# TARGET T0377 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 70.9037 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.094 0.020 0.009 0.023 0.032 0.035 0.054 0.004 0.001 0.009 0.720 2 A 0.071 0.006 0.007 0.045 0.070 0.070 0.225 0.004 0.001 0.016 0.486 3 M 0.134 0.002 0.022 0.075 0.071 0.067 0.102 0.001 0.001 0.020 0.506 4 L 0.017 0.001 0.009 0.422 0.166 0.202 0.075 0.001 0.001 0.004 0.104 5 Y 0.002 0.001 0.002 0.509 0.202 0.212 0.026 0.001 0.001 0.001 0.046 6 L 0.001 0.001 0.001 0.717 0.128 0.136 0.004 0.001 0.001 0.001 0.014 7 I 0.001 0.001 0.001 0.660 0.125 0.186 0.008 0.001 0.001 0.001 0.021 8 F 0.001 0.001 0.001 0.692 0.116 0.158 0.006 0.001 0.001 0.001 0.028 9 Y 0.001 0.001 0.001 0.514 0.104 0.209 0.025 0.001 0.001 0.001 0.146 10 D 0.002 0.001 0.001 0.290 0.115 0.239 0.103 0.001 0.001 0.006 0.243 11 I 0.009 0.001 0.001 0.118 0.039 0.082 0.093 0.001 0.001 0.011 0.646 12 T 0.014 0.002 0.001 0.039 0.038 0.063 0.398 0.001 0.001 0.014 0.432 13 D 0.112 0.005 0.002 0.010 0.008 0.011 0.257 0.001 0.001 0.022 0.573 14 D 0.092 0.038 0.002 0.004 0.002 0.004 0.175 0.001 0.001 0.010 0.672 15 N 0.061 0.038 0.002 0.002 0.003 0.003 0.517 0.001 0.001 0.023 0.350 16 L 0.115 0.137 0.008 0.002 0.003 0.004 0.455 0.002 0.001 0.014 0.259 17 R 0.036 0.512 0.005 0.003 0.004 0.011 0.139 0.003 0.001 0.003 0.285 18 N 0.024 0.609 0.001 0.002 0.004 0.004 0.052 0.005 0.001 0.003 0.297 19 R 0.036 0.705 0.002 0.001 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.207 20 V 0.003 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.034 21 A 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.012 22 E 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 23 F 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 24 L 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 25 K 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.004 26 K 0.043 0.933 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 27 K 0.052 0.602 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.285 0.001 0.001 0.059 28 G 0.666 0.153 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.099 0.001 0.001 0.070 29 L 0.003 0.006 0.932 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.054 30 D 0.004 0.018 0.005 0.285 0.061 0.096 0.064 0.002 0.001 0.001 0.464 31 R 0.102 0.016 0.004 0.229 0.020 0.036 0.040 0.001 0.001 0.003 0.550 32 I 0.027 0.057 0.003 0.243 0.087 0.089 0.063 0.001 0.001 0.002 0.428 33 Q 0.012 0.017 0.002 0.456 0.098 0.195 0.049 0.001 0.001 0.004 0.166 34 Y 0.021 0.014 0.002 0.205 0.078 0.194 0.053 0.002 0.001 0.006 0.425 35 S 0.028 0.017 0.002 0.230 0.224 0.233 0.036 0.002 0.001 0.003 0.225 36 V 0.022 0.021 0.003 0.096 0.118 0.194 0.054 0.002 0.001 0.004 0.486 37 F 0.018 0.021 0.004 0.117 0.243 0.360 0.051 0.002 0.001 0.005 0.180 38 M 0.021 0.036 0.004 0.087 0.163 0.316 0.075 0.002 0.001 0.005 0.290 39 G 0.057 0.043 0.004 0.078 0.165 0.245 0.068 0.005 0.001 0.006 0.328 40 D 0.059 0.028 0.008 0.032 0.041 0.080 0.095 0.004 0.001 0.006 0.645 41 L 0.056 0.019 0.016 0.078 0.103 0.184 0.142 0.006 0.001 0.015 0.381 42 N 0.074 0.012 0.007 0.023 0.031 0.044 0.404 0.003 0.001 0.010 0.391 43 S 0.010 0.003 0.002 0.004 0.002 0.002 0.027 0.001 0.001 0.002 0.948 44 S 0.009 0.008 0.001 0.003 0.002 0.003 0.366 0.001 0.001 0.006 0.602 45 R 0.059 0.017 0.001 0.002 0.003 0.006 0.719 0.001 0.001 0.027 0.166 46 L 0.127 0.575 0.003 0.009 0.004 0.011 0.077 0.002 0.001 0.007 0.186 47 K 0.028 0.822 0.001 0.002 0.002 0.005 0.023 0.001 0.001 0.001 0.114 48 D 0.029 0.778 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.004 0.001 0.001 0.178 49 V 0.030 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.035 50 E 0.011 0.960 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.016 51 A 0.020 0.924 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.010 0.001 0.001 0.036 52 G 0.079 0.852 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.042 53 L 0.052 0.855 0.038 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.045 54 K 0.020 0.716 0.014 0.012 0.010 0.013 0.014 0.025 0.001 0.001 0.175 55 I 0.096 0.673 0.019 0.010 0.007 0.011 0.017 0.010 0.001 0.001 0.156 56 I 0.035 0.821 0.006 0.013 0.011 0.014 0.014 0.005 0.001 0.001 0.081 57 G 0.021 0.728 0.005 0.023 0.016 0.029 0.024 0.008 0.001 0.002 0.144 58 N 0.044 0.629 0.008 0.014 0.015 0.026 0.039 0.011 0.001 0.003 0.211 59 R 0.117 0.642 0.010 0.011 0.015 0.033 0.029 0.021 0.001 0.006 0.116 60 K 0.102 0.624 0.021 0.021 0.024 0.042 0.021 0.023 0.001 0.004 0.119 61 K 0.074 0.354 0.014 0.023 0.038 0.038 0.025 0.039 0.001 0.002 0.393 62 L 0.237 0.262 0.028 0.017 0.037 0.044 0.024 0.030 0.001 0.003 0.318 63 Q 0.200 0.209 0.025 0.045 0.066 0.091 0.069 0.033 0.001 0.005 0.256 64 E 0.097 0.074 0.018 0.033 0.060 0.067 0.123 0.012 0.001 0.006 0.510 65 D 0.037 0.016 0.010 0.014 0.016 0.021 0.080 0.002 0.001 0.004 0.798 66 E 0.060 0.011 0.002 0.014 0.019 0.026 0.364 0.003 0.001 0.020 0.480 67 R 0.397 0.013 0.009 0.022 0.015 0.023 0.193 0.003 0.001 0.058 0.266 68 F 0.135 0.036 0.018 0.066 0.097 0.085 0.222 0.003 0.001 0.019 0.320 69 F 0.058 0.014 0.007 0.212 0.177 0.202 0.082 0.001 0.001 0.006 0.241 70 I 0.015 0.004 0.004 0.154 0.232 0.344 0.026 0.001 0.001 0.002 0.219 71 L 0.002 0.001 0.001 0.206 0.340 0.408 0.015 0.001 0.001 0.001 0.028 72 I 0.003 0.002 0.002 0.172 0.173 0.392 0.032 0.001 0.001 0.001 0.222 73 V 0.002 0.001 0.001 0.349 0.278 0.285 0.024 0.001 0.001 0.001 0.058 74 P 0.001 0.001 0.001 0.026 0.009 0.019 0.010 0.001 0.001 0.001 0.935 75 I 0.002 0.001 0.001 0.174 0.123 0.303 0.121 0.001 0.001 0.004 0.272 76 T 0.035 0.002 0.001 0.050 0.038 0.083 0.188 0.001 0.001 0.015 0.588 77 E 0.039 0.009 0.001 0.024 0.020 0.025 0.118 0.001 0.001 0.007 0.757 78 N 0.095 0.013 0.001 0.011 0.012 0.019 0.276 0.001 0.001 0.019 0.554 79 Q 0.219 0.055 0.003 0.008 0.014 0.018 0.280 0.002 0.001 0.023 0.379 80 F 0.142 0.245 0.010 0.008 0.026 0.044 0.121 0.002 0.001 0.013 0.389 81 R 0.050 0.278 0.006 0.008 0.045 0.072 0.070 0.002 0.001 0.006 0.463 82 E 0.078 0.231 0.004 0.009 0.049 0.095 0.053 0.007 0.001 0.006 0.468 83 R 0.134 0.280 0.012 0.021 0.102 0.179 0.027 0.007 0.001 0.004 0.232 84 I 0.028 0.281 0.006 0.065 0.202 0.243 0.025 0.007 0.001 0.002 0.141 85 V 0.035 0.222 0.005 0.061 0.155 0.279 0.024 0.009 0.001 0.002 0.209 86 I 0.048 0.193 0.006 0.125 0.141 0.251 0.032 0.018 0.001 0.002 0.184 87 G 0.092 0.095 0.013 0.079 0.073 0.106 0.078 0.025 0.001 0.007 0.431 88 Y 0.083 0.031 0.086 0.066 0.043 0.076 0.099 0.007 0.001 0.008 0.501 89 S 0.013 0.005 0.006 0.032 0.016 0.028 0.093 0.002 0.001 0.002 0.803 90 G 0.034 0.003 0.004 0.027 0.011 0.017 0.075 0.001 0.001 0.007 0.822 91 S 0.125 0.007 0.004 0.014 0.010 0.015 0.248 0.001 0.001 0.010 0.566 92 E 0.051 0.007 0.002 0.010 0.006 0.007 0.063 0.001 0.001 0.004 0.849 93 R 0.087 0.019 0.001 0.016 0.019 0.026 0.206 0.001 0.001 0.011 0.614 94 E 0.183 0.034 0.002 0.013 0.027 0.038 0.246 0.002 0.001 0.021 0.433 95 E 0.165 0.139 0.003 0.026 0.041 0.064 0.101 0.006 0.001 0.011 0.442 96 K 0.149 0.092 0.005 0.025 0.047 0.078 0.095 0.011 0.001 0.016 0.484 97 S 0.234 0.045 0.012 0.039 0.062 0.078 0.060 0.011 0.001 0.012 0.446 98 N 0.148 0.017 0.024 0.097 0.111 0.112 0.059 0.008 0.001 0.007 0.418 99 V 0.042 0.007 0.036 0.187 0.191 0.215 0.066 0.001 0.001 0.004 0.249 100 V 0.004 0.003 0.003 0.269 0.223 0.336 0.044 0.001 0.001 0.001 0.116 101 W 0.003 0.003 0.001 0.278 0.185 0.320 0.039 0.001 0.001 0.001 0.170