# TARGET T0377 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 70.9037 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.044 0.126 0.708 2 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 0.058 0.132 0.640 3 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.012 0.007 0.007 0.006 0.006 0.005 0.551 0.113 0.055 0.228 4 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.004 0.003 0.761 0.085 0.023 0.111 5 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.016 0.009 0.809 0.117 0.007 0.031 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.919 0.054 0.005 0.018 7 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.860 0.110 0.006 0.021 8 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.017 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.724 0.133 0.027 0.063 9 Y 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.612 0.110 0.072 0.191 10 D 0.135 0.007 0.003 0.002 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.157 0.142 0.138 0.386 11 I 0.022 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.073 0.198 0.599 12 T 0.031 0.145 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.063 0.101 0.646 13 D 0.088 0.610 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.069 0.033 0.195 14 D 0.027 0.427 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.378 0.024 0.139 15 N 0.006 0.765 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.151 0.010 0.055 16 L 0.004 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 0.032 17 R 0.003 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.025 18 N 0.002 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.023 19 R 0.001 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.016 20 V 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 21 A 0.003 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.016 22 E 0.004 0.939 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.002 0.030 23 F 0.015 0.838 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.010 0.076 24 L 0.014 0.036 0.502 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.414 0.003 0.029 25 K 0.812 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.013 0.165 26 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.973 27 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.090 0.893 28 G 0.005 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.035 0.140 0.778 29 L 0.019 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.023 0.085 0.831 30 D 0.087 0.115 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.189 0.075 0.088 0.438 31 R 0.028 0.045 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.148 0.123 0.101 0.540 32 I 0.050 0.032 0.013 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.298 0.159 0.064 0.363 33 Q 0.016 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.573 0.026 0.051 0.313 34 Y 0.014 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.426 0.055 0.061 0.420 35 S 0.007 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.559 0.074 0.064 0.274 36 V 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.530 0.084 0.061 0.297 37 F 0.004 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.672 0.089 0.035 0.177 38 M 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.527 0.086 0.048 0.322 39 G 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.738 0.042 0.030 0.174 40 D 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.333 0.040 0.117 0.496 41 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.366 0.015 0.096 0.520 42 N 0.050 0.844 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.005 0.037 43 S 0.035 0.884 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.003 0.035 44 S 0.003 0.824 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.006 0.106 45 R 0.005 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 0.032 46 L 0.005 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.028 47 K 0.002 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.004 0.030 48 D 0.018 0.723 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.015 0.052 49 V 0.051 0.856 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.008 0.037 50 E 0.059 0.714 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.017 0.135 51 A 0.101 0.394 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.033 0.059 0.393 52 G 0.056 0.497 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.048 0.058 0.313 53 L 0.128 0.534 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.062 0.049 0.206 54 K 0.068 0.251 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.171 0.089 0.366 55 I 0.034 0.392 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.096 0.085 0.355 56 I 0.061 0.462 0.019 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.069 0.072 0.271 57 G 0.058 0.414 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.046 0.056 0.382 58 N 0.146 0.443 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.037 0.032 0.316 59 R 0.108 0.322 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.089 0.048 0.395 60 K 0.068 0.293 0.009 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.077 0.063 0.429 61 K 0.086 0.152 0.016 0.002 0.009 0.013 0.008 0.006 0.003 0.002 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.054 0.043 0.065 0.532 62 L 0.072 0.087 0.008 0.005 0.015 0.028 0.042 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.062 0.089 0.553 63 Q 0.131 0.021 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.046 0.061 0.081 0.635 64 E 0.240 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.098 0.060 0.572 65 D 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.026 0.088 0.781 66 E 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.026 0.098 0.755 67 R 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.037 0.154 0.713 68 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.341 0.046 0.096 0.497 69 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.006 0.016 0.015 0.006 0.013 0.700 0.091 0.014 0.113 70 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.503 0.035 0.037 0.417 71 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.013 0.892 0.010 0.001 0.007 72 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.161 0.067 0.073 0.693 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.907 0.019 0.013 0.051 74 P 0.012 0.005 0.001 0.001 0.004 0.007 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.025 0.169 0.712 75 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.026 0.121 0.741 76 T 0.427 0.264 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.074 0.024 0.201 77 E 0.204 0.240 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.069 0.048 0.426 78 N 0.029 0.131 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.044 0.067 0.672 79 Q 0.135 0.133 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.111 0.067 0.390 80 F 0.158 0.120 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.077 0.072 0.438 81 R 0.022 0.107 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.002 0.016 0.010 0.004 0.002 0.120 0.041 0.079 0.564 82 E 0.004 0.048 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.013 0.039 0.022 0.018 0.521 0.041 0.033 0.248 83 R 0.006 0.020 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.005 0.481 0.071 0.040 0.344 84 I 0.008 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.756 0.035 0.018 0.143 85 V 0.019 0.010 0.002 0.004 0.003 0.021 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.480 0.086 0.038 0.326 86 I 0.006 0.007 0.006 0.001 0.016 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.432 0.077 0.060 0.382 87 G 0.057 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.273 0.052 0.078 0.519 88 Y 0.064 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.051 0.100 0.672 89 S 0.015 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.035 0.110 0.762 90 G 0.027 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.028 0.097 0.786 91 S 0.084 0.056 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.017 0.018 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.053 0.089 0.621 92 E 0.125 0.097 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.058 0.079 0.606 93 R 0.118 0.037 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.004 0.001 0.028 0.070 0.082 0.632 94 E 0.071 0.016 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.004 0.029 0.081 0.084 0.686 95 E 0.121 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.034 0.080 0.699 96 K 0.062 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.026 0.098 0.758 97 S 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.140 0.031 0.110 0.706 98 N 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.325 0.043 0.075 0.533 99 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.358 0.040 0.071 0.497 100 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.471 0.034 0.049 0.425 101 W 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.003 0.252 0.039 0.073 0.600