# TARGET T0376 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0376.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 922 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.002 0.001 0.007 0.050 0.935 2 T 0.037 0.012 0.005 0.015 0.128 0.802 3 A 0.024 0.008 0.153 0.072 0.314 0.429 4 S 0.044 0.007 0.260 0.067 0.376 0.246 5 I 0.076 0.005 0.271 0.060 0.357 0.232 6 F 0.156 0.020 0.060 0.054 0.255 0.455 7 S 0.273 0.019 0.021 0.025 0.197 0.466 8 G 0.586 0.013 0.017 0.011 0.144 0.229 9 V 0.757 0.032 0.006 0.005 0.059 0.142 10 I 0.792 0.022 0.006 0.002 0.055 0.123 11 P 0.608 0.015 0.007 0.002 0.122 0.246 12 A 0.495 0.018 0.013 0.001 0.172 0.302 13 L 0.418 0.035 0.014 0.002 0.223 0.308 14 M 0.314 0.056 0.024 0.002 0.251 0.352 15 T 0.184 0.043 0.027 0.003 0.326 0.417 16 P 0.180 0.019 0.025 0.002 0.283 0.490 17 C 0.207 0.137 0.021 0.004 0.250 0.382 18 R 0.064 0.053 0.014 0.003 0.841 0.025 19 Q 0.013 0.010 0.031 0.007 0.916 0.023 20 D 0.003 0.001 0.031 0.007 0.937 0.020 21 R 0.030 0.014 0.015 0.003 0.896 0.042 22 T 0.112 0.070 0.009 0.014 0.161 0.634 23 P 0.154 0.207 0.008 0.009 0.138 0.484 24 D 0.061 0.024 0.004 0.014 0.119 0.778 25 F 0.002 0.001 0.025 0.910 0.029 0.034 26 D 0.001 0.001 0.015 0.974 0.008 0.002 27 A 0.001 0.001 0.015 0.976 0.008 0.001 28 L 0.001 0.001 0.006 0.989 0.003 0.001 29 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 30 R 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 31 K 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.005 32 G 0.001 0.001 0.005 0.983 0.006 0.005 33 K 0.001 0.001 0.008 0.982 0.008 0.002 34 E 0.001 0.001 0.006 0.985 0.006 0.002 35 L 0.001 0.001 0.005 0.988 0.005 0.002 36 I 0.001 0.001 0.007 0.985 0.006 0.002 37 A 0.001 0.001 0.007 0.983 0.008 0.002 38 D 0.001 0.001 0.016 0.926 0.019 0.038 39 G 0.001 0.001 0.002 0.003 0.054 0.940 40 M 0.034 0.004 0.005 0.001 0.199 0.757 41 S 0.296 0.002 0.003 0.001 0.183 0.516 42 A 0.968 0.003 0.001 0.001 0.006 0.023 43 V 0.991 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 44 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 45 Y 0.890 0.005 0.001 0.001 0.017 0.085 46 C 0.365 0.012 0.004 0.002 0.133 0.484 47 G 0.109 0.017 0.017 0.005 0.379 0.472 48 S 0.058 0.033 0.048 0.016 0.517 0.328 49 M 0.041 0.018 0.084 0.042 0.648 0.167 50 G 0.049 0.027 0.088 0.072 0.596 0.168 51 D 0.052 0.045 0.074 0.096 0.491 0.241 52 W 0.042 0.029 0.108 0.043 0.578 0.201 53 P 0.034 0.011 0.172 0.037 0.538 0.208 54 L 0.043 0.026 0.200 0.038 0.434 0.258 55 L 0.041 0.040 0.028 0.024 0.383 0.483 56 T 0.016 0.011 0.001 0.019 0.099 0.854 57 D 0.001 0.001 0.003 0.971 0.013 0.013 58 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 59 Q 0.001 0.001 0.003 0.995 0.002 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 61 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 62 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 63 G 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 64 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 65 E 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 66 R 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 67 L 0.001 0.001 0.002 0.986 0.004 0.007 68 V 0.001 0.001 0.005 0.972 0.010 0.011 69 K 0.003 0.001 0.013 0.871 0.058 0.053 70 A 0.003 0.002 0.027 0.448 0.178 0.342 71 G 0.003 0.001 0.002 0.002 0.135 0.858 72 I 0.088 0.003 0.001 0.001 0.157 0.750 73 P 0.318 0.004 0.002 0.001 0.106 0.569 74 V 0.930 0.004 0.001 0.001 0.012 0.053 75 I 0.980 0.002 0.001 0.001 0.004 0.013 76 V 0.971 0.002 0.001 0.001 0.005 0.020 77 G 0.803 0.006 0.001 0.005 0.052 0.132 78 T 0.313 0.011 0.004 0.006 0.177 0.489 79 G 0.086 0.009 0.008 0.008 0.345 0.544 80 A 0.035 0.011 0.061 0.074 0.484 0.335 81 V 0.030 0.015 0.083 0.133 0.457 0.282 82 N 0.026 0.023 0.023 0.236 0.293 0.398 83 T 0.002 0.001 0.006 0.909 0.032 0.051 84 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 85 S 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 86 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 87 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 88 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 89 H 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 90 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 91 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 92 H 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 93 A 0.001 0.001 0.005 0.985 0.007 0.003 94 Q 0.001 0.001 0.016 0.971 0.010 0.004 95 K 0.001 0.001 0.015 0.963 0.015 0.006 96 V 0.001 0.001 0.023 0.853 0.036 0.087 97 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.952 98 A 0.039 0.003 0.002 0.001 0.195 0.761 99 K 0.317 0.001 0.001 0.001 0.178 0.501 100 G 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 101 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 102 M 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 103 V 0.969 0.001 0.001 0.002 0.005 0.023 104 I 0.616 0.004 0.004 0.003 0.068 0.305 105 P 0.257 0.007 0.027 0.009 0.244 0.457 106 R 0.117 0.017 0.125 0.019 0.395 0.327 107 V 0.182 0.038 0.199 0.061 0.345 0.174 108 L 0.148 0.032 0.169 0.110 0.362 0.179 109 S 0.093 0.025 0.058 0.114 0.419 0.291 110 R 0.069 0.019 0.028 0.141 0.383 0.360 111 G 0.039 0.019 0.034 0.273 0.335 0.300 112 S 0.035 0.027 0.024 0.270 0.244 0.399 113 V 0.006 0.003 0.021 0.874 0.048 0.049 114 I 0.002 0.001 0.006 0.961 0.015 0.015 115 A 0.001 0.001 0.004 0.983 0.008 0.004 116 A 0.002 0.001 0.006 0.981 0.008 0.003 117 Q 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 118 K 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 119 A 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 120 H 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 121 F 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 122 K 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 123 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 124 I 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 125 L 0.001 0.001 0.027 0.968 0.004 0.001 126 S 0.001 0.001 0.048 0.934 0.014 0.003 127 A 0.001 0.004 0.045 0.854 0.032 0.064 128 A 0.001 0.009 0.020 0.027 0.918 0.025 129 P 0.001 0.001 0.019 0.003 0.962 0.015 130 E 0.001 0.001 0.016 0.001 0.969 0.013 131 I 0.027 0.013 0.007 0.001 0.934 0.019 132 P 0.325 0.010 0.003 0.003 0.135 0.525 133 A 0.970 0.004 0.001 0.001 0.007 0.018 134 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 135 I 0.991 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 136 Y 0.955 0.002 0.001 0.003 0.018 0.022 137 N 0.606 0.007 0.003 0.011 0.134 0.239 138 S 0.155 0.029 0.007 0.006 0.469 0.335 139 P 0.052 0.019 0.029 0.009 0.576 0.314 140 Y 0.036 0.017 0.060 0.018 0.710 0.159 141 Y 0.027 0.014 0.052 0.036 0.717 0.154 142 G 0.033 0.013 0.040 0.043 0.552 0.319 143 F 0.103 0.032 0.017 0.053 0.325 0.470 144 A 0.111 0.100 0.012 0.072 0.191 0.515 145 T 0.082 0.070 0.006 0.093 0.125 0.624 146 R 0.024 0.017 0.002 0.105 0.071 0.781 147 A 0.001 0.001 0.006 0.977 0.006 0.010 148 D 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 149 L 0.001 0.001 0.004 0.994 0.002 0.001 150 F 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 151 F 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 152 A 0.001 0.001 0.003 0.992 0.004 0.001 153 L 0.001 0.001 0.004 0.986 0.006 0.004 154 R 0.001 0.001 0.014 0.961 0.019 0.005 155 A 0.002 0.001 0.039 0.889 0.053 0.017 156 E 0.006 0.002 0.056 0.689 0.108 0.140 157 H 0.019 0.020 0.147 0.154 0.587 0.074 158 K 0.007 0.001 0.095 0.019 0.821 0.057 159 N 0.014 0.001 0.071 0.009 0.826 0.080 160 L 0.733 0.032 0.006 0.003 0.174 0.052 161 V 0.913 0.009 0.001 0.002 0.012 0.063 162 G 0.974 0.003 0.001 0.001 0.005 0.015 163 F 0.936 0.003 0.001 0.004 0.015 0.041 164 K 0.780 0.004 0.003 0.007 0.069 0.137 165 E 0.497 0.008 0.009 0.009 0.223 0.254 166 F 0.186 0.036 0.023 0.024 0.341 0.389 167 G 0.090 0.041 0.023 0.024 0.446 0.377 168 G 0.027 0.015 0.015 0.023 0.516 0.404 169 P 0.011 0.009 0.109 0.143 0.508 0.219 170 A 0.008 0.008 0.089 0.240 0.463 0.192 171 D 0.007 0.007 0.046 0.283 0.352 0.305 172 M 0.001 0.001 0.017 0.936 0.030 0.016 173 R 0.001 0.001 0.012 0.962 0.015 0.009 174 Y 0.002 0.001 0.011 0.967 0.014 0.006 175 A 0.004 0.001 0.007 0.966 0.011 0.011 176 A 0.003 0.001 0.006 0.975 0.009 0.006 177 E 0.003 0.001 0.007 0.972 0.011 0.007 178 N 0.002 0.001 0.006 0.971 0.011 0.009 179 I 0.003 0.001 0.009 0.963 0.016 0.008 180 T 0.003 0.001 0.012 0.936 0.031 0.017 181 S 0.010 0.003 0.023 0.788 0.087 0.089 182 R 0.023 0.010 0.027 0.252 0.259 0.429 183 D 0.021 0.008 0.051 0.015 0.833 0.073 184 D 0.006 0.001 0.077 0.003 0.881 0.032 185 E 0.018 0.001 0.064 0.002 0.877 0.038 186 V 0.685 0.023 0.007 0.001 0.244 0.039 187 T 0.920 0.007 0.001 0.001 0.017 0.055 188 L 0.980 0.004 0.001 0.001 0.005 0.011 189 M 0.947 0.004 0.001 0.002 0.015 0.033 190 I 0.723 0.008 0.002 0.005 0.063 0.200 191 G 0.254 0.008 0.005 0.010 0.237 0.486 192 V 0.092 0.018 0.018 0.055 0.338 0.478 193 D 0.055 0.015 0.033 0.172 0.392 0.333 194 T 0.030 0.005 0.049 0.588 0.233 0.094 195 A 0.019 0.007 0.052 0.776 0.098 0.048 196 V 0.027 0.013 0.031 0.867 0.037 0.025 197 V 0.014 0.003 0.018 0.923 0.021 0.020 198 H 0.015 0.001 0.020 0.894 0.049 0.021 199 G 0.008 0.002 0.023 0.914 0.042 0.012 200 F 0.006 0.001 0.026 0.926 0.036 0.005 201 V 0.006 0.001 0.026 0.931 0.031 0.004 202 N 0.004 0.001 0.027 0.926 0.037 0.006 203 C 0.004 0.001 0.012 0.905 0.037 0.041 204 G 0.005 0.001 0.008 0.123 0.106 0.758 205 A 0.025 0.007 0.028 0.230 0.259 0.452 206 T 0.122 0.007 0.023 0.359 0.212 0.278 207 G 0.398 0.008 0.024 0.420 0.077 0.073 208 A 0.618 0.004 0.011 0.314 0.024 0.030 209 I 0.617 0.003 0.012 0.323 0.023 0.022 210 T 0.665 0.003 0.011 0.253 0.035 0.034 211 G 0.406 0.003 0.035 0.427 0.068 0.061 212 I 0.229 0.007 0.118 0.427 0.164 0.056 213 G 0.125 0.007 0.194 0.415 0.209 0.050 214 N 0.070 0.009 0.166 0.420 0.215 0.121 215 V 0.048 0.023 0.069 0.312 0.220 0.327 216 L 0.016 0.018 0.013 0.243 0.141 0.569 217 P 0.002 0.001 0.012 0.787 0.066 0.133 218 K 0.001 0.001 0.009 0.984 0.006 0.002 219 E 0.001 0.001 0.009 0.986 0.004 0.001 220 V 0.001 0.001 0.004 0.993 0.003 0.001 221 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 222 H 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 223 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 224 C 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 225 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 226 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.002 227 S 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 228 Q 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.002 229 A 0.001 0.001 0.004 0.986 0.007 0.003 230 A 0.001 0.001 0.009 0.962 0.020 0.009 231 A 0.001 0.001 0.017 0.886 0.072 0.023 232 K 0.001 0.001 0.036 0.717 0.148 0.098 233 G 0.001 0.001 0.017 0.069 0.266 0.646 234 D 0.004 0.006 0.037 0.139 0.274 0.540 235 A 0.012 0.009 0.046 0.293 0.261 0.379 236 D 0.014 0.005 0.017 0.579 0.123 0.262 237 A 0.012 0.001 0.009 0.900 0.033 0.044 238 R 0.017 0.002 0.009 0.914 0.022 0.035 239 A 0.019 0.001 0.014 0.914 0.025 0.027 240 R 0.018 0.001 0.017 0.911 0.025 0.027 241 A 0.010 0.001 0.017 0.928 0.025 0.019 242 L 0.005 0.001 0.010 0.943 0.025 0.017 243 E 0.002 0.001 0.006 0.961 0.015 0.016 244 L 0.001 0.001 0.010 0.959 0.015 0.014 245 E 0.001 0.001 0.018 0.938 0.023 0.019 246 Q 0.002 0.001 0.018 0.943 0.021 0.015 247 A 0.003 0.001 0.012 0.934 0.023 0.027 248 L 0.006 0.001 0.020 0.897 0.043 0.033 249 A 0.005 0.001 0.018 0.925 0.031 0.019 250 V 0.005 0.001 0.029 0.916 0.027 0.022 251 L 0.003 0.001 0.039 0.920 0.024 0.013 252 S 0.004 0.001 0.053 0.889 0.032 0.022 253 S 0.007 0.004 0.040 0.808 0.057 0.084 254 F 0.016 0.007 0.038 0.686 0.113 0.140 255 D 0.022 0.007 0.021 0.390 0.321 0.239 256 E 0.025 0.013 0.017 0.372 0.287 0.286 257 G 0.023 0.010 0.011 0.063 0.558 0.336 258 P 0.006 0.008 0.049 0.175 0.495 0.267 259 D 0.009 0.016 0.079 0.292 0.355 0.249 260 L 0.005 0.006 0.043 0.770 0.097 0.079 261 V 0.003 0.001 0.012 0.926 0.027 0.031 262 L 0.006 0.002 0.011 0.935 0.021 0.025 263 Y 0.008 0.002 0.015 0.950 0.017 0.009 264 F 0.008 0.001 0.011 0.964 0.011 0.004 265 K 0.003 0.001 0.007 0.978 0.009 0.002 266 Y 0.003 0.001 0.004 0.985 0.007 0.001 267 M 0.001 0.001 0.002 0.989 0.006 0.002 268 M 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.001 269 V 0.001 0.001 0.005 0.986 0.006 0.001 270 L 0.001 0.001 0.004 0.975 0.014 0.005 271 K 0.002 0.001 0.006 0.855 0.039 0.098 272 G 0.002 0.002 0.005 0.046 0.129 0.815 273 D 0.014 0.016 0.064 0.056 0.353 0.498 274 K 0.040 0.018 0.137 0.073 0.438 0.294 275 E 0.034 0.013 0.161 0.115 0.467 0.210 276 Y 0.061 0.010 0.079 0.069 0.435 0.347 277 T 0.139 0.021 0.057 0.051 0.283 0.448 278 L 0.208 0.073 0.036 0.040 0.180 0.463 279 H 0.134 0.046 0.023 0.038 0.200 0.558 280 F 0.073 0.023 0.017 0.031 0.185 0.670 281 N 0.037 0.019 0.013 0.025 0.264 0.641 282 E 0.015 0.009 0.095 0.183 0.298 0.400 283 T 0.018 0.008 0.155 0.158 0.326 0.336 284 D 0.013 0.003 0.245 0.237 0.393 0.109 285 A 0.010 0.005 0.252 0.300 0.276 0.156 286 L 0.018 0.028 0.048 0.303 0.278 0.324 287 T 0.011 0.010 0.010 0.186 0.166 0.617 288 D 0.001 0.001 0.016 0.975 0.006 0.003 289 S 0.001 0.001 0.039 0.943 0.015 0.004 290 Q 0.001 0.001 0.016 0.974 0.007 0.003 291 R 0.001 0.001 0.003 0.983 0.004 0.009 292 G 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.004 293 Y 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 294 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 295 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 296 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 297 Q 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 298 F 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 299 K 0.001 0.001 0.007 0.982 0.008 0.002 300 L 0.001 0.001 0.010 0.948 0.020 0.021 301 F 0.003 0.002 0.023 0.829 0.061 0.082 302 N 0.007 0.002 0.060 0.704 0.121 0.106 303 S 0.011 0.002 0.090 0.669 0.133 0.096 304 W 0.018 0.007 0.082 0.683 0.103 0.108 305 Y 0.014 0.005 0.082 0.722 0.090 0.088 306 A 0.014 0.004 0.097 0.647 0.121 0.117 307 D 0.022 0.008 0.120 0.490 0.198 0.162 308 W 0.020 0.007 0.234 0.375 0.263 0.101 309 S 0.027 0.007 0.171 0.317 0.319 0.160 310 K 0.036 0.016 0.136 0.288 0.336 0.188 311 L 0.037 0.019 0.055 0.189 0.445 0.255 312 P 0.032 0.011 0.049 0.202 0.429 0.278 313 G 0.033 0.016 0.051 0.220 0.399 0.280 314 A 0.091 0.030 0.063 0.283 0.311 0.221 315 V 0.103 0.018 0.080 0.372 0.198 0.228 316 Q 0.105 0.014 0.099 0.395 0.186 0.201 317 T 0.095 0.011 0.120 0.367 0.187 0.221 318 C 0.061 0.007 0.124 0.350 0.205 0.253 319 K 0.047 0.006 0.131 0.311 0.200 0.304 320 A 0.037 0.009 0.087 0.331 0.170 0.367 321 A 0.014 0.002 0.004 0.061 0.090 0.828