# TARGET T0375 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0375.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2429 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 2 S 0.134 0.009 0.005 0.002 0.011 0.014 0.825 3 Q 0.440 0.004 0.010 0.002 0.182 0.052 0.310 4 I 0.945 0.002 0.002 0.001 0.006 0.007 0.037 5 L 0.981 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 6 C 0.985 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.010 7 V 0.894 0.001 0.001 0.006 0.014 0.003 0.080 8 G 0.481 0.003 0.005 0.011 0.125 0.026 0.349 9 L 0.276 0.006 0.023 0.047 0.223 0.040 0.385 10 V 0.345 0.017 0.061 0.086 0.118 0.079 0.293 11 V 0.526 0.010 0.054 0.173 0.051 0.074 0.112 12 L 0.642 0.009 0.033 0.163 0.041 0.030 0.082 13 D 0.601 0.004 0.023 0.211 0.041 0.047 0.072 14 V 0.628 0.004 0.027 0.225 0.015 0.068 0.033 15 I 0.642 0.010 0.020 0.227 0.014 0.042 0.045 16 S 0.589 0.007 0.032 0.191 0.024 0.067 0.088 17 L 0.455 0.011 0.030 0.131 0.072 0.117 0.184 18 V 0.208 0.019 0.043 0.060 0.182 0.080 0.408 19 D 0.096 0.012 0.051 0.024 0.197 0.243 0.377 20 K 0.077 0.020 0.043 0.018 0.266 0.232 0.343 21 Y 0.080 0.031 0.011 0.007 0.266 0.027 0.578 22 P 0.049 0.030 0.016 0.010 0.095 0.049 0.750 23 K 0.044 0.017 0.068 0.023 0.190 0.149 0.509 24 E 0.021 0.007 0.082 0.017 0.216 0.466 0.191 25 D 0.024 0.003 0.067 0.011 0.215 0.489 0.191 26 S 0.129 0.010 0.027 0.017 0.199 0.048 0.570 27 E 0.489 0.035 0.015 0.021 0.056 0.027 0.356 28 I 0.685 0.033 0.005 0.016 0.026 0.005 0.230 29 R 0.643 0.016 0.004 0.020 0.013 0.007 0.298 30 C 0.559 0.013 0.022 0.058 0.041 0.033 0.275 31 L 0.414 0.007 0.046 0.073 0.076 0.141 0.243 32 S 0.398 0.006 0.064 0.071 0.113 0.161 0.186 33 Q 0.562 0.013 0.037 0.071 0.091 0.071 0.156 34 R 0.666 0.016 0.018 0.084 0.051 0.038 0.128 35 W 0.654 0.032 0.013 0.087 0.047 0.028 0.138 36 Q 0.468 0.015 0.017 0.101 0.094 0.040 0.264 37 R 0.178 0.008 0.029 0.121 0.164 0.319 0.181 38 G 0.053 0.010 0.022 0.097 0.180 0.411 0.227 39 G 0.052 0.022 0.013 0.151 0.247 0.105 0.410 40 N 0.055 0.015 0.013 0.224 0.128 0.062 0.503 41 A 0.009 0.003 0.013 0.899 0.017 0.034 0.025 42 S 0.005 0.001 0.007 0.966 0.004 0.011 0.007 43 N 0.005 0.001 0.006 0.973 0.002 0.007 0.006 44 S 0.005 0.001 0.003 0.985 0.001 0.003 0.003 45 C 0.002 0.001 0.002 0.993 0.001 0.002 0.001 46 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 47 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 49 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 50 L 0.001 0.001 0.002 0.937 0.001 0.060 0.001 51 L 0.001 0.001 0.002 0.373 0.002 0.621 0.002 52 G 0.001 0.001 0.003 0.024 0.052 0.878 0.042 53 A 0.008 0.003 0.002 0.005 0.386 0.011 0.586 54 P 0.143 0.019 0.008 0.009 0.087 0.020 0.715 55 C 0.810 0.009 0.003 0.003 0.021 0.005 0.148 56 A 0.960 0.002 0.001 0.002 0.009 0.001 0.025 57 F 0.988 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.005 58 M 0.966 0.001 0.002 0.011 0.002 0.001 0.017 59 G 0.924 0.002 0.004 0.012 0.011 0.004 0.043 60 S 0.792 0.007 0.008 0.023 0.027 0.017 0.125 61 M 0.279 0.021 0.022 0.034 0.115 0.042 0.487 62 A 0.045 0.011 0.021 0.020 0.321 0.081 0.501 63 P 0.013 0.012 0.027 0.034 0.380 0.151 0.383 64 G 0.006 0.005 0.058 0.158 0.362 0.184 0.227 65 H 0.003 0.004 0.062 0.453 0.133 0.244 0.102 66 V 0.002 0.004 0.035 0.798 0.027 0.084 0.050 67 A 0.001 0.001 0.008 0.954 0.006 0.012 0.018 68 D 0.001 0.001 0.004 0.983 0.003 0.005 0.004 69 F 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.006 0.002 70 V 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.007 0.002 71 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 72 D 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 73 D 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 74 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.001 75 R 0.001 0.001 0.004 0.972 0.002 0.021 0.001 76 R 0.001 0.001 0.009 0.868 0.006 0.114 0.002 77 Y 0.001 0.001 0.004 0.239 0.008 0.746 0.003 78 S 0.001 0.001 0.002 0.009 0.026 0.931 0.031 79 V 0.047 0.017 0.002 0.002 0.050 0.006 0.877 80 D 0.280 0.035 0.003 0.001 0.020 0.003 0.660 81 L 0.448 0.016 0.048 0.005 0.103 0.044 0.335 82 R 0.473 0.004 0.041 0.004 0.143 0.074 0.261 83 Y 0.721 0.004 0.026 0.004 0.050 0.017 0.177 84 T 0.898 0.004 0.003 0.004 0.008 0.004 0.079 85 V 0.961 0.006 0.001 0.003 0.005 0.002 0.023 86 F 0.920 0.018 0.001 0.003 0.006 0.003 0.050 87 Q 0.534 0.011 0.002 0.002 0.035 0.016 0.400 88 T 0.066 0.003 0.012 0.003 0.125 0.698 0.092 89 T 0.014 0.002 0.011 0.001 0.201 0.708 0.062 90 G 0.055 0.009 0.006 0.002 0.489 0.067 0.372 91 S 0.124 0.042 0.003 0.002 0.140 0.043 0.646 92 V 0.399 0.036 0.004 0.002 0.166 0.023 0.370 93 P 0.614 0.012 0.004 0.003 0.083 0.017 0.267 94 I 0.876 0.004 0.003 0.003 0.028 0.005 0.082 95 A 0.958 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.028 96 T 0.981 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.013 97 V 0.987 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 98 I 0.985 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 99 I 0.971 0.002 0.001 0.003 0.003 0.004 0.017 100 N 0.869 0.009 0.002 0.005 0.020 0.017 0.078 101 E 0.485 0.007 0.015 0.009 0.120 0.113 0.251 102 A 0.103 0.007 0.048 0.007 0.167 0.564 0.103 103 S 0.023 0.002 0.027 0.003 0.175 0.709 0.062 104 G 0.067 0.004 0.015 0.002 0.495 0.240 0.178 105 S 0.383 0.026 0.007 0.004 0.126 0.042 0.412 106 R 0.814 0.012 0.003 0.004 0.052 0.011 0.103 107 T 0.935 0.003 0.002 0.005 0.009 0.003 0.044 108 I 0.973 0.002 0.001 0.005 0.003 0.002 0.015 109 L 0.961 0.003 0.002 0.007 0.005 0.003 0.020 110 Y 0.875 0.007 0.003 0.010 0.013 0.010 0.083 111 Y 0.479 0.010 0.025 0.021 0.097 0.065 0.304 112 D 0.147 0.011 0.121 0.033 0.136 0.313 0.239 113 R 0.046 0.012 0.139 0.029 0.185 0.379 0.209 114 S 0.031 0.033 0.107 0.034 0.242 0.211 0.342 115 L 0.019 0.015 0.085 0.023 0.202 0.062 0.593 116 P 0.008 0.003 0.219 0.044 0.088 0.489 0.149 117 D 0.013 0.011 0.200 0.032 0.120 0.456 0.168 118 V 0.035 0.084 0.027 0.017 0.295 0.029 0.514 119 S 0.021 0.026 0.007 0.009 0.034 0.011 0.892 120 A 0.001 0.001 0.444 0.384 0.009 0.143 0.018 121 T 0.001 0.001 0.391 0.417 0.018 0.158 0.014 122 D 0.002 0.005 0.468 0.377 0.022 0.085 0.042 123 F 0.004 0.010 0.130 0.668 0.034 0.060 0.095 124 E 0.011 0.008 0.149 0.506 0.030 0.134 0.162 125 K 0.011 0.010 0.275 0.453 0.052 0.102 0.097 126 V 0.014 0.010 0.204 0.433 0.078 0.145 0.117 127 D 0.030 0.018 0.130 0.234 0.080 0.287 0.220 128 L 0.023 0.010 0.243 0.145 0.083 0.154 0.342 129 T 0.030 0.002 0.254 0.114 0.122 0.299 0.179 130 Q 0.041 0.010 0.255 0.038 0.164 0.385 0.107 131 F 0.148 0.008 0.017 0.002 0.132 0.018 0.675 132 K 0.143 0.001 0.003 0.001 0.601 0.019 0.231 133 W 0.980 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.011 134 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 135 H 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 I 0.980 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 137 E 0.724 0.001 0.003 0.003 0.037 0.019 0.212 138 G 0.235 0.003 0.012 0.005 0.325 0.106 0.315 139 R 0.073 0.027 0.020 0.008 0.321 0.076 0.477 140 N 0.038 0.014 0.011 0.011 0.333 0.038 0.554 141 A 0.007 0.004 0.033 0.430 0.110 0.095 0.320 142 S 0.002 0.001 0.027 0.873 0.025 0.047 0.026 143 E 0.001 0.001 0.011 0.956 0.006 0.013 0.013 144 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.003 145 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 146 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 147 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 148 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 149 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 150 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.007 0.001 151 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 152 D 0.001 0.001 0.003 0.978 0.001 0.016 0.002 153 A 0.001 0.001 0.007 0.874 0.006 0.110 0.003 154 H 0.001 0.001 0.004 0.206 0.010 0.775 0.006 155 N 0.001 0.001 0.003 0.011 0.051 0.879 0.055 156 T 0.024 0.008 0.002 0.002 0.106 0.009 0.849 157 R 0.200 0.044 0.003 0.002 0.068 0.007 0.677 158 Q 0.329 0.039 0.003 0.002 0.083 0.009 0.536 159 P 0.227 0.022 0.002 0.001 0.073 0.010 0.667 160 P 0.136 0.044 0.002 0.001 0.100 0.017 0.699 161 E 0.050 0.035 0.002 0.001 0.035 0.008 0.869 162 Q 0.017 0.007 0.108 0.032 0.134 0.532 0.169 163 K 0.016 0.008 0.096 0.050 0.116 0.583 0.130 164 I 0.044 0.027 0.121 0.087 0.248 0.202 0.271 165 R 0.059 0.033 0.034 0.058 0.137 0.131 0.549 166 V 0.096 0.030 0.047 0.059 0.130 0.072 0.566 167 S 0.115 0.045 0.082 0.080 0.064 0.100 0.513 168 V 0.091 0.035 0.112 0.111 0.089 0.096 0.465 169 E 0.074 0.028 0.090 0.098 0.080 0.114 0.517 170 V 0.061 0.017 0.057 0.097 0.150 0.120 0.498 171 E 0.022 0.006 0.022 0.115 0.216 0.054 0.565 172 K 0.023 0.016 0.011 0.151 0.171 0.027 0.601 173 P 0.017 0.011 0.020 0.357 0.032 0.043 0.520 174 R 0.007 0.002 0.032 0.796 0.013 0.024 0.125 175 E 0.003 0.001 0.028 0.925 0.013 0.011 0.020 176 E 0.002 0.001 0.034 0.935 0.006 0.014 0.008 177 L 0.002 0.001 0.019 0.954 0.002 0.019 0.004 178 F 0.002 0.001 0.036 0.932 0.003 0.023 0.003 179 Q 0.002 0.001 0.057 0.843 0.002 0.092 0.003 180 L 0.002 0.001 0.087 0.653 0.010 0.235 0.013 181 F 0.014 0.017 0.081 0.216 0.260 0.190 0.222 182 G 0.018 0.003 0.059 0.033 0.146 0.617 0.124 183 Y 0.073 0.014 0.113 0.024 0.132 0.459 0.187 184 G 0.212 0.008 0.015 0.002 0.075 0.019 0.668 185 D 0.280 0.002 0.010 0.005 0.360 0.030 0.313 186 V 0.954 0.002 0.004 0.002 0.011 0.009 0.018 187 V 0.973 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.019 188 F 0.970 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 0.021 189 V 0.622 0.005 0.001 0.005 0.028 0.007 0.332 190 S 0.044 0.002 0.001 0.001 0.047 0.002 0.904 191 K 0.001 0.001 0.027 0.918 0.016 0.028 0.011 192 D 0.001 0.001 0.013 0.963 0.003 0.019 0.002 193 V 0.001 0.001 0.019 0.969 0.001 0.009 0.002 194 A 0.001 0.002 0.009 0.978 0.002 0.007 0.002 195 K 0.001 0.001 0.019 0.925 0.003 0.046 0.005 196 H 0.001 0.001 0.012 0.802 0.004 0.177 0.004 197 L 0.001 0.002 0.008 0.220 0.028 0.702 0.039 198 G 0.002 0.001 0.007 0.013 0.108 0.666 0.203 199 F 0.007 0.008 0.006 0.002 0.190 0.025 0.761 200 Q 0.015 0.037 0.002 0.003 0.298 0.009 0.638 201 S 0.008 0.035 0.001 0.005 0.165 0.002 0.785 202 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 0.001 203 E 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 204 E 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 205 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 206 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 207 R 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.011 0.001 208 G 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.016 0.001 209 L 0.001 0.001 0.001 0.980 0.001 0.012 0.006 210 Y 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 211 G 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.013 0.002 212 R 0.001 0.001 0.004 0.979 0.002 0.012 0.002 213 V 0.001 0.001 0.010 0.957 0.006 0.018 0.007 214 R 0.003 0.001 0.020 0.827 0.018 0.122 0.010 215 K 0.001 0.001 0.006 0.103 0.018 0.868 0.004 216 G 0.003 0.001 0.002 0.001 0.031 0.903 0.059 217 A 0.035 0.001 0.001 0.001 0.042 0.004 0.917 218 V 0.826 0.005 0.001 0.001 0.012 0.002 0.154 219 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 220 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 221 C 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 222 A 0.868 0.003 0.001 0.001 0.016 0.004 0.107 223 W 0.489 0.010 0.008 0.004 0.112 0.048 0.329 224 A 0.141 0.018 0.059 0.011 0.212 0.173 0.387 225 E 0.076 0.012 0.184 0.024 0.229 0.342 0.134 226 E 0.072 0.008 0.130 0.013 0.111 0.609 0.057 227 G 0.102 0.014 0.116 0.012 0.122 0.525 0.109 228 A 0.271 0.012 0.084 0.014 0.095 0.103 0.420 229 D 0.762 0.020 0.033 0.019 0.069 0.011 0.086 230 A 0.906 0.012 0.008 0.016 0.010 0.007 0.040 231 L 0.791 0.084 0.004 0.018 0.028 0.010 0.066 232 G 0.185 0.007 0.001 0.001 0.060 0.003 0.742 233 P 0.008 0.001 0.009 0.001 0.063 0.895 0.023 234 D 0.003 0.001 0.008 0.001 0.051 0.928 0.010 235 G 0.066 0.004 0.022 0.001 0.503 0.165 0.239 236 K 0.373 0.031 0.006 0.002 0.053 0.023 0.512 237 L 0.888 0.037 0.002 0.002 0.015 0.004 0.052 238 L 0.939 0.006 0.002 0.002 0.007 0.002 0.042 239 H 0.931 0.007 0.002 0.003 0.007 0.005 0.045 240 S 0.781 0.010 0.004 0.003 0.034 0.011 0.158 241 D 0.434 0.011 0.005 0.001 0.083 0.037 0.428 242 A 0.160 0.012 0.006 0.001 0.215 0.099 0.507 243 F 0.088 0.023 0.003 0.001 0.294 0.032 0.560 244 P 0.051 0.012 0.001 0.001 0.096 0.009 0.830 245 P 0.031 0.007 0.001 0.001 0.022 0.003 0.936 246 P 0.102 0.016 0.005 0.001 0.069 0.008 0.799 247 R 0.375 0.019 0.013 0.004 0.096 0.015 0.478 248 V 0.554 0.029 0.010 0.009 0.034 0.007 0.358 249 V 0.590 0.043 0.008 0.013 0.035 0.010 0.301 250 D 0.448 0.022 0.009 0.015 0.107 0.027 0.373 251 T 0.184 0.026 0.018 0.016 0.163 0.163 0.431 252 L 0.067 0.034 0.019 0.021 0.291 0.220 0.348 253 G 0.028 0.019 0.023 0.047 0.280 0.275 0.328 254 A 0.013 0.014 0.036 0.374 0.113 0.279 0.170 255 G 0.004 0.003 0.025 0.803 0.037 0.089 0.039 256 D 0.002 0.001 0.008 0.942 0.010 0.018 0.018 257 T 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.004 0.002 258 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 259 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 260 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 261 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 262 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 263 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 264 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 265 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 266 L 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.011 0.001 267 S 0.001 0.001 0.005 0.812 0.005 0.175 0.003 268 Q 0.001 0.001 0.004 0.194 0.008 0.792 0.002 269 G 0.001 0.001 0.005 0.019 0.075 0.801 0.099 270 R 0.001 0.005 0.001 0.003 0.306 0.005 0.679 271 S 0.003 0.031 0.001 0.002 0.027 0.001 0.935 272 V 0.001 0.001 0.028 0.966 0.001 0.005 0.001 273 Q 0.001 0.001 0.008 0.991 0.001 0.001 0.001 274 E 0.001 0.001 0.009 0.989 0.001 0.001 0.001 275 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 276 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 277 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 278 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 279 G 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 280 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 281 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 282 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.007 0.001 283 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.002 284 G 0.001 0.001 0.002 0.987 0.002 0.007 0.002 285 K 0.001 0.001 0.002 0.976 0.001 0.018 0.001 286 K 0.001 0.001 0.002 0.961 0.001 0.032 0.003 287 C 0.005 0.002 0.004 0.912 0.005 0.062 0.011 288 G 0.019 0.002 0.009 0.759 0.030 0.123 0.058 289 L 0.051 0.007 0.020 0.575 0.086 0.126 0.134 290 Q 0.039 0.009 0.031 0.386 0.114 0.249 0.171 291 G 0.030 0.009 0.041 0.102 0.194 0.334 0.290 292 F 0.040 0.015 0.053 0.082 0.203 0.196 0.410 293 D 0.054 0.020 0.074 0.073 0.253 0.192 0.334 294 G 0.050 0.010 0.069 0.056 0.229 0.219 0.367 295 I 0.060 0.019 0.054 0.052 0.079 0.135 0.601 296 V 0.041 0.012 0.016 0.020 0.034 0.016 0.861