# TARGET T0376 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0376.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 938 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.005 0.003 0.006 0.095 0.881 2 T 0.037 0.016 0.008 0.021 0.122 0.798 3 A 0.052 0.028 0.025 0.032 0.205 0.658 4 S 0.089 0.021 0.046 0.035 0.307 0.502 5 I 0.164 0.020 0.054 0.030 0.267 0.465 6 F 0.201 0.029 0.028 0.020 0.224 0.497 7 S 0.258 0.022 0.020 0.018 0.230 0.451 8 G 0.450 0.013 0.013 0.007 0.183 0.335 9 V 0.651 0.037 0.010 0.004 0.121 0.176 10 I 0.668 0.030 0.010 0.003 0.132 0.156 11 P 0.525 0.017 0.010 0.004 0.217 0.227 12 A 0.384 0.017 0.017 0.003 0.276 0.303 13 L 0.409 0.059 0.017 0.005 0.256 0.253 14 M 0.278 0.092 0.021 0.007 0.336 0.265 15 T 0.169 0.031 0.018 0.003 0.412 0.367 16 P 0.237 0.021 0.033 0.004 0.388 0.317 17 C 0.207 0.119 0.030 0.006 0.300 0.339 18 R 0.046 0.062 0.013 0.005 0.843 0.031 19 Q 0.009 0.008 0.018 0.007 0.930 0.029 20 D 0.002 0.002 0.014 0.006 0.948 0.027 21 R 0.021 0.020 0.012 0.006 0.887 0.053 22 T 0.067 0.034 0.014 0.029 0.261 0.595 23 P 0.074 0.155 0.010 0.062 0.192 0.507 24 D 0.029 0.018 0.006 0.127 0.092 0.727 25 F 0.001 0.001 0.007 0.988 0.002 0.002 26 D 0.001 0.001 0.011 0.986 0.002 0.001 27 A 0.001 0.001 0.011 0.986 0.002 0.001 28 L 0.001 0.001 0.006 0.990 0.002 0.001 29 V 0.001 0.001 0.009 0.983 0.005 0.002 30 R 0.001 0.001 0.008 0.979 0.008 0.004 31 K 0.001 0.001 0.007 0.959 0.011 0.022 32 G 0.001 0.001 0.003 0.980 0.004 0.012 33 K 0.001 0.001 0.009 0.978 0.007 0.005 34 E 0.001 0.001 0.008 0.985 0.005 0.002 35 L 0.001 0.001 0.007 0.985 0.006 0.002 36 I 0.001 0.001 0.008 0.982 0.006 0.003 37 A 0.001 0.001 0.015 0.960 0.016 0.008 38 D 0.001 0.001 0.030 0.825 0.052 0.091 39 G 0.002 0.001 0.005 0.006 0.069 0.917 40 M 0.047 0.013 0.008 0.002 0.193 0.737 41 S 0.319 0.004 0.006 0.001 0.173 0.499 42 A 0.955 0.003 0.001 0.001 0.011 0.030 43 V 0.992 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 44 V 0.988 0.002 0.001 0.001 0.003 0.008 45 Y 0.888 0.004 0.001 0.001 0.023 0.084 46 C 0.378 0.008 0.005 0.003 0.154 0.452 47 G 0.144 0.011 0.024 0.005 0.353 0.464 48 S 0.098 0.028 0.062 0.016 0.480 0.317 49 M 0.080 0.044 0.089 0.031 0.553 0.203 50 G 0.084 0.027 0.080 0.033 0.567 0.209 51 D 0.073 0.030 0.123 0.063 0.482 0.229 52 W 0.048 0.031 0.155 0.029 0.546 0.190 53 P 0.056 0.020 0.197 0.024 0.506 0.196 54 L 0.071 0.037 0.181 0.020 0.450 0.241 55 L 0.056 0.051 0.019 0.009 0.350 0.514 56 T 0.024 0.011 0.001 0.013 0.108 0.842 57 D 0.001 0.001 0.004 0.982 0.006 0.008 58 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 59 Q 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 61 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 62 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 63 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 64 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 67 L 0.001 0.001 0.002 0.984 0.002 0.010 68 V 0.003 0.001 0.006 0.946 0.011 0.033 69 K 0.011 0.004 0.012 0.790 0.071 0.112 70 A 0.014 0.004 0.012 0.417 0.192 0.362 71 G 0.008 0.002 0.001 0.003 0.134 0.851 72 I 0.109 0.009 0.001 0.001 0.141 0.740 73 P 0.421 0.004 0.001 0.001 0.065 0.509 74 V 0.895 0.006 0.001 0.001 0.016 0.081 75 I 0.956 0.003 0.001 0.001 0.008 0.031 76 V 0.951 0.003 0.001 0.001 0.009 0.035 77 G 0.733 0.007 0.002 0.004 0.065 0.188 78 T 0.269 0.015 0.003 0.008 0.183 0.522 79 G 0.071 0.011 0.009 0.010 0.358 0.540 80 A 0.031 0.011 0.049 0.081 0.517 0.312 81 V 0.020 0.016 0.073 0.143 0.487 0.261 82 N 0.021 0.021 0.027 0.223 0.325 0.383 83 T 0.003 0.003 0.009 0.878 0.036 0.070 84 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 85 S 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 86 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 87 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 88 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 89 H 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 90 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 91 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 92 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 93 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 94 Q 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.002 95 K 0.001 0.001 0.007 0.973 0.010 0.009 96 V 0.001 0.001 0.016 0.855 0.042 0.085 97 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.053 0.943 98 A 0.016 0.004 0.003 0.001 0.205 0.771 99 K 0.235 0.003 0.002 0.001 0.236 0.524 100 G 0.961 0.002 0.001 0.001 0.011 0.026 101 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 104 I 0.723 0.002 0.001 0.001 0.039 0.235 105 P 0.287 0.005 0.007 0.003 0.196 0.502 106 R 0.165 0.016 0.067 0.011 0.396 0.345 107 V 0.173 0.037 0.135 0.042 0.438 0.175 108 L 0.174 0.039 0.127 0.066 0.412 0.182 109 S 0.090 0.036 0.051 0.075 0.505 0.242 110 R 0.040 0.022 0.032 0.076 0.583 0.247 111 G 0.020 0.014 0.024 0.083 0.601 0.257 112 S 0.018 0.024 0.008 0.120 0.417 0.413 113 V 0.009 0.006 0.005 0.727 0.098 0.156 114 I 0.001 0.001 0.001 0.986 0.005 0.007 115 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 117 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 118 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 119 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 120 H 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.004 121 F 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.003 122 K 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 123 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 124 I 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 125 L 0.001 0.001 0.034 0.958 0.005 0.002 126 S 0.001 0.001 0.044 0.937 0.014 0.005 127 A 0.001 0.002 0.045 0.832 0.047 0.071 128 A 0.001 0.010 0.011 0.021 0.913 0.043 129 P 0.001 0.001 0.028 0.004 0.953 0.015 130 E 0.001 0.001 0.013 0.001 0.969 0.016 131 I 0.018 0.007 0.010 0.001 0.933 0.031 132 P 0.173 0.010 0.004 0.008 0.228 0.576 133 A 0.873 0.032 0.002 0.004 0.027 0.061 134 V 0.976 0.002 0.001 0.004 0.007 0.010 135 I 0.982 0.002 0.001 0.004 0.006 0.005 136 Y 0.942 0.002 0.002 0.004 0.032 0.018 137 N 0.632 0.011 0.006 0.011 0.202 0.138 138 S 0.193 0.030 0.009 0.007 0.561 0.200 139 P 0.072 0.031 0.037 0.015 0.626 0.219 140 Y 0.041 0.033 0.086 0.020 0.744 0.076 141 Y 0.020 0.013 0.055 0.021 0.800 0.091 142 G 0.022 0.010 0.069 0.029 0.659 0.211 143 F 0.071 0.032 0.033 0.031 0.467 0.364 144 A 0.096 0.093 0.027 0.050 0.231 0.503 145 T 0.058 0.107 0.010 0.051 0.189 0.585 146 R 0.020 0.015 0.003 0.058 0.125 0.779 147 A 0.001 0.001 0.007 0.979 0.007 0.008 148 D 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.001 149 L 0.001 0.001 0.005 0.991 0.002 0.001 150 F 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 151 F 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.002 152 A 0.002 0.001 0.007 0.982 0.006 0.002 153 L 0.002 0.001 0.014 0.961 0.013 0.009 154 R 0.002 0.001 0.032 0.920 0.029 0.016 155 A 0.004 0.002 0.051 0.868 0.043 0.032 156 E 0.004 0.003 0.040 0.711 0.077 0.165 157 H 0.006 0.012 0.061 0.158 0.681 0.081 158 K 0.001 0.001 0.122 0.043 0.800 0.033 159 N 0.004 0.001 0.081 0.017 0.854 0.043 160 L 0.200 0.028 0.036 0.027 0.620 0.088 161 V 0.575 0.009 0.006 0.025 0.090 0.294 162 G 0.918 0.013 0.003 0.012 0.020 0.035 163 F 0.933 0.005 0.002 0.016 0.014 0.030 164 K 0.893 0.003 0.004 0.020 0.026 0.053 165 E 0.746 0.005 0.014 0.024 0.086 0.125 166 F 0.201 0.013 0.040 0.048 0.242 0.455 167 G 0.047 0.021 0.015 0.048 0.267 0.602 168 G 0.010 0.008 0.002 0.011 0.172 0.797 169 P 0.010 0.007 0.072 0.482 0.241 0.189 170 A 0.013 0.012 0.057 0.307 0.376 0.234 171 D 0.009 0.009 0.037 0.501 0.195 0.248 172 M 0.001 0.001 0.005 0.976 0.008 0.010 173 R 0.001 0.001 0.005 0.986 0.005 0.004 174 Y 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.003 175 A 0.003 0.001 0.002 0.983 0.005 0.006 176 A 0.002 0.001 0.002 0.990 0.003 0.003 177 E 0.003 0.001 0.004 0.981 0.007 0.005 178 N 0.003 0.001 0.005 0.973 0.010 0.008 179 I 0.005 0.001 0.010 0.957 0.015 0.011 180 T 0.008 0.002 0.015 0.921 0.027 0.028 181 S 0.015 0.004 0.028 0.665 0.099 0.190 182 R 0.015 0.013 0.016 0.121 0.208 0.627 183 D 0.014 0.010 0.010 0.007 0.766 0.193 184 D 0.005 0.001 0.049 0.005 0.872 0.067 185 E 0.019 0.001 0.038 0.004 0.860 0.079 186 V 0.495 0.018 0.014 0.003 0.397 0.074 187 T 0.844 0.007 0.001 0.002 0.036 0.110 188 L 0.965 0.008 0.001 0.001 0.007 0.018 189 M 0.934 0.005 0.001 0.002 0.015 0.043 190 I 0.748 0.008 0.001 0.005 0.046 0.192 191 G 0.200 0.008 0.003 0.010 0.219 0.560 192 V 0.060 0.017 0.009 0.050 0.341 0.522 193 D 0.031 0.015 0.026 0.173 0.355 0.400 194 T 0.013 0.004 0.046 0.686 0.186 0.065 195 A 0.008 0.005 0.055 0.810 0.088 0.034 196 V 0.019 0.011 0.051 0.819 0.057 0.042 197 V 0.027 0.007 0.036 0.833 0.049 0.048 198 H 0.017 0.002 0.038 0.814 0.078 0.050 199 G 0.022 0.003 0.058 0.827 0.068 0.022 200 F 0.019 0.002 0.051 0.853 0.061 0.014 201 V 0.013 0.001 0.028 0.925 0.026 0.007 202 N 0.009 0.002 0.020 0.921 0.035 0.015 203 C 0.010 0.002 0.021 0.835 0.058 0.074 204 G 0.009 0.003 0.010 0.084 0.197 0.697 205 A 0.034 0.008 0.028 0.069 0.342 0.520 206 T 0.226 0.017 0.035 0.087 0.295 0.341 207 G 0.733 0.008 0.022 0.045 0.087 0.105 208 A 0.882 0.007 0.008 0.043 0.022 0.036 209 I 0.925 0.005 0.005 0.033 0.012 0.021 210 T 0.814 0.008 0.007 0.082 0.033 0.057 211 G 0.474 0.006 0.040 0.254 0.106 0.120 212 I 0.239 0.007 0.245 0.246 0.182 0.081 213 G 0.122 0.005 0.397 0.279 0.156 0.040 214 N 0.079 0.008 0.269 0.304 0.193 0.147 215 V 0.042 0.031 0.061 0.319 0.141 0.406 216 L 0.015 0.012 0.008 0.197 0.094 0.675 217 P 0.001 0.001 0.007 0.969 0.009 0.014 218 K 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 219 E 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 220 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 221 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 222 H 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 223 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 224 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 225 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 226 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 227 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 228 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 229 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 230 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 231 A 0.001 0.001 0.004 0.972 0.015 0.009 232 K 0.001 0.001 0.008 0.769 0.102 0.119 233 G 0.001 0.002 0.004 0.222 0.147 0.625 234 D 0.001 0.002 0.003 0.205 0.111 0.678 235 A 0.001 0.001 0.008 0.934 0.026 0.031 236 D 0.001 0.001 0.007 0.963 0.016 0.012 237 A 0.002 0.001 0.005 0.975 0.010 0.007 238 R 0.002 0.001 0.006 0.980 0.007 0.005 239 A 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.003 240 R 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.004 241 A 0.001 0.001 0.003 0.986 0.004 0.005 242 L 0.001 0.001 0.008 0.975 0.007 0.009 243 E 0.001 0.001 0.008 0.955 0.012 0.022 244 L 0.001 0.001 0.005 0.962 0.010 0.021 245 E 0.001 0.001 0.007 0.946 0.016 0.028 246 Q 0.001 0.001 0.008 0.974 0.009 0.009 247 A 0.001 0.001 0.008 0.967 0.012 0.012 248 L 0.001 0.001 0.008 0.971 0.012 0.008 249 A 0.001 0.001 0.009 0.969 0.012 0.008 250 V 0.002 0.001 0.010 0.955 0.016 0.016 251 L 0.004 0.001 0.013 0.941 0.022 0.019 252 S 0.006 0.002 0.012 0.920 0.030 0.030 253 S 0.008 0.002 0.023 0.713 0.093 0.160 254 F 0.013 0.006 0.048 0.302 0.252 0.380 255 D 0.015 0.012 0.039 0.202 0.370 0.363 256 E 0.013 0.015 0.023 0.317 0.319 0.312 257 G 0.007 0.008 0.005 0.072 0.243 0.664 258 P 0.009 0.010 0.016 0.536 0.150 0.279 259 D 0.012 0.010 0.024 0.740 0.062 0.152 260 L 0.007 0.003 0.014 0.926 0.020 0.031 261 V 0.007 0.002 0.006 0.951 0.011 0.024 262 L 0.002 0.001 0.003 0.989 0.003 0.003 263 Y 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 264 F 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 265 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 266 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 267 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 268 M 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 269 V 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 270 L 0.001 0.001 0.002 0.989 0.006 0.002 271 K 0.001 0.001 0.003 0.862 0.025 0.108 272 G 0.001 0.003 0.003 0.019 0.080 0.894 273 D 0.011 0.015 0.039 0.020 0.254 0.661 274 K 0.066 0.023 0.092 0.032 0.497 0.290 275 E 0.067 0.013 0.107 0.056 0.530 0.228 276 Y 0.073 0.012 0.049 0.045 0.482 0.340 277 T 0.315 0.033 0.034 0.041 0.286 0.291 278 L 0.448 0.076 0.022 0.048 0.120 0.286 279 H 0.374 0.054 0.025 0.048 0.174 0.325 280 F 0.205 0.027 0.021 0.023 0.208 0.516 281 N 0.100 0.021 0.019 0.020 0.244 0.596 282 E 0.051 0.029 0.023 0.033 0.284 0.580 283 T 0.029 0.022 0.049 0.028 0.430 0.444 284 D 0.022 0.014 0.116 0.047 0.511 0.290 285 A 0.017 0.016 0.124 0.048 0.478 0.315 286 L 0.015 0.036 0.020 0.049 0.370 0.510 287 T 0.007 0.010 0.003 0.046 0.120 0.814 288 D 0.001 0.001 0.019 0.971 0.007 0.003 289 S 0.001 0.001 0.031 0.957 0.009 0.002 290 Q 0.001 0.001 0.018 0.974 0.005 0.002 291 R 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.003 292 G 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 293 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 294 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 295 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 296 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 297 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 298 F 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 299 K 0.001 0.001 0.006 0.986 0.005 0.002 300 L 0.001 0.001 0.008 0.969 0.010 0.012 301 F 0.001 0.001 0.015 0.910 0.024 0.049 302 N 0.003 0.001 0.040 0.792 0.065 0.098 303 S 0.006 0.002 0.074 0.741 0.095 0.082 304 W 0.011 0.003 0.060 0.771 0.080 0.074 305 Y 0.012 0.004 0.045 0.796 0.068 0.076 306 A 0.011 0.004 0.060 0.750 0.085 0.089 307 D 0.016 0.004 0.113 0.593 0.157 0.118 308 W 0.021 0.006 0.188 0.471 0.207 0.107 309 S 0.030 0.009 0.125 0.405 0.254 0.177 310 K 0.032 0.013 0.076 0.443 0.218 0.217 311 L 0.028 0.012 0.027 0.309 0.282 0.342 312 P 0.023 0.009 0.033 0.331 0.301 0.304 313 G 0.038 0.017 0.043 0.232 0.341 0.331 314 A 0.078 0.024 0.072 0.333 0.281 0.212 315 V 0.083 0.022 0.077 0.395 0.194 0.229 316 Q 0.081 0.015 0.077 0.386 0.231 0.210 317 T 0.063 0.012 0.114 0.344 0.263 0.205 318 C 0.046 0.008 0.151 0.224 0.328 0.243 319 K 0.037 0.009 0.172 0.241 0.282 0.259 320 A 0.041 0.013 0.090 0.224 0.224 0.408 321 A 0.042 0.011 0.025 0.136 0.170 0.616