# TARGET T0377 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 70.9037 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.085 0.050 0.053 0.095 0.075 0.100 0.142 0.106 0.118 0.101 0.075 2 A 0.065 0.113 0.101 0.245 0.185 0.122 0.094 0.034 0.023 0.012 0.006 3 M 0.005 0.011 0.022 0.058 0.075 0.089 0.180 0.191 0.178 0.126 0.065 4 L 0.001 0.005 0.010 0.041 0.085 0.128 0.262 0.210 0.141 0.081 0.034 5 Y 0.001 0.001 0.003 0.014 0.026 0.047 0.152 0.214 0.220 0.189 0.134 6 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.041 0.149 0.263 0.312 0.222 7 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.016 0.093 0.199 0.295 0.227 0.159 8 F 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.011 0.062 0.139 0.279 0.286 0.211 9 Y 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.034 0.147 0.213 0.279 0.209 0.094 10 D 0.004 0.022 0.018 0.077 0.100 0.119 0.262 0.177 0.135 0.061 0.024 11 I 0.001 0.002 0.002 0.010 0.019 0.032 0.112 0.203 0.247 0.226 0.145 12 T 0.104 0.400 0.066 0.210 0.129 0.055 0.025 0.007 0.003 0.001 0.001 13 D 0.215 0.310 0.060 0.206 0.115 0.056 0.025 0.008 0.003 0.001 0.001 14 D 0.805 0.124 0.020 0.034 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 N 0.411 0.188 0.086 0.161 0.076 0.044 0.025 0.006 0.003 0.001 0.001 16 L 0.004 0.010 0.010 0.024 0.035 0.101 0.260 0.207 0.171 0.123 0.054 17 R 0.002 0.005 0.020 0.040 0.079 0.205 0.348 0.160 0.082 0.041 0.019 18 N 0.015 0.047 0.501 0.249 0.104 0.047 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 19 R 0.002 0.012 0.048 0.158 0.241 0.251 0.189 0.064 0.023 0.009 0.003 20 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.025 0.068 0.222 0.344 0.333 21 A 0.001 0.001 0.006 0.025 0.120 0.265 0.390 0.119 0.047 0.019 0.007 22 E 0.006 0.027 0.750 0.162 0.041 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 23 F 0.001 0.001 0.004 0.020 0.061 0.203 0.468 0.162 0.056 0.020 0.006 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.041 0.173 0.348 0.429 25 K 0.001 0.003 0.033 0.156 0.352 0.261 0.145 0.036 0.010 0.003 0.001 26 K 0.022 0.056 0.741 0.130 0.033 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.002 0.004 0.003 0.026 0.061 0.181 0.461 0.173 0.059 0.024 0.006 28 G 0.420 0.291 0.036 0.113 0.053 0.035 0.031 0.011 0.006 0.003 0.002 29 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.011 0.039 0.080 0.196 0.266 0.391 30 D 0.043 0.191 0.113 0.281 0.182 0.119 0.056 0.010 0.004 0.001 0.001 31 R 0.016 0.022 0.010 0.054 0.065 0.112 0.293 0.203 0.122 0.067 0.035 32 I 0.014 0.010 0.010 0.036 0.049 0.090 0.187 0.151 0.168 0.155 0.131 33 Q 0.002 0.006 0.012 0.023 0.023 0.030 0.100 0.162 0.235 0.229 0.180 34 Y 0.003 0.015 0.035 0.159 0.177 0.158 0.161 0.121 0.091 0.057 0.024 35 S 0.005 0.009 0.021 0.033 0.044 0.082 0.221 0.207 0.189 0.125 0.065 36 V 0.005 0.008 0.022 0.071 0.075 0.082 0.168 0.202 0.194 0.126 0.047 37 F 0.004 0.008 0.015 0.029 0.043 0.075 0.219 0.201 0.200 0.135 0.072 38 M 0.011 0.044 0.098 0.261 0.212 0.123 0.105 0.069 0.043 0.022 0.012 39 G 0.015 0.014 0.021 0.037 0.055 0.079 0.202 0.201 0.193 0.129 0.054 40 D 0.098 0.174 0.111 0.304 0.175 0.074 0.046 0.012 0.005 0.001 0.001 41 L 0.001 0.003 0.002 0.005 0.008 0.014 0.058 0.114 0.243 0.299 0.252 42 N 0.061 0.588 0.128 0.155 0.045 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 43 S 0.376 0.188 0.075 0.200 0.099 0.039 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 44 S 0.888 0.063 0.019 0.014 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 45 R 0.006 0.033 0.063 0.203 0.152 0.231 0.207 0.061 0.029 0.010 0.004 46 L 0.003 0.005 0.031 0.021 0.035 0.084 0.264 0.208 0.168 0.116 0.063 47 K 0.028 0.030 0.663 0.164 0.064 0.032 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 48 D 0.006 0.035 0.321 0.324 0.203 0.079 0.025 0.004 0.002 0.001 0.001 49 V 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.011 0.089 0.126 0.243 0.281 0.240 50 E 0.002 0.005 0.070 0.146 0.249 0.254 0.197 0.051 0.020 0.006 0.001 51 A 0.007 0.027 0.793 0.099 0.045 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 52 G 0.002 0.012 0.052 0.080 0.123 0.213 0.320 0.110 0.054 0.024 0.009 53 L 0.001 0.001 0.007 0.003 0.005 0.011 0.076 0.138 0.259 0.294 0.203 54 K 0.036 0.082 0.292 0.294 0.182 0.070 0.027 0.010 0.004 0.002 0.002 55 I 0.008 0.040 0.175 0.097 0.108 0.134 0.183 0.096 0.082 0.052 0.025 56 I 0.006 0.010 0.016 0.033 0.041 0.064 0.177 0.169 0.191 0.168 0.124 57 G 0.158 0.079 0.053 0.119 0.115 0.123 0.156 0.077 0.062 0.036 0.021 58 N 0.140 0.154 0.230 0.179 0.106 0.070 0.057 0.026 0.020 0.011 0.005 59 R 0.076 0.055 0.061 0.105 0.095 0.107 0.184 0.112 0.095 0.071 0.040 60 K 0.166 0.140 0.079 0.162 0.125 0.111 0.112 0.047 0.032 0.017 0.007 61 K 0.206 0.182 0.167 0.173 0.109 0.065 0.047 0.022 0.016 0.009 0.005 62 L 0.022 0.018 0.015 0.041 0.052 0.081 0.174 0.148 0.174 0.144 0.131 63 Q 0.052 0.091 0.036 0.084 0.114 0.130 0.187 0.124 0.095 0.058 0.028 64 E 0.368 0.306 0.096 0.131 0.056 0.023 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 65 D 0.547 0.145 0.062 0.115 0.063 0.038 0.019 0.006 0.003 0.002 0.001 66 E 0.471 0.130 0.068 0.147 0.075 0.042 0.035 0.016 0.010 0.005 0.003 67 R 0.053 0.124 0.099 0.307 0.212 0.115 0.061 0.017 0.007 0.002 0.001 68 F 0.002 0.007 0.007 0.024 0.046 0.104 0.246 0.240 0.181 0.102 0.040 69 F 0.026 0.082 0.078 0.321 0.247 0.152 0.067 0.016 0.007 0.004 0.002 70 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.031 0.095 0.251 0.346 0.269 71 L 0.001 0.010 0.012 0.145 0.226 0.230 0.218 0.090 0.044 0.016 0.008 72 I 0.001 0.002 0.002 0.006 0.007 0.012 0.058 0.126 0.252 0.291 0.246 73 V 0.002 0.004 0.006 0.053 0.103 0.155 0.254 0.186 0.146 0.066 0.025 74 P 0.069 0.172 0.077 0.227 0.157 0.104 0.106 0.048 0.026 0.010 0.003 75 I 0.003 0.007 0.003 0.023 0.035 0.045 0.115 0.178 0.238 0.224 0.130 76 T 0.064 0.342 0.082 0.241 0.130 0.071 0.043 0.016 0.008 0.003 0.001 77 E 0.292 0.158 0.056 0.213 0.143 0.071 0.042 0.015 0.007 0.003 0.001 78 N 0.668 0.157 0.044 0.068 0.026 0.016 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 79 Q 0.045 0.048 0.028 0.101 0.111 0.174 0.237 0.122 0.082 0.037 0.016 80 F 0.023 0.037 0.040 0.094 0.095 0.132 0.200 0.145 0.115 0.077 0.041 81 R 0.040 0.075 0.285 0.194 0.143 0.107 0.084 0.036 0.021 0.010 0.005 82 E 0.054 0.078 0.205 0.287 0.171 0.099 0.060 0.024 0.014 0.007 0.003 83 R 0.010 0.012 0.019 0.042 0.062 0.110 0.204 0.184 0.172 0.124 0.060 84 I 0.012 0.029 0.051 0.130 0.155 0.189 0.205 0.115 0.070 0.032 0.013 85 V 0.004 0.015 0.057 0.054 0.076 0.106 0.203 0.162 0.156 0.110 0.057 86 I 0.008 0.018 0.023 0.053 0.069 0.086 0.194 0.175 0.169 0.132 0.074 87 G 0.078 0.068 0.035 0.092 0.097 0.095 0.166 0.124 0.119 0.082 0.044 88 Y 0.047 0.051 0.038 0.120 0.133 0.143 0.183 0.115 0.086 0.057 0.027 89 S 0.220 0.177 0.058 0.144 0.114 0.083 0.091 0.050 0.035 0.020 0.008 90 G 0.264 0.136 0.050 0.131 0.109 0.094 0.093 0.053 0.036 0.024 0.011 91 S 0.352 0.225 0.058 0.106 0.068 0.048 0.051 0.031 0.026 0.021 0.013 92 E 0.269 0.187 0.084 0.155 0.104 0.073 0.059 0.029 0.021 0.012 0.006 93 R 0.282 0.139 0.057 0.124 0.099 0.080 0.088 0.052 0.039 0.025 0.015 94 E 0.214 0.187 0.099 0.170 0.104 0.067 0.065 0.035 0.027 0.018 0.013 95 E 0.220 0.110 0.075 0.147 0.119 0.099 0.100 0.055 0.038 0.024 0.012 96 K 0.196 0.144 0.107 0.171 0.120 0.085 0.082 0.041 0.028 0.016 0.010 97 S 0.085 0.089 0.067 0.147 0.125 0.117 0.138 0.090 0.068 0.047 0.026 98 N 0.047 0.070 0.044 0.148 0.151 0.149 0.167 0.101 0.069 0.038 0.017 99 V 0.014 0.018 0.019 0.050 0.063 0.091 0.186 0.169 0.177 0.129 0.083 100 V 0.010 0.011 0.011 0.031 0.036 0.050 0.116 0.153 0.214 0.200 0.169 101 W 0.015 0.030 0.021 0.087 0.106 0.114 0.163 0.159 0.153 0.095 0.058