# TARGET T0375 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0375.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2429 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.614 0.295 0.071 0.018 0.003 0.001 0.001 2 S 0.108 0.390 0.339 0.139 0.022 0.002 0.001 3 Q 0.007 0.062 0.228 0.424 0.245 0.032 0.001 4 I 0.001 0.001 0.006 0.026 0.160 0.657 0.149 5 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.043 0.405 0.546 6 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.147 0.841 7 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.087 0.908 8 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 0.159 0.809 9 L 0.001 0.001 0.003 0.014 0.055 0.231 0.696 10 V 0.001 0.001 0.003 0.011 0.044 0.237 0.703 11 V 0.001 0.003 0.010 0.030 0.074 0.299 0.584 12 L 0.001 0.005 0.011 0.026 0.079 0.300 0.578 13 D 0.003 0.009 0.019 0.054 0.132 0.336 0.448 14 V 0.004 0.010 0.022 0.056 0.149 0.397 0.361 15 I 0.008 0.025 0.053 0.126 0.226 0.380 0.182 16 S 0.009 0.025 0.049 0.120 0.265 0.399 0.132 17 L 0.034 0.087 0.183 0.274 0.256 0.144 0.022 18 V 0.036 0.071 0.131 0.249 0.311 0.179 0.022 19 D 0.329 0.318 0.195 0.102 0.040 0.013 0.002 20 K 0.412 0.311 0.154 0.079 0.032 0.011 0.001 21 Y 0.211 0.203 0.215 0.214 0.122 0.033 0.002 22 P 0.319 0.285 0.207 0.132 0.047 0.009 0.001 23 K 0.565 0.262 0.115 0.045 0.011 0.002 0.001 24 E 0.739 0.185 0.053 0.018 0.004 0.001 0.001 25 D 0.624 0.240 0.086 0.037 0.011 0.002 0.001 26 S 0.173 0.239 0.270 0.212 0.086 0.019 0.001 27 E 0.237 0.341 0.222 0.133 0.054 0.012 0.001 28 I 0.025 0.046 0.106 0.258 0.345 0.202 0.019 29 R 0.063 0.174 0.247 0.248 0.167 0.090 0.012 30 C 0.057 0.088 0.142 0.227 0.256 0.195 0.034 31 L 0.144 0.185 0.195 0.209 0.155 0.094 0.019 32 S 0.197 0.239 0.190 0.161 0.115 0.076 0.023 33 Q 0.175 0.175 0.166 0.200 0.157 0.101 0.026 34 R 0.209 0.246 0.181 0.167 0.116 0.064 0.017 35 W 0.128 0.125 0.137 0.189 0.191 0.172 0.057 36 Q 0.091 0.138 0.161 0.190 0.188 0.177 0.055 37 R 0.081 0.123 0.161 0.200 0.185 0.162 0.089 38 G 0.030 0.048 0.059 0.104 0.184 0.345 0.231 39 G 0.013 0.038 0.065 0.126 0.211 0.313 0.233 40 N 0.013 0.033 0.067 0.122 0.179 0.291 0.294 41 A 0.005 0.014 0.021 0.047 0.114 0.318 0.481 42 S 0.002 0.005 0.019 0.057 0.159 0.325 0.433 43 N 0.001 0.005 0.010 0.027 0.082 0.300 0.575 44 S 0.001 0.001 0.003 0.010 0.028 0.154 0.803 45 C 0.001 0.001 0.002 0.006 0.029 0.224 0.737 46 T 0.001 0.002 0.008 0.042 0.143 0.329 0.476 47 I 0.001 0.002 0.006 0.019 0.070 0.352 0.550 48 L 0.001 0.002 0.003 0.010 0.044 0.300 0.641 49 S 0.003 0.017 0.041 0.116 0.243 0.392 0.188 50 L 0.009 0.036 0.090 0.206 0.315 0.258 0.086 51 L 0.011 0.030 0.058 0.140 0.268 0.358 0.135 52 G 0.049 0.138 0.187 0.213 0.186 0.162 0.063 53 A 0.023 0.068 0.108 0.194 0.282 0.252 0.073 54 P 0.025 0.078 0.177 0.277 0.242 0.142 0.060 55 C 0.003 0.009 0.017 0.043 0.126 0.416 0.384 56 A 0.002 0.007 0.030 0.095 0.167 0.327 0.371 57 F 0.001 0.002 0.005 0.016 0.061 0.313 0.602 58 M 0.002 0.003 0.005 0.014 0.051 0.265 0.660 59 G 0.001 0.003 0.006 0.016 0.057 0.297 0.619 60 S 0.003 0.010 0.026 0.076 0.178 0.371 0.336 61 M 0.003 0.008 0.016 0.059 0.192 0.429 0.293 62 A 0.010 0.027 0.067 0.160 0.270 0.353 0.113 63 P 0.039 0.153 0.213 0.233 0.192 0.134 0.036 64 G 0.076 0.167 0.212 0.246 0.188 0.090 0.020 65 H 0.141 0.246 0.215 0.182 0.127 0.073 0.017 66 V 0.019 0.040 0.071 0.137 0.247 0.363 0.123 67 A 0.016 0.042 0.082 0.163 0.282 0.339 0.076 68 D 0.066 0.254 0.317 0.225 0.102 0.032 0.004 69 F 0.015 0.072 0.188 0.315 0.272 0.124 0.014 70 V 0.004 0.007 0.009 0.031 0.165 0.612 0.172 71 L 0.006 0.030 0.140 0.349 0.340 0.130 0.005 72 D 0.088 0.474 0.308 0.101 0.024 0.005 0.001 73 D 0.017 0.106 0.273 0.366 0.187 0.049 0.003 74 L 0.008 0.016 0.042 0.195 0.457 0.271 0.012 75 R 0.164 0.428 0.276 0.108 0.021 0.002 0.001 76 R 0.515 0.344 0.098 0.033 0.008 0.002 0.001 77 Y 0.041 0.171 0.313 0.313 0.129 0.031 0.001 78 S 0.125 0.281 0.286 0.199 0.083 0.023 0.002 79 V 0.023 0.046 0.086 0.212 0.349 0.255 0.029 80 D 0.040 0.139 0.224 0.248 0.195 0.128 0.026 81 L 0.034 0.060 0.096 0.175 0.271 0.292 0.073 82 R 0.042 0.123 0.190 0.253 0.216 0.147 0.029 83 Y 0.026 0.054 0.098 0.197 0.286 0.274 0.066 84 T 0.046 0.096 0.149 0.242 0.250 0.188 0.029 85 V 0.075 0.184 0.241 0.261 0.163 0.069 0.008 86 F 0.070 0.116 0.185 0.290 0.234 0.097 0.008 87 Q 0.334 0.331 0.193 0.104 0.030 0.006 0.001 88 T 0.732 0.194 0.049 0.018 0.005 0.001 0.001 89 T 0.744 0.181 0.048 0.020 0.005 0.001 0.001 90 G 0.365 0.256 0.189 0.118 0.053 0.018 0.001 91 S 0.334 0.209 0.162 0.142 0.103 0.046 0.005 92 V 0.099 0.120 0.160 0.200 0.225 0.167 0.028 93 P 0.103 0.146 0.190 0.193 0.169 0.156 0.044 94 I 0.041 0.060 0.108 0.172 0.226 0.279 0.115 95 A 0.035 0.049 0.065 0.107 0.189 0.378 0.177 96 T 0.052 0.062 0.102 0.186 0.234 0.267 0.096 97 V 0.052 0.062 0.080 0.151 0.246 0.322 0.086 98 I 0.038 0.064 0.116 0.229 0.290 0.227 0.036 99 I 0.036 0.063 0.113 0.245 0.325 0.195 0.023 100 N 0.158 0.297 0.268 0.186 0.072 0.017 0.002 101 E 0.425 0.335 0.145 0.067 0.021 0.006 0.001 102 A 0.659 0.201 0.076 0.041 0.017 0.005 0.001 103 S 0.650 0.231 0.078 0.030 0.009 0.002 0.001 104 G 0.444 0.269 0.162 0.086 0.030 0.007 0.001 105 S 0.272 0.289 0.208 0.137 0.069 0.022 0.002 106 R 0.072 0.118 0.182 0.251 0.237 0.122 0.016 107 T 0.040 0.084 0.151 0.237 0.253 0.197 0.038 108 I 0.025 0.039 0.062 0.126 0.235 0.370 0.144 109 L 0.027 0.050 0.086 0.169 0.244 0.304 0.120 110 Y 0.046 0.081 0.124 0.199 0.243 0.237 0.069 111 Y 0.053 0.085 0.132 0.210 0.244 0.214 0.060 112 D 0.191 0.257 0.222 0.174 0.098 0.047 0.011 113 R 0.306 0.277 0.184 0.120 0.067 0.036 0.010 114 S 0.140 0.118 0.125 0.189 0.221 0.177 0.030 115 L 0.110 0.156 0.191 0.212 0.185 0.125 0.021 116 P 0.272 0.258 0.192 0.147 0.087 0.037 0.007 117 D 0.289 0.307 0.200 0.127 0.056 0.019 0.002 118 V 0.060 0.077 0.159 0.279 0.270 0.141 0.015 119 S 0.240 0.281 0.219 0.150 0.074 0.032 0.004 120 A 0.289 0.321 0.218 0.120 0.041 0.011 0.001 121 T 0.567 0.282 0.096 0.039 0.013 0.003 0.001 122 D 0.086 0.211 0.260 0.262 0.142 0.037 0.001 123 F 0.031 0.053 0.138 0.332 0.338 0.104 0.004 124 E 0.306 0.423 0.187 0.068 0.014 0.001 0.001 125 K 0.263 0.388 0.221 0.096 0.025 0.006 0.001 126 V 0.050 0.141 0.258 0.326 0.182 0.043 0.001 127 D 0.068 0.257 0.280 0.248 0.117 0.029 0.001 128 L 0.011 0.047 0.170 0.385 0.316 0.070 0.001 129 T 0.297 0.455 0.174 0.059 0.014 0.002 0.001 130 Q 0.125 0.421 0.301 0.124 0.026 0.003 0.001 131 F 0.001 0.008 0.044 0.223 0.489 0.231 0.003 132 K 0.006 0.078 0.252 0.424 0.208 0.031 0.002 133 W 0.001 0.003 0.017 0.062 0.204 0.578 0.135 134 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.452 0.511 135 H 0.001 0.001 0.003 0.018 0.085 0.286 0.607 136 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.199 0.782 137 E 0.001 0.003 0.014 0.065 0.197 0.393 0.327 138 G 0.001 0.006 0.017 0.064 0.198 0.481 0.234 139 R 0.003 0.026 0.087 0.213 0.342 0.255 0.074 140 N 0.019 0.081 0.140 0.242 0.256 0.222 0.040 141 A 0.038 0.160 0.259 0.261 0.168 0.095 0.019 142 S 0.196 0.313 0.209 0.141 0.089 0.045 0.008 143 E 0.035 0.124 0.193 0.261 0.244 0.127 0.016 144 Q 0.005 0.017 0.034 0.098 0.268 0.447 0.131 145 V 0.011 0.071 0.230 0.371 0.248 0.065 0.004 146 K 0.009 0.167 0.404 0.297 0.102 0.020 0.001 147 M 0.001 0.003 0.009 0.053 0.278 0.558 0.099 148 L 0.001 0.004 0.017 0.077 0.302 0.541 0.058 149 Q 0.025 0.299 0.396 0.209 0.057 0.013 0.001 150 R 0.002 0.051 0.287 0.443 0.186 0.030 0.001 151 I 0.001 0.004 0.013 0.113 0.463 0.390 0.017 152 D 0.044 0.303 0.375 0.221 0.052 0.005 0.001 153 A 0.477 0.396 0.097 0.026 0.004 0.001 0.001 154 H 0.052 0.272 0.370 0.240 0.059 0.006 0.001 155 N 0.183 0.460 0.256 0.086 0.013 0.001 0.001 156 T 0.006 0.057 0.159 0.334 0.339 0.100 0.004 157 R 0.002 0.021 0.077 0.218 0.373 0.280 0.028 158 Q 0.001 0.004 0.018 0.077 0.254 0.503 0.142 159 P 0.002 0.003 0.006 0.012 0.048 0.375 0.554 160 P 0.003 0.006 0.010 0.023 0.074 0.295 0.589 161 E 0.005 0.015 0.035 0.081 0.175 0.345 0.344 162 Q 0.011 0.023 0.040 0.106 0.237 0.364 0.220 163 K 0.046 0.131 0.171 0.220 0.197 0.178 0.056 164 I 0.016 0.047 0.106 0.232 0.311 0.247 0.041 165 R 0.063 0.156 0.182 0.220 0.200 0.148 0.032 166 V 0.024 0.041 0.084 0.196 0.308 0.299 0.048 167 S 0.059 0.161 0.222 0.235 0.187 0.120 0.016 168 V 0.024 0.039 0.093 0.211 0.319 0.273 0.041 169 E 0.169 0.254 0.244 0.187 0.103 0.040 0.004 170 V 0.156 0.314 0.283 0.168 0.062 0.015 0.001 171 E 0.643 0.226 0.068 0.035 0.018 0.008 0.002 172 K 0.419 0.360 0.141 0.058 0.017 0.004 0.001 173 P 0.053 0.116 0.245 0.362 0.186 0.037 0.001 174 R 0.075 0.256 0.347 0.240 0.070 0.011 0.001 175 E 0.424 0.447 0.104 0.019 0.004 0.001 0.001 176 E 0.027 0.130 0.315 0.360 0.145 0.022 0.001 177 L 0.003 0.006 0.016 0.104 0.422 0.426 0.024 178 F 0.019 0.148 0.361 0.341 0.110 0.019 0.001 179 Q 0.073 0.384 0.337 0.156 0.039 0.010 0.001 180 L 0.004 0.015 0.045 0.186 0.423 0.305 0.022 181 F 0.002 0.012 0.047 0.176 0.383 0.346 0.034 182 G 0.059 0.305 0.292 0.206 0.094 0.037 0.006 183 Y 0.013 0.085 0.248 0.373 0.208 0.063 0.011 184 G 0.001 0.005 0.014 0.054 0.201 0.540 0.185 185 D 0.001 0.006 0.033 0.149 0.317 0.379 0.116 186 V 0.001 0.002 0.008 0.019 0.073 0.404 0.493 187 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.031 0.276 0.684 188 F 0.001 0.003 0.014 0.056 0.167 0.368 0.390 189 V 0.001 0.005 0.019 0.061 0.191 0.423 0.301 190 S 0.007 0.040 0.089 0.187 0.281 0.304 0.092 191 K 0.069 0.297 0.302 0.202 0.091 0.034 0.005 192 D 0.175 0.342 0.245 0.146 0.068 0.021 0.003 193 V 0.024 0.063 0.120 0.259 0.317 0.204 0.012 194 A 0.026 0.070 0.181 0.344 0.306 0.071 0.002 195 K 0.293 0.447 0.191 0.058 0.009 0.001 0.001 196 H 0.184 0.338 0.281 0.147 0.042 0.008 0.001 197 L 0.046 0.076 0.175 0.322 0.287 0.091 0.002 198 G 0.517 0.318 0.116 0.039 0.009 0.002 0.001 199 F 0.388 0.246 0.166 0.129 0.056 0.015 0.001 200 Q 0.482 0.311 0.136 0.050 0.015 0.004 0.001 201 S 0.352 0.350 0.192 0.084 0.018 0.003 0.001 202 A 0.232 0.300 0.278 0.142 0.040 0.007 0.001 203 E 0.686 0.244 0.052 0.013 0.004 0.001 0.001 204 E 0.165 0.385 0.290 0.128 0.029 0.003 0.001 205 A 0.010 0.017 0.048 0.262 0.490 0.166 0.008 206 L 0.015 0.120 0.324 0.361 0.154 0.026 0.001 207 R 0.119 0.490 0.292 0.079 0.016 0.004 0.001 208 G 0.012 0.033 0.139 0.340 0.355 0.115 0.006 209 L 0.008 0.009 0.015 0.061 0.261 0.540 0.105 210 Y 0.034 0.174 0.330 0.298 0.130 0.032 0.002 211 G 0.143 0.401 0.267 0.140 0.038 0.010 0.001 212 R 0.023 0.075 0.166 0.341 0.280 0.110 0.006 213 V 0.015 0.056 0.161 0.366 0.321 0.080 0.003 214 R 0.345 0.425 0.160 0.056 0.012 0.001 0.001 215 K 0.217 0.463 0.220 0.084 0.015 0.002 0.001 216 G 0.042 0.312 0.346 0.219 0.068 0.013 0.001 217 A 0.001 0.003 0.022 0.131 0.392 0.419 0.033 218 V 0.001 0.001 0.012 0.088 0.308 0.481 0.110 219 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.394 0.576 220 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.202 0.787 221 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.176 0.805 222 A 0.001 0.001 0.003 0.015 0.087 0.385 0.509 223 W 0.001 0.003 0.014 0.070 0.249 0.458 0.205 224 A 0.002 0.020 0.065 0.172 0.299 0.343 0.098 225 E 0.029 0.133 0.189 0.228 0.232 0.153 0.035 226 E 0.056 0.234 0.291 0.234 0.123 0.051 0.011 227 G 0.012 0.052 0.139 0.238 0.299 0.223 0.036 228 A 0.009 0.024 0.042 0.088 0.235 0.470 0.131 229 D 0.007 0.028 0.104 0.251 0.332 0.236 0.042 230 A 0.022 0.034 0.044 0.087 0.213 0.450 0.151 231 L 0.025 0.049 0.097 0.229 0.332 0.243 0.026 232 G 0.048 0.162 0.295 0.311 0.145 0.037 0.002 233 P 0.303 0.344 0.211 0.104 0.032 0.006 0.001 234 D 0.647 0.251 0.066 0.026 0.007 0.002 0.001 235 G 0.293 0.260 0.218 0.154 0.060 0.014 0.001 236 K 0.368 0.330 0.180 0.084 0.029 0.007 0.001 237 L 0.080 0.128 0.191 0.261 0.227 0.104 0.009 238 L 0.063 0.116 0.168 0.237 0.235 0.160 0.020 239 H 0.072 0.152 0.196 0.232 0.194 0.130 0.025 240 S 0.047 0.068 0.102 0.196 0.267 0.252 0.067 241 D 0.115 0.210 0.223 0.208 0.135 0.085 0.024 242 A 0.060 0.090 0.131 0.210 0.233 0.215 0.061 243 F 0.089 0.145 0.176 0.225 0.189 0.138 0.038 244 P 0.147 0.212 0.212 0.209 0.132 0.071 0.017 245 P 0.244 0.259 0.199 0.160 0.090 0.041 0.008 246 P 0.206 0.215 0.194 0.190 0.121 0.060 0.014 247 R 0.305 0.311 0.196 0.110 0.049 0.023 0.006 248 V 0.055 0.081 0.125 0.220 0.271 0.204 0.044 249 V 0.046 0.088 0.125 0.200 0.237 0.229 0.075 250 D 0.048 0.108 0.159 0.213 0.214 0.181 0.078 251 T 0.021 0.031 0.046 0.099 0.190 0.348 0.266 252 L 0.018 0.031 0.048 0.095 0.160 0.311 0.337 253 G 0.007 0.013 0.027 0.057 0.107 0.290 0.500 254 A 0.004 0.009 0.011 0.023 0.069 0.264 0.619 255 G 0.002 0.006 0.013 0.037 0.101 0.262 0.578 256 D 0.003 0.007 0.014 0.030 0.081 0.235 0.631 257 T 0.002 0.004 0.006 0.012 0.036 0.172 0.769 258 F 0.002 0.004 0.009 0.026 0.055 0.171 0.733 259 N 0.001 0.003 0.006 0.012 0.037 0.152 0.790 260 A 0.001 0.002 0.005 0.018 0.041 0.136 0.798 261 S 0.001 0.003 0.010 0.024 0.050 0.185 0.728 262 V 0.001 0.002 0.005 0.019 0.042 0.200 0.731 263 I 0.001 0.002 0.003 0.008 0.038 0.260 0.687 264 F 0.008 0.011 0.025 0.070 0.129 0.383 0.374 265 S 0.009 0.028 0.051 0.093 0.211 0.439 0.171 266 L 0.010 0.019 0.036 0.147 0.308 0.401 0.079 267 S 0.017 0.046 0.091 0.201 0.375 0.252 0.018 268 Q 0.109 0.258 0.304 0.235 0.077 0.015 0.001 269 G 0.157 0.355 0.236 0.160 0.073 0.017 0.002 270 R 0.169 0.343 0.273 0.147 0.053 0.014 0.001 271 S 0.054 0.261 0.302 0.242 0.109 0.030 0.003 272 V 0.001 0.006 0.027 0.152 0.426 0.350 0.038 273 Q 0.016 0.158 0.376 0.303 0.115 0.030 0.002 274 E 0.011 0.127 0.302 0.336 0.174 0.046 0.003 275 A 0.001 0.002 0.004 0.024 0.175 0.610 0.184 276 L 0.001 0.002 0.007 0.045 0.223 0.579 0.144 277 R 0.003 0.036 0.180 0.303 0.283 0.170 0.025 278 F 0.002 0.007 0.037 0.200 0.378 0.306 0.071 279 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.291 0.689 280 C 0.001 0.002 0.015 0.084 0.250 0.448 0.201 281 Q 0.001 0.007 0.052 0.209 0.353 0.290 0.087 282 V 0.001 0.001 0.003 0.012 0.065 0.384 0.533 283 A 0.001 0.001 0.002 0.010 0.044 0.263 0.679 284 G 0.002 0.008 0.026 0.075 0.181 0.376 0.332 285 K 0.007 0.030 0.081 0.213 0.309 0.244 0.116 286 K 0.003 0.012 0.044 0.166 0.296 0.357 0.123 287 C 0.007 0.008 0.014 0.049 0.180 0.474 0.268 288 G 0.046 0.146 0.217 0.270 0.201 0.102 0.019 289 L 0.101 0.200 0.209 0.243 0.166 0.066 0.015 290 Q 0.168 0.236 0.226 0.207 0.106 0.046 0.011 291 G 0.203 0.156 0.175 0.198 0.145 0.099 0.023 292 F 0.382 0.179 0.123 0.120 0.103 0.076 0.017 293 D 0.424 0.249 0.160 0.103 0.045 0.017 0.003 294 G 0.583 0.225 0.106 0.055 0.021 0.008 0.002 295 I 0.441 0.223 0.139 0.106 0.058 0.028 0.005 296 V 0.422 0.176 0.135 0.124 0.083 0.050 0.010