# TARGET T0377 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 70.9037 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.045 0.003 0.003 0.040 0.014 0.018 0.163 0.002 0.002 0.040 0.671 2 A 0.010 0.001 0.001 0.077 0.038 0.034 0.173 0.001 0.001 0.025 0.639 3 M 0.003 0.002 0.001 0.262 0.044 0.051 0.113 0.001 0.001 0.036 0.488 4 L 0.001 0.001 0.001 0.619 0.050 0.050 0.044 0.001 0.001 0.060 0.175 5 Y 0.001 0.001 0.001 0.884 0.034 0.027 0.005 0.001 0.001 0.030 0.020 6 L 0.001 0.001 0.001 0.916 0.022 0.022 0.004 0.001 0.001 0.015 0.022 7 I 0.001 0.001 0.001 0.927 0.025 0.024 0.003 0.001 0.001 0.006 0.014 8 F 0.001 0.001 0.001 0.804 0.031 0.072 0.015 0.001 0.001 0.031 0.046 9 Y 0.003 0.001 0.001 0.545 0.037 0.136 0.069 0.001 0.001 0.051 0.159 10 D 0.041 0.005 0.001 0.165 0.025 0.050 0.169 0.001 0.004 0.044 0.496 11 I 0.072 0.012 0.003 0.026 0.024 0.021 0.202 0.006 0.003 0.072 0.560 12 T 0.051 0.139 0.001 0.004 0.003 0.003 0.108 0.008 0.001 0.043 0.639 13 D 0.120 0.661 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.009 0.001 0.027 0.158 14 D 0.052 0.571 0.002 0.002 0.002 0.003 0.029 0.003 0.001 0.189 0.147 15 N 0.010 0.752 0.001 0.001 0.003 0.005 0.017 0.002 0.001 0.149 0.060 16 L 0.006 0.876 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.002 0.001 0.075 0.030 17 R 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.006 18 N 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 19 R 0.001 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.038 0.006 20 V 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 A 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 22 E 0.005 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 0.012 23 F 0.012 0.725 0.029 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.019 0.170 0.027 24 L 0.024 0.012 0.471 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.397 0.068 0.014 25 K 0.737 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 0.008 0.004 0.025 0.189 26 K 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.009 0.924 27 K 0.006 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 0.095 0.001 0.001 0.010 0.877 28 G 0.008 0.017 0.001 0.010 0.007 0.013 0.121 0.005 0.001 0.036 0.784 29 L 0.033 0.127 0.001 0.015 0.010 0.012 0.070 0.003 0.001 0.026 0.701 30 D 0.053 0.345 0.002 0.101 0.021 0.046 0.055 0.005 0.001 0.071 0.301 31 R 0.056 0.071 0.009 0.130 0.030 0.058 0.074 0.003 0.003 0.205 0.360 32 I 0.032 0.131 0.004 0.259 0.082 0.097 0.074 0.006 0.001 0.059 0.255 33 Q 0.042 0.048 0.003 0.196 0.100 0.140 0.069 0.003 0.001 0.095 0.304 34 Y 0.007 0.037 0.003 0.250 0.117 0.178 0.075 0.003 0.001 0.058 0.272 35 S 0.018 0.017 0.003 0.118 0.185 0.293 0.064 0.006 0.001 0.101 0.194 36 V 0.015 0.022 0.007 0.098 0.179 0.204 0.065 0.003 0.002 0.052 0.353 37 F 0.025 0.018 0.002 0.128 0.196 0.300 0.051 0.004 0.001 0.082 0.191 38 M 0.030 0.015 0.002 0.106 0.096 0.181 0.084 0.002 0.001 0.088 0.394 39 G 0.011 0.005 0.001 0.177 0.126 0.186 0.100 0.001 0.001 0.052 0.339 40 D 0.058 0.014 0.002 0.106 0.102 0.154 0.127 0.002 0.001 0.118 0.316 41 L 0.010 0.031 0.002 0.055 0.028 0.035 0.124 0.003 0.001 0.081 0.629 42 N 0.071 0.768 0.001 0.004 0.003 0.006 0.020 0.008 0.001 0.025 0.094 43 S 0.025 0.797 0.003 0.005 0.002 0.002 0.015 0.002 0.001 0.042 0.106 44 S 0.010 0.916 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.003 0.001 0.014 0.041 45 R 0.010 0.912 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 0.033 0.033 46 L 0.006 0.944 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.021 0.015 47 K 0.012 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.025 0.017 48 D 0.011 0.573 0.099 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.044 0.188 0.065 49 V 0.075 0.850 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.001 0.027 0.028 50 E 0.016 0.807 0.006 0.003 0.001 0.001 0.011 0.002 0.004 0.041 0.109 51 A 0.013 0.801 0.001 0.002 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.023 0.125 52 G 0.003 0.930 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.014 0.039 53 L 0.029 0.842 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.076 0.036 54 K 0.009 0.176 0.002 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.770 0.024 55 I 0.018 0.648 0.011 0.004 0.001 0.001 0.020 0.006 0.002 0.197 0.093 56 I 0.103 0.607 0.040 0.008 0.002 0.003 0.018 0.034 0.010 0.065 0.109 57 G 0.080 0.528 0.014 0.009 0.002 0.003 0.037 0.009 0.010 0.042 0.266 58 N 0.128 0.364 0.006 0.005 0.002 0.004 0.060 0.009 0.005 0.029 0.387 59 R 0.122 0.359 0.013 0.012 0.002 0.006 0.068 0.038 0.006 0.050 0.326 60 K 0.159 0.129 0.006 0.014 0.006 0.011 0.111 0.011 0.004 0.068 0.481 61 K 0.062 0.060 0.004 0.051 0.012 0.019 0.141 0.003 0.002 0.047 0.601 62 L 0.018 0.022 0.005 0.031 0.011 0.017 0.145 0.002 0.002 0.045 0.702 63 Q 0.080 0.031 0.009 0.062 0.022 0.025 0.151 0.014 0.006 0.075 0.526 64 E 0.303 0.026 0.006 0.029 0.006 0.012 0.086 0.013 0.005 0.068 0.446 65 D 0.156 0.003 0.006 0.020 0.004 0.012 0.084 0.003 0.003 0.066 0.642 66 E 0.040 0.001 0.002 0.033 0.013 0.029 0.108 0.001 0.001 0.030 0.741 67 R 0.009 0.001 0.001 0.044 0.028 0.045 0.141 0.001 0.001 0.032 0.699 68 F 0.002 0.001 0.001 0.107 0.131 0.129 0.141 0.002 0.001 0.080 0.407 69 F 0.001 0.001 0.001 0.256 0.155 0.237 0.062 0.001 0.001 0.091 0.195 70 I 0.001 0.001 0.001 0.277 0.162 0.256 0.035 0.001 0.001 0.043 0.226 71 L 0.001 0.001 0.001 0.355 0.218 0.305 0.013 0.001 0.001 0.040 0.067 72 I 0.002 0.001 0.001 0.283 0.155 0.251 0.027 0.001 0.001 0.136 0.147 73 V 0.005 0.002 0.001 0.274 0.208 0.239 0.040 0.001 0.001 0.101 0.129 74 P 0.110 0.010 0.003 0.097 0.091 0.137 0.107 0.002 0.004 0.114 0.326 75 I 0.026 0.018 0.003 0.043 0.058 0.071 0.125 0.008 0.003 0.045 0.600 76 T 0.327 0.221 0.002 0.005 0.012 0.018 0.055 0.017 0.002 0.017 0.323 77 E 0.203 0.226 0.007 0.009 0.012 0.019 0.061 0.023 0.003 0.054 0.383 78 N 0.093 0.136 0.010 0.006 0.026 0.046 0.106 0.009 0.005 0.063 0.500 79 Q 0.189 0.153 0.008 0.013 0.045 0.065 0.077 0.013 0.002 0.054 0.381 80 F 0.113 0.114 0.005 0.020 0.052 0.069 0.114 0.011 0.002 0.049 0.451 81 R 0.030 0.075 0.002 0.041 0.097 0.194 0.098 0.004 0.001 0.040 0.418 82 E 0.011 0.038 0.004 0.086 0.126 0.283 0.067 0.003 0.001 0.069 0.311 83 R 0.018 0.013 0.009 0.077 0.161 0.199 0.077 0.004 0.003 0.069 0.370 84 I 0.053 0.011 0.003 0.175 0.157 0.214 0.050 0.006 0.001 0.105 0.225 85 V 0.073 0.005 0.001 0.072 0.061 0.083 0.075 0.002 0.001 0.074 0.553 86 I 0.006 0.001 0.001 0.107 0.045 0.099 0.126 0.004 0.001 0.028 0.583 87 G 0.087 0.006 0.002 0.051 0.033 0.058 0.108 0.005 0.001 0.051 0.597 88 Y 0.130 0.007 0.001 0.039 0.028 0.035 0.109 0.004 0.001 0.063 0.582 89 S 0.028 0.007 0.001 0.012 0.016 0.029 0.112 0.002 0.001 0.023 0.769 90 G 0.051 0.021 0.002 0.013 0.018 0.030 0.118 0.007 0.001 0.029 0.709 91 S 0.125 0.043 0.001 0.010 0.030 0.034 0.121 0.013 0.001 0.058 0.565 92 E 0.097 0.024 0.004 0.009 0.019 0.032 0.098 0.004 0.002 0.048 0.663 93 R 0.062 0.005 0.004 0.011 0.017 0.032 0.093 0.003 0.002 0.040 0.732 94 E 0.132 0.005 0.002 0.015 0.020 0.034 0.117 0.004 0.001 0.074 0.597 95 E 0.089 0.005 0.002 0.021 0.012 0.019 0.130 0.002 0.001 0.056 0.664 96 K 0.013 0.004 0.001 0.029 0.021 0.030 0.155 0.002 0.001 0.032 0.714 97 S 0.004 0.002 0.001 0.060 0.094 0.119 0.141 0.003 0.001 0.060 0.517 98 N 0.003 0.002 0.001 0.244 0.129 0.177 0.073 0.001 0.001 0.077 0.293 99 V 0.002 0.001 0.001 0.300 0.162 0.173 0.048 0.001 0.001 0.048 0.265 100 V 0.003 0.001 0.001 0.365 0.167 0.156 0.046 0.001 0.001 0.043 0.217 101 W 0.033 0.003 0.001 0.309 0.077 0.101 0.073 0.003 0.001 0.073 0.325