# TARGET T0377 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0377/T0377.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 70.9037 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.120 0.043 0.155 0.273 0.008 0.165 0.021 0.018 0.023 0.008 0.028 0.025 0.077 0.003 0.010 0.025 2 A 0.022 0.478 0.196 0.251 0.001 0.010 0.002 0.003 0.007 0.001 0.002 0.007 0.008 0.001 0.002 0.010 3 M 0.016 0.011 0.100 0.864 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 4 L 0.006 0.003 0.449 0.541 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 Y 0.001 0.001 0.020 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 L 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 F 0.001 0.002 0.001 0.974 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 Y 0.001 0.017 0.002 0.970 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 D 0.001 0.006 0.001 0.134 0.011 0.839 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 I 0.003 0.150 0.004 0.087 0.092 0.077 0.002 0.010 0.001 0.001 0.569 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 12 T 0.001 0.163 0.007 0.045 0.016 0.120 0.002 0.085 0.005 0.004 0.038 0.506 0.002 0.002 0.005 0.001 13 D 0.003 0.018 0.017 0.012 0.005 0.228 0.007 0.035 0.022 0.044 0.357 0.077 0.128 0.003 0.026 0.017 14 D 0.021 0.043 0.008 0.006 0.001 0.011 0.001 0.005 0.012 0.004 0.454 0.276 0.128 0.001 0.010 0.018 15 N 0.029 0.004 0.015 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 0.578 0.310 0.001 0.002 0.012 16 L 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.045 0.863 0.001 0.001 0.002 17 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.052 0.920 0.001 0.001 0.001 18 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.046 0.947 0.001 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.991 0.001 0.001 0.001 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.991 0.001 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 22 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 23 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.006 0.003 0.002 25 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.006 0.006 0.005 26 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.948 0.002 0.011 27 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.951 0.002 28 G 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.009 0.003 0.002 0.085 0.003 0.001 0.871 29 L 0.791 0.004 0.006 0.003 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 0.031 0.127 0.001 0.001 0.002 30 D 0.006 0.246 0.206 0.023 0.001 0.038 0.007 0.002 0.002 0.001 0.031 0.141 0.277 0.002 0.007 0.011 31 R 0.014 0.027 0.087 0.354 0.001 0.024 0.004 0.002 0.003 0.001 0.057 0.035 0.365 0.001 0.005 0.021 32 I 0.009 0.032 0.437 0.217 0.004 0.029 0.010 0.001 0.001 0.001 0.008 0.031 0.212 0.001 0.001 0.007 33 Q 0.004 0.047 0.092 0.496 0.007 0.109 0.015 0.002 0.001 0.001 0.009 0.009 0.200 0.001 0.002 0.004 34 Y 0.002 0.151 0.058 0.703 0.001 0.020 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.004 0.042 0.001 0.002 0.007 35 S 0.011 0.018 0.051 0.796 0.003 0.064 0.002 0.001 0.003 0.001 0.007 0.004 0.032 0.001 0.001 0.006 36 V 0.016 0.072 0.221 0.620 0.003 0.026 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 0.004 0.018 0.001 0.001 0.002 37 F 0.002 0.019 0.045 0.844 0.011 0.032 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.004 0.012 0.003 0.001 0.002 38 M 0.004 0.034 0.071 0.839 0.010 0.011 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.012 0.001 0.003 0.002 39 G 0.005 0.012 0.040 0.858 0.008 0.032 0.003 0.005 0.003 0.006 0.005 0.003 0.011 0.001 0.001 0.009 40 D 0.028 0.083 0.043 0.632 0.028 0.142 0.003 0.003 0.003 0.002 0.009 0.003 0.007 0.001 0.001 0.010 41 L 0.007 0.111 0.053 0.786 0.003 0.013 0.001 0.008 0.001 0.001 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 42 N 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 43 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 44 S 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.985 0.003 0.001 0.001 0.001 45 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.949 0.001 0.001 0.007 46 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.007 0.971 0.001 0.001 0.001 47 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.048 0.945 0.001 0.001 0.001 48 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.002 49 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 50 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.022 0.001 0.003 51 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.957 0.001 0.030 0.001 52 G 0.001 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.688 0.012 0.002 0.276 53 L 0.023 0.002 0.016 0.006 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.905 0.003 0.010 0.006 54 K 0.003 0.032 0.139 0.026 0.001 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.008 0.010 0.699 0.012 0.007 0.047 55 I 0.010 0.006 0.019 0.034 0.096 0.056 0.153 0.002 0.001 0.001 0.010 0.011 0.355 0.218 0.008 0.019 56 I 0.004 0.054 0.101 0.023 0.019 0.020 0.056 0.134 0.001 0.001 0.065 0.010 0.227 0.038 0.228 0.020 57 G 0.008 0.062 0.043 0.068 0.006 0.025 0.026 0.055 0.078 0.065 0.029 0.075 0.194 0.018 0.065 0.182 58 N 0.308 0.022 0.053 0.042 0.003 0.085 0.015 0.016 0.020 0.023 0.055 0.050 0.229 0.006 0.023 0.049 59 R 0.066 0.191 0.210 0.064 0.001 0.043 0.007 0.008 0.008 0.003 0.092 0.081 0.150 0.006 0.020 0.050 60 K 0.050 0.055 0.258 0.259 0.002 0.046 0.009 0.002 0.006 0.002 0.030 0.114 0.130 0.004 0.010 0.023 61 K 0.028 0.032 0.364 0.269 0.005 0.062 0.014 0.003 0.002 0.001 0.025 0.022 0.147 0.003 0.003 0.018 62 L 0.015 0.115 0.188 0.421 0.013 0.060 0.025 0.004 0.003 0.001 0.017 0.018 0.071 0.008 0.003 0.037 63 Q 0.008 0.095 0.218 0.570 0.008 0.021 0.012 0.008 0.002 0.001 0.005 0.008 0.024 0.002 0.006 0.013 64 E 0.010 0.018 0.067 0.107 0.017 0.680 0.011 0.013 0.004 0.012 0.012 0.006 0.033 0.001 0.002 0.008 65 D 0.010 0.066 0.015 0.031 0.005 0.108 0.002 0.024 0.003 0.003 0.693 0.013 0.021 0.001 0.001 0.003 66 E 0.014 0.227 0.023 0.040 0.011 0.029 0.010 0.013 0.020 0.003 0.127 0.425 0.026 0.013 0.008 0.010 67 R 0.036 0.074 0.297 0.085 0.004 0.062 0.046 0.020 0.015 0.002 0.028 0.060 0.106 0.011 0.105 0.049 68 F 0.032 0.199 0.423 0.117 0.001 0.022 0.009 0.006 0.021 0.003 0.005 0.011 0.034 0.001 0.014 0.101 69 F 0.152 0.079 0.282 0.420 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 0.001 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.039 70 I 0.026 0.003 0.593 0.371 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 L 0.001 0.007 0.145 0.844 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.001 0.003 0.014 0.971 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 P 0.001 0.008 0.004 0.750 0.025 0.207 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 I 0.001 0.209 0.004 0.607 0.016 0.111 0.001 0.010 0.001 0.002 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 T 0.002 0.052 0.003 0.063 0.026 0.746 0.002 0.012 0.005 0.007 0.026 0.053 0.003 0.001 0.001 0.001 77 E 0.002 0.040 0.011 0.015 0.006 0.044 0.003 0.024 0.003 0.002 0.803 0.026 0.016 0.002 0.002 0.001 78 N 0.007 0.083 0.018 0.032 0.002 0.018 0.003 0.020 0.017 0.004 0.062 0.662 0.041 0.002 0.020 0.007 79 Q 0.042 0.024 0.092 0.036 0.006 0.033 0.029 0.007 0.020 0.007 0.064 0.070 0.413 0.016 0.018 0.124 80 F 0.040 0.051 0.264 0.063 0.003 0.042 0.030 0.010 0.005 0.001 0.057 0.055 0.324 0.006 0.018 0.029 81 R 0.018 0.185 0.206 0.197 0.001 0.049 0.009 0.005 0.008 0.002 0.010 0.043 0.226 0.001 0.008 0.030 82 E 0.024 0.090 0.187 0.554 0.001 0.019 0.002 0.001 0.006 0.001 0.006 0.008 0.074 0.001 0.002 0.025 83 R 0.009 0.009 0.361 0.581 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 0.003 84 I 0.002 0.008 0.190 0.757 0.006 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 85 V 0.001 0.005 0.011 0.359 0.524 0.047 0.015 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.026 0.001 0.001 86 I 0.001 0.061 0.015 0.472 0.018 0.020 0.002 0.358 0.002 0.001 0.005 0.002 0.006 0.001 0.034 0.001 87 G 0.003 0.034 0.015 0.259 0.017 0.112 0.003 0.007 0.214 0.239 0.010 0.007 0.011 0.001 0.001 0.066 88 Y 0.361 0.037 0.031 0.113 0.212 0.039 0.077 0.009 0.003 0.005 0.067 0.018 0.008 0.017 0.001 0.003 89 S 0.005 0.140 0.090 0.101 0.005 0.161 0.002 0.325 0.006 0.004 0.025 0.046 0.010 0.001 0.077 0.004 90 G 0.009 0.112 0.062 0.260 0.006 0.028 0.004 0.007 0.162 0.115 0.077 0.025 0.021 0.002 0.003 0.105 91 S 0.295 0.035 0.039 0.101 0.006 0.299 0.007 0.005 0.004 0.004 0.025 0.130 0.043 0.001 0.003 0.002 92 E 0.007 0.085 0.166 0.060 0.005 0.113 0.007 0.013 0.003 0.003 0.377 0.048 0.094 0.004 0.004 0.011 93 R 0.012 0.114 0.037 0.154 0.009 0.066 0.011 0.009 0.012 0.002 0.057 0.393 0.101 0.006 0.008 0.009 94 E 0.018 0.056 0.182 0.123 0.013 0.064 0.041 0.011 0.008 0.004 0.047 0.054 0.308 0.011 0.020 0.040 95 E 0.021 0.065 0.223 0.137 0.013 0.067 0.033 0.018 0.008 0.005 0.051 0.046 0.216 0.011 0.024 0.060 96 K 0.040 0.080 0.165 0.137 0.022 0.104 0.062 0.017 0.012 0.009 0.052 0.038 0.165 0.036 0.018 0.045 97 S 0.042 0.186 0.189 0.211 0.003 0.051 0.017 0.031 0.015 0.004 0.030 0.041 0.104 0.004 0.045 0.028 98 N 0.038 0.078 0.264 0.371 0.002 0.019 0.005 0.004 0.029 0.005 0.019 0.016 0.053 0.002 0.005 0.089 99 V 0.077 0.017 0.383 0.453 0.005 0.013 0.004 0.001 0.002 0.001 0.006 0.006 0.022 0.001 0.001 0.009 100 V 0.010 0.015 0.192 0.401 0.163 0.145 0.023 0.003 0.001 0.002 0.007 0.006 0.021 0.007 0.001 0.003 101 W 0.003 0.101 0.026 0.448 0.105 0.129 0.010 0.093 0.002 0.002 0.041 0.008 0.018 0.005 0.006 0.003