 0.015 0.015 0.078 0.020 0.008 0.094 0.103