# TARGET T0377 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 70.9037 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.141 0.272 0.078 0.013 0.323 0.010 0.015 0.045 0.029 0.034 0.041 2 A 0.072 0.030 0.011 0.017 0.084 0.085 0.254 0.169 0.100 0.131 0.048 3 M 0.176 0.214 0.050 0.003 0.514 0.002 0.004 0.003 0.003 0.011 0.019 4 L 0.206 0.068 0.002 0.001 0.713 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 5 Y 0.198 0.033 0.002 0.001 0.758 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 6 L 0.273 0.038 0.001 0.001 0.671 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 7 I 0.284 0.026 0.001 0.001 0.666 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 8 F 0.395 0.033 0.003 0.002 0.498 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.057 9 Y 0.136 0.243 0.027 0.003 0.546 0.003 0.004 0.003 0.002 0.008 0.026 10 D 0.377 0.094 0.015 0.001 0.396 0.001 0.002 0.004 0.002 0.020 0.087 11 I 0.137 0.176 0.039 0.029 0.207 0.054 0.044 0.073 0.059 0.104 0.079 12 T 0.039 0.102 0.095 0.156 0.071 0.182 0.089 0.073 0.051 0.114 0.028 13 D 0.097 0.118 0.124 0.052 0.217 0.012 0.017 0.113 0.057 0.137 0.057 14 D 0.004 0.012 0.010 0.006 0.010 0.009 0.017 0.676 0.177 0.070 0.009 15 N 0.004 0.011 0.005 0.002 0.007 0.003 0.015 0.826 0.078 0.045 0.004 16 L 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.913 0.047 0.026 0.001 17 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.027 0.002 0.001 18 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.981 0.013 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.013 0.003 0.001 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.025 0.006 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.017 0.001 0.001 22 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.005 0.001 0.001 23 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.006 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.024 0.002 0.001 25 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.869 0.124 0.002 0.001 26 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.086 0.867 0.037 0.004 0.001 27 K 0.001 0.423 0.535 0.008 0.016 0.002 0.005 0.005 0.001 0.003 0.001 28 G 0.033 0.005 0.008 0.057 0.003 0.021 0.017 0.084 0.023 0.485 0.265 29 L 0.159 0.170 0.014 0.014 0.186 0.028 0.025 0.128 0.075 0.101 0.100 30 D 0.024 0.173 0.058 0.074 0.153 0.055 0.029 0.271 0.121 0.030 0.012 31 R 0.272 0.069 0.017 0.006 0.278 0.010 0.041 0.192 0.062 0.023 0.029 32 I 0.175 0.094 0.040 0.025 0.371 0.019 0.034 0.111 0.038 0.040 0.051 33 Q 0.168 0.039 0.008 0.012 0.172 0.034 0.110 0.300 0.057 0.046 0.054 34 Y 0.117 0.102 0.034 0.028 0.214 0.037 0.043 0.196 0.087 0.083 0.061 35 S 0.315 0.092 0.018 0.013 0.387 0.009 0.017 0.041 0.020 0.034 0.054 36 V 0.279 0.078 0.009 0.009 0.355 0.024 0.035 0.055 0.039 0.053 0.063 37 F 0.204 0.164 0.044 0.025 0.382 0.015 0.017 0.053 0.020 0.031 0.046 38 M 0.149 0.028 0.010 0.028 0.090 0.038 0.123 0.120 0.144 0.191 0.080 39 G 0.018 0.219 0.185 0.163 0.080 0.109 0.047 0.095 0.049 0.026 0.009 40 D 0.235 0.128 0.025 0.001 0.270 0.002 0.008 0.054 0.025 0.123 0.130 41 L 0.074 0.382 0.084 0.020 0.229 0.028 0.026 0.039 0.025 0.058 0.035 42 N 0.049 0.453 0.297 0.007 0.171 0.001 0.001 0.005 0.002 0.007 0.007 43 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.597 0.378 0.016 0.001 44 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.849 0.133 0.009 0.001 45 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.881 0.075 0.038 0.001 46 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.048 0.004 0.001 47 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.948 0.046 0.002 0.001 48 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.950 0.030 0.016 0.001 49 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.926 0.062 0.009 0.001 50 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.939 0.053 0.002 0.001 51 A 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.950 0.030 0.002 0.001 52 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.913 0.047 0.027 0.001 53 L 0.007 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.851 0.100 0.023 0.003 54 K 0.002 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.882 0.090 0.005 0.001 55 I 0.006 0.004 0.002 0.001 0.006 0.002 0.019 0.913 0.035 0.010 0.002 56 I 0.008 0.015 0.007 0.009 0.017 0.013 0.044 0.786 0.069 0.028 0.004 57 G 0.012 0.031 0.011 0.015 0.017 0.027 0.040 0.712 0.088 0.038 0.007 58 N 0.020 0.034 0.028 0.010 0.026 0.009 0.021 0.653 0.100 0.085 0.013 59 R 0.017 0.022 0.007 0.005 0.021 0.007 0.017 0.609 0.183 0.100 0.012 60 K 0.024 0.074 0.016 0.009 0.060 0.012 0.039 0.530 0.196 0.030 0.009 61 K 0.035 0.045 0.020 0.006 0.069 0.008 0.042 0.594 0.116 0.049 0.017 62 L 0.076 0.058 0.016 0.004 0.116 0.010 0.050 0.486 0.093 0.068 0.022 63 Q 0.089 0.159 0.068 0.025 0.150 0.032 0.040 0.222 0.066 0.102 0.046 64 E 0.104 0.230 0.077 0.014 0.266 0.009 0.019 0.104 0.053 0.079 0.043 65 D 0.034 0.064 0.051 0.010 0.055 0.007 0.015 0.292 0.329 0.122 0.022 66 E 0.024 0.038 0.026 0.008 0.024 0.011 0.083 0.333 0.341 0.097 0.015 67 R 0.114 0.238 0.045 0.020 0.214 0.021 0.086 0.066 0.041 0.075 0.079 68 F 0.093 0.187 0.032 0.014 0.206 0.021 0.024 0.032 0.038 0.229 0.123 69 F 0.268 0.086 0.034 0.009 0.398 0.010 0.020 0.021 0.027 0.073 0.055 70 I 0.298 0.064 0.004 0.001 0.621 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 71 L 0.078 0.078 0.005 0.001 0.828 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 72 I 0.431 0.030 0.003 0.001 0.472 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.061 73 V 0.071 0.441 0.047 0.001 0.420 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 74 P 0.203 0.328 0.068 0.001 0.360 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 75 I 0.069 0.184 0.058 0.074 0.157 0.098 0.067 0.060 0.084 0.078 0.070 76 T 0.006 0.249 0.592 0.069 0.030 0.010 0.003 0.011 0.014 0.013 0.003 77 E 0.003 0.010 0.010 0.008 0.005 0.014 0.036 0.553 0.332 0.027 0.002 78 N 0.012 0.048 0.021 0.012 0.029 0.008 0.033 0.469 0.191 0.157 0.020 79 Q 0.032 0.018 0.004 0.004 0.030 0.014 0.046 0.453 0.166 0.205 0.026 80 F 0.089 0.067 0.022 0.008 0.130 0.009 0.015 0.431 0.097 0.094 0.039 81 R 0.052 0.139 0.035 0.027 0.167 0.030 0.043 0.334 0.075 0.081 0.017 82 E 0.195 0.091 0.018 0.006 0.345 0.008 0.034 0.154 0.039 0.078 0.033 83 R 0.210 0.126 0.012 0.003 0.544 0.004 0.012 0.051 0.010 0.009 0.018 84 I 0.236 0.106 0.011 0.004 0.539 0.006 0.014 0.039 0.008 0.010 0.026 85 V 0.329 0.077 0.024 0.008 0.408 0.009 0.022 0.035 0.008 0.020 0.061 86 I 0.073 0.134 0.042 0.098 0.133 0.117 0.130 0.082 0.038 0.095 0.057 87 G 0.120 0.104 0.136 0.142 0.151 0.042 0.015 0.029 0.031 0.156 0.073 88 Y 0.081 0.120 0.084 0.051 0.148 0.045 0.051 0.153 0.106 0.128 0.032 89 S 0.037 0.160 0.165 0.142 0.069 0.059 0.126 0.083 0.049 0.082 0.028 90 G 0.012 0.066 0.166 0.407 0.022 0.097 0.027 0.034 0.036 0.109 0.024 91 S 0.024 0.386 0.294 0.026 0.124 0.010 0.014 0.053 0.034 0.025 0.010 92 E 0.065 0.135 0.056 0.009 0.099 0.019 0.039 0.265 0.208 0.069 0.037 93 R 0.055 0.109 0.055 0.024 0.084 0.028 0.056 0.220 0.180 0.146 0.044 94 E 0.084 0.133 0.070 0.026 0.126 0.024 0.048 0.177 0.119 0.156 0.038 95 E 0.106 0.139 0.079 0.024 0.133 0.023 0.043 0.157 0.113 0.128 0.055 96 K 0.074 0.131 0.076 0.039 0.109 0.037 0.057 0.146 0.120 0.156 0.055 97 S 0.066 0.273 0.107 0.044 0.192 0.027 0.043 0.089 0.056 0.073 0.030 98 N 0.178 0.144 0.037 0.014 0.314 0.014 0.025 0.058 0.050 0.095 0.072 99 V 0.181 0.200 0.028 0.003 0.521 0.003 0.006 0.018 0.008 0.009 0.022 100 V 0.260 0.133 0.019 0.004 0.484 0.004 0.007 0.021 0.008 0.012 0.049 101 W 0.194 0.191 0.061 0.020 0.328 0.016 0.025 0.050 0.021 0.035 0.058