# TARGET T0375 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0375.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2429 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.005 0.001 0.001 0.001 0.067 0.925 2 S 0.034 0.001 0.001 0.001 0.126 0.838 3 Q 0.269 0.003 0.001 0.001 0.115 0.611 4 I 0.949 0.005 0.001 0.001 0.008 0.038 5 L 0.984 0.003 0.001 0.001 0.002 0.011 6 C 0.968 0.003 0.001 0.002 0.011 0.015 7 V 0.742 0.005 0.002 0.016 0.090 0.145 8 G 0.212 0.004 0.007 0.022 0.414 0.341 9 L 0.177 0.008 0.029 0.035 0.527 0.224 10 V 0.363 0.015 0.087 0.100 0.247 0.188 11 V 0.573 0.012 0.128 0.090 0.148 0.049 12 L 0.675 0.006 0.068 0.104 0.101 0.046 13 D 0.611 0.003 0.036 0.185 0.103 0.063 14 V 0.579 0.002 0.024 0.287 0.066 0.042 15 I 0.542 0.004 0.010 0.353 0.038 0.052 16 S 0.572 0.005 0.012 0.321 0.037 0.052 17 L 0.602 0.005 0.013 0.196 0.080 0.104 18 V 0.487 0.016 0.020 0.096 0.136 0.246 19 D 0.213 0.019 0.028 0.061 0.331 0.347 20 K 0.112 0.012 0.031 0.031 0.422 0.392 21 Y 0.096 0.028 0.014 0.009 0.342 0.511 22 P 0.064 0.041 0.015 0.012 0.312 0.557 23 K 0.042 0.015 0.021 0.010 0.728 0.184 24 E 0.035 0.009 0.035 0.024 0.772 0.125 25 D 0.024 0.003 0.025 0.022 0.772 0.153 26 S 0.264 0.020 0.026 0.024 0.509 0.157 27 E 0.530 0.037 0.013 0.025 0.104 0.291 28 I 0.657 0.030 0.016 0.030 0.080 0.188 29 R 0.593 0.010 0.013 0.032 0.104 0.249 30 C 0.608 0.010 0.020 0.040 0.120 0.203 31 L 0.481 0.009 0.030 0.067 0.192 0.220 32 S 0.397 0.010 0.058 0.103 0.242 0.190 33 Q 0.500 0.012 0.056 0.088 0.196 0.147 34 R 0.522 0.015 0.051 0.102 0.152 0.158 35 W 0.491 0.030 0.044 0.121 0.143 0.170 36 Q 0.314 0.027 0.033 0.109 0.325 0.192 37 R 0.156 0.016 0.022 0.103 0.388 0.315 38 G 0.051 0.011 0.010 0.068 0.360 0.501 39 G 0.049 0.028 0.008 0.213 0.268 0.435 40 N 0.019 0.015 0.008 0.564 0.077 0.316 41 A 0.004 0.002 0.010 0.958 0.012 0.014 42 S 0.004 0.001 0.009 0.966 0.010 0.010 43 N 0.002 0.001 0.008 0.977 0.007 0.005 44 S 0.003 0.001 0.003 0.989 0.003 0.002 45 C 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 46 T 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 47 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 49 S 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 50 L 0.001 0.001 0.007 0.984 0.005 0.004 51 L 0.001 0.001 0.010 0.941 0.008 0.041 52 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.988 53 A 0.013 0.003 0.001 0.001 0.048 0.935 54 P 0.175 0.003 0.002 0.001 0.093 0.726 55 C 0.823 0.004 0.002 0.001 0.027 0.143 56 A 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 57 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 58 M 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 59 G 0.941 0.001 0.001 0.001 0.015 0.041 60 S 0.798 0.003 0.002 0.002 0.053 0.141 61 M 0.431 0.030 0.007 0.005 0.125 0.401 62 A 0.178 0.020 0.009 0.005 0.417 0.371 63 P 0.048 0.008 0.024 0.033 0.496 0.390 64 G 0.018 0.008 0.031 0.093 0.476 0.374 65 H 0.009 0.008 0.050 0.665 0.212 0.057 66 V 0.006 0.003 0.031 0.836 0.080 0.044 67 A 0.003 0.001 0.013 0.933 0.030 0.022 68 D 0.001 0.001 0.012 0.967 0.011 0.008 69 F 0.002 0.001 0.022 0.952 0.016 0.007 70 V 0.002 0.001 0.012 0.970 0.009 0.005 71 L 0.001 0.001 0.005 0.986 0.004 0.004 72 D 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.002 73 D 0.001 0.001 0.005 0.988 0.005 0.003 74 L 0.001 0.001 0.008 0.985 0.005 0.002 75 R 0.001 0.001 0.028 0.960 0.008 0.003 76 R 0.001 0.001 0.033 0.952 0.011 0.004 77 Y 0.001 0.001 0.036 0.912 0.016 0.036 78 S 0.001 0.001 0.002 0.003 0.041 0.952 79 V 0.040 0.014 0.005 0.003 0.098 0.841 80 D 0.150 0.017 0.007 0.002 0.205 0.619 81 L 0.301 0.010 0.042 0.005 0.297 0.346 82 R 0.422 0.002 0.037 0.006 0.255 0.277 83 Y 0.791 0.006 0.026 0.007 0.092 0.077 84 T 0.905 0.006 0.002 0.004 0.027 0.055 85 V 0.947 0.003 0.001 0.003 0.012 0.034 86 F 0.854 0.018 0.002 0.005 0.030 0.091 87 Q 0.521 0.022 0.005 0.004 0.370 0.078 88 T 0.133 0.007 0.014 0.007 0.711 0.127 89 T 0.033 0.005 0.020 0.008 0.797 0.136 90 G 0.133 0.032 0.008 0.002 0.655 0.171 91 S 0.185 0.018 0.003 0.002 0.180 0.611 92 V 0.465 0.024 0.003 0.002 0.130 0.376 93 P 0.763 0.008 0.002 0.002 0.064 0.161 94 I 0.925 0.002 0.001 0.001 0.022 0.048 95 A 0.969 0.001 0.001 0.001 0.009 0.019 96 T 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 97 V 0.992 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 98 I 0.989 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 99 I 0.973 0.001 0.001 0.003 0.005 0.018 100 N 0.883 0.005 0.001 0.003 0.030 0.078 101 E 0.360 0.010 0.014 0.004 0.577 0.035 102 A 0.050 0.004 0.039 0.003 0.877 0.027 103 S 0.012 0.001 0.044 0.003 0.919 0.021 104 G 0.060 0.006 0.011 0.001 0.884 0.039 105 S 0.334 0.014 0.003 0.002 0.170 0.477 106 R 0.800 0.015 0.002 0.002 0.051 0.131 107 T 0.933 0.003 0.001 0.002 0.017 0.044 108 I 0.960 0.003 0.002 0.003 0.008 0.024 109 L 0.917 0.004 0.003 0.008 0.016 0.052 110 Y 0.749 0.009 0.007 0.024 0.050 0.161 111 Y 0.362 0.013 0.053 0.034 0.244 0.293 112 D 0.101 0.010 0.252 0.051 0.397 0.189 113 R 0.045 0.013 0.347 0.079 0.382 0.134 114 S 0.030 0.037 0.196 0.121 0.382 0.234 115 L 0.011 0.010 0.042 0.028 0.648 0.261 116 P 0.006 0.003 0.162 0.063 0.599 0.167 117 D 0.014 0.010 0.133 0.064 0.570 0.209 118 V 0.039 0.056 0.094 0.085 0.453 0.273 119 S 0.029 0.031 0.051 0.115 0.233 0.541 120 A 0.001 0.001 0.545 0.373 0.057 0.023 121 T 0.002 0.001 0.524 0.372 0.078 0.023 122 D 0.003 0.002 0.559 0.347 0.076 0.014 123 F 0.010 0.008 0.160 0.530 0.183 0.109 124 E 0.021 0.008 0.121 0.494 0.192 0.163 125 K 0.021 0.007 0.174 0.421 0.227 0.150 126 V 0.041 0.011 0.117 0.307 0.266 0.259 127 D 0.039 0.014 0.130 0.191 0.307 0.319 128 L 0.029 0.016 0.237 0.185 0.366 0.168 129 T 0.028 0.002 0.202 0.117 0.462 0.190 130 Q 0.046 0.007 0.183 0.049 0.483 0.232 131 F 0.134 0.006 0.019 0.007 0.420 0.414 132 K 0.375 0.002 0.009 0.003 0.196 0.415 133 W 0.958 0.003 0.001 0.001 0.010 0.028 134 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 135 H 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 136 I 0.926 0.005 0.001 0.003 0.014 0.053 137 E 0.462 0.005 0.003 0.004 0.205 0.320 138 G 0.109 0.004 0.030 0.019 0.430 0.408 139 R 0.072 0.018 0.054 0.034 0.392 0.429 140 N 0.038 0.015 0.029 0.093 0.351 0.474 141 A 0.006 0.003 0.012 0.425 0.158 0.396 142 S 0.001 0.001 0.007 0.958 0.018 0.015 143 E 0.001 0.001 0.006 0.980 0.009 0.003 144 Q 0.001 0.001 0.004 0.987 0.005 0.003 145 V 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.002 146 K 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.001 147 M 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 148 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 149 Q 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 150 R 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 151 I 0.001 0.001 0.004 0.987 0.006 0.003 152 D 0.001 0.001 0.011 0.975 0.010 0.003 153 A 0.001 0.001 0.012 0.957 0.019 0.011 154 H 0.001 0.001 0.016 0.817 0.043 0.123 155 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.958 156 T 0.024 0.003 0.001 0.001 0.089 0.882 157 R 0.249 0.037 0.004 0.001 0.115 0.595 158 Q 0.539 0.062 0.006 0.001 0.075 0.318 159 P 0.563 0.017 0.008 0.001 0.098 0.313 160 P 0.376 0.034 0.008 0.001 0.100 0.480 161 E 0.170 0.036 0.008 0.002 0.687 0.098 162 Q 0.016 0.006 0.049 0.007 0.860 0.061 163 K 0.005 0.002 0.036 0.014 0.897 0.045 164 I 0.031 0.029 0.040 0.029 0.819 0.052 165 R 0.061 0.033 0.038 0.082 0.309 0.478 166 V 0.133 0.071 0.105 0.150 0.269 0.272 167 S 0.115 0.027 0.159 0.170 0.258 0.271 168 V 0.183 0.036 0.144 0.146 0.241 0.250 169 E 0.141 0.025 0.085 0.117 0.304 0.327 170 V 0.079 0.018 0.049 0.157 0.312 0.385 171 E 0.032 0.012 0.035 0.198 0.287 0.437 172 K 0.022 0.017 0.025 0.156 0.301 0.479 173 P 0.004 0.005 0.056 0.623 0.139 0.172 174 R 0.002 0.001 0.033 0.796 0.076 0.092 175 E 0.001 0.001 0.020 0.960 0.015 0.006 176 E 0.001 0.001 0.017 0.969 0.011 0.003 177 L 0.001 0.001 0.017 0.969 0.010 0.003 178 F 0.001 0.001 0.032 0.946 0.017 0.003 179 Q 0.001 0.001 0.033 0.922 0.031 0.012 180 L 0.003 0.003 0.037 0.831 0.051 0.074 181 F 0.011 0.005 0.101 0.388 0.300 0.195 182 G 0.011 0.003 0.109 0.220 0.423 0.235 183 Y 0.067 0.014 0.139 0.090 0.361 0.329 184 G 0.112 0.006 0.042 0.027 0.452 0.361 185 D 0.216 0.003 0.033 0.017 0.320 0.411 186 V 0.902 0.006 0.005 0.006 0.029 0.053 187 V 0.945 0.008 0.001 0.006 0.009 0.030 188 F 0.906 0.010 0.002 0.004 0.014 0.064 189 V 0.374 0.023 0.001 0.012 0.054 0.536 190 S 0.031 0.008 0.001 0.007 0.038 0.915 191 K 0.001 0.001 0.013 0.978 0.005 0.004 192 D 0.001 0.001 0.021 0.972 0.006 0.001 193 V 0.001 0.001 0.013 0.984 0.003 0.001 194 A 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 195 K 0.001 0.001 0.007 0.985 0.005 0.003 196 H 0.001 0.001 0.007 0.968 0.011 0.013 197 L 0.001 0.001 0.023 0.695 0.069 0.211 198 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.945 199 F 0.006 0.006 0.003 0.002 0.101 0.883 200 Q 0.014 0.027 0.002 0.003 0.146 0.808 201 S 0.011 0.009 0.001 0.004 0.089 0.887 202 A 0.001 0.001 0.012 0.960 0.015 0.012 203 E 0.001 0.001 0.012 0.974 0.009 0.004 204 E 0.001 0.001 0.013 0.971 0.013 0.002 205 A 0.001 0.001 0.006 0.989 0.003 0.002 206 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 207 R 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 208 G 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.004 209 L 0.001 0.001 0.005 0.979 0.009 0.005 210 Y 0.002 0.001 0.009 0.964 0.021 0.004 211 G 0.001 0.001 0.006 0.978 0.011 0.005 212 R 0.001 0.001 0.006 0.977 0.010 0.007 213 V 0.001 0.001 0.016 0.964 0.014 0.006 214 R 0.001 0.001 0.010 0.965 0.017 0.007 215 K 0.001 0.001 0.018 0.836 0.033 0.110 216 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.963 217 A 0.040 0.001 0.001 0.001 0.096 0.862 218 V 0.731 0.005 0.001 0.001 0.038 0.225 219 L 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 220 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 221 C 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 222 A 0.925 0.001 0.001 0.001 0.013 0.059 223 W 0.590 0.007 0.004 0.002 0.118 0.278 224 A 0.164 0.013 0.067 0.004 0.602 0.151 225 E 0.069 0.008 0.137 0.010 0.701 0.074 226 E 0.040 0.005 0.138 0.016 0.733 0.068 227 G 0.121 0.011 0.027 0.006 0.671 0.164 228 A 0.409 0.013 0.022 0.017 0.225 0.314 229 D 0.798 0.020 0.013 0.010 0.067 0.093 230 A 0.934 0.005 0.007 0.005 0.020 0.030 231 L 0.895 0.031 0.002 0.005 0.013 0.054 232 G 0.479 0.018 0.002 0.002 0.491 0.007 233 P 0.018 0.001 0.012 0.003 0.960 0.007 234 D 0.004 0.001 0.014 0.002 0.974 0.006 235 G 0.078 0.012 0.008 0.001 0.895 0.006 236 K 0.365 0.007 0.002 0.002 0.113 0.511 237 L 0.952 0.012 0.001 0.001 0.008 0.027 238 L 0.967 0.003 0.001 0.001 0.007 0.022 239 H 0.953 0.004 0.001 0.001 0.008 0.033 240 S 0.716 0.009 0.003 0.002 0.052 0.219 241 D 0.308 0.008 0.006 0.002 0.167 0.509 242 A 0.133 0.010 0.011 0.002 0.205 0.639 243 F 0.069 0.026 0.007 0.001 0.210 0.686 244 P 0.061 0.013 0.005 0.001 0.221 0.699 245 P 0.056 0.011 0.003 0.001 0.148 0.781 246 P 0.139 0.029 0.006 0.002 0.140 0.684 247 R 0.273 0.032 0.009 0.004 0.163 0.519 248 V 0.406 0.041 0.009 0.007 0.148 0.389 249 V 0.356 0.103 0.009 0.010 0.147 0.375 250 D 0.173 0.031 0.011 0.018 0.356 0.411 251 T 0.040 0.017 0.049 0.055 0.521 0.318 252 L 0.015 0.026 0.047 0.099 0.477 0.336 253 G 0.008 0.022 0.043 0.175 0.491 0.262 254 A 0.001 0.002 0.012 0.820 0.109 0.055 255 G 0.001 0.006 0.007 0.922 0.033 0.031 256 D 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.002 257 T 0.001 0.001 0.006 0.991 0.002 0.001 258 F 0.001 0.001 0.004 0.994 0.002 0.001 259 N 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 260 A 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 261 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 262 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 263 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 264 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 265 S 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 266 L 0.001 0.001 0.004 0.990 0.005 0.002 267 S 0.001 0.001 0.009 0.956 0.031 0.003 268 Q 0.001 0.001 0.013 0.789 0.120 0.077 269 G 0.001 0.001 0.004 0.015 0.212 0.769 270 R 0.004 0.026 0.004 0.008 0.303 0.655 271 S 0.006 0.012 0.001 0.007 0.049 0.924 272 V 0.001 0.001 0.010 0.978 0.006 0.006 273 Q 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.001 274 E 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.001 275 A 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 276 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 277 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 278 F 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 279 G 0.001 0.001 0.004 0.992 0.004 0.001 280 C 0.001 0.001 0.005 0.988 0.005 0.001 281 Q 0.001 0.001 0.004 0.987 0.007 0.001 282 V 0.001 0.001 0.003 0.982 0.010 0.003 283 A 0.003 0.001 0.004 0.974 0.014 0.005 284 G 0.008 0.001 0.010 0.960 0.019 0.003 285 K 0.012 0.001 0.008 0.964 0.014 0.003 286 K 0.023 0.001 0.005 0.946 0.014 0.012 287 C 0.036 0.002 0.005 0.835 0.023 0.098 288 G 0.098 0.009 0.009 0.403 0.090 0.392 289 L 0.172 0.013 0.014 0.223 0.215 0.362 290 Q 0.201 0.018 0.014 0.147 0.258 0.363 291 G 0.119 0.018 0.013 0.072 0.355 0.423 292 F 0.104 0.019 0.027 0.073 0.347 0.429 293 D 0.110 0.024 0.047 0.069 0.302 0.449 294 G 0.089 0.015 0.058 0.071 0.323 0.444 295 I 0.072 0.016 0.033 0.055 0.222 0.601 296 V 0.033 0.007 0.002 0.013 0.073 0.872