# TARGET T0377 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 70.9037 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.028 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.966 2 A 0.219 0.008 0.004 0.001 0.017 0.014 0.737 3 M 0.679 0.003 0.001 0.001 0.021 0.003 0.293 4 L 0.936 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.046 5 Y 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 6 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 7 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 8 F 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 9 Y 0.950 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.044 10 D 0.797 0.005 0.001 0.001 0.014 0.007 0.176 11 I 0.157 0.009 0.010 0.006 0.185 0.303 0.330 12 T 0.049 0.015 0.012 0.012 0.405 0.242 0.266 13 D 0.009 0.005 0.032 0.177 0.397 0.139 0.242 14 D 0.001 0.001 0.025 0.731 0.038 0.187 0.017 15 N 0.001 0.001 0.020 0.891 0.011 0.061 0.014 16 L 0.001 0.001 0.009 0.962 0.002 0.012 0.012 17 R 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.004 0.004 18 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 20 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 22 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 23 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 25 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 26 K 0.001 0.001 0.002 0.925 0.002 0.071 0.001 27 K 0.001 0.001 0.002 0.408 0.006 0.579 0.004 28 G 0.001 0.001 0.003 0.066 0.018 0.859 0.053 29 L 0.006 0.004 0.011 0.028 0.053 0.018 0.881 30 D 0.089 0.016 0.127 0.093 0.163 0.034 0.478 31 R 0.298 0.014 0.124 0.222 0.125 0.088 0.130 32 I 0.548 0.025 0.078 0.127 0.051 0.050 0.121 33 Q 0.626 0.020 0.036 0.057 0.063 0.052 0.145 34 Y 0.524 0.005 0.025 0.020 0.133 0.082 0.211 35 S 0.634 0.007 0.007 0.006 0.097 0.022 0.227 36 V 0.693 0.005 0.013 0.010 0.081 0.045 0.154 37 F 0.849 0.004 0.005 0.009 0.035 0.020 0.078 38 M 0.912 0.006 0.004 0.009 0.012 0.008 0.049 39 G 0.923 0.003 0.002 0.009 0.013 0.011 0.039 40 D 0.843 0.008 0.001 0.009 0.016 0.020 0.104 41 L 0.481 0.035 0.001 0.007 0.052 0.011 0.414 42 N 0.060 0.009 0.001 0.005 0.045 0.006 0.875 43 S 0.001 0.001 0.023 0.931 0.006 0.036 0.003 44 S 0.001 0.001 0.033 0.929 0.002 0.034 0.002 45 R 0.001 0.001 0.044 0.930 0.001 0.018 0.006 46 L 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.004 0.002 47 K 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.005 0.001 48 D 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.010 0.001 49 V 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.008 0.002 50 E 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.004 0.001 51 A 0.001 0.001 0.008 0.962 0.001 0.027 0.001 52 G 0.001 0.001 0.012 0.906 0.001 0.078 0.002 53 L 0.006 0.001 0.020 0.896 0.009 0.053 0.015 54 K 0.026 0.004 0.052 0.793 0.014 0.081 0.029 55 I 0.036 0.003 0.055 0.764 0.021 0.096 0.026 56 I 0.044 0.008 0.050 0.743 0.025 0.091 0.040 57 G 0.046 0.008 0.098 0.422 0.077 0.229 0.121 58 N 0.031 0.004 0.165 0.225 0.089 0.367 0.119 59 R 0.036 0.008 0.234 0.295 0.059 0.283 0.086 60 K 0.069 0.011 0.264 0.216 0.060 0.208 0.171 61 K 0.102 0.006 0.227 0.125 0.089 0.231 0.220 62 L 0.225 0.022 0.170 0.158 0.087 0.139 0.198 63 Q 0.335 0.078 0.059 0.084 0.139 0.082 0.224 64 E 0.148 0.011 0.042 0.021 0.192 0.091 0.494 65 D 0.041 0.001 0.105 0.028 0.221 0.458 0.145 66 E 0.083 0.006 0.065 0.004 0.280 0.424 0.137 67 R 0.351 0.008 0.018 0.001 0.098 0.051 0.473 68 F 0.563 0.006 0.001 0.001 0.122 0.008 0.300 69 F 0.928 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.069 70 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 71 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 72 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 73 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 74 P 0.912 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.078 75 I 0.342 0.010 0.001 0.001 0.131 0.019 0.495 76 T 0.130 0.009 0.002 0.002 0.106 0.018 0.733 77 E 0.009 0.003 0.193 0.198 0.076 0.482 0.039 78 N 0.008 0.001 0.159 0.279 0.036 0.492 0.025 79 Q 0.042 0.007 0.254 0.268 0.061 0.241 0.126 80 F 0.218 0.030 0.072 0.207 0.064 0.153 0.255 81 R 0.414 0.007 0.034 0.125 0.113 0.093 0.213 82 E 0.702 0.007 0.018 0.101 0.051 0.023 0.098 83 R 0.809 0.004 0.006 0.099 0.019 0.010 0.054 84 I 0.900 0.005 0.002 0.056 0.006 0.005 0.026 85 V 0.873 0.006 0.002 0.085 0.004 0.011 0.020 86 I 0.563 0.007 0.006 0.127 0.024 0.156 0.118 87 G 0.201 0.010 0.009 0.030 0.113 0.326 0.312 88 Y 0.100 0.018 0.012 0.011 0.200 0.194 0.465 89 S 0.070 0.022 0.014 0.007 0.236 0.259 0.392 90 G 0.030 0.008 0.021 0.013 0.285 0.107 0.535 91 S 0.036 0.011 0.030 0.035 0.183 0.068 0.636 92 E 0.053 0.023 0.103 0.123 0.139 0.154 0.406 93 R 0.075 0.022 0.153 0.187 0.110 0.150 0.303 94 E 0.091 0.011 0.147 0.158 0.112 0.117 0.364 95 E 0.126 0.013 0.149 0.173 0.107 0.128 0.305 96 K 0.169 0.010 0.121 0.140 0.126 0.150 0.285 97 S 0.221 0.008 0.084 0.093 0.162 0.111 0.322 98 N 0.463 0.013 0.045 0.061 0.092 0.066 0.260 99 V 0.656 0.033 0.021 0.032 0.039 0.052 0.167 100 V 0.400 0.030 0.007 0.012 0.010 0.017 0.525 101 W 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962