# TARGET T0375 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0375.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1213 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.050 0.008 0.003 0.008 0.187 0.745 2 S 0.211 0.027 0.005 0.008 0.091 0.658 3 Q 0.593 0.007 0.006 0.007 0.055 0.332 4 I 0.940 0.002 0.002 0.003 0.010 0.044 5 L 0.979 0.003 0.001 0.002 0.003 0.013 6 C 0.967 0.003 0.001 0.003 0.005 0.021 7 V 0.884 0.004 0.003 0.008 0.024 0.077 8 G 0.638 0.002 0.016 0.015 0.115 0.214 9 L 0.576 0.005 0.045 0.028 0.205 0.140 10 V 0.695 0.023 0.044 0.028 0.126 0.084 11 V 0.766 0.018 0.030 0.024 0.095 0.067 12 L 0.761 0.004 0.036 0.031 0.101 0.066 13 D 0.740 0.004 0.024 0.041 0.106 0.084 14 V 0.785 0.007 0.011 0.054 0.074 0.068 15 I 0.805 0.006 0.005 0.033 0.071 0.079 16 S 0.763 0.015 0.004 0.024 0.078 0.116 17 L 0.493 0.020 0.010 0.029 0.209 0.238 18 V 0.212 0.014 0.024 0.032 0.433 0.284 19 D 0.069 0.007 0.032 0.020 0.558 0.313 20 K 0.061 0.019 0.043 0.022 0.571 0.283 21 Y 0.113 0.057 0.022 0.017 0.389 0.401 22 P 0.107 0.056 0.025 0.022 0.326 0.463 23 K 0.085 0.036 0.029 0.019 0.686 0.145 24 E 0.069 0.017 0.034 0.020 0.753 0.107 25 D 0.054 0.005 0.020 0.012 0.795 0.115 26 S 0.283 0.021 0.016 0.011 0.520 0.150 27 E 0.570 0.047 0.008 0.013 0.147 0.215 28 I 0.631 0.038 0.010 0.016 0.122 0.183 29 R 0.590 0.018 0.010 0.017 0.136 0.228 30 C 0.536 0.019 0.025 0.030 0.173 0.217 31 L 0.426 0.006 0.032 0.033 0.241 0.261 32 S 0.545 0.009 0.035 0.035 0.186 0.191 33 Q 0.714 0.019 0.020 0.027 0.094 0.125 34 R 0.795 0.011 0.010 0.018 0.054 0.111 35 W 0.794 0.019 0.010 0.027 0.049 0.101 36 Q 0.566 0.028 0.011 0.050 0.188 0.156 37 R 0.176 0.019 0.012 0.074 0.324 0.395 38 G 0.031 0.008 0.008 0.093 0.328 0.531 39 G 0.015 0.019 0.011 0.154 0.236 0.565 40 N 0.002 0.005 0.006 0.804 0.041 0.141 41 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.004 42 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 43 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 44 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 45 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 46 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 47 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 49 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 50 L 0.001 0.001 0.003 0.988 0.006 0.003 51 L 0.001 0.001 0.006 0.902 0.031 0.060 52 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.074 0.918 53 A 0.020 0.002 0.001 0.002 0.139 0.835 54 P 0.219 0.005 0.003 0.001 0.124 0.648 55 C 0.895 0.004 0.003 0.001 0.026 0.071 56 A 0.978 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 57 F 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 58 M 0.965 0.001 0.001 0.001 0.008 0.025 59 G 0.889 0.003 0.002 0.002 0.030 0.074 60 S 0.641 0.012 0.005 0.008 0.124 0.211 61 M 0.375 0.020 0.006 0.007 0.241 0.351 62 A 0.077 0.012 0.008 0.007 0.388 0.509 63 P 0.029 0.013 0.011 0.021 0.381 0.545 64 G 0.008 0.005 0.035 0.223 0.443 0.285 65 H 0.001 0.001 0.033 0.838 0.100 0.027 66 V 0.001 0.001 0.022 0.910 0.052 0.015 67 A 0.001 0.001 0.006 0.968 0.017 0.009 68 D 0.001 0.001 0.002 0.987 0.007 0.004 69 F 0.001 0.001 0.002 0.989 0.005 0.003 70 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.002 71 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 72 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 73 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 74 L 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.001 75 R 0.001 0.001 0.007 0.981 0.009 0.003 76 R 0.001 0.001 0.009 0.958 0.020 0.012 77 Y 0.001 0.001 0.009 0.840 0.047 0.103 78 S 0.004 0.001 0.001 0.009 0.058 0.928 79 V 0.033 0.010 0.001 0.003 0.115 0.837 80 D 0.110 0.013 0.006 0.004 0.155 0.712 81 L 0.281 0.023 0.252 0.014 0.261 0.169 82 R 0.370 0.002 0.303 0.012 0.174 0.138 83 Y 0.568 0.007 0.203 0.018 0.126 0.079 84 T 0.791 0.016 0.020 0.015 0.061 0.098 85 V 0.776 0.016 0.008 0.016 0.058 0.127 86 F 0.579 0.026 0.012 0.023 0.123 0.236 87 Q 0.276 0.017 0.022 0.020 0.452 0.213 88 T 0.077 0.008 0.024 0.014 0.642 0.236 89 T 0.056 0.010 0.019 0.005 0.725 0.185 90 G 0.100 0.036 0.019 0.004 0.592 0.248 91 S 0.174 0.028 0.014 0.003 0.364 0.418 92 V 0.368 0.017 0.012 0.003 0.276 0.323 93 P 0.565 0.007 0.007 0.002 0.154 0.264 94 I 0.899 0.006 0.002 0.001 0.031 0.061 95 A 0.973 0.001 0.001 0.001 0.009 0.015 96 T 0.987 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 97 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 98 I 0.979 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 99 I 0.950 0.006 0.001 0.001 0.016 0.027 100 N 0.570 0.016 0.003 0.001 0.361 0.049 101 E 0.040 0.002 0.027 0.004 0.893 0.033 102 A 0.014 0.002 0.033 0.003 0.925 0.022 103 S 0.055 0.009 0.046 0.006 0.843 0.040 104 G 0.361 0.014 0.012 0.006 0.244 0.362 105 S 0.827 0.018 0.005 0.003 0.050 0.097 106 R 0.931 0.004 0.002 0.002 0.019 0.041 107 T 0.955 0.003 0.001 0.002 0.013 0.026 108 I 0.938 0.004 0.002 0.004 0.018 0.034 109 L 0.851 0.009 0.003 0.009 0.040 0.087 110 Y 0.476 0.016 0.008 0.021 0.184 0.296 111 Y 0.060 0.006 0.031 0.038 0.408 0.456 112 D 0.014 0.006 0.086 0.075 0.486 0.334 113 R 0.008 0.008 0.227 0.182 0.421 0.154 114 S 0.007 0.008 0.224 0.309 0.326 0.125 115 L 0.007 0.006 0.254 0.365 0.285 0.084 116 P 0.008 0.004 0.186 0.397 0.293 0.112 117 D 0.010 0.009 0.114 0.421 0.294 0.151 118 V 0.013 0.014 0.063 0.408 0.270 0.231 119 S 0.015 0.011 0.066 0.452 0.243 0.213 120 A 0.009 0.005 0.105 0.558 0.192 0.132 121 T 0.006 0.003 0.069 0.601 0.161 0.159 122 D 0.005 0.002 0.045 0.641 0.144 0.163 123 F 0.005 0.003 0.022 0.620 0.135 0.216 124 E 0.004 0.002 0.017 0.652 0.114 0.212 125 K 0.003 0.002 0.041 0.752 0.124 0.078 126 V 0.004 0.003 0.058 0.690 0.166 0.079 127 D 0.003 0.001 0.076 0.714 0.149 0.057 128 L 0.006 0.002 0.109 0.683 0.150 0.050 129 T 0.005 0.001 0.134 0.553 0.228 0.079 130 Q 0.015 0.004 0.101 0.333 0.342 0.205 131 F 0.045 0.003 0.047 0.079 0.460 0.368 132 K 0.109 0.002 0.020 0.025 0.336 0.508 133 W 0.837 0.005 0.005 0.007 0.056 0.090 134 I 0.971 0.002 0.001 0.003 0.008 0.016 135 H 0.979 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 136 I 0.955 0.002 0.001 0.005 0.009 0.029 137 E 0.796 0.003 0.006 0.013 0.057 0.126 138 G 0.394 0.006 0.026 0.030 0.250 0.294 139 R 0.204 0.014 0.035 0.033 0.310 0.404 140 N 0.108 0.015 0.042 0.031 0.345 0.460 141 A 0.031 0.011 0.023 0.030 0.337 0.569 142 S 0.014 0.006 0.036 0.079 0.294 0.570 143 E 0.007 0.002 0.082 0.425 0.281 0.203 144 Q 0.007 0.002 0.080 0.678 0.148 0.085 145 V 0.009 0.005 0.078 0.749 0.100 0.059 146 K 0.007 0.002 0.017 0.903 0.028 0.043 147 M 0.004 0.001 0.005 0.969 0.010 0.011 148 L 0.001 0.001 0.003 0.984 0.006 0.005 149 Q 0.001 0.001 0.002 0.986 0.004 0.005 150 R 0.001 0.001 0.003 0.982 0.007 0.006 151 I 0.001 0.001 0.002 0.986 0.007 0.004 152 D 0.001 0.001 0.002 0.986 0.006 0.004 153 A 0.002 0.001 0.006 0.974 0.012 0.006 154 H 0.002 0.001 0.018 0.950 0.020 0.010 155 N 0.004 0.001 0.025 0.903 0.045 0.023 156 T 0.009 0.001 0.021 0.634 0.133 0.202 157 R 0.004 0.001 0.001 0.003 0.086 0.906 158 Q 0.131 0.002 0.001 0.002 0.095 0.769 159 P 0.781 0.010 0.001 0.001 0.037 0.171 160 P 0.942 0.005 0.001 0.001 0.013 0.039 161 E 0.958 0.003 0.001 0.001 0.009 0.029 162 Q 0.867 0.013 0.001 0.002 0.024 0.093 163 K 0.471 0.008 0.006 0.011 0.213 0.291 164 I 0.078 0.006 0.081 0.059 0.406 0.370 165 R 0.041 0.020 0.137 0.093 0.446 0.263 166 V 0.017 0.011 0.214 0.147 0.410 0.200 167 S 0.013 0.009 0.132 0.259 0.286 0.302 168 V 0.007 0.009 0.147 0.450 0.222 0.164 169 E 0.006 0.004 0.152 0.507 0.205 0.126 170 V 0.006 0.003 0.112 0.572 0.205 0.102 171 E 0.007 0.004 0.119 0.623 0.177 0.070 172 K 0.007 0.004 0.109 0.605 0.191 0.085 173 P 0.006 0.003 0.065 0.664 0.130 0.132 174 R 0.005 0.002 0.038 0.741 0.093 0.120 175 E 0.002 0.001 0.031 0.839 0.055 0.072 176 E 0.001 0.001 0.028 0.927 0.021 0.022 177 L 0.002 0.001 0.037 0.907 0.029 0.025 178 F 0.002 0.001 0.084 0.845 0.046 0.022 179 Q 0.002 0.001 0.114 0.788 0.065 0.030 180 L 0.003 0.002 0.131 0.717 0.101 0.047 181 F 0.005 0.002 0.425 0.403 0.137 0.028 182 G 0.007 0.001 0.379 0.272 0.277 0.064 183 Y 0.021 0.001 0.264 0.176 0.376 0.161 184 G 0.077 0.005 0.047 0.036 0.470 0.365 185 D 0.315 0.004 0.023 0.011 0.281 0.367 186 V 0.910 0.008 0.006 0.003 0.027 0.047 187 V 0.960 0.002 0.002 0.001 0.011 0.026 188 F 0.958 0.001 0.001 0.001 0.008 0.030 189 V 0.827 0.009 0.001 0.001 0.021 0.140 190 S 0.345 0.021 0.001 0.007 0.052 0.573 191 K 0.002 0.001 0.014 0.926 0.032 0.026 192 D 0.001 0.001 0.013 0.920 0.050 0.015 193 V 0.001 0.001 0.015 0.950 0.032 0.002 194 A 0.001 0.001 0.008 0.954 0.032 0.005 195 K 0.001 0.001 0.011 0.959 0.026 0.003 196 H 0.001 0.001 0.018 0.936 0.040 0.006 197 L 0.001 0.001 0.009 0.933 0.041 0.017 198 G 0.001 0.003 0.011 0.889 0.044 0.053 199 F 0.001 0.002 0.012 0.202 0.186 0.597 200 Q 0.002 0.002 0.017 0.086 0.217 0.675 201 S 0.006 0.004 0.026 0.108 0.262 0.593 202 A 0.008 0.006 0.026 0.178 0.258 0.524 203 E 0.005 0.002 0.052 0.648 0.152 0.141 204 E 0.004 0.002 0.029 0.777 0.114 0.073 205 A 0.004 0.001 0.020 0.822 0.097 0.056 206 L 0.003 0.002 0.013 0.903 0.048 0.032 207 R 0.002 0.001 0.008 0.916 0.037 0.036 208 G 0.002 0.001 0.006 0.917 0.040 0.033 209 L 0.001 0.001 0.003 0.937 0.032 0.026 210 Y 0.001 0.001 0.005 0.953 0.027 0.013 211 G 0.001 0.001 0.012 0.936 0.034 0.017 212 R 0.001 0.001 0.040 0.904 0.040 0.016 213 V 0.002 0.001 0.050 0.864 0.061 0.022 214 R 0.002 0.001 0.047 0.714 0.102 0.135 215 K 0.003 0.001 0.004 0.010 0.134 0.848 216 G 0.016 0.001 0.002 0.002 0.186 0.793 217 A 0.183 0.003 0.004 0.001 0.173 0.635 218 V 0.967 0.005 0.001 0.001 0.008 0.019 219 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 220 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 221 C 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 222 A 0.888 0.005 0.001 0.001 0.027 0.078 223 W 0.379 0.014 0.009 0.002 0.236 0.359 224 A 0.075 0.013 0.016 0.002 0.632 0.262 225 E 0.029 0.007 0.071 0.003 0.780 0.110 226 E 0.068 0.010 0.046 0.003 0.767 0.106 227 G 0.226 0.004 0.029 0.003 0.603 0.135 228 A 0.693 0.014 0.006 0.003 0.127 0.157 229 D 0.930 0.010 0.002 0.002 0.025 0.031 230 A 0.952 0.004 0.002 0.002 0.020 0.020 231 L 0.943 0.006 0.002 0.001 0.024 0.025 232 G 0.622 0.011 0.006 0.003 0.317 0.041 233 P 0.069 0.002 0.029 0.009 0.837 0.053 234 D 0.036 0.004 0.019 0.004 0.874 0.063 235 G 0.132 0.019 0.022 0.005 0.720 0.101 236 K 0.367 0.012 0.007 0.005 0.185 0.424 237 L 0.761 0.022 0.006 0.004 0.072 0.136 238 L 0.814 0.010 0.004 0.003 0.053 0.117 239 H 0.783 0.009 0.002 0.002 0.048 0.155 240 S 0.605 0.015 0.003 0.002 0.070 0.306 241 D 0.366 0.010 0.002 0.002 0.084 0.536 242 A 0.241 0.010 0.001 0.001 0.077 0.669 243 F 0.169 0.015 0.002 0.001 0.090 0.723 244 P 0.165 0.010 0.003 0.002 0.079 0.742 245 P 0.346 0.018 0.009 0.007 0.086 0.535 246 P 0.447 0.006 0.009 0.009 0.086 0.442 247 R 0.650 0.009 0.007 0.009 0.056 0.270 248 V 0.710 0.015 0.007 0.014 0.047 0.207 249 V 0.697 0.018 0.007 0.013 0.057 0.207 250 D 0.514 0.022 0.014 0.017 0.121 0.312 251 T 0.202 0.020 0.026 0.058 0.209 0.485 252 L 0.049 0.031 0.016 0.077 0.294 0.533 253 G 0.010 0.018 0.007 0.150 0.349 0.466 254 A 0.004 0.006 0.004 0.706 0.131 0.150 255 G 0.001 0.002 0.001 0.889 0.041 0.065 256 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 257 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 258 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 259 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 260 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 261 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 262 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 263 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 264 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 265 S 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 266 L 0.001 0.001 0.008 0.975 0.014 0.003 267 S 0.001 0.001 0.037 0.924 0.030 0.008 268 Q 0.001 0.001 0.045 0.693 0.134 0.127 269 G 0.003 0.001 0.007 0.012 0.177 0.801 270 R 0.056 0.018 0.002 0.003 0.161 0.760 271 S 0.108 0.041 0.002 0.005 0.113 0.730 272 V 0.006 0.001 0.040 0.881 0.057 0.017 273 Q 0.001 0.001 0.043 0.921 0.031 0.003 274 E 0.001 0.001 0.034 0.918 0.043 0.005 275 A 0.001 0.001 0.014 0.948 0.025 0.012 276 L 0.002 0.001 0.004 0.947 0.023 0.022 277 R 0.002 0.001 0.006 0.950 0.028 0.015 278 F 0.001 0.001 0.003 0.952 0.019 0.025 279 G 0.001 0.002 0.005 0.923 0.022 0.047 280 C 0.001 0.002 0.005 0.956 0.013 0.023 281 Q 0.002 0.001 0.004 0.976 0.009 0.009 282 V 0.004 0.001 0.005 0.976 0.008 0.006 283 A 0.008 0.001 0.007 0.964 0.010 0.011 284 G 0.013 0.001 0.008 0.952 0.013 0.013 285 K 0.022 0.001 0.007 0.942 0.014 0.013 286 K 0.053 0.002 0.007 0.884 0.023 0.031 287 C 0.143 0.005 0.007 0.729 0.038 0.078 288 G 0.182 0.010 0.011 0.497 0.097 0.202 289 L 0.180 0.018 0.016 0.230 0.213 0.343 290 Q 0.102 0.014 0.030 0.130 0.339 0.386 291 G 0.063 0.011 0.030 0.044 0.458 0.394 292 F 0.121 0.019 0.045 0.039 0.440 0.336 293 D 0.126 0.023 0.036 0.030 0.341 0.443 294 G 0.132 0.032 0.029 0.026 0.248 0.533 295 I 0.085 0.030 0.022 0.037 0.150 0.675 296 V 0.003 0.003 0.002 0.004 0.033 0.955