# TARGET T0377 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 70.9037 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.373 0.256 0.173 0.115 0.061 0.020 0.002 2 A 0.240 0.274 0.234 0.152 0.070 0.026 0.004 3 M 0.065 0.101 0.143 0.218 0.256 0.187 0.030 4 L 0.019 0.040 0.087 0.188 0.308 0.291 0.068 5 Y 0.015 0.022 0.059 0.148 0.253 0.363 0.140 6 L 0.011 0.016 0.028 0.055 0.125 0.410 0.355 7 I 0.026 0.027 0.040 0.089 0.167 0.419 0.232 8 F 0.028 0.030 0.045 0.091 0.198 0.422 0.186 9 Y 0.054 0.056 0.066 0.158 0.249 0.329 0.089 10 D 0.084 0.187 0.228 0.272 0.154 0.071 0.005 11 I 0.068 0.131 0.182 0.269 0.246 0.096 0.007 12 T 0.424 0.333 0.161 0.061 0.016 0.004 0.001 13 D 0.602 0.274 0.089 0.027 0.007 0.001 0.001 14 D 0.731 0.183 0.062 0.020 0.004 0.001 0.001 15 N 0.521 0.342 0.100 0.027 0.008 0.002 0.001 16 L 0.150 0.227 0.232 0.223 0.130 0.036 0.003 17 R 0.062 0.133 0.193 0.338 0.220 0.050 0.004 18 N 0.131 0.333 0.300 0.173 0.050 0.012 0.001 19 R 0.052 0.221 0.333 0.269 0.101 0.022 0.002 20 V 0.009 0.013 0.029 0.114 0.352 0.437 0.047 21 A 0.016 0.066 0.201 0.399 0.254 0.060 0.004 22 E 0.172 0.574 0.190 0.051 0.011 0.003 0.001 23 F 0.043 0.139 0.286 0.374 0.138 0.019 0.001 24 L 0.025 0.035 0.081 0.286 0.399 0.167 0.008 25 K 0.271 0.420 0.224 0.072 0.012 0.001 0.001 26 K 0.625 0.295 0.061 0.015 0.003 0.001 0.001 27 K 0.188 0.286 0.298 0.172 0.048 0.008 0.001 28 G 0.240 0.251 0.249 0.172 0.071 0.015 0.001 29 L 0.098 0.111 0.157 0.224 0.261 0.133 0.016 30 D 0.149 0.234 0.245 0.201 0.116 0.047 0.010 31 R 0.061 0.096 0.154 0.244 0.268 0.148 0.029 32 I 0.021 0.029 0.042 0.102 0.216 0.395 0.194 33 Q 0.012 0.032 0.056 0.141 0.211 0.310 0.239 34 Y 0.010 0.023 0.056 0.116 0.188 0.303 0.304 35 S 0.009 0.021 0.049 0.128 0.189 0.348 0.257 36 V 0.018 0.033 0.046 0.090 0.149 0.345 0.320 37 F 0.007 0.017 0.025 0.067 0.163 0.423 0.297 38 M 0.009 0.020 0.041 0.103 0.218 0.403 0.207 39 G 0.011 0.031 0.061 0.137 0.251 0.409 0.099 40 D 0.018 0.105 0.233 0.313 0.217 0.102 0.012 41 L 0.008 0.025 0.067 0.187 0.353 0.317 0.044 42 N 0.140 0.292 0.246 0.174 0.097 0.045 0.006 43 S 0.307 0.369 0.208 0.086 0.025 0.005 0.001 44 S 0.506 0.294 0.129 0.051 0.016 0.003 0.001 45 R 0.063 0.207 0.270 0.284 0.143 0.033 0.001 46 L 0.035 0.075 0.145 0.321 0.320 0.101 0.003 47 K 0.392 0.423 0.146 0.033 0.004 0.001 0.001 48 D 0.149 0.357 0.335 0.134 0.022 0.002 0.001 49 V 0.006 0.010 0.035 0.178 0.480 0.284 0.007 50 E 0.042 0.173 0.378 0.301 0.093 0.012 0.001 51 A 0.231 0.490 0.197 0.063 0.015 0.003 0.001 52 G 0.018 0.095 0.291 0.369 0.188 0.038 0.001 53 L 0.012 0.022 0.071 0.252 0.452 0.186 0.005 54 K 0.231 0.462 0.225 0.067 0.012 0.002 0.001 55 I 0.235 0.309 0.224 0.161 0.058 0.012 0.001 56 I 0.080 0.105 0.181 0.317 0.241 0.074 0.003 57 G 0.418 0.317 0.165 0.082 0.017 0.002 0.001 58 N 0.646 0.268 0.066 0.016 0.003 0.001 0.001 59 R 0.304 0.272 0.212 0.140 0.060 0.012 0.001 60 K 0.262 0.348 0.234 0.117 0.033 0.005 0.001 61 K 0.440 0.383 0.119 0.045 0.012 0.002 0.001 62 L 0.043 0.140 0.302 0.355 0.141 0.019 0.001 63 Q 0.110 0.209 0.232 0.262 0.146 0.039 0.001 64 E 0.683 0.251 0.054 0.010 0.001 0.001 0.001 65 D 0.481 0.306 0.162 0.044 0.006 0.001 0.001 66 E 0.388 0.414 0.155 0.038 0.005 0.001 0.001 67 R 0.025 0.222 0.373 0.272 0.089 0.017 0.001 68 F 0.001 0.006 0.030 0.180 0.518 0.256 0.008 69 F 0.004 0.025 0.107 0.272 0.337 0.224 0.030 70 I 0.003 0.009 0.017 0.039 0.123 0.559 0.251 71 L 0.003 0.016 0.038 0.103 0.232 0.430 0.178 72 I 0.002 0.006 0.021 0.072 0.226 0.474 0.198 73 V 0.008 0.021 0.041 0.113 0.262 0.436 0.120 74 P 0.027 0.152 0.252 0.302 0.184 0.077 0.005 75 I 0.018 0.054 0.137 0.293 0.348 0.137 0.012 76 T 0.250 0.349 0.228 0.122 0.039 0.010 0.001 77 E 0.588 0.283 0.088 0.030 0.008 0.002 0.001 78 N 0.520 0.279 0.126 0.056 0.015 0.003 0.001 79 Q 0.251 0.260 0.215 0.168 0.083 0.021 0.001 80 F 0.233 0.228 0.216 0.192 0.098 0.030 0.003 81 R 0.324 0.314 0.198 0.108 0.043 0.012 0.002 82 E 0.232 0.282 0.233 0.152 0.070 0.026 0.004 83 R 0.079 0.120 0.173 0.250 0.224 0.133 0.019 84 I 0.064 0.117 0.184 0.232 0.219 0.156 0.028 85 V 0.056 0.093 0.139 0.207 0.246 0.213 0.047 86 I 0.044 0.060 0.102 0.204 0.287 0.252 0.052 87 G 0.134 0.158 0.182 0.205 0.181 0.120 0.021 88 Y 0.203 0.225 0.219 0.198 0.108 0.042 0.005 89 S 0.404 0.258 0.154 0.107 0.056 0.019 0.002 90 G 0.364 0.262 0.185 0.119 0.054 0.015 0.001 91 S 0.509 0.254 0.124 0.072 0.030 0.009 0.001 92 E 0.519 0.294 0.116 0.050 0.017 0.004 0.001 93 R 0.331 0.292 0.205 0.119 0.044 0.009 0.001 94 E 0.486 0.292 0.131 0.065 0.022 0.004 0.001 95 E 0.396 0.313 0.184 0.082 0.022 0.003 0.001 96 K 0.372 0.319 0.187 0.092 0.024 0.004 0.001 97 S 0.169 0.260 0.253 0.204 0.090 0.022 0.001 98 N 0.068 0.124 0.223 0.310 0.210 0.061 0.004 99 V 0.031 0.043 0.079 0.161 0.287 0.345 0.053 100 V 0.024 0.030 0.040 0.088 0.217 0.442 0.160 101 W 0.033 0.051 0.082 0.153 0.233 0.300 0.148