# TARGET T0375 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0375.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1213 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.303 0.343 0.214 0.107 0.029 0.004 0.001 2 S 0.059 0.246 0.257 0.263 0.143 0.031 0.001 3 Q 0.004 0.041 0.125 0.296 0.346 0.178 0.010 4 I 0.001 0.001 0.006 0.036 0.170 0.570 0.217 5 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.058 0.366 0.565 6 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.139 0.848 7 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.177 0.795 8 G 0.001 0.001 0.003 0.010 0.037 0.223 0.726 9 L 0.001 0.002 0.007 0.026 0.093 0.291 0.581 10 V 0.001 0.002 0.007 0.026 0.098 0.327 0.539 11 V 0.001 0.006 0.018 0.046 0.125 0.343 0.461 12 L 0.003 0.006 0.016 0.047 0.118 0.413 0.398 13 D 0.005 0.015 0.038 0.095 0.210 0.432 0.205 14 V 0.007 0.017 0.037 0.096 0.204 0.415 0.224 15 I 0.010 0.024 0.053 0.124 0.227 0.403 0.160 16 S 0.020 0.047 0.080 0.175 0.309 0.309 0.060 17 L 0.044 0.150 0.231 0.275 0.213 0.078 0.009 18 V 0.097 0.170 0.227 0.259 0.173 0.066 0.007 19 D 0.346 0.305 0.182 0.102 0.045 0.018 0.002 20 K 0.352 0.302 0.178 0.107 0.046 0.015 0.001 21 Y 0.204 0.207 0.214 0.205 0.122 0.045 0.003 22 P 0.362 0.239 0.178 0.129 0.067 0.022 0.002 23 K 0.524 0.237 0.124 0.074 0.031 0.009 0.001 24 E 0.556 0.225 0.116 0.068 0.027 0.007 0.001 25 D 0.553 0.252 0.112 0.057 0.020 0.006 0.001 26 S 0.432 0.269 0.147 0.093 0.043 0.014 0.002 27 E 0.306 0.277 0.196 0.138 0.061 0.020 0.002 28 I 0.140 0.149 0.177 0.236 0.204 0.085 0.009 29 R 0.173 0.238 0.221 0.198 0.119 0.044 0.006 30 C 0.148 0.151 0.173 0.234 0.187 0.092 0.016 31 L 0.237 0.256 0.182 0.165 0.105 0.046 0.010 32 S 0.190 0.221 0.203 0.172 0.128 0.068 0.019 33 Q 0.099 0.119 0.140 0.208 0.230 0.157 0.047 34 R 0.144 0.175 0.185 0.198 0.155 0.107 0.036 35 W 0.131 0.160 0.155 0.195 0.178 0.133 0.048 36 Q 0.090 0.126 0.142 0.182 0.207 0.170 0.083 37 R 0.055 0.062 0.092 0.153 0.220 0.257 0.161 38 G 0.041 0.056 0.081 0.136 0.204 0.292 0.190 39 G 0.027 0.054 0.080 0.160 0.242 0.281 0.156 40 N 0.006 0.023 0.049 0.119 0.224 0.301 0.278 41 A 0.003 0.007 0.012 0.036 0.135 0.339 0.469 42 S 0.002 0.007 0.012 0.032 0.093 0.306 0.547 43 N 0.002 0.006 0.014 0.056 0.114 0.332 0.477 44 S 0.001 0.003 0.005 0.018 0.056 0.267 0.650 45 C 0.001 0.002 0.003 0.012 0.046 0.258 0.677 46 T 0.002 0.005 0.015 0.061 0.156 0.393 0.368 47 I 0.001 0.003 0.011 0.049 0.161 0.406 0.370 48 L 0.001 0.002 0.005 0.020 0.085 0.428 0.460 49 S 0.002 0.017 0.046 0.147 0.300 0.372 0.117 50 L 0.007 0.051 0.130 0.263 0.314 0.194 0.041 51 L 0.007 0.029 0.074 0.170 0.327 0.335 0.058 52 G 0.034 0.163 0.215 0.266 0.208 0.102 0.012 53 A 0.017 0.066 0.141 0.258 0.289 0.194 0.034 54 P 0.017 0.107 0.231 0.327 0.210 0.093 0.016 55 C 0.001 0.006 0.022 0.081 0.265 0.446 0.179 56 A 0.001 0.006 0.022 0.070 0.187 0.375 0.339 57 F 0.001 0.001 0.003 0.011 0.042 0.282 0.660 58 M 0.001 0.002 0.005 0.018 0.058 0.301 0.616 59 G 0.001 0.004 0.009 0.025 0.075 0.338 0.547 60 S 0.004 0.014 0.033 0.107 0.204 0.358 0.280 61 M 0.005 0.014 0.034 0.090 0.278 0.420 0.159 62 A 0.019 0.085 0.148 0.256 0.264 0.177 0.050 63 P 0.072 0.198 0.243 0.243 0.149 0.077 0.017 64 G 0.165 0.223 0.198 0.171 0.146 0.085 0.012 65 H 0.135 0.224 0.224 0.215 0.126 0.062 0.014 66 V 0.068 0.097 0.123 0.192 0.247 0.232 0.041 67 A 0.016 0.065 0.152 0.250 0.289 0.199 0.030 68 D 0.141 0.397 0.301 0.118 0.033 0.009 0.001 69 F 0.027 0.132 0.248 0.301 0.209 0.073 0.010 70 V 0.003 0.004 0.007 0.038 0.209 0.628 0.111 71 L 0.003 0.031 0.154 0.423 0.308 0.077 0.004 72 D 0.069 0.499 0.282 0.100 0.039 0.011 0.001 73 D 0.002 0.027 0.191 0.481 0.253 0.044 0.001 74 L 0.004 0.010 0.031 0.177 0.490 0.280 0.009 75 R 0.144 0.456 0.270 0.103 0.022 0.004 0.001 76 R 0.507 0.371 0.085 0.029 0.007 0.001 0.001 77 Y 0.075 0.269 0.370 0.212 0.061 0.012 0.001 78 S 0.206 0.357 0.224 0.133 0.062 0.016 0.001 79 V 0.029 0.035 0.083 0.238 0.362 0.224 0.029 80 D 0.092 0.224 0.260 0.238 0.135 0.046 0.004 81 L 0.043 0.063 0.115 0.215 0.295 0.227 0.043 82 R 0.075 0.174 0.185 0.204 0.184 0.144 0.035 83 Y 0.043 0.102 0.173 0.257 0.242 0.155 0.028 84 T 0.028 0.047 0.082 0.177 0.305 0.303 0.058 85 V 0.079 0.191 0.242 0.255 0.161 0.065 0.008 86 F 0.135 0.211 0.240 0.236 0.134 0.039 0.004 87 Q 0.284 0.276 0.195 0.152 0.070 0.021 0.003 88 T 0.516 0.265 0.123 0.065 0.023 0.007 0.001 89 T 0.536 0.261 0.108 0.057 0.026 0.009 0.002 90 G 0.225 0.232 0.214 0.188 0.101 0.036 0.005 91 S 0.135 0.190 0.204 0.222 0.160 0.077 0.013 92 V 0.054 0.096 0.145 0.224 0.245 0.190 0.047 93 P 0.026 0.059 0.103 0.202 0.271 0.257 0.082 94 I 0.017 0.032 0.060 0.134 0.235 0.339 0.182 95 A 0.010 0.018 0.034 0.083 0.180 0.400 0.275 96 T 0.009 0.015 0.031 0.075 0.161 0.414 0.295 97 V 0.010 0.023 0.046 0.111 0.221 0.390 0.200 98 I 0.016 0.050 0.105 0.198 0.291 0.266 0.075 99 I 0.031 0.090 0.165 0.281 0.283 0.131 0.019 100 N 0.187 0.304 0.245 0.174 0.068 0.020 0.003 101 E 0.503 0.284 0.124 0.062 0.020 0.006 0.001 102 A 0.582 0.240 0.097 0.049 0.023 0.008 0.002 103 S 0.352 0.264 0.189 0.124 0.051 0.017 0.002 104 G 0.247 0.261 0.211 0.159 0.084 0.032 0.005 105 S 0.100 0.153 0.181 0.225 0.200 0.118 0.022 106 R 0.043 0.084 0.141 0.223 0.256 0.203 0.050 107 T 0.023 0.024 0.041 0.090 0.180 0.396 0.247 108 I 0.026 0.036 0.058 0.125 0.213 0.338 0.204 109 L 0.034 0.039 0.058 0.109 0.203 0.346 0.211 110 Y 0.057 0.087 0.105 0.165 0.217 0.240 0.130 111 Y 0.125 0.154 0.159 0.186 0.173 0.139 0.063 112 D 0.235 0.204 0.156 0.146 0.116 0.098 0.045 113 R 0.246 0.174 0.144 0.150 0.131 0.112 0.043 114 S 0.253 0.178 0.139 0.139 0.132 0.119 0.040 115 L 0.271 0.201 0.158 0.150 0.113 0.081 0.026 116 P 0.308 0.221 0.159 0.128 0.094 0.068 0.021 117 D 0.236 0.194 0.167 0.160 0.126 0.090 0.026 118 V 0.191 0.158 0.159 0.186 0.166 0.113 0.027 119 S 0.241 0.204 0.173 0.155 0.123 0.085 0.020 120 A 0.261 0.201 0.161 0.162 0.122 0.075 0.018 121 T 0.300 0.236 0.164 0.138 0.093 0.056 0.014 122 D 0.256 0.191 0.169 0.159 0.126 0.082 0.017 123 F 0.230 0.210 0.173 0.174 0.129 0.069 0.015 124 E 0.203 0.215 0.187 0.174 0.130 0.074 0.017 125 K 0.157 0.175 0.187 0.221 0.164 0.080 0.016 126 V 0.279 0.288 0.179 0.130 0.076 0.038 0.010 127 D 0.108 0.170 0.197 0.234 0.178 0.094 0.018 128 L 0.048 0.064 0.103 0.210 0.311 0.230 0.034 129 T 0.146 0.211 0.212 0.215 0.147 0.062 0.008 130 Q 0.163 0.292 0.250 0.177 0.082 0.033 0.004 131 F 0.026 0.073 0.134 0.260 0.328 0.162 0.017 132 K 0.014 0.084 0.182 0.290 0.263 0.149 0.017 133 W 0.004 0.013 0.037 0.115 0.284 0.436 0.110 134 I 0.001 0.002 0.006 0.026 0.099 0.430 0.436 135 H 0.001 0.003 0.008 0.027 0.085 0.343 0.533 136 I 0.001 0.001 0.002 0.007 0.029 0.203 0.758 137 E 0.003 0.007 0.015 0.042 0.110 0.319 0.503 138 G 0.006 0.016 0.034 0.077 0.159 0.304 0.403 139 R 0.009 0.024 0.039 0.088 0.183 0.346 0.310 140 N 0.019 0.051 0.080 0.148 0.226 0.313 0.163 141 A 0.024 0.056 0.085 0.156 0.250 0.283 0.146 142 S 0.057 0.143 0.173 0.215 0.197 0.156 0.058 143 E 0.053 0.157 0.228 0.229 0.189 0.111 0.032 144 Q 0.112 0.254 0.226 0.182 0.118 0.076 0.032 145 V 0.005 0.030 0.088 0.174 0.277 0.294 0.133 146 K 0.001 0.003 0.010 0.045 0.215 0.534 0.194 147 M 0.005 0.075 0.244 0.339 0.205 0.112 0.020 148 L 0.010 0.098 0.240 0.331 0.218 0.093 0.010 149 Q 0.001 0.001 0.002 0.015 0.130 0.643 0.208 150 R 0.001 0.001 0.007 0.075 0.300 0.541 0.076 151 I 0.008 0.196 0.382 0.278 0.108 0.025 0.003 152 D 0.002 0.032 0.182 0.433 0.279 0.071 0.002 153 A 0.001 0.004 0.010 0.075 0.421 0.465 0.024 154 H 0.029 0.165 0.351 0.319 0.108 0.025 0.002 155 N 0.451 0.405 0.094 0.038 0.010 0.001 0.001 156 T 0.062 0.302 0.404 0.202 0.029 0.002 0.001 157 R 0.288 0.510 0.158 0.036 0.007 0.001 0.001 158 Q 0.003 0.027 0.114 0.326 0.396 0.129 0.004 159 P 0.001 0.011 0.054 0.236 0.402 0.274 0.022 160 P 0.001 0.001 0.002 0.012 0.093 0.522 0.370 161 E 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.272 0.694 162 Q 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.205 0.766 163 K 0.001 0.001 0.005 0.016 0.057 0.268 0.653 164 I 0.001 0.004 0.011 0.035 0.124 0.404 0.421 165 R 0.008 0.034 0.070 0.145 0.243 0.332 0.168 166 V 0.025 0.075 0.121 0.183 0.250 0.258 0.089 167 S 0.079 0.128 0.155 0.226 0.220 0.153 0.039 168 V 0.229 0.251 0.173 0.154 0.107 0.066 0.019 169 E 0.179 0.195 0.221 0.193 0.128 0.067 0.016 170 V 0.136 0.149 0.140 0.186 0.187 0.165 0.037 171 E 0.169 0.162 0.153 0.184 0.170 0.131 0.032 172 K 0.224 0.251 0.202 0.148 0.098 0.059 0.017 173 P 0.067 0.163 0.193 0.226 0.201 0.122 0.027 174 R 0.070 0.186 0.276 0.250 0.152 0.056 0.009 175 E 0.334 0.396 0.170 0.068 0.024 0.007 0.001 176 E 0.029 0.095 0.216 0.310 0.261 0.081 0.008 177 L 0.007 0.022 0.051 0.166 0.378 0.333 0.042 178 F 0.035 0.193 0.305 0.297 0.131 0.036 0.004 179 Q 0.081 0.236 0.285 0.240 0.117 0.039 0.003 180 L 0.008 0.016 0.024 0.084 0.305 0.485 0.077 181 F 0.005 0.015 0.065 0.209 0.373 0.296 0.035 182 G 0.056 0.242 0.284 0.232 0.122 0.057 0.007 183 Y 0.007 0.055 0.171 0.337 0.270 0.141 0.019 184 G 0.001 0.003 0.009 0.045 0.215 0.534 0.194 185 D 0.004 0.020 0.053 0.129 0.311 0.386 0.099 186 V 0.003 0.006 0.017 0.062 0.140 0.473 0.300 187 V 0.002 0.003 0.007 0.030 0.107 0.472 0.379 188 F 0.003 0.011 0.033 0.086 0.186 0.404 0.276 189 V 0.004 0.013 0.033 0.111 0.286 0.394 0.159 190 S 0.035 0.158 0.198 0.223 0.212 0.130 0.043 191 K 0.053 0.205 0.297 0.253 0.121 0.057 0.014 192 D 0.111 0.353 0.286 0.155 0.070 0.022 0.003 193 V 0.009 0.035 0.106 0.239 0.367 0.216 0.027 194 A 0.005 0.015 0.039 0.139 0.350 0.400 0.053 195 K 0.043 0.234 0.343 0.240 0.098 0.038 0.004 196 H 0.060 0.149 0.242 0.268 0.189 0.085 0.005 197 L 0.010 0.026 0.051 0.147 0.351 0.376 0.040 198 G 0.019 0.038 0.113 0.278 0.365 0.174 0.011 199 F 0.199 0.382 0.258 0.118 0.035 0.007 0.001 200 Q 0.215 0.348 0.267 0.131 0.032 0.006 0.001 201 S 0.543 0.258 0.113 0.057 0.021 0.007 0.001 202 A 0.551 0.262 0.108 0.045 0.023 0.010 0.002 203 E 0.176 0.261 0.248 0.205 0.090 0.017 0.002 204 E 0.108 0.239 0.287 0.224 0.112 0.028 0.002 205 A 0.280 0.410 0.201 0.080 0.023 0.006 0.001 206 L 0.121 0.360 0.317 0.144 0.047 0.010 0.001 207 R 0.016 0.042 0.097 0.267 0.383 0.184 0.011 208 G 0.029 0.087 0.208 0.356 0.241 0.074 0.005 209 L 0.249 0.447 0.187 0.080 0.028 0.009 0.001 210 Y 0.061 0.203 0.289 0.271 0.135 0.038 0.002 211 G 0.020 0.035 0.079 0.238 0.380 0.229 0.017 212 R 0.111 0.194 0.254 0.258 0.134 0.044 0.004 213 V 0.407 0.332 0.132 0.081 0.037 0.010 0.001 214 R 0.104 0.236 0.269 0.239 0.118 0.031 0.002 215 K 0.123 0.329 0.289 0.173 0.068 0.017 0.001 216 G 0.009 0.039 0.106 0.271 0.389 0.177 0.010 217 A 0.007 0.072 0.183 0.375 0.271 0.087 0.006 218 V 0.001 0.003 0.014 0.068 0.256 0.525 0.133 219 L 0.001 0.001 0.001 0.007 0.050 0.403 0.538 220 V 0.001 0.001 0.001 0.008 0.042 0.300 0.648 221 C 0.001 0.001 0.002 0.008 0.048 0.338 0.604 222 A 0.001 0.009 0.047 0.156 0.272 0.350 0.165 223 W 0.004 0.028 0.075 0.202 0.362 0.267 0.062 224 A 0.027 0.147 0.249 0.276 0.205 0.084 0.012 225 E 0.092 0.241 0.246 0.236 0.126 0.052 0.006 226 E 0.070 0.215 0.283 0.232 0.141 0.055 0.005 227 G 0.018 0.069 0.139 0.282 0.289 0.184 0.018 228 A 0.005 0.010 0.029 0.092 0.231 0.481 0.151 229 D 0.007 0.011 0.029 0.067 0.183 0.475 0.229 230 A 0.004 0.007 0.022 0.064 0.160 0.466 0.277 231 L 0.007 0.027 0.075 0.178 0.332 0.333 0.048 232 G 0.029 0.127 0.246 0.319 0.207 0.066 0.005 233 P 0.217 0.297 0.221 0.167 0.077 0.020 0.002 234 D 0.586 0.251 0.104 0.043 0.013 0.003 0.001 235 G 0.584 0.246 0.100 0.049 0.017 0.005 0.001 236 K 0.439 0.273 0.154 0.088 0.037 0.009 0.001 237 L 0.244 0.288 0.225 0.155 0.068 0.020 0.002 238 L 0.099 0.149 0.200 0.272 0.202 0.071 0.006 239 H 0.090 0.178 0.213 0.231 0.191 0.086 0.011 240 S 0.066 0.130 0.185 0.253 0.207 0.135 0.025 241 D 0.053 0.087 0.119 0.222 0.265 0.208 0.046 242 A 0.109 0.192 0.192 0.200 0.173 0.109 0.026 243 F 0.056 0.107 0.160 0.243 0.256 0.149 0.028 244 P 0.083 0.191 0.238 0.268 0.156 0.056 0.008 245 P 0.171 0.321 0.230 0.165 0.080 0.028 0.005 246 P 0.047 0.108 0.171 0.279 0.260 0.116 0.018 247 R 0.112 0.265 0.269 0.205 0.101 0.040 0.007 248 V 0.025 0.045 0.075 0.167 0.297 0.290 0.103 249 V 0.036 0.066 0.098 0.170 0.248 0.267 0.114 250 D 0.039 0.068 0.101 0.149 0.189 0.277 0.177 251 T 0.030 0.044 0.056 0.106 0.174 0.278 0.313 252 L 0.038 0.070 0.080 0.121 0.171 0.234 0.287 253 G 0.042 0.058 0.072 0.114 0.165 0.224 0.325 254 A 0.032 0.062 0.071 0.103 0.132 0.224 0.376 255 G 0.028 0.044 0.056 0.097 0.147 0.253 0.376 256 D 0.014 0.021 0.030 0.057 0.134 0.293 0.451 257 T 0.012 0.021 0.026 0.056 0.118 0.266 0.501 258 F 0.002 0.005 0.009 0.027 0.049 0.172 0.736 259 N 0.001 0.003 0.006 0.017 0.049 0.188 0.736 260 A 0.001 0.001 0.003 0.010 0.041 0.203 0.741 261 S 0.001 0.002 0.005 0.018 0.059 0.243 0.672 262 V 0.001 0.002 0.006 0.018 0.045 0.172 0.756 263 I 0.001 0.003 0.006 0.015 0.041 0.232 0.702 264 F 0.002 0.005 0.010 0.049 0.150 0.463 0.320 265 S 0.005 0.019 0.040 0.098 0.221 0.425 0.191 266 L 0.003 0.010 0.033 0.107 0.258 0.485 0.103 267 S 0.005 0.028 0.066 0.177 0.403 0.285 0.035 268 Q 0.040 0.210 0.318 0.294 0.108 0.027 0.003 269 G 0.094 0.370 0.303 0.158 0.061 0.014 0.001 270 R 0.109 0.273 0.292 0.222 0.087 0.017 0.001 271 S 0.119 0.339 0.298 0.164 0.065 0.014 0.002 272 V 0.005 0.024 0.087 0.240 0.443 0.188 0.013 273 Q 0.029 0.205 0.284 0.277 0.156 0.045 0.004 274 E 0.019 0.145 0.270 0.322 0.179 0.058 0.008 275 A 0.001 0.004 0.012 0.050 0.241 0.546 0.146 276 L 0.001 0.004 0.011 0.049 0.173 0.479 0.284 277 R 0.008 0.061 0.149 0.285 0.235 0.182 0.080 278 F 0.002 0.012 0.041 0.136 0.319 0.368 0.121 279 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.268 0.697 280 C 0.001 0.003 0.009 0.036 0.111 0.339 0.500 281 Q 0.004 0.024 0.058 0.148 0.251 0.340 0.174 282 V 0.001 0.004 0.011 0.050 0.157 0.386 0.392 283 A 0.001 0.004 0.009 0.027 0.081 0.309 0.568 284 G 0.011 0.026 0.047 0.110 0.194 0.362 0.249 285 K 0.040 0.092 0.123 0.215 0.267 0.199 0.063 286 K 0.042 0.076 0.117 0.188 0.247 0.241 0.089 287 C 0.075 0.075 0.105 0.175 0.257 0.241 0.071 288 G 0.181 0.248 0.233 0.191 0.102 0.038 0.006 289 L 0.273 0.254 0.193 0.164 0.086 0.026 0.004 290 Q 0.322 0.254 0.208 0.133 0.063 0.016 0.003 291 G 0.509 0.224 0.122 0.079 0.042 0.019 0.005 292 F 0.513 0.170 0.125 0.104 0.059 0.025 0.005 293 D 0.620 0.225 0.082 0.042 0.021 0.009 0.002 294 G 0.604 0.206 0.091 0.064 0.025 0.009 0.002 295 I 0.600 0.199 0.105 0.061 0.024 0.008 0.002 296 V 0.658 0.169 0.082 0.054 0.026 0.009 0.002