# TARGET T0375 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0375.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2089 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.570 0.311 0.089 0.026 0.004 0.001 0.001 2 S 0.076 0.307 0.342 0.205 0.061 0.007 0.001 3 Q 0.016 0.089 0.251 0.395 0.209 0.039 0.002 4 I 0.001 0.001 0.005 0.033 0.216 0.624 0.120 5 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.065 0.488 0.439 6 C 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.203 0.767 7 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.110 0.881 8 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.181 0.785 9 L 0.001 0.001 0.005 0.023 0.072 0.229 0.670 10 V 0.001 0.002 0.005 0.016 0.050 0.244 0.682 11 V 0.002 0.003 0.009 0.028 0.079 0.301 0.579 12 L 0.001 0.005 0.011 0.030 0.074 0.298 0.581 13 D 0.004 0.011 0.019 0.052 0.125 0.329 0.460 14 V 0.002 0.008 0.017 0.041 0.122 0.405 0.405 15 I 0.004 0.016 0.044 0.115 0.233 0.398 0.190 16 S 0.006 0.025 0.057 0.127 0.254 0.408 0.123 17 L 0.021 0.083 0.166 0.275 0.269 0.160 0.025 18 V 0.026 0.054 0.124 0.262 0.337 0.179 0.019 19 D 0.285 0.306 0.209 0.123 0.055 0.019 0.004 20 K 0.392 0.322 0.162 0.079 0.032 0.011 0.002 21 Y 0.139 0.190 0.241 0.249 0.141 0.038 0.002 22 P 0.311 0.290 0.211 0.130 0.049 0.010 0.001 23 K 0.624 0.230 0.090 0.041 0.013 0.002 0.001 24 E 0.755 0.165 0.057 0.018 0.004 0.001 0.001 25 D 0.785 0.160 0.041 0.012 0.002 0.001 0.001 26 S 0.569 0.256 0.119 0.045 0.009 0.001 0.001 27 E 0.362 0.367 0.179 0.071 0.018 0.003 0.001 28 I 0.066 0.095 0.192 0.341 0.246 0.057 0.003 29 R 0.104 0.234 0.270 0.237 0.112 0.040 0.004 30 C 0.058 0.088 0.138 0.238 0.269 0.183 0.025 31 L 0.180 0.217 0.206 0.210 0.129 0.050 0.008 32 S 0.211 0.273 0.217 0.153 0.089 0.046 0.011 33 Q 0.114 0.148 0.176 0.218 0.184 0.125 0.035 34 R 0.129 0.219 0.206 0.183 0.136 0.098 0.028 35 W 0.069 0.122 0.177 0.229 0.207 0.151 0.046 36 Q 0.073 0.103 0.124 0.184 0.212 0.218 0.084 37 R 0.061 0.086 0.120 0.159 0.200 0.249 0.125 38 G 0.028 0.054 0.088 0.151 0.217 0.293 0.168 39 G 0.022 0.038 0.064 0.134 0.244 0.336 0.163 40 N 0.019 0.062 0.095 0.148 0.218 0.272 0.186 41 A 0.004 0.014 0.031 0.072 0.142 0.315 0.422 42 S 0.001 0.003 0.011 0.053 0.198 0.401 0.333 43 N 0.001 0.001 0.003 0.016 0.080 0.328 0.572 44 S 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.115 0.870 45 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.127 0.856 46 T 0.001 0.001 0.007 0.036 0.117 0.270 0.569 47 I 0.001 0.001 0.003 0.018 0.083 0.368 0.527 48 L 0.001 0.002 0.002 0.004 0.022 0.254 0.717 49 S 0.001 0.008 0.025 0.093 0.218 0.387 0.268 50 L 0.004 0.030 0.100 0.195 0.274 0.274 0.124 51 L 0.007 0.026 0.057 0.150 0.303 0.325 0.132 52 G 0.029 0.107 0.165 0.223 0.211 0.196 0.068 53 A 0.013 0.044 0.084 0.175 0.290 0.309 0.086 54 P 0.029 0.080 0.157 0.249 0.249 0.160 0.076 55 C 0.003 0.010 0.020 0.057 0.142 0.417 0.351 56 A 0.002 0.006 0.018 0.068 0.171 0.325 0.411 57 F 0.001 0.002 0.005 0.014 0.053 0.294 0.632 58 M 0.002 0.004 0.006 0.015 0.047 0.216 0.711 59 G 0.001 0.004 0.009 0.022 0.060 0.233 0.672 60 S 0.002 0.007 0.016 0.049 0.146 0.341 0.439 61 M 0.002 0.006 0.013 0.043 0.141 0.395 0.399 62 A 0.009 0.029 0.061 0.154 0.256 0.356 0.135 63 P 0.048 0.158 0.216 0.221 0.171 0.132 0.055 64 G 0.050 0.133 0.197 0.233 0.197 0.146 0.044 65 H 0.079 0.138 0.156 0.187 0.218 0.166 0.057 66 V 0.019 0.035 0.066 0.126 0.226 0.362 0.166 67 A 0.014 0.035 0.068 0.146 0.257 0.363 0.117 68 D 0.034 0.165 0.301 0.272 0.161 0.057 0.010 69 F 0.007 0.054 0.156 0.265 0.326 0.167 0.026 70 V 0.001 0.002 0.003 0.019 0.148 0.604 0.223 71 L 0.003 0.021 0.081 0.290 0.376 0.210 0.018 72 D 0.027 0.363 0.397 0.170 0.035 0.006 0.001 73 D 0.002 0.034 0.162 0.428 0.295 0.075 0.004 74 L 0.002 0.005 0.017 0.119 0.430 0.395 0.033 75 R 0.083 0.349 0.356 0.172 0.038 0.004 0.001 76 R 0.411 0.431 0.122 0.030 0.006 0.001 0.001 77 Y 0.027 0.136 0.347 0.328 0.133 0.026 0.002 78 S 0.101 0.301 0.301 0.186 0.079 0.029 0.004 79 V 0.029 0.044 0.082 0.201 0.336 0.266 0.043 80 D 0.032 0.098 0.177 0.249 0.229 0.174 0.041 81 L 0.014 0.031 0.059 0.124 0.228 0.390 0.154 82 R 0.026 0.082 0.131 0.204 0.235 0.231 0.091 83 Y 0.014 0.030 0.065 0.134 0.255 0.355 0.147 84 T 0.033 0.087 0.133 0.219 0.263 0.213 0.051 85 V 0.049 0.148 0.212 0.248 0.203 0.119 0.020 86 F 0.062 0.131 0.210 0.280 0.225 0.084 0.008 87 Q 0.306 0.303 0.214 0.121 0.045 0.009 0.001 88 T 0.691 0.209 0.068 0.024 0.007 0.002 0.001 89 T 0.710 0.189 0.064 0.027 0.008 0.002 0.001 90 G 0.458 0.242 0.159 0.095 0.036 0.009 0.001 91 S 0.390 0.262 0.157 0.111 0.055 0.022 0.003 92 V 0.119 0.141 0.183 0.224 0.202 0.109 0.023 93 P 0.077 0.147 0.208 0.243 0.184 0.110 0.031 94 I 0.038 0.073 0.127 0.201 0.234 0.238 0.090 95 A 0.019 0.042 0.085 0.153 0.252 0.332 0.116 96 T 0.013 0.030 0.063 0.132 0.248 0.366 0.147 97 V 0.023 0.035 0.058 0.142 0.282 0.346 0.113 98 I 0.017 0.052 0.104 0.210 0.291 0.275 0.050 99 I 0.031 0.057 0.109 0.229 0.306 0.226 0.041 100 N 0.207 0.319 0.227 0.149 0.064 0.028 0.006 101 E 0.329 0.320 0.177 0.108 0.046 0.017 0.003 102 A 0.194 0.143 0.158 0.210 0.178 0.099 0.017 103 S 0.413 0.290 0.152 0.083 0.041 0.018 0.004 104 G 0.294 0.248 0.194 0.142 0.078 0.035 0.009 105 S 0.160 0.245 0.226 0.184 0.112 0.059 0.014 106 R 0.055 0.115 0.180 0.230 0.228 0.151 0.042 107 T 0.040 0.076 0.146 0.236 0.249 0.202 0.052 108 I 0.023 0.039 0.068 0.127 0.241 0.374 0.128 109 L 0.023 0.036 0.054 0.120 0.246 0.366 0.154 110 Y 0.030 0.068 0.123 0.215 0.263 0.239 0.063 111 Y 0.050 0.084 0.132 0.226 0.265 0.200 0.044 112 D 0.196 0.248 0.230 0.179 0.099 0.042 0.006 113 R 0.237 0.288 0.219 0.147 0.075 0.029 0.005 114 S 0.137 0.102 0.136 0.225 0.244 0.140 0.016 115 L 0.168 0.206 0.226 0.210 0.134 0.052 0.005 116 P 0.357 0.292 0.181 0.107 0.046 0.016 0.002 117 D 0.263 0.327 0.215 0.121 0.053 0.018 0.002 118 V 0.038 0.067 0.161 0.313 0.308 0.107 0.007 119 S 0.211 0.317 0.242 0.141 0.065 0.023 0.002 120 A 0.203 0.285 0.276 0.170 0.056 0.009 0.001 121 T 0.574 0.285 0.092 0.035 0.011 0.003 0.001 122 D 0.166 0.296 0.268 0.184 0.069 0.016 0.001 123 F 0.023 0.059 0.185 0.391 0.290 0.052 0.001 124 E 0.384 0.418 0.155 0.037 0.006 0.001 0.001 125 K 0.435 0.341 0.159 0.052 0.012 0.002 0.001 126 V 0.187 0.268 0.244 0.197 0.085 0.018 0.001 127 D 0.095 0.229 0.273 0.251 0.123 0.026 0.001 128 L 0.021 0.064 0.204 0.387 0.268 0.054 0.001 129 T 0.284 0.469 0.178 0.054 0.013 0.002 0.001 130 Q 0.145 0.369 0.275 0.155 0.046 0.009 0.001 131 F 0.003 0.013 0.057 0.252 0.453 0.215 0.008 132 K 0.030 0.179 0.325 0.295 0.134 0.034 0.003 133 W 0.003 0.010 0.044 0.139 0.301 0.425 0.079 134 I 0.001 0.002 0.003 0.011 0.076 0.504 0.404 135 H 0.001 0.003 0.014 0.066 0.187 0.346 0.385 136 I 0.001 0.002 0.005 0.019 0.083 0.393 0.497 137 E 0.001 0.010 0.036 0.119 0.253 0.421 0.160 138 G 0.001 0.007 0.026 0.096 0.259 0.456 0.154 139 R 0.008 0.060 0.142 0.252 0.282 0.200 0.055 140 N 0.056 0.133 0.182 0.241 0.231 0.136 0.020 141 A 0.092 0.249 0.275 0.214 0.109 0.053 0.008 142 S 0.392 0.269 0.157 0.099 0.058 0.021 0.004 143 E 0.158 0.348 0.275 0.143 0.055 0.018 0.003 144 Q 0.041 0.081 0.122 0.249 0.304 0.185 0.019 145 V 0.034 0.136 0.299 0.314 0.171 0.043 0.002 146 K 0.138 0.478 0.287 0.079 0.016 0.002 0.001 147 M 0.003 0.011 0.037 0.151 0.382 0.383 0.033 148 L 0.002 0.012 0.049 0.228 0.446 0.248 0.014 149 Q 0.069 0.490 0.323 0.097 0.017 0.003 0.001 150 R 0.010 0.111 0.340 0.410 0.114 0.014 0.001 151 I 0.001 0.005 0.026 0.168 0.490 0.300 0.010 152 D 0.109 0.402 0.331 0.131 0.024 0.002 0.001 153 A 0.575 0.337 0.070 0.015 0.002 0.001 0.001 154 H 0.114 0.275 0.351 0.197 0.055 0.007 0.001 155 N 0.327 0.406 0.184 0.067 0.014 0.002 0.001 156 T 0.053 0.137 0.231 0.316 0.206 0.053 0.003 157 R 0.022 0.064 0.149 0.267 0.308 0.171 0.018 158 Q 0.014 0.025 0.053 0.139 0.268 0.402 0.099 159 P 0.013 0.019 0.023 0.044 0.122 0.415 0.364 160 P 0.009 0.023 0.038 0.086 0.186 0.326 0.333 161 E 0.013 0.045 0.085 0.162 0.231 0.278 0.185 162 Q 0.018 0.043 0.088 0.177 0.282 0.292 0.100 163 K 0.128 0.229 0.221 0.188 0.127 0.081 0.026 164 I 0.028 0.068 0.145 0.263 0.288 0.178 0.030 165 R 0.067 0.135 0.198 0.229 0.215 0.130 0.026 166 V 0.029 0.041 0.090 0.195 0.308 0.287 0.048 167 S 0.151 0.272 0.232 0.166 0.105 0.062 0.012 168 V 0.023 0.045 0.109 0.262 0.334 0.205 0.022 169 E 0.151 0.278 0.252 0.188 0.098 0.030 0.002 170 V 0.134 0.332 0.313 0.164 0.046 0.010 0.001 171 E 0.667 0.213 0.069 0.033 0.014 0.004 0.001 172 K 0.517 0.332 0.101 0.035 0.011 0.003 0.001 173 P 0.115 0.187 0.250 0.296 0.130 0.022 0.001 174 R 0.079 0.314 0.341 0.207 0.053 0.006 0.001 175 E 0.492 0.396 0.096 0.014 0.002 0.001 0.001 176 E 0.053 0.271 0.386 0.228 0.054 0.007 0.001 177 L 0.003 0.006 0.024 0.152 0.442 0.354 0.018 178 F 0.010 0.097 0.303 0.371 0.178 0.039 0.002 179 Q 0.056 0.295 0.313 0.213 0.090 0.031 0.003 180 L 0.002 0.013 0.041 0.159 0.370 0.377 0.038 181 F 0.002 0.008 0.032 0.134 0.373 0.392 0.060 182 G 0.025 0.220 0.294 0.252 0.142 0.058 0.009 183 Y 0.006 0.038 0.144 0.345 0.293 0.145 0.030 184 G 0.001 0.002 0.005 0.020 0.119 0.545 0.309 185 D 0.001 0.003 0.019 0.115 0.344 0.387 0.131 186 V 0.001 0.001 0.003 0.011 0.054 0.368 0.562 187 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.266 0.707 188 F 0.001 0.003 0.013 0.059 0.179 0.416 0.329 189 V 0.001 0.002 0.008 0.052 0.225 0.462 0.251 190 S 0.002 0.014 0.040 0.115 0.266 0.440 0.122 191 K 0.048 0.235 0.303 0.244 0.121 0.044 0.005 192 D 0.173 0.363 0.255 0.140 0.051 0.015 0.003 193 V 0.022 0.061 0.137 0.279 0.310 0.178 0.013 194 A 0.037 0.062 0.133 0.280 0.337 0.142 0.009 195 K 0.256 0.391 0.245 0.087 0.018 0.003 0.001 196 H 0.228 0.319 0.252 0.138 0.049 0.012 0.001 197 L 0.034 0.091 0.209 0.323 0.258 0.080 0.006 198 G 0.375 0.349 0.167 0.076 0.027 0.005 0.001 199 F 0.326 0.374 0.192 0.080 0.023 0.005 0.001 200 Q 0.754 0.180 0.038 0.015 0.009 0.004 0.001 201 S 0.284 0.386 0.182 0.096 0.038 0.012 0.002 202 A 0.036 0.049 0.099 0.333 0.371 0.104 0.007 203 E 0.063 0.327 0.387 0.181 0.036 0.006 0.001 204 E 0.118 0.471 0.309 0.088 0.014 0.001 0.001 205 A 0.003 0.010 0.041 0.171 0.464 0.299 0.012 206 L 0.002 0.008 0.038 0.234 0.492 0.215 0.010 207 R 0.025 0.346 0.418 0.174 0.032 0.005 0.001 208 G 0.010 0.088 0.332 0.440 0.121 0.010 0.001 209 L 0.001 0.003 0.011 0.071 0.342 0.533 0.039 210 Y 0.011 0.100 0.275 0.379 0.206 0.029 0.001 211 G 0.242 0.491 0.181 0.062 0.019 0.004 0.001 212 R 0.065 0.236 0.337 0.262 0.083 0.016 0.001 213 V 0.109 0.183 0.251 0.282 0.144 0.030 0.001 214 R 0.361 0.337 0.171 0.088 0.036 0.006 0.001 215 K 0.269 0.380 0.215 0.099 0.030 0.006 0.001 216 G 0.007 0.038 0.110 0.290 0.369 0.172 0.014 217 A 0.004 0.043 0.139 0.289 0.314 0.184 0.027 218 V 0.001 0.003 0.020 0.086 0.263 0.472 0.156 219 L 0.001 0.001 0.002 0.010 0.078 0.504 0.405 220 V 0.001 0.001 0.001 0.009 0.057 0.376 0.557 221 C 0.001 0.001 0.001 0.006 0.048 0.349 0.597 222 A 0.001 0.004 0.024 0.109 0.274 0.441 0.149 223 W 0.001 0.004 0.024 0.125 0.381 0.400 0.065 224 A 0.011 0.101 0.203 0.276 0.244 0.140 0.025 225 E 0.085 0.216 0.237 0.253 0.152 0.050 0.005 226 E 0.087 0.297 0.331 0.181 0.075 0.025 0.003 227 G 0.020 0.065 0.199 0.345 0.253 0.104 0.014 228 A 0.011 0.022 0.037 0.077 0.224 0.499 0.130 229 D 0.007 0.026 0.075 0.207 0.346 0.282 0.057 230 A 0.010 0.021 0.041 0.087 0.215 0.453 0.173 231 L 0.007 0.027 0.052 0.161 0.338 0.357 0.059 232 G 0.029 0.104 0.230 0.328 0.218 0.082 0.009 233 P 0.149 0.314 0.267 0.178 0.074 0.016 0.002 234 D 0.675 0.230 0.065 0.022 0.006 0.001 0.001 235 G 0.351 0.276 0.210 0.117 0.039 0.007 0.001 236 K 0.395 0.295 0.168 0.089 0.037 0.014 0.002 237 L 0.129 0.189 0.227 0.229 0.158 0.062 0.007 238 L 0.068 0.124 0.209 0.272 0.215 0.097 0.013 239 H 0.086 0.185 0.226 0.241 0.163 0.085 0.014 240 S 0.081 0.110 0.158 0.230 0.242 0.154 0.025 241 D 0.144 0.226 0.219 0.196 0.131 0.069 0.013 242 A 0.081 0.104 0.143 0.229 0.251 0.165 0.027 243 F 0.090 0.163 0.224 0.255 0.180 0.076 0.012 244 P 0.265 0.352 0.212 0.115 0.042 0.013 0.002 245 P 0.294 0.294 0.200 0.139 0.057 0.014 0.002 246 P 0.167 0.190 0.233 0.216 0.137 0.049 0.007 247 R 0.203 0.357 0.256 0.120 0.043 0.016 0.004 248 V 0.019 0.033 0.076 0.202 0.327 0.285 0.057 249 V 0.020 0.056 0.109 0.188 0.263 0.261 0.103 250 D 0.017 0.066 0.113 0.175 0.195 0.270 0.163 251 T 0.007 0.017 0.034 0.084 0.169 0.338 0.351 252 L 0.006 0.014 0.027 0.065 0.155 0.337 0.396 253 G 0.006 0.013 0.023 0.044 0.087 0.277 0.550 254 A 0.003 0.006 0.009 0.021 0.069 0.286 0.605 255 G 0.003 0.007 0.014 0.044 0.135 0.308 0.490 256 D 0.002 0.004 0.011 0.028 0.082 0.268 0.605 257 T 0.003 0.005 0.008 0.017 0.045 0.199 0.723 258 F 0.001 0.002 0.004 0.014 0.054 0.206 0.718 259 N 0.001 0.001 0.003 0.010 0.035 0.173 0.777 260 A 0.002 0.005 0.008 0.015 0.034 0.149 0.787 261 S 0.001 0.004 0.007 0.020 0.045 0.181 0.743 262 V 0.001 0.002 0.004 0.015 0.052 0.204 0.722 263 I 0.001 0.003 0.007 0.021 0.048 0.265 0.655 264 F 0.003 0.009 0.024 0.078 0.161 0.380 0.346 265 S 0.002 0.018 0.042 0.099 0.214 0.455 0.169 266 L 0.003 0.011 0.035 0.130 0.316 0.417 0.088 267 S 0.006 0.029 0.066 0.181 0.328 0.358 0.032 268 Q 0.079 0.271 0.299 0.241 0.091 0.018 0.001 269 G 0.149 0.372 0.291 0.132 0.044 0.012 0.001 270 R 0.149 0.311 0.289 0.173 0.066 0.011 0.001 271 S 0.070 0.295 0.302 0.204 0.097 0.030 0.003 272 V 0.004 0.010 0.033 0.163 0.416 0.343 0.031 273 Q 0.016 0.139 0.300 0.306 0.180 0.056 0.004 274 E 0.009 0.086 0.281 0.383 0.194 0.043 0.003 275 A 0.001 0.003 0.007 0.028 0.141 0.581 0.239 276 L 0.001 0.003 0.013 0.082 0.296 0.486 0.118 277 R 0.004 0.050 0.163 0.296 0.284 0.170 0.033 278 F 0.001 0.008 0.044 0.187 0.355 0.341 0.063 279 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.357 0.604 280 C 0.002 0.010 0.036 0.130 0.304 0.374 0.145 281 Q 0.004 0.025 0.085 0.232 0.317 0.224 0.113 282 V 0.003 0.008 0.016 0.042 0.131 0.388 0.412 283 A 0.001 0.006 0.010 0.028 0.077 0.314 0.564 284 G 0.004 0.013 0.031 0.081 0.170 0.342 0.359 285 K 0.019 0.093 0.152 0.225 0.235 0.167 0.109 286 K 0.012 0.056 0.132 0.305 0.288 0.170 0.036 287 C 0.010 0.017 0.029 0.091 0.253 0.454 0.146 288 G 0.074 0.179 0.225 0.258 0.181 0.073 0.010 289 L 0.236 0.300 0.224 0.141 0.068 0.026 0.004 290 Q 0.309 0.281 0.192 0.137 0.059 0.019 0.004 291 G 0.291 0.231 0.196 0.160 0.082 0.035 0.005 292 F 0.379 0.198 0.135 0.127 0.098 0.057 0.008 293 D 0.436 0.242 0.165 0.101 0.042 0.011 0.001 294 G 0.538 0.264 0.115 0.054 0.021 0.007 0.001 295 I 0.488 0.218 0.143 0.092 0.044 0.013 0.002 296 V 0.411 0.200 0.164 0.122 0.069 0.028 0.006